在上周的文章KEGG数据库不会下载？了解下API！里，我介绍了基于KEGG API来获得所有基因的id，并通过wget遍历所有id来get基因的序列。...对计算机比较了解或已经尝试过的朋友可能会意识到，虽然KEGG数据库整体并不是很大（原核生物大概5G），但是反复访问API地址耗时甚长！基于国内高校网速现状，全部下载可能需要长达数月甚至一年的时间！...需要注意这里的耗时主要来源于反复访问KEGG API地址而不是下载数据本身，假如可以减少访问次数，那么就能大大缩短KEGG数据库下载时间。...年），而且该数据库支持批量数据下载，其数据库的基因组物种名以及gene id与KEGG是一致的，其FTP地址为ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/KOBAS_3.0_DOWNLOAD...gene id而并没有基因注释信息，如果只想注释KO的话可以根据该序列比对，然后基于文章KEGG数据库不会下载？
相信生物领域的学习者和研究者都或多或少对KEGG数据库有一定的了解，尤其是对研究者，KEGG是十分有力的分析工具。然而需要使用KEGG做大规模比较功能组学研究的人，可能对于KEGG数据库是又爱又恨。...不同于NR、NOG、COG等数据库，KEGG是收费的，似乎不提供数据库的开源下载，这使得大批研究者只能借助一些在线工具。...目前可以肯定的是，KEGG数据库并不提供免费、批量的蛋白序列下载，其官方提供在线分析工具BlastKOALA（https://www.kegg.jp/blastkoala/）等可用于KEGG数据库的注释分析...下面基于KEGG API我们一步步获取最新的KEGG数据库。...这样我们会得到一个包含所有KEGG pathway map的文本文档，通过这一步操作，希望读者明白KEGG API的检索与数据下载方法。
kegg Genome 由organisms，selected viruses 和 Metagenomes 3个数据库构成。...kegg Organisms 数据库收录了有完整基因组序列的物种信息，对于每个物种，有两种表示方法： 三个字母或者四个字母的物种代码， 叫做org code, 比如human对应的org code 为...kegg官网提供的Genome 数据库的构成示意图如下： ?...对于organisms 数据库中的物种，kegg 提供了一个简单的taxonomy 分类体系，和 NCBI 的taxonomy 数据库还是有区别的。 ?...总结 kegg genome 数据库存储物种信息，由organisms , viruses, metagenomes 三个数据库构成。
在前面的两篇文章KEGG数据库不会下载？了解下API！与KEGG数据库下载加速攻略！中介绍了KEGG数据库蛋白序列数据的下载方法，但是在实际操作中发现两个问题： 1....在KEGG数据库中病毒物种的命名并非像细胞生物一样为小写字母的缩写，因此在批量下载时遇到病毒会报错而无法下载，如下所示： 2....在根据蛋白序列id下载序列时会出现下载不完整的情况，这样在最终的合并时就会出现错误。 现针对以上两个问题提供解决方案。...首先针对第一个问题，在KEGG数据库中病毒物种的名称的确没有标准缩写，但是所有病毒可以用缩写“vg”来表示（也即viral genome的缩写），下载方法如下所示： wget -c http://rest.kegg.jp...针对第二个问题，这是wget命令的一个缺陷，我们可以通过判断每个文件的最后是否为换行符\n来判断文件是否下载完整，如下所示： tail -n1 |wc -l 如果文件下载完整
kegg disease 数据库收录了已经报告的各种疾病的信息，每个记录用H Number 唯一标识， 比如H00004。 在kegg 中，将疾病视作分子网络的一个不正常的状态。...对于那些在disease 数据库中已有记录的疾病而言，我们可以查找到该疾病相关的致病基因。 和kegg orthology 等数据库类似，disease 数据库当然也有对应的分类信息。...br08403.keg 所以对于disease 数据库中的记录而言，最多会有3种分类体系的注释。...对于human 相关疾病而言，专门在pathway 数据库中开辟了一个新的分类， Human Disease， 用于展示人类疾病相关各种因素之间的相互作用信息； kegg 还专门针对疾病的致病基因，药物的靶标基因在通路图上进行了标记...总结 disease 数据库收录了各种物种相关的疾病信息，最主要的是人类相关的疾病。
kegg 将复合糖相关的基因，代谢途径, 疾病等信息关联在一起，通过pathway的形式进行展示。...对于复合糖在癌症中的作用，专门有1个pathway 来记录这些信息 http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?...有关糖基转移酶的信息，在KO 数据库中进行了存储，比如下图，不仅给出了对应的基因，还给出了对应的enzyme EC 编号， CAzy 数据库的信息，而且还给出了参与的pathway 信息。 ?...对于所有收录的糖基转移酶的分类，对应 brite 数据库中的链接如下 http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?...ko01003.keg 总结 Glycan 数据库收录了糖类物质的结构信息，并给出了糖类参数的各种代谢通路。 糖基转移酶，催化糖类与蛋白质，脂质等的结合，在KO数据库中给出了对应的信息。
KEGG ENZYME 整合了ExplorEnz 数据库中酶的信息，处理基本的Ec number 和name 等属性外，还提供了对应的序列信息。 来看下每条记录的信息 ?...酶催化生物反应的进行，所以会与 pathway, raction，compound 数据库产生联系。...在Enzyme 与其他数据库的联系中，我们需要重点理解与KO的对应关系。...在1995 年，KEGG 数据库刚开始创建的时候，EC number 主要用来绘制代谢通路图；直到1999 年，提出了Orthology ID的概念，用来取代EC number, 绘制通路图；到2002...总结 Enzyme 数据库存储了酶的相关信息，每种酶用EC number 唯一标识； Ec number 与KO的对应关系比较复杂，可以通过基因来理解它们之间的对应关系；
kegg compound 数据库存储了在生命活动中发挥作用的各种小分子，生物大分子和其他类型的化学物质，采用C number 进行标识，比如C00047, 代表L-赖氨酸。...除了名称等信息外，还存储了该物质的化学结构和其他相关信息； 对于所有compound 的分类详见 Brite 数据库 http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?...结构 2.与其他数据库的链接 Reaction 该分子涉及到的的Reaction Pathway 该分子参与的通路 Module 该分子参与的module Enzyme 该分子相关的酶 DB 第三方数据库的链接...Pathway 数据库整合了ko, module, reaction, compound 等多个数据库库的信息，所以也会给出compound 参与的通路，在通路中，对应的compound 会高亮显示，...，所以会给出compound 对应的Enzyme 编号； 总结 compound 数据库存储了参与生命活动的各种分子的信息，数据库中的记录用C Number唯一标识， 每条分子都有对应的化学式，结构式，
KEGG Reaction 是收录酶促反应相关信息的数据库，包含了所有代谢通路中的酶促反应和一些只在enzyme 数据库中有记录的酶促反应，每条记录用R Number 唯一标识。...Orthology 酶对应的KO信息 other DBs 第三方数据库 这里有一个Reaction Class 的概念，kegg 根据反应两边化学物质转换的模式将酶促反应进行了分类。...kegg 官网给出了如下的示意图： ? 在理解上面这幅图之前，我们必须了解kegg atom type 这个概念。...kegg 对C, N, O, P, S 这5种原子根据相连的基团进行了分类，这个分类就是atom type; 完整的latom type 详见以下链接 http://www.genome.jp/kegg...总结 1.Reaction数据库记录了酶促反应的信息，每个反应用R Number 标识； 2.对于所有的酶促反应，kegg 通过RDM 模型对其进行了分类；
具有相同功能的基因被归类到kegg orthology 中，每个KO 代表具体的一个功能。...实际上，KEGG Module 数据库就是存储这种信息的数据库。...KEGG Module 数据库中的每条记录代表一个功能单元，是多个KO的集合,叫做kegg module, 通过大写字母M和数字进行标识； module 数据库包含以下4大类别的功能： pathway.../www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?...总结 KEGG Module 数据库是对KO的整合，每个module 代表1个功能单元，是多个KO的集合； Module 由block 构成，definition 字段的信息需要理解空格，逗号，加号，减号的不同含义
kegg genes 数据库收录了物种的基因信息。 kegg 使用自己定义的ID 唯一区别每个基因，叫做kegg gene ID。...年3月7号，所有基因的注释情况如下： http://www.kegg.jp/kegg/docs/genes_statistics.html ?...pathway 是基于我们已有的认知来构建的 ，随着研究的不断深入和进行，pathway 数据库也会越来越大， 也会有更多的基因有pathway 相关的信息。...所以在富集分析时，我们需要综合多个数据库的结果， 比如 GO, Reatcome 等数据库。 总结： kegg genes 数据库收录了基因的信息，包括了编码基因和非编码基因。...由于我们现阶段对基因功能认知的局限性，有pathway注释信息的基因比例较低，在进行功能富集分析时，建议综合多个数据库的结果。
通路图中融合了ko, module, compound, reaction，disease, drug 等 数据库中的信息，所以必须先理解了上面的几个数据库，才能对pathway 有一个更直观的认识。...的基础上，将所有的ko用蓝色高亮显示 ec 是在reference pathway 的基础上，将酶编号高亮显示 rn 是在reference pathway 的基础上，将reaction 高亮显示 在kegg.../kegg-bin/show_pathway?...http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?...从图中可以看到，pathway 数据库种包含了7大类别，我们常说的代谢通路只是我们用的最多，最大的一类。
kegg orthology 数据库是 kegg 的核心，利用基因在不同物种之间的保守性，使得我们可以在更高层次上解读基因功能。...pathway, brite, module 等数据库都是建立在KO 数据库的基础之上的，所以任何基因组的数据都可以映射到这些数据库中去。...上面是kegg 官网提供的示意图，KO 建立在不同物种的gene具有同源性的基础上，而pathway 利用KO注释信息，提供了跨物种的通路信息，而network 数据库从pathway数据库延伸而来，在...variant,在原本的基因相互作用的基础上，包含了基因的变异信息； virus,在原本的基因相互作用的基础上，包含看病毒的入侵基因导致的相互作用的变化， 在下面的链接中，可以看到 http://www.kegg.jp.../kegg-bin/show_network?
KEGG被称为京都基因组百科全书，是一个综合性的数据库。对于如此庞大的数据库，肯定需要对数据进行分门别类的整理。...除了将各种数据拆分到不同的子数据库中之外，KEGG还对所有的数据进行了更加细致的功能分类，这些功能分类的信息就存储在brite 数据库中。...htext 文件，比如kegg orthology 的分类 http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko00000.keg ?...提供了两种格式的文件用于下载，htext 对应的后缀为 keg， json 对应json。 json 格式是网络数据传说的新标准，主要用于程序解析；`keg 文件是纯文本文件，可以用文本编辑器打开。...软件是用java 开发的，提供了图形界面，简单易用； 下载地址 : http://www.kegg.jp/kegg/download/kegtools.html 使用方法 双加批处理文件启动 ?
kegg drug 数据库是一个药物相关信息的综合数据库，包括了在日本，美国，欧洲上市的的药物。...Metabolism 药物代谢相关的酶 Structure map pathway数据库的通路图 Brite 在brite 数据库中的分类信息 在结构相似性和功能相似性的基础上，建立了KEGG DGROUP...第二种group还会包含下一级的group,这种其实是按照功能，分成了不同的层级，比如DG01918 同时包含了药物D10223和group DG01917; 除了KEGG DGROUP 数据库，brite...所以kegg 专门在pathway 数据库中，将各种药物化学结构的转变绘制了对应的通路图，叫做Structure map , 所有是Structure map组成了pathway 数据库中的一大类别，叫做...对于药物的分类，KEGG GROUP 数据库根据结构和功能的相似性对药物进行分类，brite数据库则提供了更加多的分类标准； 4.
进入KEGG物种列表，网址：https://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html 这里以小鼠为例，点击Ctrl+F查找物种小鼠的拉丁名Mus musculus...这里也可以用mouse来搜索，不过可以看到在kegg中含有三种鼠的信息。...点击Brite hierarchy 进入KEGG Orthology (KO) KEGG Orthology 提供了两种可供下载的格式，比如下载htext格式 如果提示连接不到网络，可以多次点击...htext格式如下 下载json格式 json格式如下，这种格式更适合提取数据
我们经常会使用KEGG数据库来研究基因的功能，而在KEGG 数据库中，直接存储分子功能的就是KEGG Orthology 数据库。...KEGG Orthology 简称KO,该数据库中的每一条记录用K number 唯一标识。基于同源基因具有相似功能的假设，把基因的功能进行了扩充。...pathway，module 等数据库都是建立在KO数据库的基础上的，KO可以说是KEGG中处于核心地位的一个数据库，所以理解KO数据库就特别的重要。...KEGG官网提供了一个在线的工具，BlastKOALA。...这个工具基于blast 比对，将输入的基因序列和KEGG Gene 数据库中的序列去比对，查找最佳匹配的一个gene, 将该基因对应的K number 赋予查询的基因。
sapiens (human) mmu Mus musculus (house mouse) 所以不可能是物种问题，而且这个kegg数据库的官网也可以访问，那么合理的推测，是不是Y叔的 clusterProfiler...（utils::download.file和 downloader::download）我都测试了，是可以独立下载的： utils::download.file( "http://rest.kegg.jp...hsa/pathway' Content type 'text/plain; charset=utf-8' length unknown downloaded 807 KB 但是这两个下载函数（utils...出图如下所示： KEGG数据库没有倒闭， Y叔的 clusterProfiler包也问题不大，我的一个 run_kegg 函数更不可能有问题。...仅仅是因为R语言里面的下载文件的函数的协议需要注意，这两个函数两个下载函数（utils::download.file和 downloader::download），都太底层了。
KEGG数据库称之为基因组百科全书，是一个包含gene, pathway等多个子数据库的综合性数据库。为了更好的查询kegg数据，官方提供了对应的API。...在biopython中，通过Bio.KEGG模块，对kegg官方的API进行了封装，允许在python环境中使用kegg API。...:Z5100/aaseq -> REST.kegg_get(["hsa:10458", "ece:Z5100"], "aaseq") 利用REST模块，可以下载API支持的任何类型的数据，以pathway...对于KEGG数据的解析，biopython还提供了专门的解析函数，但是解析函数并不完整，目前只覆盖了compound, map, enzyme等子数据库。...以enzyme数据库为例，用法如下 >>> from Bio.KEGG import REST >>> request = REST.kegg_get("ec:5.4.2.2") >>> open("ec
KEGG数据库介绍 在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。...进入KEGG官网：https://www.kegg.jp ，可以看到主页由以下几部分构成: KEGG数据库构成 KEGG子库中存储的信息是生物系统的计算机表示形式，由基因和蛋白质（基因组信息）和化学物质...具体的分类及数据库如下： KEGG PATHWAY 数据库 在所有子数据库中最重要也是最常用的就是KEGG PATHWAY，它包括大量由科研人员根据已有研究文献，通过手动绘制的KEGG通路图，代表着代谢过程...ORTHOLOGY（KO）数据库 KEGG ORTHOLOGY （KO）数据库是构建Pathway和Module的基础，相当于KEGG数据库构建的基石，因此理解KO数据库的构成对于使用及了解KEGG至关重要...3.C号：表示化合物 对于分析工具使用和kegg资源下载，会在后续文章中更新。
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