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GBS hapmap 格式化为Plink格式方法

1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。...本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 环境:linux系统 2....3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...所在的染色体和所在染色体的坐标. 1, map文件没有行头 2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置, 碱基对坐标 染色体编号为数字, 未知为0 SNP名称为字符或数字, 如果不重要...5.5 使用plink将bed文件转化为map和ped文件 plink --bfile tassel.test.vcf2plink --recode --out result 结果生成:result.ped

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python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。

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在Excel中如何匹配格式化为文本的数字

标签:Excel公式 在Excel中,如果数字在一个表中被格式化为数字,而在另一个表中被格式化为文本,那么在尝试匹配或查找数据时,会发生错误。 例如,下图1所示的例子。...图1 在单元格B6中以文本格式存储数字3,此时当我们试图匹配列B中的数字3时就会发生错误。 下图2所示的是另一个例子。 图2 列A中用户编号是数字,列E中是格式为文本的用户编号。...图3 为了成功地匹配数据,我们应该首先获取要匹配的数字,并以数据源的格式对其进行格式化。在这个示例中,可以借助TEXT函数来实现,如下图4所示。...图5 列A中是格式为文本的用户编号,列E中是格式数字的用户编号。现在,我们想查找列E中的用户编号,并使用相对应的列F中的邮件地址填充列B。...图7 这里成功地创建了一个只包含数字的新文本字符串,在VALUE函数的帮助下将该文本字符串转换为数字,然后将数字与列E中的值进行匹配。

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python获取当前时间时间戳_python将时间戳转化为时间格式

经常遇到处理时间与获取当前时间,之前记录了一版Scala版本的,现在记录一下Python版本的: Tip: 导入类 import time import datetime 一.获取时间 1.获取当前时间...这里的 format = ‘%Y%m%d’ 需要根据自己的时间格式进行自定义修改。...(t * 1000000)) 2.获取指定时间时间戳 这里同样需要注意对应的 format 格式 t = ‘20210101’ t = int(time.mktime(time.strptime(t,”...通过时间偏移量 datetime.timedelta()决定要增减的时间,然后 +/- 即可,下面使用了两种模式,都可以达到目的。...# 获取时间 now = datetime.datetime.now() # 时间增加 now_plus_one_day = now + datetime.timedelta(days=+1) # 时间减小

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MapInfo图层格式ArcGIS图层格式

>工具->通用转换器 或者上面两步可以简化成一步: 直接进入我的电脑C:\Program Files\MapInfo\Professional\UT, 运行:IMUTGUI.EXE 三、 设置转换格式和文件目录...不管采取上面的哪一种途径,都会弹出下面的“通用转换器”对话框: 选择从 源MapInfo TAB格式文件转换成 目标ESRI Shape格式文件。...否则会出现乱码的转换错误提示,可能是这个软件对中文的支持不是太好吧。 2.源文件可以一次选择多个一起转换。...但根据友好的图标就可以知道是转换成功了,因为如果出现其它情况(比如,源文件的路径文件夹命名含有中文时),就会出现错误的提示框如下图: 如果出现转换成功的提示界面,那么恭喜你了,你已经成功将MapInfo TAB格式图层文件转换成...ArcGIS格式的图层文件了,文件可以在你设置的目标目录下去找到。

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