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    Genome Biology | VIPER:在单细胞RNA测序中为精确的基因表达恢复进行保留变异的插

    为了评估插精度,对于“dropout”导致的零,本实验在下采样计算了插补数据与原始数据之间的相关性。对于由于丰度低和下采样导致的零点,本实验计算下采样插补数据与原始数据之间的L1损耗。...基因表达热图显示,在批量RNA测序数据中几乎没有零项,但在插的原始scRNA-seq数据中有很大比例的零。此外,scRNA-seq数据显示每个细胞亚群的细胞间存在大量的基因表达差异。...为了量化插后的数据集中的跨细胞基因表达变异,本实验依次计算每个基因插后的跨细胞变异系数 (CV),并将其与插非零值的CV进行比较。...本实验认为,对于一个给定的基因,如果细胞间的零值都是由于“dropout”事件,那么可以预期插后的CV与插的CV相似——因为插的数据将遵循与插的非零值相同的分布。...反之,如果所有的零值都是因为基因表达水平低,那么认为插后的CV会高于插的CV,因为插的数据通常会低于非零值。因此,用合适的方法进行插后的CV等于或高于插的CV。

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    Bioinformatics | scTSSR:使用双向稀疏自表示来恢复单细胞RNA测序的基因表达

    图3 下采样实验对插方法的评价 3.3 通过差异表达分析评估插的准确性 本文对原始数据和插补数据进行了差异表达分析,以说明插方法的性能。...本实验只考虑数据集中2000个高可变的基因,将批量RNA测序的结果与插之后得出的结果作对比。图4A 绘制了所有插方法的ROC曲线以及曲线的面积AUC,可以看出scTSSR优于其他所有方法。...另外,以来自批量RNA测序数据的通过调整后的P值排列的400个基因为准则,计算了从批量RNA测序数据计算出的调整P值与从插补数据计算出的P值之间的PCC (图4B),scTSSR的表现优于其他方法。...图4 通过差异表达分析评价插方法 3.4 通过细胞聚类评估插的准确性 本实验提取了四个数据集:Pollen、IPSC、Guo、PBMC中的每一个的2000个高可变基因,利用SC3进行细胞聚类分析。...由图6中可以看出,scTSSR的POS 和Kendall’s rank相关分数得到所有方法中两名。由于scTSSR不要求数据矩阵是低秩的,所以它在细胞聚类和轨迹推断方面都有很好的表现。 ?

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    Python通配符一览

    #%.2s意思是截取字符串的2个字符,所以%.2s的打印结果是he print "string=%.2s" % string # output: string=he #%.7s意思是截取字符串的...*s来表示精度,两个*的值分别在后面小括号的两位数值指定 print "string=%*....: num= 014 #%05.3d是两种补齐方式的综合,当整数的位数不够3时,先在左侧0,还是不够5位时, #由于是05,再在左侧0,最终的长度选数值较大的那个,所以%05.3d的打印结果还是...*d来表示精度,两个*的值分别在后面小括号的两位数值指定 #如下,不过这种方式04就失去0的功能,只能补空格,只有小数点后面的3才能0 print "num=%*....*f来表示精度,两个*的值分别在后面小括号的两位数值指定 #如下,不过这种方式06就失去0的功能,只能补空格 print "PI=%*.

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    Python之%s%d%f

    #%.2s意思是截取字符串的2个字符,所以%.2s的打印结果是he print ("string=%.2s" % string) # output: string=he...#%.7s意思是截取字符串的7个字符,当原字符串长度小于7时,即是字符串本身, #所以%.7s的打印结果是hello print ("string=%.7s" % string)...*s来表示精度,两个*的值分别在后面小括号的两位数值指定 print ("string=%*....*d来表示精度,两个*的值分别在后面小括号的两位数值指定 #如下,不过这种方式04就失去0的功能,只能补空格,只有小数点后面的3才能0 print ("num=%*....*f来表示精度,两个*的值分别在后面小括号的两位数值指定 #如下,不过这种方式06就失去0的功能,只能补空格 print ("PI=%*.

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    R语言︱缺失值处理之多重插——mice包

    大致的步骤简介如下: 缺失数据集——MCMC估计插成几个数据集——每个数据集进行插建模(glm、lm模型)——将这些模型整合到一起(pool)——评价插模型优劣(模型系数的t统计量)——输出完整数据集...每个完整数据集都是通过对原始数据框中的缺失数据进行插而生成的。 由于插有随机的成分,因此每个完整数据集都略有不同。...#多重插法处理缺失,结果转存 library(lattice) #调入函数包 library(MASS) library(nnet) library(mice) #三个包是mice的基础 imp=mice...(PMM,预测均值法常见)、插的变量有哪些、预测变量矩阵(在矩阵中,行代表插变量,列代表为插提供信息的变量, 1和0分别表示使用和未使用); 同时 利用这个代码imp$imp$sales 可以找到...(详情可help(mice)获取信息) 使用这些插方法对数据有严格的要求,比如贝叶斯线性回归等三个模型都需要数据符合numeric格式,而PMM、cart、rf任意格式都行。

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    BMC Bioinformatics | DrImpute:在单细胞RNA测序数据中插“dropout”事件

    所有的零值可以分为四种情况:(1) 真阳性 (TP,被插的“dropout”事件),(2) 真阴性 (TN,未被插的真实零值),(3) 假阳性 (FP,被插的真实零值),(4) 假阴性 (FN,未被插的...本实验观察到在经过插后的混淆矩阵中出现了更清晰的对角线模式,ARI从0.55提高到0.72。图2c显示了t-SNE/kms在小鼠植入胚胎数据集上预测的细胞标签和细胞簇的混淆矩阵。...图3c显示了使用t-SNE的小鼠植入胚胎的细胞表达谱。结果显示使用DrImpute对scRNA-seq数据进行预处理后,早期、中期和晚期囊胚阶段的细胞区分更加清晰,准确度从84%提高到96%。...dropout”事件和插“dropout”事件的伪时间推断性能,这三个数据集包括小鼠植入胚胎发育数据 (Deng),人类植入胚胎发育数据 (Petropoulos) 和小鼠早期中胚层发育数据 (Scialdone...图4c用独立分量分析 (independent component analysis, ICA) 在二维空间中描述了人类植入胚胎的单个细胞数据,其伪时间轨迹使用Monocle来推断。

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    计算机基础之位运算 | 按位取反

    位运算符包括取反、按位或、按位异或、按位与;对于比特位还可以进行移位,左移运算,向左进行移位操作,高位丢弃,低位 0;右移运算,向右进行移位操作,对无符号数,高位 0,对于有符号数,高位符号位。...取反运算,0 则变为 1,1 则变为 0,如 ~ 1 0 0 1 1 ----------------------------- 0 1 1 0 0 << 左移运算,向左进行移位操作,高位丢弃,低位...0100 0000 >> 右移运算,向右进行移位操作,对无符号数,高位 0,对于有符号数,高位符号位,如 unsigned int a = 8; a >> 3; 移位:0000 0000 0000...0000 第二次:计算: 1000 0110 1101 0000 计算后: 1000 0110 1100 0000 第二次:计算: 1000 0110 1100 0000 计算后: 1000 0110...(正数补码同反码) - 取反 : 1111 0110 (全位0变1,1变0) - 算反码 : 1111 0101 (末位减1) - 算原码 : 1111 1010 (其他位取反) 总结规律: ~x

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    位运算符按位取反_计算机基础常见问题讨论

    位运算符包括取反、按位或、按位异或、按位与;对于比特位还可以进行移位,左移运算,向左进行移位操作,高位丢弃,低位 0;右移运算,向右进行移位操作,对无符号数,高位 0,对于有符号数,高位符号位。...—————————– 0 1 0 1 0~ 取反运算,0 则变为 1,1 则变为 0,如~ 1 0 0 1 1 —————————– 0 1 1 0 0> 右移运算,向右进行移位操作,对无符号数,高位 0,对于有符号数,高位符号位,如unsigned int a = 8; a >> 3; 移位:0000 0000 0000 0000...0000 第二次:计算: 1000 0110 1101 0000 计算后: 1000 0110 1100 0000 第二次:计算: 1000 0110 1100 0000 计算后: 1000 0110...) – 取反 : 1111 0110 (全位0变1,1变0) – 算反码 : 1111 0101 (末位减1) – 算原码 : 1111 1010 (其他位取反) 总结规律: ~x = -(x+1)

    50810

    Nature Communications | 一种适用于单细胞RNA测序数据的准确可靠的插方法

    代表需要插的基因; ? 代表有精确表达的基因,其中t为阈值。插补过程就是使用B中的基因插A中的基因: ? ?...基于两个主成分 (PC) 计算的群集内平方和从完整数据中的94增加到原始数据中的2646。但是,在应用scImpute之后,阐明了150个细胞之间的关系。...第一个是小鼠植入胚胎的较小数据集。它包含来自10个发育阶段的268个scRNA-seq图谱。部分由于“dropout”事件的缘故,原始计数矩阵中70.0%的读取计数为零。...通过scImpute插的数据可以缓解此问题,并且两个细胞之间的Pearson相关性从0.72增加到0.82。 本实验通过研究两个PC的聚类精度来比较插结果。...MAGIC给出了清晰的发育阶段模式,但是由于许多处于同一阶段的细胞两个PC中的得分几乎相同,因此具有丢失生物学上有意义的变异的高风险。scImpute是唯一能够检测离群细胞的方法。

    3.5K31

    python %s%d(古代汉语中字的用法)

    #%.2s意思是截取字符串的2个字符,所以%.2s的打印结果是he print "string=%.2s" % string # output: string=he #%.7s意思是截取字符串的...*s来表示精度,两个*的值分别在后面小括号的两位数值指定 print "string=%*....: num= 014 #%05.3d是两种补齐方式的综合,当整数的位数不够3时,先在左侧0,还是不够5位时, #由于是05,再在左侧0,最终的长度选数值较大的那个,所以%05.3d的打印结果还是...*d来表示精度,两个*的值分别在后面小括号的两位数值指定 #如下,不过这种方式04就失去0的功能,只能补空格,只有小数点后面的3才能0 print "num=%*....*f来表示精度,两个*的值分别在后面小括号的两位数值指定 #如下,不过这种方式06就失去0的功能,只能补空格 print "PI=%*.

    65610

    实现 Base64 的编码解码

    Base64 原理 Base64 除去位符=共有64个字符(即26) 可表示二进制 000000至111111之间的数字,共六个比特位。...>>向右移动,前面0, 如 104 >> 2即 01101000=> 00011010 &与运算,只有两个操作数相应的比特位都是 1 时,结果才为 1,否则为 0。...chr1 的后 2 位 + chr2的 4 位 enc3 = ((chr2 & 15) > 6),取 chr2 的后 4 位 + chr3的 2 位 enc4 = chr3...6 比特位作为 base64 字符 1 的索引         enc1 = chr1 >> 2;         // 取 chr1 的后2位,在末尾 chr2 的 4 位作为 base64 字符... 2 的索引         enc2 = ((chr1 & 3) > 4);         // 取 chr2 的后 4 位,在末尾 chr3 的 2 位作为 base64

    1.7K71

    数车加工如何重装基准刀?

    基准刀指的是执行G50建立刀具工作坐标系的刀具,当加工过程中由于刀具过度磨损或崩断不得不重新更换,新刀具在加工,必须重新对刀。...对刀的方法有两种: 方法1:用新刀重新执行G50建立新的工作坐标系,此做法较为直观,但也带来后续的繁琐工作其它刀也必须跟着重新对刀并设置刀,建立其相对基准刀的位置偏差。这里不再赘述。...方法2:对新刀巧设刀(无需重建G50),使其工作坐标与编程坐标相吻合,这样,只需对新刀进行处理即可。...因此Z方向刀值应设定为-10.0。(刀值=绝对坐标 - 实测值)。同理,无刀状态下用刀尖轻碰外圆,记录此时的X方向绝对坐标值(例如X=+46)测量该段外圆直径为Φ30(即编程坐标X为+30)。...将绝对坐标(+46)-测量值(+30)=+16设定为X向刀即可。具体分析不再赘述。

    65110

    JAVA字符串格式化-String.format()的使用

    “%(f”, -99.99) (99.990000) # 如果是浮点数则包含小数点,如果是16进制或8进制则添加0x或0 (“%#x”, 99) (“%#o”, 99) 0x63 0143 < 格式化一个转换符所描述的参数...的使用,星期全称 System.out.printf("本地星期的简称:%tA%n",date); //C的使用,年前两位 System.out.printf("年的两位数字...:September 本地月份全称:九月 英文星期的简称:Mon 本地星期的简称:星期一 年的两位数字(不足两位前面0):20 年的后两位数字(不足两位前面0):12 一年中的天数(即年的第几天)...(前面不0) 3 M 2位数字的分钟(不足2位前面0) 03 S 2位数字的秒(不足2位前面0) 09 L 3位数字的毫秒(不足3位前面0) 015 N 9位数字的毫秒数(不足9位前面0) 562000000...):11 2位数字12时制的小时(不足2位前面0):11 2位数字24时制的小时(前面不0):11 2位数字12时制的小时(前面不0):11 2位数字的分钟(不足2位前面0):03 2位数字的秒

    1.3K30

    如何更好的使用G70指令?

    1、在G71及G73指令运行结束后修改刀,保证产品的加工精度G71粗加工结束后先暂停,通过修改刀调整好误差后继续用G70加工,具体编程操作为: G71U_R_; G71 P_Q_U_W_F_; …精加工程序...…; M00; T__ __; G70 P_Q_; 注: A.程序运行到M00指令时进给停止,可以改为JOB状态停止主轴旋转,测量工件直径,修改刀,之后重新旋转主轴,改为AUTO状态自动加工; B....程序中在G70应有程序T×××,重新调用刀,使程序按修改后的刀加工,否则改刀失去意义。...也可以按A步骤多次修改刀即(程序如下): G71U_R_; G71 P_Q_U_W_F_; …精加工程序…; M00; T__ __; G70 P_Q_; M00; T__ __; G70 P_Q...这里的修改刀应该注意,如之前留有精加工余量U0.3W0,粗加工后测量值为X向大了0.4,说明误差为大了0.1,则应修改刀:补正U-0.1。

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    领券