1.概要 在日常的工作当中我们经常会遇到阅读大量代码，如果大量的代码中出现问题需要回滚那么这个时候就需要比对出当前的修改和之前的修改有什么区别。...如果我们人工的去逐行比对会非常费眼睛，且非常的耗时还容易出错。 1.1BeyondCompare 这里推荐一款文件比对工具BeyondCompare....这个工具中其实也包含了文件比对功能，那么如何使用它呢？ 官网下载：https://tortoisesvn.net/ 这里下载和安装就不演示了基本每个开发者的电脑大概率都会有。...1.创建对比文件 两个文件中只有第一行的内容是一样的。...2.右键 选中两个文件 右键菜单中找到TortoiseSVN的Diff功能 3.对比 在界面的左边会用符号来表示内容是否一样等等标识。
SAM ( Sequence Alignment Map ) 文件是reads比对到基因组后得到的结果文件，记录了reads mapping到基因组的各项信息。...BAM文件是SAM文件的二进制格式，保留SAM文件全部信息的同时极大压缩了SAM文件的体积，我们比对完成后获得的一般都是BAM文件。...SAM文件由两部分组成：注释信息 (header) 和比对结果。 ## 查看 BAM 文件的 header samtools view -h input.bam | head ?...@PG：比对时使用的工具指令。 @RG：样本信息。 @CO：其他注释信息。 比对结果主要包括11列信息： ? ? 1. QNAME：reads名称。 2. FLAG：reads比对情况。...RNAME：比对至参考序列的名称。 4. POS：比对到的位置。 5. MAPQ：比对质量。 6. CIGAR：比对情况信息。 7. RNEXT：与之配对的另一条reads所在的参考序列名称。"
当前可用的RNA-seq比对软件一般比对错误率较高，比对速度慢，受片段长度限制且比对偏差较大。...STAR在比对速度上胜过其他比对软件50多倍，在一个普通的12核服务器上，每小时比对5.5亿2 x 75 bp双端片段到人类基因组上，同时改进了比对敏感性和准确性。...STAR的比对分析基本上可以分为两步：一是genomeGenerate(类似于tophat的index)，二是：序列比对。...—runThreadN：运行的线程数，根据你自己电脑的配置来设置，数字越大运行越快 —genomeDir：这个参数很重要，是存放你生成index的文件路径，需要你事先建立一个有可读写权限的文件夹 —genomeFastaFiles...基因组fasta格式文件 —sjdbGTFfile GTF注释文件 —sjdbOverhang 这个值为你测序read的长度减1，是在注释可变剪切序列的时候使用的最大长度值 有一点需要注意，STAR建索引时特别消耗内存
一个文件将被分割成多个块，并被压缩和加密（可选）存储到对象存储中。 Alluxio 将文件作为「对象」存储到 UFS。文件不会像 JuiceFS 那样被拆分成 block。...另外，在大文件的处理方面，虽然 S3FS 可以通过分块上传解决大文件的传输问题，但对象存储的特性决定了追加和改写文件需要重写整个对象。...4.功能特性 S3FS JuiceFS 数据存储 S3 S3、其他对象存储、WebDAV、本地磁盘 元数据存储 无 独立数据库 系统 Linux、macOS Linux、macOS、Windows 访问接口...项目状态 停止维护 活跃开发 元数据引擎 SQLite Redis、MySQL、SQLite、TiKV 存储引擎 对象存储、本地磁盘 对象存储、WebDAV、本地磁盘 操作系统 Unix-like Linux...安装 在安装过程中，我们使用 Rocky Linux 8.4 操作系统（内核版本 4.18.0-305.12.1.el8_4.x86_64）。
tar备份系统并对比备份出来的文件.tar.bz2和实际的系统文件数目是否对应，以判断备份是否成功。备份时最好排除掉/sys和/var/run，否则最后可能会出现tar:由于前面的延迟错误而退出。...（包括文件夹，因为注意查看/opt/d文件也包括文件夹列表）。...对应tar的打包列表排除打包时排除的文件夹。...存档文件可放在磁盘中 ，也可以存为普通文件。 tar是需要参数的，可选的参数是A、c、d、r、t、u、x，您在使用tar时必须首先为 tar 指定至少一个参数；然后，您必须指定要处理的文件或目录。...--same-owner 展开以后使所有文件属于同一所有者 -S, --sparse 高效处理 -T, --files-from F 从文件中得到要展开或要创建的文件名 --null 读取空结束的文件名
进到align目录 对质量好的测序数据进行比对 1....一个个比对，生成BAM文件 align目录 sample=SRR7696207 bwa mem -t 2 -R "@RG\tID:$sample\tSM:$sample\tLB:WGS\tPL:Illumina...computing mean and std.dev: (1, 351) [M::mem_pestat] mean and std.dev: (174.05, 52.67) ...... 2或者循环批量比对...#clean目录 ls *1.fastq.gz>1 ls *2.fastq.gz>2 paste 1 2>config vim config 增加第一列文件名，记得不能空格，要Tab分隔 align...enough pairs [M::mem_process_seqs] Processed 142876 reads in 24.094 CPU sec, 11.833 real sec 3 查看bam文件
比对结果直接通过管道传给samtools处理，节省 I／O 时间。...因为空间问题，比对好的文件放在 /project/align/wes目录 6.1设置好下面批量比对的数据文件 kelly/wesproject/4_clean/wes目录下，也可以在align/wes...paste 1 2 > config #vim config 写入第一列样本名，要以Tab分开 cat 1|cut -d"_" -f 2,3 1>0 paste 0 1 2 > config 6.2 比对...align/wes目录下 根据前面的经验，先尝试一次并行比对50个文件 (wes) pc@lab-pc:/home/kelly/wesproject/4_clean/wes$ cat config|
__()<6: info=''' --------------------------------------------------------------------------- 该程序比对...2个文件的列，如果文件1的列＝文件2的列，则输出，输出为csv格式文件！...使用方法：merge 文件1 比对列1 文件2 比对列2 输出文件 useage：merge file1 comparecol file2 comparecol outfile 备注：文件的列从1开始计数...outputfile) if flag: print(pd.read_csv(outputfile,nrows=10)) else: print('给定文件文件不存在.../shell/merge.sh 2.txt 1 3.txt 1 result.csv debug 索引上+1就是比对的参数值 ------data1数据源------ Int64Index([0], dtype
但经常会出现改着改着，就不知道改完后与源文件的差异是怎样的。这里，我们就需要一个文本比对工具来进行文本比对。...有经验的程序员都知道，Windows下有个很好用的文本比对工具――BeyondCompare。但它是收费软件，很多正规的公司是不允许使用破解软件的。...而且，它也只能在Windows下使用，没有Linux版本。 本文所介绍的文本比对办法，无需任何软件，只需一个Linux命令。学会这个命令，妈妈就再也不怕你不会文本比对了。...这个Linux命令就是diff命令。 diff是Unix系统的一个很重要的工具程序。它用来比较两个文本文件的差异，是代码版本管理的基石之一。 首先我们来看它的基本命令格式。...（1）正常格式 正常格式下我们无需加任何选项，直接如下比对就好： ? 执行完的结果如下： ? 我们一行一行来解释上图的含义。
10.4 文件比对工具 什么时候会用到文件的比对啊?通常是『同一个软件包的不同版本之间，比较配置文件与原始档的差 异』。很多时候所谓的文件比对，通常是用在 ASCII 纯文本档的比对上的!...那么比对文件的指令有哪些?最常见的就是 diff ! 另外，除了 diff 比对之外，我们还可以藉由 cmp 来比对非纯文本档!...同时，也能够藉由 diff 建立的分析文件，以处理补丁 (patch) 功能的文件呢! 10.4.1 diff iff 就是用在比对两个文件之间的差异的，并且是以行为单位来比对的!...用 diff 就把我们刚刚的处理给比对完毕了! 用 diff 比对文件真的是很简单喔!不过，你不要用 diff 去比对两个完全不相干的文件，因为比不出 个啥咚咚!...还可以比对不同目录下的相同文件名的内容，这样真的很方便~ 10.4.2 cmp 相对于 diff 的广泛用途， cmp 似乎就用的没有这么多了~ cmp 主要也是在比对两个文件，他主要 利用『字节』单位去比对
但经常会出现改着改着，就不知道改完后与源文件的差异是怎样的。这里，我们就需要一个文本比对工具来进行文本比对。...有经验的程序员都知道，Windows下有个很好用的文本比对工具——BeyondCompare。但它是收费软件，很多正规的公司是不允许使用破解软件的。...而且，它也只能在Windows下使用，没有Linux版本。 本文所介绍的文本比对方法，无需任何软件，只需一个Linux命令。学会这个命令，妈妈就再也不怕你不会文本比对了。...这个Linux命令就是diff命令。 diff是Unix系统的一个很重要的工具程序。它用来比较两个文本文件的差异，是代码版本管理的基石之一。 首先我们来看它的基本命令格式。...（1）正常格式 正常格式下我们无需加任何选项，直接如下比对就好： ? 执行完的结果如下： ? 我们一行一行来解释上图的含义。
本文介绍 9 种 Linux 下常用的 9 种代码比对工具，不仅有命令行工具，还有 GUI 界面工具，让你轻松进行代码比对。...1. diff命令 diff 命令是 Linux 下自带的一个强大的文本比对工具，而且使用起来非常方便。对于它的使用，我之前也单独写过一篇文章介绍，点击下方链接可以查看。...diff 命令在大多数的 Linux 发行版里已经预装了，它可以逐行比对两个文本文件，并输出它们的差异点。更多介绍可以直接查看它的 man 手册。...DiffMerge DiffMerge 是一个跨平台的 GUI 文本比对工具，具有 Linux ，Windows ，macOS 三大平台版本。...TkDiff TkDiff 是另外一种跨平台，易于使用的 GUI 文本比对工具，可以运行在 Linux ，Windows 及 MacOS 系统上。
Linux文件操作 Linux中，一切皆文件(网络设备除外)。 硬件设备也“是”文件，通过文件来使用设备。 目录(文件夹)也是一种文件。...boot:这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件，包括一些连接文件和镜像文件。...deb:deb是Device(设备)的缩写，该目录下存放的是Linux的外部设备，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。...tmp:用来存放一些临时文件 media:Linux系统会自动识别一些设备，例如U盘、光驱等，当识别后，Linux会把识别的设备挂载到这个目录下。...mnt:临时挂载其他文件。 proc:包含了进程的相关信息。 ---- Linux文件的操作方式 文件描述符fd fd是一个大于等于0的整数。
linux移动文件命令 mv命令 功能：为文件或目录改名或将文件由一个目录移入另一个目录中。该命令如同DOS下的ren和move的组合。...语法：mv [选项] 源文件或目录 目标文件或目录 说明： 视mv命令中第二个参数类型的不同(是目标文件还是目标目录)，mv命令将文件重命名或将其移至一个新的目录中。...当第二个参数类型是文件时，mv命令完成文件重命名，此时，源文件只能有一个(也可以是源目录名)，它将所给的源文件或目录重命名为给定的目标文件名。...当第二个参数是已存在的目录名称时，源文件或目录参数可以有多个，mv命令将各参数指定的源文件均移至目标目录中。在跨文件系统移动文件时，mv先拷贝，再将原有文件删除，而链至该文件的链接也将丢失。...例2：将文件wch.txt重命名为wjz.doc$ mv wch.txt wjz.doc 相关视频教程推荐：《Linux教程》 版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。
例如: fwrite、fread、fopen、fclose、fseek、fflush ---- 文件系统接口 文件系统——一种把数据组织成文件和目录的存储方式，提供了基于文件的存取接口，并通过文件权限控制访问...文件系统缓存 主存(通常是DRAM)的一块区域用来缓存文件系统的内容，包含各种数据和元数据。...---- O_SYNC 缓存同步 为了保证磁盘系统与缓冲区内容一致，Linux系统提供了sync,fsync,fdatasync三个函数。...fsync——将fd对应文件的块缓冲区立即写入磁盘，并等待实际写磁盘操作结束返回。 fdatasync——类似fsync,但只影响文件的数据部分。而除数据外，fsync还会同步更新文件属性。...---- Linux文件IO流程图 内核中会有一个线程，不断地将高速页缓冲区中的数据写入到物理磁盘中。
对于文件的操作而言，“锁定”操作是对文件（尤其是对共享文件）的一种高级的文件操作。...当某进程在更新文件内数据时，期望某种机制能防止多个进程同时更新文件从而导致数据丢失，或者防止文件内容在未更新完毕时被读取并引发后续问题，这种机制就是“文件锁”。...在Linux系统中，通常采用“文件锁”的方式，当某个进程独占资源的时候，该资源被锁定，其他进程无法访问，这样就解决了共享资源的竞争问题。 文件锁包括建议性锁（又名“协同锁”）和强制性锁两种。...建议性锁要求每个相关进程访问文件的时候检查是否已经有锁存在并尊重当前的锁。一般情况下不建议使用建议性锁，因为无法保证每个进程都能自动检测是否有锁，Linux内核与系统总体上都坚持不使用建议性锁。...在Linux内核提供的系统调用中，实现文件上锁的函数有lockf()和fcntl()，其中lockf()用于对文件加建议性锁，这里不再讲解。fcntl()函数既可以加建议性锁，也可以加强制性锁。
文件锁 前言 /proc是一个特殊的文件系统。 该目录下文件用来表示与启动、内核相关的特殊信息。...cpuinfo——CPU详细信息 /proc/meminfo——内存相关信息 /proc/version——版本信息 /proc/sys/fs/file-max——系统中能同时打开的文件总数... 可修改该文件 进程的相关信息——/proc/32689/ 表示指定进程（进程号为32689)的相关信息 /proc/devices——已分配的字符设备、块设备的设备号 ---...- 文件锁 用于并发对文件I/O进行操作 用法 #include #include int fcntl(int fd, int cmd, ... /* arg...读锁可以多个程序对同一文件上读锁，除此之外其他情况也会失败(阻止其他程序的读锁与写锁)。
在Linux下，一切皆文件。这是我们嵌入式Linux开发与应用这门课的老师经常挂在嘴边的一句话。足以体现出在Linux操作系统中，对于一切资源的管理都是对文件的操作。...Linux系统中每一个分区都是一个文件系统，都有自己的目录层次。Linux会将这些在不同分区的，单独的文件系统按一定的方式形成一个系统的总目录层次结构。...目录在Linux下也是文件，称为目录文件。目录文件的内容是该目录的目录项，目录项是该目录下的文件和目录相关的信息。...Linux采用的是标准的目录结构——树形结构（B树家族） Linux既然采用了树形结构的目录形式，整个OS只有一棵文件树，这样方便OS对文件进行统一管理。...Linux文件分类： 普通文件：用户和OS的数据，程序等信息文件 目录文件：Linux文件系统将文件索引节点号和文件名同时保存在目录中，所以目录就是一张表。
序列比对和序列特征分析总目录 网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 运行方式：本地或web ---- 基本的BLAST工具包括： ?...也就是查询的蛋白和数据库中的DNA都翻译成蛋白进行比对。...一： web blast 举一个例子说明 图1可以看到，输入框可以输入accesion number，gi，或FASTA序列，也可以上传文件。 job title给查询的任务取个名字。...linux.tar.gz $ mv ncbi-blast-2.8.1+/ blast $ cd blast $ cd bin $ ls 可执行文件显示如下 blastdb_aliastool blastn...查看log文件是否有提示；2.
这是我们嵌入式Linux开发与应用这门课的老师经常挂在嘴边的一句话。足以体现出在Linux操作系统中，对于一切资源的管理都是对文件的操作。...Linux系统中每一个分区都是一个文件系统，都有自己的目录层次。Linux会将这些在不同分区的，单独的文件系统按一定的方式形成一个系统的总目录层次结构。...Linux采用的是标准的目录结构——树形结构（B树家族） Linux既然采用了树形结构的目录形式，整个OS只有一棵文件树，这样方便OS对文件进行统一管理。...Linux文件分类： 普通文件：用户和OS的数据，程序等信息文件 目录文件：Linux文件系统将文件索引节点号和文件名同时保存在目录中，所以目录就是一张表。...Linux文件描述符 在Linux下当一个进程打开文件的时候，OS会返回相应的文件描述符，程序为了处理该文件必须使用这个文件描述符。文件描述符是一个正整数。
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