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bam文件读入R,并且转为grange对象

有成熟的R包可以bam文件读入R,比如Rsamtools,很简单的代码: library(Rsamtools) bamFile="alignResults.BAM" quickBamFlagSummary...grange对象就需要一点点技巧,下面演示如何创建grange对象samtools等命令行工具有多复杂的功能和技巧, 那么这个R包就可以多复杂,如果你学习足够努力,那就发一个你比较Rsamtools和samtools...关于 grange对象 三年前我在生信菜鸟团博客就多次强调过这个重点了,在R里面处理生物信息学数据是躲不过这个定义的,有点类似于各式各样的生物信息学文件格式,是一个标准。...对这个grange对象也会有很多很多的方法,假设有一个grange对象命名为exon_txdb,来自于代码 library("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene") txdb...package "S4Vectors"] with 4 slots,有93个染色体信息,以及每条染色体上面有多少个外显子信息 ranges(exon_txdb)返回外显子的起始终止位点,长度,以及其它信息,也是一个对象

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jquery.ajax()怎么获取来的内容转为JSON,并使用。

现在越来越多的接口调用返回的数据类型为json数据类型,所以我们在写网页的时候通过AJAX调用数据的话可以通过设置JQ的属性 dataType : "json", 来设置返回数据的格式。...设置了这个属性之后我们就可以按JSON格式使用AJAX返回的内容。...alert(a.errmsg); console.log(a); } }); 假设在以上AJAX中我们得到的 a 的内容为一个...JSON字符串 {"errcode":xxx,"errmsg":"xxxxxxxxxxxxxx"}, 在浏览器的控制器中我们可以看到当触发AJAX时,控制器中返回一个数组。...这是我自已已经踩过的坑,因为格式没写好折腾大半夜才找出问题,所以我的经验分享出来警示大家。良好的代码习惯真的会给你节省大量的开发时间,切记。

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js数组、jsonjs对象的区别与联系

最近在敲代码时,遇上了一个关于JS数组的问题,由此引发了关于对象json的联想,曾经觉得很畅顺的知识点突然模糊了。于是,为了理清这些东西,有了如下这篇文章。...理清这些问题,第一步当然是找到他们的概念:js所有事物都是对象:字符串、数值、数组、函数…此外,JavaScript允许自定义对象 (1)JS数组,常态为var a = [1,2,3]的格式,用文字来形容就是一个有序数列...(2)自定义js对象,这里我构造一个json相似的对象来找到区别,这里写了两种构造方法 var person = {key:“value”} var person = new object();...记得上面概念里,js所有事物都是对象,那么我们完全可以json对象当做js对象的子集,string只是js对象的key的数据类型中的一个选项 额外说一点,js里面是没有键值对数组这一说的,现有的这种键值对数组...,即map json格式常用于数据传输方面,其他情况遇到类似json对象的形式,可以它当成是特殊的js对象来处理,例子如下 var a = { “star”:{“img”:require

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js如何将json字符串转成json对象_前端json字符串转json对象

”: “man” }’; JSON对象: var str2 = { “name”: “cxh”, “sex”: “man” }; 一、JSON字符串转换为JSON对象 要使用上面的str1,必须使用下面的方法先转化为...JSON对象: //由JSON字符串转换为JSON对象 var obj = eval(‘(‘ + str + ‘)’); 或者 var obj = str.parseJSON(); //由JSON字符串转换为...JSON对象 或者 var obj = JSON.parse(str); //由JSON字符串转换为JSON对象 然后,就可以这样读取: Alert(obj.name); Alert(obj.sex);...特别注意:如果obj本来就是一个JSON对象,那么使用eval()函数转换后(哪怕是多次转换)还是JSON对象,但是使用parseJSON()函数处理后会有问题(抛出语法异常)。...例如: var last=obj.toJSONString(); //将JSON对象转化为JSON字符 或者 var last=JSON.stringify(obj); //将JSON对象转化为JSON

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JS系列2-怎么一个对象当做数组使用

怎么一个对象当做数组使用? 我们知道在JS对象和数组的操作方式是不一样的,但是我们可以通过封装,给对象加一层包装器,让它可以和数组拥有同样的使用方式。...Object.keys 看一下MDN上的解释: Object.keys() 方法会返回一个一个给定对象的自身可枚举属性组成的数组,数组中属性名的排列顺序和正常循环遍历该对象时返回的顺序一致。...也就是Object.keys可以获取对象的所有属性名,并生成一个数组。...最新的对象代理方式,用于创建一个对象的代理,从而实现基本操作的拦截和自定义(如属性查找、赋值、枚举、函数调用等)。...,默认返回值为37 无操作转发代理 使用Proxy包装原生对象生成一个代理对象p,对代理对象的操作会转发到原生对象上。

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