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    GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

    1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。...本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 环境:linux系统 2....3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...5.5 使用plink将bed文件转化为map和ped文件 plink --bfile tassel.test.vcf2plink --recode --out result 结果生成:result.ped...32792755 8 10000345 0 17865885 9 10007113 0 127852320 10 10007668 0 19391507 另外,可以编写R代码,提取map文件,将代码转化

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    GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

    大家好,我是邓飞,今天介绍一下hapmap格式的数据,如何变为plink格式的数据。 1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。...但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。...文件格式 3.1 hapmap格式:genotype.hmp.txt 行头: rs# alleles chrom pos strand assembly# center...3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...格式说明链接:http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#ped bed格式的文件, 主要包括SNP的信息, 包括个体ID, 系谱信息, 表型和SNP的分型信息

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    python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

    MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化的任务。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。

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    【详解】Java实现视频格式转化

    Java实现视频格式转化在当今数字化时代,视频已成为我们日常生活和工作中不可或缺的一部分。不同的设备和平台可能支持不同的视频格式,因此,视频格式转换的需求也日益增长。...Java作为一种广泛使用的编程语言,其强大的跨平台特性和丰富的库支持使得它成为实现视频格式转换的理想选择。本文将介绍如何使用Java实现视频格式转换。...以下是一个简单的示例,演示如何将一个MP4视频转换为AVI格式:import org.bytedeco.javacv....通过设置不同的输出格式和编码参数,我们可以实现将视频转换为不同的格式。在这个例子中,我们将MP4视频转换为AVI格式,并使用了H.264视频编码。你可以根据需要修改这些参数来实现不同的转换需求。...你可以使用任何支持AVI格式的视频播放器来播放和测试它。如果你想尝试其他格式转换,只需修改输入和输出文件的路径以及相应的格式和编码参数即可。

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    java中字符串String格式转化成json格式

    一、将Sting转为Json 在开发中,经常是前端发送一串数据过来之后,是通过一个参数带着一串值过来,这一串值是String 格式的,但是里面的内容其实是json格式类型的,所以拿到值之后就要将该值转化成...json格式,然后获取里面指定的key就可以拿到该值了。...JSONObject jsonObject = JSON.parseObject(tt); 这样就可以将一串参数转化成json对象了,然后通过下面指定的key获取特定的值,如下面所示 String imei...= (String) jsonObject.get("imei"); 在返回数据中,要经常返回指定的json格式,我用的是如下所示: Mapmap=new HashMap<...24); String userJson = JSON.toJSONString(user); 输出结果: {"age":24,"userName":"李四"} 反序列化 反序列化就是把JSON格式的字符串转化为

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    【专业技术】图像格式转化规律探秘

    存在问题: 搞视频编解码的童鞋对此深刻理解,但是好多小伙伴在andriod或其他嵌入上做启动动画时候图像是如何转化存在一定的疑惑。 解决方案: 针对这些问题我们来简单了解了解。...在视频等相关的应用中,YUV是一个经常出现的格式。本文主要以图解的资料的形式详细描述YUV和RGB格式的来由,相互关系以及转换方式,并对C语言实现的YUV转为RGB程序进行介绍。...于是,结合人眼睛的敏感程度,使用3个字节(3*8位)来分别表示一个像素里面的Red,Green和 Blue的发光强度数值,这就是常见的RGB格式。...在RGB24格式中,对于宽度为w,高度为h的画面,需要w*h*3个字节来存储其每个像素的rgb信息,画面的像素数据是连续排列的。...在YUV格式中,以YUV420格式为例。宽度为w高度为h的画面,其亮度Y数据需要w*h个字节来表示(每个像素点一个亮度)。而Cb和Cr数据则是画面中4个像素共享一个Cb,Cr值。

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