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    医学生信文献第10期:一篇肿瘤领域入门必读综述——新一代癌症标志物

    在人类肿瘤的多 级发展过程 形成的六 个生物功 能构成了癌症的 特征。这些 特征为分析复 杂的肿瘤性疾病 提供了一个 组织原则。这六个 特征包括:持久 的增殖信号 ;对生长抵 制基因 的逃避;细胞死 亡受阻;寿 命无限;血 管发生 ;激活浸润和转 移。基因组的不稳定构成了这些特征的基因, 基因的不稳 定还造成了 基因的 多样化,基因的 多样化又加速了它们特 征的获 取和炎症的出现 ,从而形成 一系列特征 性功能 。最近十年来, 概念的发展 又为肿瘤增 加了两 个新特性——重 构能量的代 谢和避免免疫破坏 。除癌特征外, 肿瘤还表现 出另外一方 面的复 杂性:它们包含一系列吸引来的,看起来貌似正常的细胞,这些细胞通过营造“肿瘤微环境” 从而使其获得了 肿瘤特征。人类癌症治 疗途径 的发展将会受到 这些概念的 广泛应用意 识的影响。

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    Alphafold 3 这么牛,如何使用,一文 get! | MedChemExpress(MCE)

    Alphafold 3,一种新的革命性的人工智能 (AI) 模型,将以前所未有的准确性预测包含更广泛的生物分子,包括配体、离子、核酸和修饰残基的复合物的结构。与现有预测方法相比,Alphafold3 预测蛋白与其他生物分子相互作用的准确性有至少 50% 的提升,对于某些重要的相互作用类别,预测准确度甚至翻了一番。Alphafold3 架构Alphafold3 是通过对 AlphaFold 2 架构和训练过程的重大演进实现的,既适应更一般的化学结构,又提高了学习数据的效率。该系统通过用更简单的 Pairformer 模块替换 AlphaFold 2 的 Evoformer 来减少多序列比对(MSA)处理的数量。此外,它通过使用扩散模块直接预测原子坐标,取代了 AlphaFold 2 中作用于氨基酸特定框架和侧链扭转角的结构模块。扩散过程的多尺度性质(低噪声水平促使网络改善局部结构)还使我们能够消除立体化学损失,并且在网络中大部分特殊处理键合模式,轻松适应任意化学组分。

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