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circRNA蛋白编码能力预测

☛circRNA的形成、功能、与癌症的关联 ☛circRNA研究综述+研究工具推荐 ☛【收藏】23个circRNA数据库网址 我们知道很多circRNA其实是由exon构成的,exon是有编码能力的...,因此我们可以推测很多circRNA应该是有编码蛋白能力的。...事实上,也已经有文献报道过 ☛circRNA可翻译成蛋白质 那么除了直接检测circRNA的蛋白产物,我们能否大规模的预测circRNA的编码蛋白的能力呢?答案是肯定的。...目前已经有很多用于预测circRNA编码能力的生物信息学工具。 下图总结了预测circRNA编码能力的一些生物信息学工具。...CPAT(编码潜能评估工具)是一种无需比对的算法,可以使用逻辑回归基于四个序列特征来区分编码和非编码转录本。结合这些工具进行编码电位预测,可以在很大程度上减少误报。

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CPAT:转录本蛋白编码能力预测软件

对于转录组测序的数据而言,组装得到转录本之后,首先要做的就是区分蛋白编码和非蛋白编码的RNA。...目前针对这一问题,有多种解决方案,基本可以分为以下两类 alignment-based alignment-free 第一种算法基于序列比对,可以较好的识别保守性较好的蛋白编码基因, 包括CPC,PhyloCSF...等软件; 第二种算法不需要比对,而是通过coding和non-coding转录本的序列特征来进行区分,包括CNCI, CPAT, PLEK等。...lncRNA在物种间的保守性较差,另外部分lncRNA的染色体位置和蛋白编码基因存在重叠,通过序列比对的方式来区分容易造成误判。...最后一列给出了转录本的蛋白编码信息,yes代表该转录本为protein-coding转录本,no代表该转录本为noncoding转录本。

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java包分类包括java.*,sun.*

最近在学习Class加载的过程,无意中看到ClassLoader中有sun开头的类,甚是奇怪,随知孤陋寡闻了,不由感叹到java果然博大精深,在下拜服。...特此记录一番,以方便同辈人士观之 1. java.* JavaSE的标准库,是java标准的一部分,是对外承诺的java开发接口,通常要保持向后兼容,一般不会轻易修改。...包括其他厂家(IBMJDK/HPJDK/OpenJDK)在内,所有jdk的实现,在java.*上都是一样的。....* 也是java标准的一部分,但是没有包含在标准库中,一般属于标准库的扩展。通常属于某个特定领域,不是一般性的api。 ...此上两者都属于java标准库,公有的API,遵循java平台规范, 3. com.sun.* 是sun的hotspot虚拟机中java.* 和javax.*的实现类。

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java编码规范

Java编码规范是指为了提高代码的可读性、可维护性、可扩展性等方面的规范性要求。 源文件名 每个源文件只包含一个公共类或接口。 源文件名应该与公共类或接口的名称完全匹配。...源文件名应该以.java作为扩展名。 示例:假设有一个名为Person的公共类,那么源文件名应该为Person.java编码 使用 UTF-8 编码。 每行不超过 80 个字符。...编码规范的一部分,可以参考Oracle官方文档 异常处理 不要捕获 Throwable,应该只捕获实际需要处理的异常。...编码规范的一部分,具体内容可以根据需要和实际情况进行适当调整。...遵循Java编码规范可以使代码更加易于阅读、理解和维护,提高代码的质量和可靠性。

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java编码规范

java编码规范(日常编码总结,规范项目组员有统一的规范,方便合作,查错,重构等)当你抛弃规范随心所意的写代码时,等你之后再回来阅读时真有的一种全部删掉重写的冲动。...源代码文件以文件内容中的最顶层的Java类命名,而且大小写敏感,文件扩展名为 .java,同时,文件的编码格式统一为UTF-8。 12....【推荐】下列情况,声明成 final 会更有提示性: 1) 不需要重新赋值的变量,包括类属性、局部变量。 2) 对象参数前加 final,表示不允许修改引用的指向。 3) 类方法确定不允许被重写。...【强制】异常信息应该包括两类信息:案发现场信息和异常堆栈信息。如果不处理,那么通过关键字 throws 往上抛出。... ReqAddQhFailNumHandler.java │   │   ├── ReqDecomposeHandler.java │   │   └── ReqZyqhHandler.java Field

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Java - 字符编码

最早的字符集是ASCII,使用一个字节进行存储字符,8位一共可以表示256个字符,而ASCII只使用了其中的128位,即0~127位,这128位里面包括了常用的英文字符以及标点符号。...Unicode是一个几乎包括了世上所有字符的字符集,每个字符都有一个对应的独一无二的Unicode码,比如聊天时使用的emoji表情字符,GitHub上也可以通过 :grin: 这种写法来输出emoji...Java就是使用的这个编码来存储字符,中文和英文都是两个字节(即char这个基础数据类型),所以Java是双字节编码。 UTF-16LE,使用两个字节进行存储的小端编码。...: 1 编码:GB18030;字节数 : 1 编码:ISO-8859-1;字节数 : 1 编码:UTF-8;字节数 : 1 编码:UTF-16;字节数 : 4 编码:UTF-16BE;字节数...;字节数 : 2 编码:GB18030;字节数 : 2 编码:ISO-8859-1;字节数 : 1 编码:UTF-8;字节数 : 3 编码:UTF-16;字节数 : 4 编码:UTF-16BE

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java编码规范

java编码规范(日常编码总结,规范项目组员有统一的规范,方便合作,查错,重构等)当你抛弃规范随心所意的写代码时,等你之后再回来阅读时真有的一种全部删掉重写的冲动。...源代码文件以文件内容中的最顶层的Java类命名,而且大小写敏感,文件扩展名为 .java,同时,文件的编码格式统一为UTF-8。 12....【推荐】下列情况,声明成 final 会更有提示性: 1) 不需要重新赋值的变量,包括类属性、局部变量。 2) 对象参数前加 final,表示不允许修改引用的指向。 3) 类方法确定不允许被重写。...【强制】异常信息应该包括两类信息:案发现场信息和异常堆栈信息。如果不处理,那么通过关键字 throws 往上抛出。... ReqAddQhFailNumHandler.java │   │   ├── ReqDecomposeHandler.java │   │   └── ReqZyqhHandler.java Field

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编码规范 - 养成良好的Java编码习惯

最近在整理公司编码规范方面的内容,2017年阿里巴巴发布了编码规范插件,强烈建议大家安装使用,好的编码习惯是通往成功的阶梯。...SpringBoot整合SpringDataJPA 004 SpringDataJPA 核心技术 全面讲解SpringDataJPA核心技术 文档目录 注释规范 类注释 方法注释 行级注释 DTO/Param注释 编码规范...三、异常日志规范 异常规约 Java 类库中定义的可以预判断来规避RuntimeException,不应该采用try {} catch(Exception e){}来处理。...logger.debug("do something."); } else if (condition2) { logger.debug("do other thing."); } 系统异常包括两大类...正确示例: logger.error(参数或对象.toString() + "_" + e.getMessage(), e); 写在最后 强烈建议IDEA开发工具安装使用阿里巴巴国际编码规约插件,为良好的编码习惯打下基础

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Java编码问题

编码:规定每个“字符”分别用一个字节还是多个字节存储,用哪些字节来存储,这个规定就叫做“编码” 平常我们所说的“字符集”,比如:GB2312, GBK, JIS 等,除了有“字符的集合”这层含义外,同时也包含了...“编码”的含义。...解决办法:为了解决各个国家因为本地化字符编码带来的影响,就把全世界所有的字符统一进行编码---Unicode 编码,此时某一个字符在全世界任何地方显示都是固定的,比如汉字 哥,在任何地方都是以十六进制...Unicode 的字符编码都占有两个字节。 UTF-8   是一种针对 Unicode 的可变长度字符编码,又称为 万国码,是 Unicode 的实现方式之一。...互联网工程工作小组(IETF)要求所有互联网协议都必须支持 UTF-8 编码 字符的编码与解码 信息在计算机网络中传输是以字节的形式。那么如何变为字节?这就是编码的过程。

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Java--编码问题

ISO-8859-1 扩展了ASCII码,但仍然是单字节编码,总共能表示256个字符。 GB2312 全称《信息技术  中文编码字符集》,是双字节编码。...Java使用UTF-16作为内存的字符存储格式。 UTF-8 UTF-16统一采用两个字节来表示一个字符,虽然简单方便,但会造成空间浪费。UTF-8采用变长技术,每个编码区域有不同的字码长度。...Java中需要编码的场景: I/O操作中存在编码 Reader和Writer是字符流,InputStream和OutputStream是字节流。...内存操作中存在编码 Java中提供了Charset类,该类中的encode()和decode()方法分别对应char[]到byte[]的编码和byte[]到char[]的编码: Charset charset...ByteBuffer byteBuffer = charset.encode(string); CharBuffer charBuffer = charset.decode(byteBuffer); Java

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最速提升Java编码技能

提升编码技能最快速的方式莫过于有一位老司机在旁边手把手指导(即时反馈),但是这并不现实!不过可以使用一些辅助工具,时刻帮助我们发现编码中可能存在的问题!...Intellij IDEA IDEA是最重要、最有效的工具,可以编码的时候实时检测代码,并给出改进意见。...比如如下代码: import java.util.ArrayList; import java.util.List; /** * Hello world!...Findbugs检测结果 Alibaba Java Coding Guidelines 阿里出品的代码风格及最佳实践的插件,推荐安装,效果如下图 ?...image.png 总结 利用上面的工具,可以帮助Coder更快地掌握良好的编码习惯和技巧,几乎避免了所有低级的错误。(十毛编码超过5年了,还是非常有帮助)。

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Java 字符编码与解码

那么计算机在显示的时候就为乱码或是别的字符 解决办法:为了解决各个国家因为本地化字符编码带来的影响,就把全世界所有的字符统一进行编码---Unicode 编码      此时某一个字符在全世界任何地方显示都是固定的...Unicode 的字符编码都占有两个字节   ④、UTF-8   是一种针对 Unicode 的可变长度字符编码,又称为 万国码,是 Unicode 的实现方式之一。...编码中的第一个字节仍与 ASCII 兼容,这使得原来处理 ASCII 字符的软件无须或只需做少部分修改,即可继续使用。因此,它逐渐成为电子邮件、网页及其他存储或传送文字的应用中,优先采用的编码。...这就是编码的过程。那么计算机接收了这个编码,如何让使用者认识呢?那必须要将字节转换为人所识别的字符串形式,这就是解码的过程。   ...编码:将字符串转换为 byte 数组   解码:把 byte 数组转换为 字符串 注意:①、编码格式和解码格式必须一致,否则乱码 String str = new String("Aa帅锅"); /

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Java编码最佳实践(补充Effective Java)

《Effective Java》是提升编码技巧的必备书籍,但是并没有囊括所有的技巧,本文补充一些工作中经常用到的编码技巧 最佳实践 不要使用FileReader和FileWriter FileReader...和FileWriter无法指定编码方式,容易收到环境的影响,建议使用 try (InputStreamReader reader = new InputStreamReader(new FileInputStream...这些加密算法已经被破解或者通过彩虹表的方式间接破解了,存在安全隐患 使用StandardCharset.UTF_8 读写字符流在指定UTF-8编码时,有很多种方式,其中StandardCharset.UTF...SecureRandom(SecureRandom.getSeed(4)); 使用%n而不是\n %n可以产生平台特定的换行符,兼容性更好 参考 Random vs Secure Random numbers in Java

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