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获取基因有效长度N种方法

我总结了几种获取基因有效长度(或非冗余总外显子长度、总转录本长度方法,现整理如下: 一、从上游输出文件结果中获取基因有效长度 一般而言,RNA-seq得到原始counts表达矩阵最常用到上游软件就是...之前一直以为featureCountsLength只是单纯基因长度,后来经过多种方法比较后发现其实Length这一列就已经是基因有效长度了...在文章后面我也会展示这几种方法比较结果) 因此,最方便做法就是在下游获取...首先看看从gtf文件中获取基因有效长度两种方法是否有差异。...gtf中获取efflen比较 总结: 获取基因有效长度最简便方法是直接从featureCounts或salmon输出文件中提取。...在没有上游原始输出文件情况下,也可以采取直接从gtf文件中计算方法,获取每个基因非冗余外显子总长度得到基因有效长度

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如何获取染色体长度

我们在做基因组或者转录组数据分析时候,经常需要用到染色体长度。今天我们就来聊聊如何获取染色体长度。...我们以人为例,给大家介绍两种不同方法,都要用到著名公共数据库UCSC(https://www.genome.ucsc.edu/) 方法一 1.在UCSC主页上,点击Genomics, 2....然后点击human图标,当然如果需要获取其他物种染色体长度,这里就点击其他物种图标 3.点击View sequences,你就会看到下面这张表 这张表拖到最底下,你会发现有Download as...file,可以把这张表下载到本地 用文本编辑器打开如下,第一列是染色体号,第二列是每一条染色体长度。...下载hg38.chrom.sizes这个文件即可,跟上面一种方法得到结果是一样

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WPF 获取下载内容长度

本文告诉大家如何获取一个下载内容长度 在 WPF 可以通过 System.Net 类进行下载资源,如下载一张图片 http://image.acmx.xyz/lindexi%2F2018116203842298...可以使用下面的代码,通过 ContentLength 拿到下载内容长度 private async void Button_OnClick(object sender, RoutedEventArgs...ContentLength 就是内容长度,注意很多网站都需要使用 UserAgent 可以从 UserAgentString 找到很多可以使用资源 实际上面的代码可以使用 HEAD 代替 get...,同时有更好阅读体验。...欢迎转载、使用、重新发布,但务必保留文章署名林德熙(包含链接: https://lindexi.gitee.io ),不得用于商业目的,基于本文修改后作品务必以相同许可发布。

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【类型挑战】获取元祖长度,难度⭐️

Dear,大家好,我是“前端小鑫同学”,长期从事前端开发,安卓开发,热衷技术,在编程路上越走越远~ 知识运用: 目前还用类型unknown,可以看一下抽象类型分配性。...还有必不可少泛型约束。 通过索引形式获取数组类型长度。...题目分析: 题目地址:18-easy-tuple-length 如上图所示我们需要设计一个通用获取数组长度类型工具,当我们传入一个只读数组后返回它实际长度。...题目解答: 测试用例: 测试用例要求tesla长度符合预期4和spaceX长度符合预期5; 当传入数字和字符串时将抛出错误。...@ts-expect-error Length, // @ts-expect-error Length, ] 复制代码 答案及解析: 在Ts类型编程中获取数组长度方式和获取其中一个元素方式一样

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四种获取fasta序列长度方法

在处理fasta序列时候,我们经常需要获取每一条fasta序列长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度方法。 一、awk awk '/^>/{if (l!...fai文件如下,前两列正好就是fasta序列名字和长度。....fai文件每一列具体含义 第一列 NAME : 序列名称,只保留“>”后,第一个空白之前内容; 第二列 LENGTH: 序列长度, 单位为bp; 第三列 OFFSET :...第一个碱基偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行; 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列碱基数, 单位为bp; 第五列 LINEWIDTH : 行宽, 除了最后一行外..., 其他代表序列长度, 包括换行符, 三、seqkit conda install seqkit seqkit fx2tab --length --name --header-line test.fasta

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java获取string字符串长度_java判断字符串长度

directBuf.hasArray()){ //获取可读字节数 int length = directBuf.readableBytes(); //分配一个新数组来保存具有该长度字节数据 byte...用法 if (heapBuf.hasArray()){ //如果有,则获取对该数组引用 byte[] array = heapBuf.array(); //计算第一个字节偏移量 int offset...compBuf = Unpooled.compositeBuffer(); //获得可读字节数 int length = compBuf.readableBytes(); //分配一个具有可读字节数长度新数组...可以通过Channel(每个都可以有一个不同ByteBufAllocator实例)或者绑定到ChannelHandlerChannelHanlderContext获取一个到ByteBufAllocator...17、Unpooled缓冲区 可能某些情况下,你未能获取一个到ByteBufAllocator调用,对于这种情况,Netty提供了一个简单成为Unpooled工具类,它提供了静态辅助方法来创建未池化

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【Kotlin】集合操作 ① ( List 创建与元素获取 | 安全获取集合元素 | getOrElse | getOrNull )

文章目录 一、List 创建与元素获取 二、安全获取集合元素 1、getOrElse 函数 2、getOrNull函数 三、List 创建与元素获取代码示例 一、List 创建与元素获取 ----...Kotlin 中集合分为两类 , 只读集合 和 可变集合 ; 调用 listOf 函数 , 可以 直接创建 List 集合 ; 通过 [] 下标可以 直接获取 List 集合元素 ; fun main...() { val list = listOf("Tom", "Jerry") println("${list[0]}") } 上述代码执行结果 : Tom 二、安全获取集合元素 ----...除了使用 [] 下标获取 List 集合元素外 , Kotlin 还提供了 安全获取集合元素 方法 : getOrElse 和 getOrNull 函数 ; 1、getOrElse 函数 List<...则返回调用[defaultValue]函数结果。

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【Python】集合 set ③ ( 集合常用操作 | 清空集合元素 | 获取两个集合差集 | 消除两个集合差集 | 获取两个集合并集 | 计算集合元素数量 | 集合遍历 )

执行结果 : names = {'Tom', 'Jerry', 'Jack'}, type = names = set(), type = 二、获取两个集合差集...- 集合 A 有集合 B 没有 获取两个集合差集 : 集合 A 有集合 B 没有 集合A.difference(集合B) 该函数会得到一个新集合 , 原来 集合 A 和 集合 B 都不变 ; 代码示例...2, 3} {2, 3, 4} {1} 三、消除两个集合差集 - 集合 A 中删除与集合 B 相同元素 消除两个集合差集 : 在集合 A 中删除与集合 B 相同元素 ; 集合A.difference_update...(集合B) 集合 A 被改变了 , 原来 集合 A 中删除了与集合 B 相同元素 ; 集合 B 不变 ; 代码示例 : """ 集合 代码示例 """ num1 = {1, 2, 3} num2...消除参照集合 不变 执行结果 : {1} {2, 3, 4} 四、获取两个集合并集 - 集合 A 与集合 B 合并 获取两个集合并集 : 将 集合 A 与集合 B 中元素合并到一个新集合中 ; 集合

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如何在Bash中获取数组长度

在Bash脚本中,数组是一种常用数据结构,用于存储多个值。在处理数组时,经常需要知道数组长度,即数组中元素个数。本文将详细介绍如何在Bash中获取数组长度方法,以帮助您更好地处理数组操作。...方法一:使用${#array_name[@]}获取数组长度在Bash中,可以使用${#array_name[@]}形式来获取数组长度。这个表达式会返回数组元素个数。...方法二:使用${#array_name[*]}获取数组长度除了${#array_name[@]}之外,还可以使用${#array_name[*]}来获取数组长度。...方法三:使用expr length "${array_name[@]}"获取数组长度另一种获取数组长度方法是使用expr length "${array_name[@]}"命令。...总结在Bash脚本中,获取数组长度是一项常见操作。本文介绍了四种方法来获取数组长度:使用${#array_name[@]}:展开数组为元素列表,并返回列表长度

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两种方法获取python列表长度

但是在这种浮动情况下,我们需要获取列表长度。我们如何获得列表长度或大小?在本教程中,我们将研究获取长度列表不同方法。...()函数获取多维列表长度 在前面的内容中,我们研究了单个维度列表长度。...我们还可以仅通过提供相关子列表索引来获得此列表一维长度长度,如下所示。在此示例中,我们要获取第一个子数组长度。...我们提供子列表元素索引为这是'ismail','elif'并将此子列表长度设为2 使用For循环通过迭代每个元素来计算长度 len()函数提供了一种非常方便,轻松且有效方式来获取数组长度或大小。...len()函数在获取诸如字典之类不同数组类型长度或大小时非常有用。

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C#获取根目录方法集合

获取基目录,它由程序集冲突解决程序用来探测程序集  2、取得Web应用程序根目录方法      方法1、HttpRuntime.AppDomainAppPath.ToString();//获取承载在当前应用程序域中应用程序应用程序目录物理驱动器路径...用于App_Data中获取      方法2、Server.MapPath("") 或者Server.MapPath("~/");//返回与Web服务器上指定虚拟路径相对物理文件路径      方法...();//获取或设置当前工作目录完全限定路径      2、Application.StartupPath.ToString();//获取启动了应用程序可执行文件路径,不包括可执行文件名称     ...其中:以下两个方法可以获取执行文件名称      1、Process.GetCurrentProcess().MainModule.FileName;//可获得当前执行exe文件名。     ...2、Application.ExecutablePath;//获取启动了应用程序可执行文件路径,包括可执行文件名称 获取.net根目录方法 方法1:System.Web.HttpContext.Current.Request.PhysicalApplicationPath

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