前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具。我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....)。结果如下,感觉不错。帮大伙踩坑测试,与大伙分享。- CJ - 陈程杰
kingfisher是由昆士兰科技大学微生物组研究中心的 Ben J. Woodcroft 教授开发的一款专门用于高通量测序数据下载的工具。
通过昨天下载的TSV文件,我们得到了对应fastq文件的下载链接。接下来在Linux服务器上部署aspera并批量下载。
这里推荐每个人安装自己的conda,这样的话一个服务器里面的每个用户独立操作,安装方法代码如下:
版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载。 https://blog.csdn.net/u010105969/article/details/80307208
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FN433596
其实也有对应的bioproject的ID :https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA727404
RoboBusiness 15日公布了第二届行业创新大奖(2014 Game Changer Award)的获奖名单,对机器人产业的创新产品和它们的创造者进行表彰。下文将对获奖者进行简单介绍,从他们设计的产品中,看他们是如何颠覆传统,进行创新。 Kairos Autonomi Pronto4 Uomo | 自主导航类优胜者 只需要10分钟,Pronto4 Uomo就可以将现有的汽车变成远程操作的无人驾驶汽车。通过远程操作或者GPS跟随,Uomo能够“坐”在驾驶员的位置上,操纵汽车的方向盘、刹车、油门、换
是因为Carthage当前的Framework是用Swift4.0.3编译的,只需要update一下Carthage的三方库就好,命令如下: carthage update --platform iOS 希望能帮到大家!
一: Swift 网络数据请求与处理最常用第三方 又有时间出来装天才了,还是在学swift,从中又发现一些问题,这两天上网找博客看问题弄的真的心都累。博客一篇写出来,好多就直接照抄,就没有实质性的把问题解决了,只是在发表的博客数量上 + 1 !!真心没意思。。 看看在Swift中是在怎样请求数据,解析数据加载图片这些的,也使我们最基本最常见的用法了,先说说这几个三方库: 第一个: Alamofire (它的原作者就是AFNetworking的原作者,这个就不多说了,你要知道AFNet
Kingfisher是喵神写的一个异步下载和缓存图片的Swift库,github上将近3k的Star,相信不需要我再安利了。它的中文简介在这里,github地址在这里。
可以看到,里面确实是15个样品,分别是常规转录组,单细胞转录组,以及空间单细胞转录组,如下所示:
从NCBI下载了一些转录组数据,这里用到的下载工具是kingfisher ,github的链接是 https://github.com/wwood/kingfisher-download
当执行bundle install时,需要根据Gemfile或者Gemfile.lock下载指定的ruby gems。当在Github CI进行构建时,我们可以把需要下载的ruby gems通过使用Github action缓存到当前的CI服务器,这样当进行构建时,就能更快的加载我们需要的gems。
slint 是一个声明式的 GUI 工具包,用于为 Rust、C++ 或 JavaScript 应用程序构建原生用户界面。
最近在知乎上看到了这个话题:怎样看待程序员不写注释?看了下浏览量居然有 30+w 次,看来大家讨论的挺热闹,我浏览了大部分的回答,发现大家的观点可以归纳为以下几点:
这个小插曲不仅引起了我的好奇心,也激发了我探索和解析背后原因的欲望。在这篇文章中,我将与大家分享我对这个问题的研究过程、发现的原因,以及如何j解决。这个经历提醒我们,在日常工作中,一些看似简单的操作也可能隐藏着意想不到的bug,值得我们深入探讨和理解。
当我们想知道安大略省的基奇纳位于哪时,大部分人都需要查地图,或者把它输入到智能手机中进行查询。 其实安大略省很容易找到:它很大并位于中央,并且有一支两次获得职业棒球赛冠军的球队。另一方面,基奇纳并
虽然国外十一并不过国庆,但是本周的 GitHub 也稍显疲软,GitHub 周榜的获 star 超过 1k 的项目寥寥无几,本周新开源的项目更是屈指可数。用 C 编写的 GitHub repo 周榜中,知名的两大深度学习框架——Tensorflow 和 Pytorch 虽榜上有名但是二者相加 star 数也未破千,好在 Go 项目一向颇受欢迎,比如 GitHub 官方开源的 cli 则一周获得超过 3k+ star,之前热点趋势推荐过的安全传输文件工具——croc 表现也很抢眼获得了 2k+ star。
EBI (European Bioinformatics Institute) 和 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 都是全球领先的生物信息学研究机构,它们提供了大量的生物信息学数据库和工具,对全球的科研工作者开放。
新鲜出炉(2023年5月)的文章:《Fueling sentinel node via reshaping cytotoxic T lymphocytes with a flex-patch for
MAGeCK (Model-based Analysis of Genome-wide CRISPR-Cas9 Knockout): MAGeCK是一个用于分析CRISPR-Cas9基因敲除筛选数据的计算工具。它能够从大规模CRISPR筛选实验的测序数据中,鉴定出在细胞生存或增殖中起关键作用的基因。
上次说到了downloadAndCacheImageWithURL这个方法,看名字就知道既要下载图片又要缓存图片,它的方法体是这样的:
第二个运行结果,为报错,需要注意,缺什么就安装缺的包。此处运行BiocManager::install('GO.db')。
论文 Pushing the limits of HiFi assemblies reveals centromere diversity between two Arabidopsis thal
开发环境:PHP7.1.3+ / Nginx 1.10+ / Mysql 5.7+
里氏替换原则告诉我们,在软件中将一个基类对象替换成它的子类对象,程序将不会产生任何错误和异常,反过来则不成立,如果一个软件实体使用的是一个子类对象的话,那么它不一定能够使用基类对象。里氏替换原则是实现开闭原则的重要方式之一,由于使用基类对象的地方都可以使用子类对象,因此在程序中尽量使用基类类型来对对象进行定义,而在运行时再确定其子类类型,用子类对象来替换父类对象。
是一个由事件驱动的自动化平台,通过设置触发条件,在某些事件发生时自动运行指定的操作。换句话讲,GitHub Actions不仅允许开发人员在平台上托管代码,还可以操作它。通过GitHub Actions,我们能够自动化一个跨团队、手动且容易出错的流程。可以使每个团队能够独立运作,有助于提高生产力。
在看 carthage 时,其中需要配置一个 copy-frameworks 脚本,此脚本特殊的地方,需要手动填写 Input Files 和 Output Files.一个一个填写,很糟心~ 观察了下,对应修改的是 xxx.xcodeproj/project.pbxproj 中这个文本文件的特定位置的字段,类似于: /* Begin PBXShellScriptBuildPhase section */ 750D68EC2000817C006235CD /* ShellScript */
之前一直用CocoaPods,这次做编译时间优化时,把某些Pod依赖的库改为了Carthage依赖的,这里记录一下Carthage的使用。
将ENA数据库上的aspera链接写入一个txt文件下以便下载脚本读取,下面我将以2个链接作为演示
上一篇地址:Kingfisher源码阅读(二) 第一篇地址:Kingfisher源码阅读(一)
创建MainProject作为主工程,可在此基础上开发APP的主要功能(TabBar,Naviga等)
本项目是基于 IOS 的逗视客户端,逗视在发现页面有排行榜功能,看看哪些视频大家都在看! 逗视中的视频可以分享到QQ,微信,微博等社交平台,与你的朋友一起欢乐! 项目背景 在这一个高速运转的社会中,大家真的太忙了,没有了欢笑,没有了生活! 但是我们生活中不能缺少欢乐,搞笑!那么,逗视来了!! 你可以在逗视中看到海量的搞笑,恶搞的精彩视频,秒拍,美拍等热门视频。 逗视首页分类包括推荐,精华,热门等满足更多人的需求! 逗视在发现页面有排行榜功能,看看哪些视频大家都在看! 逗视中的视频可以分享到QQ,微信,微
Hello,大家好,近期我一直在学习用 Swift 编码,由于之前很多项目我都是用 OC 实现的,所以导致我现在对 Swift 还是处于一个学习的阶段中。为了提高自己的学习效率,每次我都会为自己定下一个短期的目标,就那这次来说吧,为了加快自己上手 Swift, 我为自己定下了的目标就是完成一个 Swift 版本的网易云音乐 App。不知道大家在学习一门新语言的时候,是如何提高学习效率的?不妨在评论区与大家交流一下。
测试说iOS 12的手机上安装Xcode14.0.2导出的新包后,打开就崩溃,但是在系统版本高的手机上就没有问题。
Clearpath Robotics由3个大学时代的好友于6年前创办,目前拥有80名员工。Husky是他们的产品之一,这是一个用于全地形测试的4轮机器人载具,目前正 服务于国防部的研究员们。公司也研制
创建私有库 创建两个仓库, 一个是私有库容器,一个是代码库 私有库:存放若干个代码库的信息 添加私有库容器 pod repo add 库名称 地址 查看添加的私有库容器 pod repo 创建代码库,并且clone代码到本地 在代码库创建一下文件 代码文件夹,单个仓库名.podspec 还有 .swift-version文件 修改.swift-version信息 echo "5.0" > .swift-version 创建podspec文件模板 pod spec create 单个仓库名 Pod::Spec
环境 - 基本语法 - 数据类型 - 变量 - 可选项 - 常量 - 字面量 - 运算符 - 条件语句 - 循环 - 字符串 - 字符 - 数组 - 字典 - 函数 - 闭包 - 枚举 - 结构体 - 类 - 属性 - 方法 - 下标脚本 - 继承 - 构造过程 - 析构过程 - 可选链 - 自动引用计数 - 类型转换 - 拓展 - 协议 - 泛型 - 访问控制
闲暇之余,开启全栈业余生活。先给老家做个信息发布的APP。第一版着急上线还有待完善,以后有时间持续更新,感谢关注。
菜鸟教程:覆盖面也是非常可以的 环境 - 基本语法 - 数据类型 - 变量 - 可选项 - 常量 - 字面量 - 运算符 - 条件语句 - 循环 - 字符串 - 字符 - 数组 - 字典 - 函数 - 闭包 - 枚举 - 结构体 - 类 - 属性 - 方法 - 下标脚本 - 继承 - 构造过程 - 析构过程 - 可选链 - 自动引用计数 - 类型转换 - 拓展 - 协议 - 泛型 - 访问控制
之所以选取这个模块,是因为这部分包含了scRNAseq的上游实验部分,掌握好这部分能够更好帮助我们了解scRNAseq的结果文件,进行下游分析
今天给大家带来多线程系列的第二篇文章 -- GCD,其大概率是我们在使用多线程时最常用的方式了。
YLCycleView Swift无限轮播 如何使用? Demo运行会报错。请你务必对demo进行 pod install YLCycleView文件夹拖入你的项目 let images = ["http://c.hiphotos.baidu.com/image/pic/item/b58f8c5494eef01f50d40bbee5fe9925bd317d8c.jpg", "1", "2", "3", "4"] let titles = ["Raindew","无限轮播", "QQ群
workflow的名称。GitHub在仓库的Actions页面上显示该仓库使用workflow的名称。如果省略name,GitHub将其设置为相对于仓库根目录的工作流程文件路径;
因为公司使用的是 Objective-C 开发 app,没有使用 swift 来开发,所以决定自己研究 Swift,研究 Swift 的时间不长,对于 Swift 的基本语法有了大致的了解,但是对有些概念和语法还是理解的不深,所以决定模仿一些已经发布的 app,一方面可以让自己更好地理解和使用 Swift,另一方面可以和志同道合的人一起交流,共同进步。
在编写 iOS 代码时,有一些关键点可以让我们的代码更具可读性、高效和可维护。Swift 是一种现代语言,支持许多现代编程概念,同时保持代码的简洁。
GATK,即Genome Analysis Toolkit,GATK 在鉴定肿瘤的SNP, INDEL, CNV 等方面也堪称行业标准。
这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息,防止它们在我的脑袋里走丢了。
手动修改.bashrc配置文件,顺便把sc-RNAseq下的mamba卸载了,以除后患
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