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根据id快速提取fastq序列

根据fastq序列的id,从原始fastq中提取序列这个操作,应该是大家在处理序列文件的过程中经常遇到的。如果大家用过Biopython,应该知道Bio模块在做fastq这些文件的处理时非常方便。...还是举个例子比较好,我从比对筛选过滤之后的bam文件中提取了第一列序列名,保存为id.name文件,想根据这个id文件从原始的fastq文件(单端)raw.fastq中把序列提出来。...这里id.name中id数目42万左右,raw.fastq序列数1000万左右: $ wc -l id.name426648 id.name$ wc -l raw.fastq 41867248...name"])#input id file id.name name=sys.argv[1].split(".")[0]#prefix of output filename_list=set(df_id...id.name raw.fastqpython3 extract_fastq_reads_by_bam_id.py id.name 156.89s user 4.10s system 102% cpu

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Android根据资源名获取资源ID

接触过Android开发的同学们都知道在Android中访问程序资源基本都是通过资源ID来访问。这样开发起来很简单,并且可以不去考虑各种分辨率,语言等不同资源显式指定。...痛点 但是,有时候也会有一些问题,比如我们根据服务器端的值取图片,但是服务器端绝对不会返回给我们的是资源id,最多是一种和文件名相关联的值,操作资源少的时候,可以维护一个容器进行值与资源ID的映射,但是多的话...便捷的方法 在这种情况下,使用文件名来得到资源ID显得事半功倍。 通过调用Resources的getIdentifier可以很轻松地得到资源ID。...imageResIdByAnotherForm = 2130837504;musicResId=2130968576;notFoundResId =0 看一看API 直接API 这个方法用来使用资源名来获取资源ID...defType和defPackage省略时,需要将其设置成null 注意这个方法不提倡,因为直接通过资源ID访问资源会更加效率高 如果资源没有找到,返回0,在Android资源ID中0不是合法的资源ID

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ORACLE:根据id查询所有子孙数据,或者根据id查询所有父数据(start with connect by prior)

. ---> 最常见的例子就是省市区一体表,就是通过id、pid、level来进行控制,从而一张表来存储数据.我们进行拿数据的时候,不用再连表拿取,直接通过(start with connect by...INSERT INTO REGION VALUES ('11', '绍兴市', '3', '2'); INSERT INTO REGION VALUES ('12', '西湖区', '3', '3'); 三、根据...id查询所有的子数据 需求:我输入山东省的id,会把山东省及下面的市区都查询出来 select * from REGION start with id = 2 connect by prior id...= pid -- prior 右边是子级id,就往子级的方向查询 ORDER BY id; 结果展示 四、根据id查询所有的父数据 需求:我输入黄岛区的id,会把黄岛区及其所在的市省国查询出来 select...* from REGION start with id = 8 connect by prior pid = id -- prior 右边是父id,就往父级的方向查询 ORDER BY id; 结果展示

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基因类型注释根据基因ID就好了

生物信息学数据库种类繁多,其中基因ID是很多人比较困惑的,尤其是很多产品居然还不是基因ID的问题,比如表达芯片是探针,所以我策划了一系列ID转换教程,见文末!...我的包里面有一个函数大家比较感兴趣,就是为什么可以根据基因ID拿到其染色体坐标呢?而且还可以得到其基因类型。...(IDs, ID_type) annoGene(IDs, ID_type,out_file ='tmp.html') annoGene(IDs, ID_type,out_file ='tmp.csv')...你可以指定ID_type,目前只能是选择 "ENSEMBL" or "SYMBOL",然后这个函数就会为你进行ID转换及坐标,还有基因类型的注释。...配合着详细的介绍: 第三个万能芯片探针ID注释平台R包 第二个万能芯片探针ID注释平台R包 第一个万能芯片探针ID注释平台R包 GEO数据库中国区镜像横空出世 因为这些包暂时托管在GitHub平台,但是非常多的朋友访问

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