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获取基因有效长度N种方法

我总结了几种获取基因有效长度(或非冗余总外显子长度、总转录本长度方法,现整理如下: 一、从上游输出文件结果中获取基因有效长度 一般而言,RNA-seq得到原始counts表达矩阵最常用到上游软件就是...之前一直以为featureCountsLength只是单纯基因长度,后来经过多种方法比较后发现其实Length这一列就已经是基因有效长度了...在文章后面我也会展示这几种方法比较结果) 因此,最方便做法就是在下游获取...首先看看从gtf文件中获取基因有效长度两种方法是否有差异。...gtf中获取efflen比较 总结: 获取基因有效长度最简便方法是直接从featureCounts或salmon输出文件中提取。...在没有上游原始输出文件情况下,也可以采取直接从gtf文件中计算方法,获取每个基因非冗余外显子总长度得到基因有效长度

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如何获取染色体长度

我们在做基因组或者转录组数据分析时候,经常需要用到染色体长度。今天我们就来聊聊如何获取染色体长度。...我们以人为例,给大家介绍两种不同方法,都要用到著名公共数据库UCSC(https://www.genome.ucsc.edu/) 方法一 1.在UCSC主页上,点击Genomics, 2....然后点击human图标,当然如果需要获取其他物种染色体长度,这里就点击其他物种图标 3.点击View sequences,你就会看到下面这张表 这张表拖到最底下,你会发现有Download as...file,可以把这张表下载到本地 用文本编辑器打开如下,第一列是染色体号,第二列是每一条染色体长度。...下载hg38.chrom.sizes这个文件即可,跟上面一种方法得到结果是一样

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WPF 获取下载内容长度

本文告诉大家如何获取一个下载内容长度 在 WPF 可以通过 System.Net 类进行下载资源,如下载一张图片 http://image.acmx.xyz/lindexi%2F2018116203842298...可以使用下面的代码,通过 ContentLength 拿到下载内容长度 private async void Button_OnClick(object sender, RoutedEventArgs...ContentLength 就是内容长度,注意很多网站都需要使用 UserAgent 可以从 UserAgentString 找到很多可以使用资源 实际上面的代码可以使用 HEAD 代替 get...,同时有更好阅读体验。...欢迎转载、使用、重新发布,但务必保留文章署名林德熙(包含链接: https://lindexi.gitee.io ),不得用于商业目的,基于本文修改后作品务必以相同许可发布。

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【类型挑战】获取元祖长度,难度⭐️

Dear,大家好,我是“前端小鑫同学”,长期从事前端开发,安卓开发,热衷技术,在编程路上越走越远~ 知识运用: 目前还用类型unknown,可以看一下抽象类型分配性。...还有必不可少泛型约束。 通过索引形式获取数组类型长度。...题目分析: 题目地址:18-easy-tuple-length 如上图所示我们需要设计一个通用获取数组长度类型工具,当我们传入一个只读数组后返回它实际长度。...题目解答: 测试用例: 测试用例要求tesla长度符合预期4和spaceX长度符合预期5; 当传入数字和字符串时将抛出错误。...@ts-expect-error Length, // @ts-expect-error Length, ] 复制代码 答案及解析: 在Ts类型编程中获取数组长度方式和获取其中一个元素方式一样

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四种获取fasta序列长度方法

在处理fasta序列时候,我们经常需要获取每一条fasta序列长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度方法。 一、awk awk '/^>/{if (l!...fai文件如下,前两列正好就是fasta序列名字和长度。....fai文件每一列具体含义 第一列 NAME : 序列名称,只保留“>”后,第一个空白之前内容; 第二列 LENGTH: 序列长度, 单位为bp; 第三列 OFFSET :...第一个碱基偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行; 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列碱基数, 单位为bp; 第五列 LINEWIDTH : 行宽, 除了最后一行外..., 其他代表序列长度, 包括换行符, 三、seqkit conda install seqkit seqkit fx2tab --length --name --header-line test.fasta

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获取不连续数字中缺数字

且将断号号码找出来。 需求分析 凭证短号规则,也就是这个凭证是通过怎么一个规则来判断短号。最后和产品了解每个公司都有自己规则。不一定是纯数字,也有可能标记有横杠特殊字符等。...砍需求,由于我们在年底进行开发版本是POC版本,并且时间非常紧急(以至于我们每天都要搞到11点)。所以说不用很复杂业务需求,所以最后讨论下来先做为写死数字校验。 所以有了今天这篇文章。...CODOING 其实有很多同学看到这个一串数字断号校验,这有什么可讲呢?简单一批。 刚开始思路:这些数字有可能从零开始,也有可能从一开始,也有可能从。也有可能中间有很多断号等等。。。。...min = (long) objects[0]; min <= max; min++) { integers.add(min); } //返回缺失数字...100个短号那就采用只获取第一个短号 if(max - min > 100){ for (int i = 0; i < nos.size()-1

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java获取string字符串长度_java判断字符串长度

directBuf.hasArray()){ //获取可读字节数 int length = directBuf.readableBytes(); //分配一个新数组来保存具有该长度字节数据 byte...用法 if (heapBuf.hasArray()){ //如果有,则获取对该数组引用 byte[] array = heapBuf.array(); //计算第一个字节偏移量 int offset...compBuf = Unpooled.compositeBuffer(); //获得可读字节数 int length = compBuf.readableBytes(); //分配一个具有可读字节数长度新数组...可以通过Channel(每个都可以有一个不同ByteBufAllocator实例)或者绑定到ChannelHandlerChannelHanlderContext获取一个到ByteBufAllocator...17、Unpooled缓冲区 可能某些情况下,你未能获取一个到ByteBufAllocator调用,对于这种情况,Netty提供了一个简单成为Unpooled工具类,它提供了静态辅助方法来创建未池化

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如何在Bash中获取数组长度

在Bash脚本中,数组是一种常用数据结构,用于存储多个值。在处理数组时,经常需要知道数组长度,即数组中元素个数。本文将详细介绍如何在Bash中获取数组长度方法,以帮助您更好地处理数组操作。...方法一:使用${#array_name[@]}获取数组长度在Bash中,可以使用${#array_name[@]}形式来获取数组长度。这个表达式会返回数组元素个数。...方法二:使用${#array_name[*]}获取数组长度除了${#array_name[@]}之外,还可以使用${#array_name[*]}来获取数组长度。...方法三:使用expr length "${array_name[@]}"获取数组长度另一种获取数组长度方法是使用expr length "${array_name[@]}"命令。...总结在Bash脚本中,获取数组长度是一项常见操作。本文介绍了四种方法来获取数组长度:使用${#array_name[@]}:展开数组为元素列表,并返回列表长度

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两种方法获取python列表长度

但是在这种浮动情况下,我们需要获取列表长度。我们如何获得列表长度或大小?在本教程中,我们将研究获取长度列表不同方法。...()函数获取多维列表长度 在前面的内容中,我们研究了单个维度列表长度。...我们还可以仅通过提供相关子列表索引来获得此列表一维长度长度,如下所示。在此示例中,我们要获取第一个子数组长度。...我们提供子列表元素索引为这是'ismail','elif'并将此子列表长度设为2 使用For循环通过迭代每个元素来计算长度 len()函数提供了一种非常方便,轻松且有效方式来获取数组长度或大小。...len()函数在获取诸如字典之类不同数组类型长度或大小时非常有用。

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matlab获取矩阵和向量长度length和size

matlab获取矩阵和向量长度length和size 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~ 概论 size:获取数组行数和列数 length:数组长度(即行数或列数中较大值) numel:元素总数...size() s=size(A),当只有一个输出参数时,返回一个行向量,该行向量第一个元素时数组行数,第二个元素是数组列数。...[r,c]=size(A),当有两个输出参数时,size函数将数组行数返回到第一个输出变量,将数组列数返回到第二个输出变量。...如果在size函数输入参数中再添加一项,并用1或2为该项赋值,则size将返回数组行数或列数。...其中r=size(A,1)该语句返回时数组A行数, c=size(A,2) 该语句返回时数组A列数。 n=numel(A) 该语句返回数组中元素总数。

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