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展示DAVID富集分析结果中感兴趣的GO条目和KEGG通路

相信大家对GO和KEGG富集分析并不陌生,有时候富集分析会得到很多显著的结果。全部展示,版面不够。 但是如果只展示前几个显著的GO条目或者KEGG通路的话,跟自己研究的对象相关的又不在里面。 今天小编就来帮助大家解决这个尴尬的问题,把我们感兴趣的GO条目和KEGG通路挑出来,然后再来画图。 如何使用DAVID做GO和KEGG富集分析,并且给大家演示了如何使用Excel,零代码展示GO和KEGG富集分析结果。 只需要三步 1)下载DAIVD富集分析完整结果 GO富集分析结果 KEGG富集分析结果 2)挑出自己感兴趣的GO条目或者KEGG通路 这一步又有两种方法,第一种是做加法,从完整的结果里面挑出感兴趣的结果 KEGG一般展示10条结果。这样工作量比较小。另外一种方法是做减法,从完整结果里面删除不要的条目和通路。这里可以根据自己的喜好选择。确保挑选出来的结果格式跟原始结果格式是一致的。

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没钱买KEGG怎么办?REACTOME开源通路更强大

在一定程度上,可以替代收费的KEGG数据库,而且拓展出很多新的通路。 2 Analyze Data 该数据库除了可以检索通路外,在首页点击Analyze Data,还可进行基因分析。 该工具支持两种类型的分析,第一种是分析一系列基因涉及到哪些具体的通路,另外一种是对比物种间的通路差异。两种分析显示的方式相同,都通过对通路标黄来显示(颜色可自行调整)。 这里我们利用数据库中提供的数据查看了某一些基因的通路结果如图所示。 ? ? ,并可以在通路结果展示面板中点击鼠标右键后,选择Export Annotations将当前通路图保存下来。

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    单基因生信分析流程(4)单基因的下游通路GO、KEGG或者GSEA

    clusterProfiler 是Y叔写的一个R包,可以用来做各种富集分析,如GO、KEGG、DO(Disease Ontology analysis)、Reactome pathway analysis 以及GSEA富集分析等。 而除了富集分析,他还可以非常方便的对富集分析结果进行可视化。这里使用clusterProfiler进行GO、KEGG以及GSEA富集分析。 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite('clusterProfiler') 2、ID转换 由于clusterProfiler富集分析推荐的输入文件是 Entrez ID,因此这里提取的是Entrez ID,接下来就可以进行富集分析了: # ========================================================

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    RNA-seq入门实战(六):GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略

    大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战! ——数据检查,以及 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 本节概览:1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez 获取DEG结果的上下调差异基因 载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三种差异分析结果数据,这里示范选取DESeq2的结果数据,进行筛选条件设置后获取上下调基因名 rm(list=ls()) pathview ——KEGG通路可视化 将KEGG通路进行可视化一般有以下三种方法: *使用函数 browseKEGG(enrich_results, select_pathway)进行网页查看相关通路 富集与可视化到此就结束啦 如果所得显著差异基因很少,或无法富集到有生物学意义的通路时又该怎么办呢,下节将介绍一种不依赖于差异基因筛选的富集分析方法——GSEA 参考资料 Introduction |

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    使用clusterProfiler包利用eggnog-mapper软件注释结果做GO和KEGG富集分析

    最开始的思路是先构建OrgDb,然后使用enrichGO和enrichKEGG函数做分析。 后来发现不构建orgdb也可以做GO或者KEGG的富集分析,可以使用enricher()函数。 下面记录利用eggnog-mapper软件注释结果做GO和KEGG富集分析做GO和KEGG富集分析的过程。 orgdb_example/GCF_000002945.1_ASM294v2_protein.faa --output orgdb_example/out -m diamond --cpu 8 将注释结果下载到本地 以上最开始的输入文件是eggnog-mapper软件本地版注释结果,如果用在线版获得的注释结果,下载的结果好像没有表头,需要自己对应好要选择的列。

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    3分钟了解GOKEGG功能富集分析

    大部分科研工作者,对功能富集分析的最初了解,是从测序公司给我们的分析结果开始的。要知道朦朦胧胧的概念,就会导致对数据结果分析的不透彻,乃至不知如何让测序数据变得有意义。 功能富集分析是什么? GO和KEGG为何物?怎么做功能富集分析才是最准确的?今天,我们就从这几个问题出发,仔细跟大家讲讲功能富集分析的由来、定义,并带领大家进行一个实例操作。 01 何为功能富集分析? 而KEGG,大多数听说过KEGG的人都会把它当做一个基因通路(Pathway)的数据库,其实人家的功能远不止于此。KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库。 KEGG下属4个大类和17和子数据库,而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway,专门存储不同物种中基因通路的信息,也是用的最多的一个,所以,久而久之,KEGG就被大家当做是一个通路数据库了。 其他用DAVID进行分析并发表的文章就更不计其数了。 ? 那么,怎么通过DAVID进行功能富集分析,得到美美的结果呢?下节课程将会详细讲解DAVID使用及柱形图、气泡图制作。 来源:“科研猫”

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    通路可视化软件介绍

    在昨天介绍的KEGG数据库当中,我们可以看到,对于基因通路的可视化,最简单的就是通过类似流程图一样的形式来进行可视化的。例如下面的自噬通路图。? KEGG Mapper-Color Pathway 昨天介绍的KEGG数据库,我们知道这个数据库可以查询多物种的通路。对于通路数据的DIY同时也可以可以利用这个数据库的。 1.2 可视化连续性的数值 有时候我们需要可视化通路当中的基因基于某一个数值变化的情况。这个数值可以是差异分析的logFC,也可以是相关系数等等的。 我们知道,对于通路数据库还是还有很多的,如果对其他的数据库进行可视化怎么办。这个时候就可以使用pathview这个工具了。 另外上面的通路数据库都是基于现有通路的可视化的,我们得到的结果也是某一个通路当中所有的基因。其中有一些基因是我们不需要的,但是也在结果里面包括了。这样可能会造成图片信息的混乱。

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    RNA-seq入门实战(七):GSEA——基因集富集分析

    大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战! 基因集合富集分析检测基因集合而不是单个基因的表达变化,因此可以包含这些细微的表达变化,预期得到更为理想的结果 与GO\KEGG差异基因富集分析区别: 差异基因富集分析是先筛选差异基因,再判断差异基因在哪些注释的通路存在富集 下面选取KEGG通路的富集结果进行gseaplot绘图示范 首先对富集结果进行条件筛选,一般认为|NES|>1,NOM pvalue<0.05,FDR(padj)<0.25的通路是显著富集的;还可以从结果中细分出上下调通路单独绘图 ,以下代码仅展示KEGG通路富集结果的上调通路。 gseaplot2()函数既可以对单独的通路绘图,也可以合并几个通路一起绘图;各类详细参数设置见以下代码处 ##选取富集结果 kk_gse <- KEGG_kk kk_gse_entrez <- KEGG_kk_entrez

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    GO、GSEA富集分析一网打进

    其中代表性的计算方式有两种: 一是基于筛选的差异基因,采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路富集。 简单来讲就是比较l/k是否显著高于n/m,即上调基因中落在通路pathway的比例是否高于背景基因在这一通路的比例。 这叫GSEA富集分析,注释信息可以是GO,KEGG,也可以是其它任何符合格式的信息。GSEA富集分析 - 界面操作详细讲述了GSEA分析的原理、可视化操作和结果解读。 并且不只支持GO、KEGG数据库,还支持Disease Ontology、MsEH enrichment analysis、Reactome通路分析等。 # 这个geneList怎么获得的,会在后面的GSEA分析时提到 cnetplot(result, foldChange=geneList) 自己尝试了下,展示的有些乱,需要调整字体和显示的条目多少

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    20W+喜爱的Pathview网页版 | 整合表达谱数据KEGG通路可视化

    cURL是一个利用URL语法在命令行下工作的文件传输工具) 有完整的通路分析流程,支持多组学数据和整合分析。 交互式并带有超链接的结果图能更好地解释数据。 输出结果 结果主要是数据整合得到的通路图,有两种:原始KEGG视图和Graphviz视图。 ? 最后一个会得到可视化文件和通路分析结果统计文件(可下载),耗时较长。 如果没有得到显著的通路,会自动选择靠前的几个通路。基因数据和化合物数据一起分析的时候,会先各自筛选通路,然后通过meta分析结果组合成更强大的全局统计量/ p值。 这一步在本地的话还需要用gage包得到基因集在KEGG数据库的所有通路分析结果,代码如下: > library(gage) > data(gse16873) > cn <- colnames(gse16873

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    还在为基因通路富集担心你的发际线么?ClusterProfiler通路富集-让你的发际线无忧!

    单个基因水平上能反映的生物学信息有限,很多时候要进行通路富集分析,来从系统水平上反映出一组基因与哪些生物学通路相关。 若需要将两组感兴趣的基因集合进行通路比较(如原发灶突变基因与转移灶突变基因所富集通路比较等),需要准备另一组文件感兴趣的基因集合2。 图1 图2 Step2.R语言执行通路富集分析。 运行完上述命令后得到的Case_KEGG结果如下图。 接下来进行富集结果存储。 Step3.可视化通路富集结果。 到此,已经可以完整呈现出感兴趣基因的通路富集分析了。那么如果这些感兴趣的基因并非在全基因组范围内找到的,而且来源于特定的芯片,如何科学地做出通路富集分析呢?

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    GSEA可以做什么

    基因集富集分析GSEA(gene-set enrichment analysis)。这个操作并不难,主要就是准备符合GSEA要求的数据文件(本地的话4个),关于文件准备,可细见官方说明。 我认为最主要的还是GSEA结果解读。 另外,GSEA我们可能更多的用的是它的富集功能,而实际上它还有其他非常好用的功能,看自己怎么活学活用了,具体来说,就我用的多的有以下几个:(欢迎大家补充) 1 当然是最常用的基因集富集分析,这个不用多加解释 miRNA调控等的话,可以用GSEA实现,并且通过cytoscape可以画出图 3 有没有哪个(些)genes在富集到的GO或kegg里出现次数最多(意味它可能很关键,连接很多信号通路或生理过程等),这个功能通过 leading edge analysis实现 4 相对复杂一点的,按照GSEA要求的格式,做自己的GO或KEGG文件(异想天开的比如:你发现了一个新的信号通路,或作用机制,你可以把这些gene做成自己命名的信号通路

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    基因富集分析算法介绍

    昨天我们介绍了富集分析的基本的内容:GO分析KEGG分析都是啥?。但是富集分析还是有很多不同的算法的,对于主要的算法过程其实不用太多了解,这个由专业人士来解决就行。 ◆ ◆ ◆ ORA (Over Representation Analysis) 过表达分析 我们常规的做的或者公司给的富集分析结果里面给的GO分析KEGG分析结果就是使用ORA的算法来做的。 每个图片先看标题,这个GSEA分析其实是做了两个通路的GSEA的结果。其中绿色线条是一个通路,褐色线条是一个通路。 ? 接着解释一下横坐标,横坐标代表的每个基因在数据集进行降序排序后的位置。 从下往上来依次说一下这个图怎么看: 最下面的部分:那个纵坐标代表的是每个基因在两组之间的差异分析后的logFC的值。所以如果按照logFC进行降序排序的话,那就会形成这样一个平滑的曲线。 但是对于基因功能是在不断完善的,所以GO和KEGG的库也是在完善的,如果我们所借助的工具不能实时的更新背景数据库的话,结果就有可能有偏差。

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    clusterProfiler|GSEA富集分析及可视化

    2.3 GSEA-KEGG分析 gse.KEGG <- gseKEGG(geneList, organism = "hsa", # 人 hsa 可以进行一些调整以接近文献 1)修改GSEA线条颜色 2)添加P值的table 3)展示指定的通路 4)展示多个通路 5)只展示上两部分 3.2 展示指定通路 gseaplot2(gse.KEGG, title = "Olfactory transduction", #设置title "hsa04740", #绘制hsa04740通路结果 3.3 展示多个GSEA结果 A:使用数字的方式 gseaplot2(gse.KEGG, 1:3, #绘制前3个 pvalue_table = T) # 显示p值 B:使用向量指定通路 gseaplot2(gse.KEGG, c("hsa04740","hsa05310"), #指定通路向量 pvalue_table = T

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    KEGG数据库与代谢通路图解读

    第二层目前包括有 43 种子 pathway;第三层即为其代谢通路图;第四层为每个代谢通路图的具体注释信息。 KEGG https://www.kegg.jp/ ? KEEGG代谢通路图解读 ? 1、代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图中,一般就是酶,方框里面的数字代表EC编号;小圆圈代表代谢物,点开会出现C00668的信息,C代表compound,00668是这种化合物在KEGG中的编号。 KEGG中名字为特定物种种属英文缩写,比如酵母的糖酵解通路图,sce00010。 3、KEGG富集分析: 统计该物种的富集结果,红色边框的为上调的,绿色边框的为下调的。 KEGG Pathway富集分析不仅仅基于富集分析数据,人为的解读和挑选是必不可少的。因为: (1) 基因调控是个系统,而不仅作为1个孤立的pathway。 (3) 现存KEGG等数据库收录的是已有研究结果,更详细的pathway信息需进一步完善。

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    麦子陪你做作业(二):KEGG通路数据库的正确打开姿势

    KEGG的主要用途有:查询通路信息、信号通路检索,以及非常推荐的分析工具KEGG Mapper,它可以根据前期筛选得到的差异分子列表去构建分子调控网络,得到清晰简明的通路图。 作业四 根据所给的芯片结果数据,分析差异变化从大到小排列,前50个分子参与的信号通路,给出匹配度最高的信号通路图(要求用橙色orange标记上调基因,用青色cyan标记下调基因) 我们从生信公司拿到了芯片数据 作业五 在GEO数据库中检索到GSE18842,并使用GEO在线工具分析该数据集中tumor和control组间差异表达的分子,并用KEGG Mapper进行通路分析,给出匹配度第2的通路,并用颜色标记 然后拉到下方点Top 250,默认分析结果仅显示变化最明显的250个分子(按p值排序)。我们也可以点Save all results,后续再按变化倍数排序,自己筛选所需的数量。 贴上结果图,细胞周期信号通路里多个分子被上调4倍以上。

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    amos路径分析结果怎么看_路径分析怎么解读

    在AMOS路径图中,测量变量(问卷收集数据)用矩形表示,例如PL1/PL2/PL3等,而潜在变量(因子分析结果)用圆形或椭圆形表示。 由上可知,AMOS也可以独立进行探索性因子分析和路径分析。 大家可以点击文章链接回顾:数据分析方法:路径分析入门;数据分析需要剥丝抽茧的耐心!。下面草堂君将介绍如何使用AMOS软件对上面的案例进行分析,并比较SPSS和AMOS软件的分析结果。 草堂君前面提过,路径分析更加关注自变量对因变量的影响是否有意义,而非整个路径模型的拟合质量,因此可以相连,也可以不相连,对结果没有影响。这里直接点击【继续分析】按钮,输出结果。 对比下方SPSS的两次线性回归结果,可以发现两次R方值0.046和0.16与上方标准化结果是一致的。其它标准化回归系数和非标准化回归系数结果也是一致的。 3、路径分析完整结果。 Amos能够输出间接效应和总效应,这是SPSS软件无法直接输出的结果。这也是Amos相对于SPSS来说,在路径分析上的优势。

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    基因集富集分析(GSEA)及其可视化

    2 GSEA特点传统的KEGG通路富集分析)和GO(功能富集)分析时,针对总体的差异基因,不区分哪些差异基因是上调还是下调。 而GSEA考虑了基因的表达水平,不需要明确指定差异基因阈值,检验的是基因集而非单个基因的表达变化,算法会根据实际数据的整体趋势进行分析,以判断这条通路的表达情况,激活或者抑制。 通路lapply(1:nrow(down_kegg), function(i){ gseaplot2(kk,down_kegg$ID[i], title=down_kegg$Description ','-',up_kegg$Description[i]), '.pdf'))})GSEA-GOGO和KEGG分析流程基本相同,除了函数名和变量名的变化ego <- gseGO [详解:基因集富集分析GSEA](https://www.jianshu.com/p/a5819caa2787)enrichplot||基因富集结果可视化解决方案致谢I thank Dr.Jianming

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