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功能数据库专题-GSEA

根据已有的对基因的定位、功能、生物学意义等知识的基础上,首先构建了一个分子标签数据库数据库中包含了多个功能基因集。通过分析基因表达数据,得到表达状况是否在某种功能上显著富集。...这容易遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学意义的基因,忽略一些基因的生物特性、基因调控网络之间的关系及基因功能和意义等有价值的信息。...GSEA可以进行线上线下两种方法,但是都要基于后台数据库MSigDB(Molecular Signatures Database),数据库中定义了已知的标签基因集合(如下图)可以登录数据库网站http:...如果要在线下进行分析,需要下载感兴趣的基因集合(可以下载全部8个clusters,但是最好分开运行,否则PC可能会卡死),另外GSEA研发团队会根据组学知识的发展不断修改和扩展数据库中的基因集合,建议童鞋们采取调取后台数据库的在线分析方法...操作过程还是比较简单的(完全不需要敲代码),当下载安装好软件后(需要java支持),运行GSEA主要包含文件准备和参数设定几个步骤:(1)准备表达文件;(2)准备表型文件(说明文件);(3)选择研究的目标

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Java之——基于java开发的功能强大、配置灵活的数据库之间的同步工具

一、项目背景 基于java开发的功能强大、配置灵活的数据库之间的同步工具,和数据产生器一样,均是前段时间因为项目需要编写的小工具,在实际应用场景中,我们经常需要定期将一个数据库的数据同步到另外一个数据库中...同步数据 支持SQLServer向MySQL同步数据 四、具体功能实现 1、创建数据库信息类DBInfo 这个类主要是存储一些数据库相关的信息,比如数据库驱动、数据库连接、用户名和密码等,具体见如下代码...6、创建同步数据库的抽象接口DBSync 这个接口主要是定义了同步数据库的方法,具体代码如下: package io.mykit.db.sync.provider.sync; import java.sql.Connection...import java.sql.Connection; import java.sql.PreparedStatement; import java.sql.ResultSet; import java.sql.SQLException...开发的功能强大、配置灵活的数据库之间的同步工具,大家可以根据具体需求修改job.xml中的相关配置信息即可实现数据库之前的同步。

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Java Web -【分页功能】详解

分页简介 分页功能在网页中是非常常见的一个功能,其作用也就是将数据分割成多个页面来进行显示。 使用场景: 当取到的数据量达到一定的时候,就需要使用分页来进行数据分割。...当我们不使用分页功能的时候,会面临许多的问题: 客户端的问题: 如果数据量太多,都显示在同一个页面的话,会因为页面太长严重影响到用户的体验,也不便于操作,也会出现加载太慢的问题。...一次性将所有的数据查询出来放在内存之中,每次需要查询的时候就直接从内存之中去取出相应索引区间的数据 优点: 分页的速度比较快 缺点: 可能造成内存溢出 ---- 传统的分页方式 对于假分页的实现方式很简单,只需要准备一个集合保存从数据库中取出的所有数据...---- 后台中的分页 首页在项目中引入上面提到的 Page 工具类,然后我们在 DAO 类中使用 LIMIT 关键字来查询数据库中的信息: public List list() {...-- 注入数据库连接池 --> <!

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Java 18 新功能介绍

Java 18 在2022 年 3 月 22 日正式发布,Java 18 不是一个长期支持版本,这次更新共带来 9 个新功能。...JEP 413:Javadoc 中支持代码片段 在 Java 18 之前,已经支持在 Javadoc 中引入代码片段,这样可以在某些场景下更好的展示描述信息,但是之前的支持功能有限,比如我想高亮代码片段中的某一段代码是无能为力的.../jwebserver -d /Users/darcy/develop/javadocout 访问测试: JEP 416:使用方法句柄重新实现反射核心功能 Java 18 改进了 java.lang.reflect.Method...在 Java 17 中改进了 Vector API 性能,增强了例如对字符的操作、字节向量与布尔数组之间的相互转换等功能。 现在在 JDK 18 中将继续优化其性能。...这是一个孵化功能;需要添加--add-modules jdk.incubator.foreign来编译和运行 Java 代码,Java 18 改进了相关 API ,使之更加简单易用。

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Java实现邮箱验证功能

如题,我们做网站的时候,往往需要用户注册,很多用户选择用邮箱注册,为了获取用户的真实邮箱和防止恶意注册,可能需要做一个邮箱验证,此篇教程就是讲解如何用Java实现邮箱验证功能。...系统根据激活码在数据库中找到相应用户,并将用户状态更改为已激活,最后通知用户激活成功。 项目结构(JavaWeb项目): ? UserDao:数据库操作,包括用户注册、激活状态更改。...JDBCUtils:链接数据库工具类。 User:表的POJO。 ActivationServlet:用于接收激活信息。 RegisterServlet:插入用户信息到数据库中,并发送激活邮件。...UserDao:数据库操作,包括用户注册、激活状态更改。...package com.hao.validate.dao; import java.sql.Connection; import java.sql.PreparedStatement; import

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融合基因功能预测数据库

点击蓝字 关注我们 昨天我们介绍的融合基因查询的数据库,可以查询发生基因融合的基因。由于发生了基因融合,所以就相当于形成了新的基因,对于这种基因的功能是什么,昨天的数据库没有介绍。...1 数据库分析流程 由于要分析融合基因的功能,所以第一步就是要选择分析哪些融合基因的功能。这里作者纳入了三个数据库当中和肿瘤相关的融合基因。...最终收集到了48000个融合基因,进一步作者对这这些融合基因进行肿瘤相关的功能注释。 ? 2 主要注释内容 对于这些的融合基因,作者进行了多种功能的注释。 通过开放阅读框进行功能注释。...对其基因功能变化进行了注释。 以及对下游的基因表达的变化的注释。 ? 3 数据库使用 对于数据库的使用而言,比较简单,我们输入我们想要查看的和某一个基因有关的融合基因即可。...4 数据下载 另外这个数据库提供了所有相关数据的下载,如果想要查看某一个方面的所有数据库的话,可以来下载具体的数据。 ?

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