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aglient芯片原始数据处理

以及 oligo包可以处理agilent芯片吗,这个作业难度非常高,不过我们生信技能树优秀讲师:小洁在繁重的授课压力下抽空整理了相关数据处理经验分享给大家,下面看她的表演: 本文讲的是aglient芯片原始数据的处理...GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期,比如是空的,或者是有负值的,那我们就处理一下它的原始数据。aglient的芯片应用也很广泛,举个OSCC的栗子:GSE23558,跟着学习学习。...HealthyControl"),"normal","tumor") group_list <- factor(group_list, levels=c("normal","tumor")) 1.2 读取原始数据...这个原始数据下载,在GEO主页,可能对大家的网络有一点点要求,可以参考:下载GEO数据太慢?

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安捷伦芯片原始数据处理

双通道芯片有时候实验设计挺复杂的,agilent的原始数据数据处理在中文互联网上也不算常见。...本文借助limma的帮助文档,完成一篇使用agilent双色表达分析,研究肺鳞癌早期肿瘤发生和免疫逃避机制的nature的原始数据处理和文章复现。...RG <- read.maimages(txt, source="agilent",green.only = F) 原始数据读进来是一个「RGList」对象,由limma包产生。.../no_normalize_MAplot") #可以看到读入原始数据和画MAplot是限速步骤,因为122个样本量太大了,把读好的数据存成.Rdata方便日后取用 save(RG,GSE_number,...SCC_normal_DEG) DEG_volcano(high_normal_DEG) DEG_volcano(low_normal_DEG) 结果还行 我们这篇推文就到此结束了,内容主要是agilent双色芯片的原始数据读入和预处理

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【Python】json 格式转换 ① ( json 模块使用 | 列表转 json | json 转列表 | 字典转 json | json 转字典 )

json.loads 函数 ,可以将 json 转为 python 列表 / 字典 ; 一、json 格式转换 1、json 模块使用 首先 , 导入 Python 内置的 json 模块 ; import...": "Jerry", "age": 12}] 再后 , 调用 json.dumps 函数 , 将 列表 数据转为 json 字符串数据 ; json_str = json.dumps(data) 最后..., 调用 json.loads 函数 , 将 json 转为 python 数据 ; data = json.loads(json_str) 2、代码示例分析 - 列表转 json 定义一个 Python...(data_list) # 打印 json 字符串结果 print(f"json_str 类型 : {type(json_str)} 值为 {json_str}") # 将 json 转为 Python...}") # 将字典转为 json json_str = json.dumps(data_dict) # 打印 json 字符串结果 print(f"json_str 类型 : {type(json_str

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