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GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用plink格式。...本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式数据转化为plink格式数据。 环境:linux系统 2....3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...所在染色体和所在染色体坐标. 1, map文件没有行头 2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置, 碱基对坐标 染色体编号为数字, 未知为0 SNP名称为字符或数字, 如果不重要...3.2.2 .ped格式 格式说明链接:http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#ped bed格式文件, 主要包括SNP信息, 包括个体ID, 系谱信息

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pcap、binetflow、netflow区别和格式转化

1. pcap与binetflow区别 pcap、binetflow和netflow都是用于网络流量分析工具,但它们有着不同特点和用途。 1)pcap 是一种用于从网络接口捕获数据包标准格式。...pcap 格式文件可以提供非常详细网络流量信息,包括源 IP、目标 IP、协议类型、数据包大小、时间戳等。...2)binetflow 是一种基于 pcap 网络流量分析工具,它可以将 pcap 文件转换为一种更易于分析二进制文件格式。...3)netflow 是一种由思科开发网络流量分析协议。它可以在网络设备上收集数据包元数据,并将其发送到一个集中式收集器进行分析。...pcap 可以提供非常详细网络流量信息,但需要离线分析;binetflow 可以将 pcap 文件转换为更易于分析格式,并提供各种统计报告;netflow 可以在网络设备上进行采集和分析,提供更高级信息

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算法创作|罗马数字转化

前言 力扣(LeetCode)是一个全球挚爱计算成长平台。 问题描述 罗马数字包含以下七种字符:I,V,X,L,C,D和M。...通常情况下,罗马数字中小数字在大数字右边。但也存在特例,例如4不写做IIII,而是IV。数字1在数字5左边,所表示数等于大数5减小数1得到数值4。同样地,数字9表示为IX。...输出:"IV" 示例3: 输入:58 输出:"LVIII" 解决方案 当题目中出现了罗马数字列表,首先要想到便是字典,因为字典中value和key条件关系正好可以对于罗马数字字符转化...,这里就可以得到一组字典,那么再回到题目,仔细观察可以发现,每一个罗马字符所对应数值都是正整数而且可以被5整除(1除外),那么就可以思考,当输入一个数值过后,去把转化字符过程中,是否可以通过整除方式来进行转化...罗马数字转化Python代码 num=int(input())dict_hs={1000:'M',900:'CM',500:'D',400:'CD',100:'C',90:'XC',50:'L',40

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python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化任务。...如果需要转化文件很多,可以借助python中dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化任务。...如果需要转化文件很多,可以借助python中dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...如果需要转化文件很多,可以借助python中dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式

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PCL中点云数据格式之间转化

writer.write ("table_scene_lms400_downsampled.pcd", *cloud_filtered, false); 程序中红色部分就是一句实现两者之间数据转化我们可以看出...:PointXYZ>) 那么依照这种命名风格我们可以查看到更多关于数据格式之间转换成员 (1) void pcl::fromPCLPointCloud(const pcl:PCLPointCloud2...:PointCloud &cloud ) 把pcl::PCLPointCloud数据格式点云转化为...viewer.wasStopped ()) { } */ } 那么对于这一段小程序实现了从发布节点中转化为可以使用PCL可视化函数实现可视化,并不一定要用RVIZ来实现,所以我们分析以下其中步骤...output = *input; pcl::fromROSMsg(output,*cloud); //最重要一步骤实现从ROS到PCL中数据转化,同时也可以直接使用PCL库实现可视化

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使用FFMPEG 实现各种格式互相转化

简单来说,FFmpeg是一个免费多媒体框架,可以运行音频和视频多种格式录影、转换、流功能,能让用户访问几乎所有视频格式,包括mkv、flv、mov,VLC Media Player、Google Chrome...ffmpeg描述 ffmpeg是一个能高速转换视频与音频转换器,同时它还能抓取实时视频和音频。ffmpeg可以使用高质量多相滤镜去转换任意比特率视频。...各个输入和输入文件,在原则上,可以包含多个不同类型数据流(video/audio/subtitle/attachment/data),这些不同类型数据流会依据该文件封装格式而定。...输入文件中选择哪些数据流作为输出文件数据流也都是自动化,若想了解可以参考ffmpeg官网文档关于Stream章节。...在使用输入文件索引指向命令项时,索引值是以0开始计数,如2:3指是第三个输入文件第四个数据流。

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