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空间转录组都绘制了哪些图谱

,了解了空间转录组各种方法的技术原理/优缺点,空间转录组的应用等信息,其中空间转录组的应用范围覆盖构建空间转录组图谱和描绘胚胎发育/空间蓝图等。 空间转录组都绘制了哪些图谱?...01人类心脏发育全器官尺度单细胞基因表达时空图谱 研究人员采集妊娠早期三个阶段(4.5–5,6.5,9周)的心脏组织样本,依次采用空间转录组学(ST)、单细胞转录组测序(scRNA-seq)和原位靶向测序技术...空间转录组学鉴定出与每个发育阶段的不同解剖区域相对应的独特基因图谱。单细胞RNA测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。...内三个胚层构建空间转录组,建立起百科全书式全基因组的时空表达数据库(http://egastrulation.sibcb.ac.cn/),此数据库实现了小鼠早期胚胎所有表达基因高分辨率的数字化原位杂交图谱...eGastrulation数据库:  http://egastrulation.sibcb.ac.cn. 03人类鳞状细胞癌组成和空间结构的多模式图谱 研究人员结合单细胞转录组测序、空间转录组及多路复用离子束成像技术

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安全知识图谱 | 绘制软件供应链知识图谱,强化风险分析

本文为安全知识图谱技术技术白皮书《践行安全知识图谱,携手迈进认知智能》精华解读系列第七篇,介绍了知识图谱相关技术如何在软件供应链安全领域应用。...考虑到以上传统技术体系的不足,我们结合软件供应链的关联特性,基于知识图谱方式,对软件供应链安全进行风险分析。 软件供应链知识图谱构建 以当前组织为切入点,收集软件供应链上下游的依赖关系。...图2 软件供应链知识图谱 风险识别 结合软件供应链安全知识图谱,采用不一致性进行判断。可以通过设定查询模式,找出在知识图谱中本应相同却不同、本应不同却相同的实体。...通过知识图谱中软件的引用关系,可以分析得到环境中受到影响的终端PC。...03总结 知识图谱能够很好地表现出软件供应链安全中的依赖和使用关系,且能够利用自身特性发现其中的风险。

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Fabric.js 自由绘制椭圆

这是我参与「掘金日新计划 · 6 月更文挑战」的第2天,点击查看活动详情 本文简介 点赞 + 关注 + 收藏 = 学会了 本文讲解在 Fabric.js 中如何自由绘制椭圆形,如果你还不了解 Fabric.js...,可以查阅 《Fabric.js从入门到精通》。...所以我们可以先把框选时的边框和背景色设置成透明,然后再框选时监听鼠标点击、移动、松开的事件,从而绘制出一个椭圆。...点击时的坐标在移动时的左上方 点击时的坐标在移动时的右上方 点击时的坐标在移动时的右下方 这4种情况我在 《Fabric.js 自由绘制矩形》 里逐一分析过,可以去看看(记得点个赞哦~) 编码 在理清思路后...代码仓库 ⭐Fabric.js 自由绘制椭圆

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Nature|单细胞多组学绘制小鼠新皮质发育图谱

本研究中,作者采用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序以及空间转录组技术,单细胞多组学的结合生成了发育中的小鼠新皮质的综合图谱绘制了整个小鼠皮质发生过程中所有细胞类型的发育轨迹,确定了伴随个体细胞类型谱系规范的纵向分子动力学...结 果 1.综合图谱绘制 小鼠整个皮质发生期包括:对称分裂的神经上皮细胞阶段(E10.5和E11.5)、生第6层和第5层兴奋性神经元产生阶段(E12.5和E13.5)、第4层和2/3兴奋性神经元产生阶段...图谱的细胞类型映射到相应发育阶段。...接着,URD轨迹树还绘制了神经元和神经胶质类的分化轨迹上不同的转录变化。...图5 Fezf2 抑制CFuPN获得胼胝体(CPN)表型 结 论 研究者在整个胚胎皮质发生和产后早期对新皮质进行采样,联合使用单细胞转录组测序、空间转录组测序和单细胞染色质可及性分析,绘制了皮质发育的图谱

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使用D3.JS进行坐标轴绘制和图绘制

前面已经说过D3的功能十分强大,但是往往实际使用时只需要用到一部分内容,在这里,就只用到了 比例尺 和 布局 两部分,外加 核心 的请求部分(请求数据),分别用来绘制Graph的显示坐标轴和图的顶点及边...绘制坐标轴 传统坐标轴 这里指的是 第一象限 的坐标轴,即两轴的坐标均为正数,坐标原点为(0,0) 具体可以看 这里,说的比较详细。...attr('class', 'axis') .attr("transform","translate("+0.5*svgWidth+",0)") // 平移到竖直中间 .call(yAxis); 绘制图...(circle+line) 关于图的绘制,本质上就是圆点和线的绘制,所以这也解释了为什么输入文件中的边数据也需要包含坐标的原因,因为在d3中绘制顶点和绘制边是互不相关的。...边的颜色 .attr('stroke-width', function() { return 0.2; // 边的宽度(粗细) }); 数据读入 在数据读取方面,d3.js

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Gephi绘制微博转发图谱:以“@老婆孩子在天堂”为例

一、前言 以前看过一篇提取《釜山行》剧本中人物,并用Gephi绘制关系图谱的文章,因此想用Gephi绘制下微博转发情况,借此来换个角度看看微博内容是怎么扩散的。...另外一个选定这则微博,而非其他更具娱乐性、更能蹭热点的话题的原因,是一直没能为林先生干点什么,因此如果能将转发图谱绘制出来,并和《爬取张佳玮138w+知乎关注者:数据可视化》一文一样登上网站首页被加入今日看点的话...三、数据处理 想要用Gephi绘制网络图谱,最重要的就是知道每条网络的起点和终点,即Source和Target,以及所有这些点所组成的Id。...以上就是用Gephi绘制微博转发图谱的内容,还是那句话,由于跑不动软件的算法,虽然最后得到的图也还行,但操作不算完整。...再是,基本完成用Gephi绘图和前期找到转发的节点,并将数据处理成相应格式的步骤,在没使用过Gephi的情况下,熟悉了下将近5w条节点和边的数据绘制成网络图谱的流程,也对微博转发和扩散的方式有了不同角度的认知

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浙大团队《Nature》发文,世界首个人类细胞图谱成功绘制

图 | 一张单细胞水平的人类细胞图谱 该研究团队的成果建立了人类细胞图谱的基本框架。...梁廷波团队和黄河团队等联合在《Nature》上发表研究成果,该成果名为“Construction of a Human Cell Landscape at Single-cell Level”,论文显示该团队成功绘制了世界首个人类细胞图谱...据了解,该研究团队对60种人体组织样品和7种细胞培养样品进行了Microwell-seq高通量单细胞测序分析,系统性地绘制了跨越胚胎和成年两个时期,涵盖八大系统的人类细胞图谱。...针对图谱对医学临床的帮助,郭国骥表示,“我们现在建立的是正常细胞的单细胞转录组的数据库,可以用于再生医学种子细胞的鉴定。未来如推广到疾病细胞图谱,便有可能运用到疾病的单细胞水平诊断上。...细胞图谱的数据对于理解疾病的发生有重要意义,但临床治疗方面的应用尚需要更多的积累。”

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单细胞转录组绘制人与小鼠白色脂肪组织的细胞图谱

作者利用单细胞转录组提供了人类和小鼠皮下和内脏白色脂肪的细胞图谱,发现了脂肪细胞、脂肪干细胞和祖细胞、血管和免疫细胞的亚群,并证明了物种和饮食条件之间的共性和差异。...人体白色脂肪组织图谱 使用传统的单细胞处理方法无法处理大而脆弱的成熟脂肪细胞,于是作者采用了两套不同策略:单核测序 (sNuc-seq )和全细胞Drop-seq,组织类型涉及皮下 (SAT) 和内脏...小鼠白色脂肪组织图谱 小鼠是研究脂肪组织生物学的常用模型,因此作者使用了喂食高脂肪饮食(HFD)13周的模型,其中包括对腹股沟脂肪组织(ING)(对应于人类SAT)、雄性性腺周围脂肪组织(PG)和雌性卵巢周围脂肪组织

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