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GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。...本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 环境:linux系统 2....3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...5.5 使用plink将bed文件转化为map和ped文件 plink --bfile tassel.test.vcf2plink --recode --out result 结果生成:result.ped...32792755 8 10000345 0 17865885 9 10007113 0 127852320 10 10007668 0 19391507 另外,可以编写R代码,提取map文件,将代码转化

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python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化的任务。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式

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java中字符串String格式转化成json格式

一、将Sting转为Json 在开发中,经常是前端发送一串数据过来之后,是通过一个参数带着一串值过来,这一串值是String 格式的,但是里面的内容其实是json格式类型的,所以拿到值之后就要将该值转化成...json格式,然后获取里面指定的key就可以拿到该值了。...JSONObject jsonObject = JSON.parseObject(tt); 这样就可以将一串参数转化成json对象了,然后通过下面指定的key获取特定的值,如下面所示 String imei...= (String) jsonObject.get("imei"); 在返回数据中,要经常返回指定的json格式,我用的是如下所示: Mapmap=new HashMap<...24); String userJson = JSON.toJSONString(user); 输出结果: {"age":24,"userName":"李四"} 反序列化 反序列化就是把JSON格式的字符串转化

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【专业技术】图像格式转化规律探秘

存在问题: 搞视频编解码的童鞋对此深刻理解,但是好多小伙伴在andriod或其他嵌入上做启动动画时候图像是如何转化存在一定的疑惑。 解决方案: 针对这些问题我们来简单了解了解。...在视频等相关的应用中,YUV是一个经常出现的格式。本文主要以图解的资料的形式详细描述YUV和RGB格式的来由,相互关系以及转换方式,并对C语言实现的YUV转为RGB程序进行介绍。...于是,结合人眼睛的敏感程度,使用3个字节(3*8位)来分别表示一个像素里面的Red,Green和 Blue的发光强度数值,这就是常见的RGB格式。...在RGB24格式中,对于宽度为w,高度为h的画面,需要w*h*3个字节来存储其每个像素的rgb信息,画面的像素数据是连续排列的。...在YUV格式中,以YUV420格式为例。宽度为w高度为h的画面,其亮度Y数据需要w*h个字节来表示(每个像素点一个亮度)。而Cb和Cr数据则是画面中4个像素共享一个Cb,Cr值。

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