lapply()是list apply的缩写，可以对列表或向量使用lapply函数。无论是一个向量列表还是一个简单的向量，lappy()都可以在这两个向量上使用。...因此，在处理具有不同数据类型特性的数据帧时，最好使用vapply()。 tapply() 简单地说，tapply()允许我们将数据分组，并对每个分组执行操作。...mapply函数最好用例子来解释——所以让我们先使用它，然后再尝试理解它是如何工作的。 首先，让我们看一个通常不以2个列表或2个向量作为参数的函数，例如max函数。...因此，mapply函数用于对通常不接受多个列表/向量作为参数的数据执行函数。当你要创建新列时，它也很有用。...因此，在处理数据帧时，mapply是一个非常方便的函数。 现在，让我们看看如何在实际数据集上使用这些函数。
问题 今天给生信入门班和数据挖掘班的往期学员提供直播答疑遇到了一个好问题，给大家分享下。 学员使用的是小鼠的数据 想要使用曾老师提供的marker基因，但那些基因是人的。...，当然是一个基因都找不到咯！...lapply ：用于将函数应用于列表（list）或向量（vector）的每个元素，并返回一个列表。lapply 的用法如下： lapply(X, FUN, ...)...其中： X 是要应用函数的对象，可以是列表或向量。 FUN 是要应用的函数。 ... 是传递给函数 FUN 的其他参数（可选）。...所以这句代码就是将str_to_title应用于cell_type_markers的每一个元素，也就是基因名称组成的向量。返回结果仍然是列表，且保留了原有的元素名称（即细胞名字）。
构造数据 此示例的计划是在六层中的每一层具有四个节点，并且层之间具有流。数据很好地说明了该过程，并且产生的结果与我所追求的最终图一致。我们必须为节点和边创建数据结构。...从边开始，然后使用这些数据提取节点。 边数据帧由具有“从”节点（N1）和“至”节点（N2）的记录以及它们之间的流的值组成。在这里，我系统地构建了一个随机流网格，并删除了一些破坏对称性的记录。...> eges = data.frame > > head(eges) 然后从边数据帧中提取节点的名称。根据标签计算节点的水平和垂直位置。...> pate = paste0 > stes = lapply(y, function(n) { + list + }) > names= ID 构造桑基图河流图对象 现在我们可以构造河流图对象了。...为此，我们将节点，边和样式数据结构连接到列表中，然后将“ river”添加到类属性列表中。 > rp <- list > # > class<- c 这样就可以制作图。
apply apply(X, MARGIN, FUN, …) ，X为数据框，margin =1 表示行，2表示列，fun 表示使用的函数。...res <- c() for(i in 1:nrow(test)){ res[[i]] <- sum(test[i,]) } lapply 对列表或向量进行操作，且返回值也是一个列表。...test <- list(x = 36:33, y = 32:35, z = 30:27) #返回值是列表，对列表中的每个元素（向量）求均值(试试方差...var,分位数quantile) > lapply(test,mean) $x [1] 34.5 $y [1] 33.5 $z [1] 28.5 sapply 比lapply 简单，也是处理列表或向量...中的内容都会被传入summary 函数当中。 但是，如果我们希望对... 中的所有参数分别处理呢？这时候我们需要做的是在函数内部将对象...转换为一个列表。
隐式循环 在单细胞分析中，我们读取多个单细胞数据集时通常会用到lapply()函数，循环读取多个数据集 比如在技能树最近如何整合多个单细胞数据集推文中，就多次用到了lapply()函数 dir='GSE152938...[,1:4], 2, plot) lapply()函数 lapply返回与X长度相同的列表，其中的每个元素都是将FUN应用于X的相应元素的结果。...lapply是apply()函数的变种，主要用于处理列表/向量（列表/向量没有行和列的概念，所以会比对矩阵/数据框的操作更简单一些），也更适用于批量读取数据或者处理统计数据 基本语法为： lapply(...X：向量(原子或列表)或表达式对象。其他对象(包括分类对象)将被base::as.list强制转换。 FUN：函数,即对x的每一行/列执行FUN这个函数。...写函数的函数——function() 使用apply或者lapply函数时，都有FUN参数，就是我们在执行循环时需要用的函数，这个函数可以是内置的比如mean或者sum等函数，也可以由我们自己构建 如果需要写对应需求的函数
出现bug的代码是在使用clusterProfiler的cnetplot函数绘制一个富集分析图，正常情况下，它应该是出图如下： bug重现 出现问题的R对象是一个clusterProfiler的富集分析对象...ggplot_build.ggplot方法是ggplot2包中的一个方法，call stack中可以发现是它的lapply(data, scales_map_df, scales = npscales)...debug(ggplot2:::ggplot_build.ggplot) p # 此时会进入debug界面， 一路单步执行下去，直到要出错的代码时停止 data %>% glimpse() # 查看数据...不过对于要修复这个问题来说，目前的信息已经足够了。 如何使用RStudio进行debug代码以及如何自由的查看R中的函数源码，在以前的R tips推文中都曾经说过。...解决方案 既然data这个数据有问题，可以在出错代码前，先将data中的AsIs对象给还原了，AsIs可以使用unclass复原，比如如下示例： # I 数值 I(1) # [1] 1 class(
lapply的使用格式为： lapply(X, FUN, ...) lapply的返回值是和一个和X有相同的长度的list对象， 这个list对象中的每个元素是将函数FUN应用到X的每一个元素。...FUN计算后返回一个列表值，用户可以请求所有使用过的命名对象。...X 一个列表 classes 关于类名的字符向量，或者为any时则匹配任何类 deflt 默认结果，如果使用了how=”replace”，则不能使用 how 字符串匹配三种可能结果 参考文献：...lapply中所要使用的函数，一定需要是输入为单一变量，输出为单一变量可以存至list中。...输入应该单列，或者List格式的，整个多字节的数据框是不对的； 输出也只能是某一种形式，可以保存到list中的，比如此时的字符形式。 ———————————————————————————
save(pd,exp,gpl,file = "steploutput,Rdata")，这句代码将几个第一个脚本有用的变量保存到Rdata文件中，下次使用这些变量时直接加载load这个Rdata文件即可...undefined表格文件需要赋值，读取参数不同导致读取结果不同，不能在后续代码中同等处理。Rdata可以保存多个变量，下次使用只需要一次load可以的到多个数据。...-Rdata不仅可以保存数据框，也可以保存其他任何数据结构，包括复杂的对象！非常方便有历史代码记录，可重复性相当相当高，衔接非常非常奈斯棒棒！2.2 实战项目的组织方式（两种方式非常奈斯和棒棒！）..., sum)#对test每一行求和向量/列表的隐式循环-lapply,批量操作### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作lapply(1:4,rnorm...一些顶呱呱的函数match()dir()file.create()file.exists()file.remove()自学哦！5. 四个报错找不到文件找不到函数不存在包找不到对象6.
，而是先启动N个附属进程，然后将数据分割成N块在N个核上进行运行，等待附属进程结束返回结果。...接着我们配置一下，初始化分配给R 的核心数： no_cores <- detectCores() - 2 cl <- makeCluster(no_cores) 接着我们就可以使用lapply()函数的并行版本...test_function) # output Error in checkForRemoteErrors(val) : 3 nodes produced errors; first error: 找不到对象...'a' 对于环境中的变量，可以使用clusterExport 加载，而包可以使用clusterEvalQ 加载： clusterExport(cl, "a") clusterEvalQ(cl, library...但对于包中的函数，还是需要专门的使用clusterEvalQ 加载。 4）小建议 运行完毕后释放内存 stopCluster(cl)
list数据结构本身即可简单也可复杂，当list中存在递归结构时，其处理难度就大大增加了。...以下是昨天使用httr包抓取的知乎live课程信息的json数据包，我会通过该份案例的清洗实战，来给大家演示list数据结构处理的一般流程，同时尝试引入新的rlist包（其实我们之前一节已经用过它的一个函数了...接下来怎么办呢，那么笨办法只能将53、64和75条信息的不同子list分隔成三个不同的列表对象，然后分别展开。...使用以下函数分别将三个列表中平铺，然后纵向合并，最后选择我们需要的重要信息列。...可是不觉得以上步骤有些繁琐嘛~简单方法当然有啦，任坤大大开发的rlist是专门针对R语言list结构数据处理的，其中封装了很多功能强大的列表操作函数，使得在R语言中操作列表就像使用dplyr操作data.frame
概述 在实际的工作中，我们总要面对各种各样的数据结构处理，这些操作可以使用循环来完成，但是容易造成内存的占用，以前其实了解过这方面的函数，但是记不清，因此整理下 主要函数如下 apply lapply...X 处理的数据框 MARGIN 1表示对行，2表示对列处理，c(1,2)表示对行列进行操作 FUN 函数，可以为自定义函数，或者为内置函数 示例 # 使用iris数据集进行测试 data(iris) #...函数 lapply函数和apply函数的差别在于，lapply输出的为一个列表 参数方面少了margin 示例 xlapply(iris[,1:4],mean,na.rm=T) # 因为输出的为list...$Sepal.Width [1] 3.057333 $Petal.Length [1] 3.758 $Petal.Width [1] 1.199333 tapply函数 tapply函数一般对数据进行分组描述时使用...tapply(X, INDEX, FUN = NULL) 参数 -X: 一个对象，一般都是向量 -INDEX: 一个包含分类因子的列表 -FUN: 对X里面每个元素进行操作的函数 示例 data(iris
列表 list，是R的数据类型中最为复杂的一种。一般来书，列表就是一些对象（或成分，component）的有序集合。列表允许整合若干（可能无关的）对象到单个对象名下。...（1） 列表允许以一种简单的方式组织和重新调用不相干的信息。 （2） 许多R函数的运行结果都是以列表形式返回的。函数需要返回两个以上的变量时需要采用list形式返回。...列表的创建 使用list（。。。）创建列表，list（object1，object2...），其中object可以是到目前为止的提到的任何数据类型。...命名的方式很简单直接在建立列表时直接命名。...unlist（）函数解除列表 列表相关函数 lapply()函数 lapply()-list apply 给每个组件执行给定函数，返回列表，和矩阵apply（）类似，同属于apply家族 使用方法：lapply
01 apply() 这个函数是对数组，矩阵或数据框的一个变量使用函数生成列表或者数组/向量。 apply(x,MARGIN ,fun,….) x是数据对象，类型可以为数组/矩阵/数据框。...02 lapply() lapply(x,FUN,….) x是数据对象，类型可以为向量/列表/数据框。 FUN是指使用的函数。 ?...把x列表的数据与字符连接后，输出的结果为列表 ?...simplify：逻辑值为TRUE表示计算的结果返回的是数组。若逻辑词是FALSE，计算的结果返回的是列表对象。 tapply函数可以根据分组进行统计。 ?...MoreArgs是FUN函数的其他参数的列表。 #使用mapply函数重复生成列表list(x=3:6),重复次数times=1:4,而且生成的结果是列表。 ?
写在前面： 在前面两篇文章R语言入门系列之一与R语言入门系列之二中，我分别介绍了R语言中的对象与结构、数据的输入输出及可视化。...写好的R语言程序一般保存为R脚本，这样在以后完成相似数据处理任务时可以方便地直接调用。...apply函数家族 apply函数家族主要成员如下： apply 对数组行或者列使用函数 apply(X, MARGIN, FUN, ...) lapply 对列表或者向量使用函数 lapply...lapply()通过对x的每一个元素运用函数，生成一个与元素个数相同的值列表： lapply(X, FUN, ...)...X表示一个列表对象，其余对象将被通过as.list强制转换为list，举例如下： sapply()是lapply函数的包装版。
通过上面的测试，对同一个计算来说，优先考虑R语言内置的向量计算，必须要用到循环时则使用apply函数，应该尽量避免显示的使用for,while等操作方法。...参数列表： X:list、data.frame数据 FUN: 自定义的调用函数 …: 更多参数，可选 比如，计算list中的每个KEY对应该的数据的分位数。...21.5321427 $c [1] 0.0 0.0 0.5 1.0 1.0 lapply就可以很方便地把list数据集进行循环操作了，还可以用data.frame数据集按列进行循环，但如果传入的数据集是一个向量或矩阵对象...，那么直接使用lapply就不能达到想要的效果了。...时，输出结果按数组进行分组 USE.NAMES: 如果X为字符串，TRUE设置字符串为数据名，FALSE不设置 我们还用上面lapply的计算需求进行说明。
(samples,function(pro){ if(...)}通过遍历一个样本列表，将每个样本的原始数据文件加载到R中，然后创建一个Seurat对象，最后将所有Seurat对象存储在一个列表 (sceList...do.call(rbind, lapply(sceList, dim))lapply(sceList, dim)：lapply 函数遍历 sceList中的每个Seurat对象，并对每个对象应用 dim...x = sceList[1]：指定第一个Seurat对象作为合并的基础。y = sceList-1：合并列表中其余的Seurat对象。...sceList-1表示 sceList列表中除了第一个对象以外的所有对象。add.cell.ids = samples：为每个样本的细胞添加唯一的标识符，这样在合并后可以区分不同样本的细胞。...samples 是样本名称的列表，这些名称将作为每个样本细胞的前缀。合并后，sce.all 是一个包含所有样本的单个Seurat对象，包含所有细胞的基因表达数据。
1.apply函数 apply函数只能用于处理矩阵类型的数据，也就是说所有的数据必须是同一类型。因此要使用apply函数的话，需要将数据类型转换成矩阵类型。...apply函数一般有三个参数，第一个参数代表矩阵对象，第二个参数代表要操作矩阵的维度，1表示对行进行处理，2表示对列进行处理。第三个参数就是处理数据的函数。apply会分别一行或一列处理该矩阵的数据。...其中参数na.rm=TRUE，可以忽略所用的NA值 ? 2.lapply和sapply函数 lapply和sapply函数可以用于处理列表数据和向量数据（vector/list）。...lapply函数得到处理得到的数据类型是列表，而sapply函数得到处理的数据类型是向量。这两个函数除了在返回值类型不同外，其他方面基本完全一样。 ? ?...也就是说tapply函数就是把数据按照一定方式分成不同的组，再在每一组数据内进行某种运算。 ? 4.mapply函数 mapply函数主要是对多个列表或者向量参数使用函数. ?
其实在R 的内部机制中，数据框和列表并没有什么明显的区别： 只不过从操作上，我们可以对不同列表的相同位置的数据进行同时处理（行操作）。...但是如果修改数据框y的一行， 因为这涉及到所有列， 所以整个数据框的所有列都会制作副本。 环境 环境是一组名称组成的对象。对于R 来说，环境作为一个数据结构与有名的列表相似。...★当我们查找一个符号（变量）时，如果它在当前环境中，R就会在当前环境中搜索并返回该符号指向的对象。如果这个符号在当前环境中没有找到，R就会到它的父环境中搜索。...” 环境有以下特点： 环境中的数据名称必须互不相同； 环境中的变量没有次序； 环境（除了空环境）都有一个父环境； 修改环境内容时，不会制作副本。...父环境 当我们查找一个符号（变量）时，如果它在当前环境中，R就会在当前环境中搜索并返回该符号指向的对象。如果这个符号在当前环境中没有找到，R就会到它的父环境中搜索。
对象中的基因符号提取并转换为列表。...unique()函数会返回所有不同的细胞类型，即去重后的细胞类型列表。lapply() ：是R中的一个循环函数，作用是对列表中的每个元素应用同一个函数，并返回一个列表。...lapply(degs, function(x){ ... })：对degs列表中的每一个元素（即每种细胞类型的差异表达结果）应用一个匿名函数。...：rbind()函数用于将多个数据框或矩阵按行绑定在一起。do.call()用于将rbind应用到lapply()生成的结果列表中，将不同细胞类型的统计结果合并为一个矩阵或数据框。...：对degs列表中的每个细胞类型名称执行指定的函数。i表示当前的细胞类型名称。x = degs[i]：提取degs列表中当前细胞类型i的差异表达结果。x现在包含了当前细胞类型的差异表达数据。
异常在不同平台有不同表现，Breakpad 在 ExceptionHandler 对象中设置了处理函数。具体的内部实现依平台而异。 异常处理原则 在处理异常时要高度小心，因为系统已经处于不可预知状态。...处理结果构成一个 ProcessState 对象，包含了线程及其栈帧的向量。 ?...然后，调用栈恢复器针对 每个栈帧 执行下列 5 个步骤。 检索模块 通过调用模块列表的 GetModuleForAddress 方法， 可以根据当前栈帧的指令指针地址来确定当前使用的是哪个模块。...如果没找到解析信息，Stackwalker 会尝试其他方法。在某些平台上，会尝试对栈帧指针去引用来生成栈帧指针。...如果实在找不到，活着栈帧是非法的，调用栈恢复过程会立即停止。 在 Linux 应用中使用 Breakpad 构建和集成 Breakpad 运行 .
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