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    GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

    1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。...本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 环境:linux系统 2....3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...5.5 使用plink将bed文件转化为map和ped文件 plink --bfile tassel.test.vcf2plink --recode --out result 结果生成:result.ped...32792755 8 10000345 0 17865885 9 10007113 0 127852320 10 10007668 0 19391507 另外,可以编写R代码,提取map文件,将代码转化

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    python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

    MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化的任务。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式

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    java中字符串String格式转化成json格式

    一、将Sting转为Json 在开发中,经常是前端发送一串数据过来之后,是通过一个参数带着一串值过来,这一串值是String 格式的,但是里面的内容其实是json格式类型的,所以拿到值之后就要将该值转化成...json格式,然后获取里面指定的key就可以拿到该值了。...JSONObject jsonObject = JSON.parseObject(tt); 这样就可以将一串参数转化成json对象了,然后通过下面指定的key获取特定的值,如下面所示 String imei...= (String) jsonObject.get("imei"); 在返回数据中,要经常返回指定的json格式,我用的是如下所示: Mapmap=new HashMap<...24); String userJson = JSON.toJSONString(user); 输出结果: {"age":24,"userName":"李四"} 反序列化 反序列化就是把JSON格式的字符串转化

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    在线Plist文件格式转Json文件格式

    在线Plist文件格式转Json文件格式 Plist文件是一种用于存储应用程序配置信息的文件格式,其中包含应用程序的各种设置和数据。在过去,Plist文件通常是以 .plist 格式存储的。...然而,随着时间的推移,人们开始使用 JSON 格式来存储更复杂的数据结构和数据。如果您需要将 Plist 文件转换为 JSON 格式,可以使用在线工具或命令行工具。...本文将为您介绍如何使用在线工具将 Plist 文件转换为 JSON 格式。 在Mac上做开发的一般都知道plist文件,它是后缀为.plist的一种文件形式。...复制转换后的代码,其实此时它就已经是json格式了,为了更直观,我们打开键入json.cn,把复制的代码粘贴在左侧,右侧就是格式后的json数据。...由于 plist 文件是 XML 格式,因此可以使用 appuploader 工具将其转换为二进制格式,然后再上传到 App Store。

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