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VALSE Webinar总结及问答记录

罗平,2011至14年港中文攻读博士师从汤晓鸥和王晓刚,16至17年商汤研究院访问任研究总监,18年港中文研究助理教授。近5年发表论文70余篇Google Scholar引用4700余次。其工作具开创性,例如最早把深度学习用于行人、人脸分割、与人脸生成(CVPR12, ICCV13, NIPS14);首先提出CNN求解MRF用于语义分割等 (ICCV15, PAMI16);其人脸关键点工作(ECCV14, PAMI15)是多任务深度学习的代表性工作。他主导建立多个数据集如DeepFashion,CelebA,ComprehensiveCar和WIDERFace等。近期提出深度神经网络白化与归一化方法,例如GWNN (ICML17), EigenNet (IJCAI17), Switchable Normalization (arXiv:1806.10779), BN Regularization (arXiv:1809.00846) 与Kalman Normalization (NIPS18)等。

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学界 | 超越何恺明等组归一化 Group Normalization,港中文团队提出自适配归一化取得突破

AI 科技评论:港中文最新论文研究表明目前的深度神经网络即使在人工标注的标准数据库中训练(例如 ImageNet),性能也会出现剧烈波动。这种情况在使用少批量数据更新神经网络的参数时更为严重。研究发现这是由于 BN(Batch Normalization)导致的。BN 是 Google 在 2015 年提出的归一化方法。至今已有 5000+次引用,在学术界和工业界均被广泛使用。港中文团队提出的 SN(Switchable Normalization)解决了 BN 的不足。SN 在 ImageNet 大规模图像识别数据集和 Microsoft COCO 大规模物体检测数据集的准确率,还超过了最近由 Facebook 何恺明等人提出的组归一化 GN(Group Normalization)。原论文请参考 arXiv:1806.10779 和代码 https://github.com/switchablenorms

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中国药科大学姜虎林AM:一种无害-有害可切换的持续的漆酶(LAC)介导的杀伤策略用于可激活的化学动力学治疗

化学动力学疗法(CDT)利用Fenton反应催化剂通过将细胞内的过氧化氢(H2O2)转化为羟基自由基(OH•)来杀死肿瘤细胞。虽然有很多通过补充H2O2来提高CDT治疗效果的研究,但关注超氧自由基(O2−•)在CDT中的应用的研究较少,而这可能会带来更好的疗效。关于O2−•介导的CDT的一个主要问题是,它可能会诱导正常组织发生严重的氧化损伤,这可以通过使用可降解的O2−•清除剂来解决。在此,中国药科大学姜虎林构建了一种无害-有害可切换的持续的漆酶(LAC)介导的杀伤策略(HULK),这是第一个由LAC介导的O2−•生成加速的CDT试剂,由于O2−•清除剂FeCe6的光降解,具有无害-有害的可切换效应。

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Hiplot boosts publication-ready biomedical data visualization

Modern web techniques provide an unprecedented opportunity for leveraging complex biomedical data generating in clinical, omics, and mechanism experiments. Currently, the functions for carrying out publication-ready biomedical data visualization represent primary technical hurdles in the state-of-art omics-based web services, whereas the demand for visualization-based interactive data mining is ever-growing. Here, we propose an easy-to-use web service, Hiplot (https://hiplot.com.cn), equipping with comprehensive and interactive biomedical data visualization functions (230+) including basic statistics, multi-omics, regression, clustering, dimensional reduction, meta-analysis, survival analysis, risk modeling, etc. We used the demo and real datasets to demonstrate the usage workflow and the core functions of Hiplot. It permits users to conveniently and interactively complete a few specialized visualization tasks that previously could only be done by senior bioinformatics or biostatistics researchers. A modern web client with efficient user interfaces and interaction methods has been implemented based on the custom components library and the extensible plugin system. The versatile output can also be produced in different environments via using the cross-platform portable command-line interface (CLI) program, Hctl. A switchable view between the editable data table and the file uploader/path selection could facilitate data importing, previewing, and exporting, while the plumber-based response strategy significantly reduced the time costs for generating basic scientific graphics. Diversified layouts, themes/styles, and color palettes in this website allow users to create high-quality and publication-ready graphics. Researchers devoted to both life and data science may benefit from the emerging web service.

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Nat Biotechnol | 杨弋团队报道RNA光遗传学工具,可时空精确操纵活细胞RNA代谢与功能

生物遗传中心法则是指遗传信息从DNA传递给RNA,再从RNA传递给蛋白质,即完成遗传信息的转录和翻译的过程。然而在过去的几十年里,生命科学的舞台一直被 DNA 和蛋白质霸占。DNA 负责遗传信息存储,蛋白质负责基因指令执行,而 RNA只是承担中间环节遗传信息传递者的配角。随着人类基因组信息的解析,人们发现只有2%的人类基因组编码蛋白质,更有约98%的基因组意义不明,甚至被认为是“垃圾”DNA。随着生命科学的不断发展,这些看似“垃圾”的DNA却能产生大量的非编码RNA,而这些RNA发挥着至关重要的生物学功能,几乎参与所有重要的细胞生命过程,与多种重大疾病的发生和发展密切相关。

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