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int a; int* a; int** a; int (*a)[]; int (*a)(int)

a) int a;表示一个内存空间,这个空间用来存放一个整数(int); b) int* a;表示一个内存空间,这个空间用来存放一个指针,这个指针指向一个存放整数的空间,即a)中提到的空间; c) int...e) int (*a)(int);表示一个内存空间,这个空间用来存放一个指针,这个指针指向一个函数,这个函数有一个类型为int的参数,并且函数的返回类型也是int。...(可以结合函数指针一并看看......) int*p[4]------p是一个指针数组,每一个指向一个int型的 int (*q)[4]---------q是一个指针,指向int[4]的数组。...int (*q)[4]的存储结构如下: 请看以下定义: int a[2][4]={ {2,5,6,8},{22,55,66,88}}; int c[4]={5,8,9,4}; int d[3...)a:与(int&;)a_(int)-专业指导文档类资源-CSDN文库

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blast比对

一、序列比对 序列比对是整个生物信息的核心,因为几乎每个生物信息分析过程都需要用到序列比对。判断两个基因或两段基因组片段是否相似是序列分析的基本工作。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对;可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略,因此,同样的一段序列,采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...全局比对与局部比对 例如我们现在有两条序列 S1 和 S2,如果采用全局比对,会得到这种比对效果,而采用局部比对,序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为是局部比对,所以只要序列之间出现同源区域就可以,而不用考虑整体,因此,blast 比对结果就会出现很多多对多的比对。也容易出现很多较差的比对,一个基因与另一个基因分成多份比对结果。

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序列比对:多序列比对与MAFFT

需要注意的是多序列比对问题是双序列比对问题的推广,并非多条序列之间两两比对。...多序列比对算法 相比于双序列比对,多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...渐进多序列比对首先使用动态规划算法构建全部k个序列的个双序列配对比对,然后以记分最高的配对比对作为多序列比对的种子,按记分高低依次选择序列,逐渐向已构造的多序列比对中加入序列,形成一个树状结构的多序列比对结果...,用来确定向多序列比对中添加新序列的次序; ③以计分最高的配对比对作为多序列比对的种子,并根据指导树向这对序列的比对中插入序列,一步步构建完整的多序列比对。...如果一开始选择的两条序列比对与实际上的最优多序列比对不一致,那么初始的配对比对中的错误在整个多序列比对构造中始终存在并持续传播;在比对的任何阶段出现的失配时,这些失配不会被纠正而是被传播到最终结果;最糟糕的情况是配对比对可能无法组成一个相容的多序列比对

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序列比对:双序列比对与BLAST

今天首先为大家介绍双序列比对,也即两条序列(或者多条序列两两之间)进行的比对,常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...双序列比对算法 ⑴基本算法(LCS算法) 序列比对实质上是一个路径寻找问题,若有序列v=ATGTTAT和w=ATCGTAC两个短序列,其比对过程可以用下图表示: 从(0,0)到(7,7),每穿过一个顶点相当于成功匹配一个碱基...双序列比对所需要的计算时间和内存空间与这两个序列的长度有关,或者说正比于这两个序列长度的乘积,用O(mn)表示。 双序列比对工具 常用的双序列比对工具有BLAST、FASTA、diamond等。...最终对比对结果也即score足够高的HSPs进行显著性分析,将输入序列与一系列长度相等的随机序列进行比对,其分值符合Gumbel极值分布,在这种随机情况下,获得比当前比对得分高的随机序列条数的期望称为expectation...,不适合outfmt大于4的情况,默认为500 -num_alignments:对于每个输入序列,在结果中显示的高分比对结果的详细比对情况数目,默认为250 -line_length:结果中详细比对情况的行的长度

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全局比对

而局部比对则不同,两条亲缘关系较远的DNA 或氨基酸可能只在一些片段上相似,这就需要找到这些相似性的片段,和其相应的匹配方式。通常这样的分析就需要进行局部比对,而不是全局比对。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对;可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略,因此,同样的一段序列,采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...例如我们现在有两条序列 S1 和 S2,如果采用全局比对,会得到这种比对效果,而采用局部比对,序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为,局部比对的话,遇到大的空位往往就断开了,例如上面的例子,采用局部比对的算法中,只追求局部的最优比对,而不会考虑整体的空位等。所以,基因组的大片段的插入或者缺失检测,可以使用全局比对软件。

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C# int int16 Int32 Int64的介绍

C# int int16 Int32 Int64的介绍 今天看到别人的代码中用到Int32,UInt32相关,想到自己平时用的都是int类型整数,就心生好奇的翻了一下资料: ---- Int32 值类型表示值介于...Int16 值类型表示值介于 -32768 到 +32767 之间的有符号整数。...类型 范围 大小 .NETFramework 类型 short [-2^15 , 2^15 -1] 有符号16位数 System.Int16 int 关键字表示一种整型,该类型根据下表显示的大小和范围存储值...类型 范围 大小 .NETFramework 类型 int [-2^31 , 2^31 -1] 有符号32位数 System.Int32 long 关键字表示一种整型,该类型根据下表显示的大小和范围存储值...类型是unsigned int派生出来的 int是带符号的,表示范围是:-21474 83647 到 21474 83648 uint是不带符号整形,表示范围是0到42949 67295(2^32-1)

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序列比对(一)全局比对Needleman-Wunsch算法

前言 序列比对是生信领域的一个古老课题,在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性,在比对的时候允许插入缺失,所以往往是一种不精确匹配。...全局比对算法 所谓全局比对算法,就是根据一个打分矩阵(替换矩阵)计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了,我们只需看看其中的关键点及实现代码。...关键点 打分矩阵: 选用不同的打分矩阵或者罚分分值会导致比对结果不同,常用BLAST打分矩阵。 计算比对最高得分的算法: 常用动态规划算法(Needleman-Wunsch算法)。 ?...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 打印出最高得分相应的序列比对结果: 根据得分矩阵回溯,如果最优比对结果有多个,全部打印出来。...i, const int j, char* s, char* r, char* saln, char* raln, int n) { int k; pUnit p = a[i][j];

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