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    Nat. Mach. Intel. | 基于图神经网络在单细胞ATAC-seq数据上推测转录因子调控网络

    本文介绍由北京卫生服务与输血医学研究所、北京放射医学研究所的Xiaochen Bo研究员团队和Hebing Chen研究员团队联合发表在Nature Machine Intelligence的研究成果。作者开发了一个名为DeepTFni的新计算方法,可在scATAC-seq数据上推测转录因子调控网络(TRN)。通过使用图神经网络,DeepTFni在TRN推测中具有出色的性能,且该方法适用于有限细胞数目情况。此外,通过应用DeepTFni,作者识别了组织发育和肿瘤发生中的枢纽TF,并揭示了混合表型急性白血病相关基因对TRN发生显着改变,而在信使RNA水平上仅存在中度差异。DeepTFni网络服务器易于使用,并为几种流行的细胞系提供预测的TRNs。

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    Shifts Challenge 2022——评估真实数据的稳健性和不确定性

    多发性硬化症 (MS) 是一种使人衰弱、无法治愈和发展的中枢神经系统疾病,对个人的生活质量产生负面影响。据估计,每五分钟就有一个人被诊断出患有 MS,到 2020 年将达到 280 万例,并且 MS 在女性中的患病率是男性的 2 到 4 倍。磁共振成像(MRI)在疾病诊断和随访中起着至关重要的作用。但是,人工注释成本高、耗时且容易出错。基于机器学习的自动方法可以在跟踪 MS 病变时引入客观性,并提高效率。但是,用于机器学习方法训练图像的可用性是有限的。没有完全描述病理学的异质性的公开可用数据集。此外,MRI 扫描仪供应商、配置、成像软件和医务人员的变化导致成像过程的显著变化。在从多个医疗中心收集图像时这些差异会加剧,这表示了基于 ML 的 MS 检测模型的显著分布偏差,从而降低了自动化模型在真实情况下的适用性和稳健性。开发稳健的 MS 病变分割模型对于提高越来越多的 MS 患者可获得的医疗护理的质量和吞吐量是必要的。降低自动化模型在现实条件下的适用性和稳健性。开发稳健的 MS 病变分割模型是非常必要的,这给越来越多的多发性硬化症患者提高了医疗服务的质量。

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