尽管早期激素类似物取得了成功，但较长的多肽的生产受到合成方法的限制。因此，内源性人多肽和蛋白质在细胞培养系统中选择性表达是非常可取的，重组技术的出现则是多肽药物开发的一个里程碑。...1982 年，第一个重组生产的人类多肽——生长抑素被生产。随后，蓬勃发展的基因工程实现了单个氨基酸的调整，从而改善多肽在体内的吸收、分布、代谢和排泄特性。...然后，他们再通过模拟血脑屏障的实验，从肽库中筛选能通过的多肽，最终达到获得穿越体外血脑屏障模型能力的多肽 (穿梭肽) (图 4)[8]。...目前，全球市场上将近有百种多肽药物，新的多肽治疗药物的研究继续以稳定的速度进行，其中 100 多种多肽处于临床开发阶段，另有 400-600 种多肽处于临床前研究阶段[2]。...相关产品多肽库MCE 提供 780+ 种多肽，包括多种生物活性多肽、氨基酸衍生物和阻断多肽。MCE 多肽库可用于多肽筛选、药物发现、疫苗开发、靶标验证、结构活性研究等领域。
医学生：生理生化 必有一挂 生科/生技：生化书是我见过最厚的教材 没有之一 每周一堂 生化小课 —— 期末/考研 逢考必过—— β构象将多肽链组织成折叠 1951年，Pauling和Corey预测了第二种重复结构...这是多肽链的一种更延伸的构象，其结构再次由根据一组特征二面角排列的主链原子定义。在β构象中，多肽链的主链延伸成锯齿状而非螺旋状结构（图4-5）。β构象中的单个蛋白质片段通常被称为β链。...单个多肽片段的之字形结构导致整个片的褶皱外观。氢键在片内多肽链的相邻片段的主链原子之间形成。形成β片的单个片段通常在多肽链上相邻，但在多肽的线性序列中也可能彼此相距很远；它们甚至可以在不同的多肽链中。...β折叠中的相邻多肽链可以是平行的或反平行的（分别具有相同或相反的氨基到羧基方向）。尽管平行构象的重复周期较短（反平行构象为6.5 vs. 7.0 Å）且氢键模式不同，但结构有些相似。
David Baker，作为蛋白质结构预测领域的领军人物，这次选择了环状多肽作为蛋白质结构预测的落地应用场景。...多肽，是介于小分子药物和蛋白质药物之间的第三种药物存在模式。同前两者相比，多肽药物的市场一直偏小，这与其自身存在的诸多缺陷是分不开的。...首先，是多肽药物的稳定性问题，多肽药物因为其众多肽键的存在而容易被体内的肽酶水解。David Baker选择了环状多肽这样一类结构来解决它的稳定性问题。...其次，便是跟透膜性密切相关的口服问题，这也是多肽药物未能同小分子药物一样普及开来最关键的问题所在。...环孢菌素以及索马鲁肽等口服多肽药物的存在，让科学家们发现，多肽的口服是可以实现的。但是，人们对多肽药物实现口服这个问题一直研究得不够深入。这是阻碍多肽药物市场进一步拓展开来的一个极为极为重要的因素。
生科/生技：生化书是我见过最厚的教材 没有之一 每周一堂 生化小课 —— 期末/考研 逢考必过—— 多肽通过分步过程快速折叠 在活细胞中，蛋白质以非常高的速度由氨基酸组装而成。...多肽链是如何形成其天然构象的？让我们保守地假设，每个氨基酸残基平均可以有10种不同的构象，这样多肽就有10100种不同的构象。...大型多肽链的折叠路径无疑是复杂的。不过，稳健的算法通常可以根据氨基酸序列预测较小蛋白质的结构。主要的折叠路径是分层的。首先形成局部二次结构。...这一过程一直持续到形成完整的结构域并且折叠整个多肽（图 4-26）。...值得注意的是，以近距离相互作用（通常位于多肽序列中相互靠近的残基对之间）主导的蛋白质往往比具有更复杂折叠模式和不同片段之间具有许多长距离相互作用的蛋白质折叠得更快。
iDVIP: identification and characterization of viral integrase inhibitory peptide...
从癌细胞突变蛋白中提取的多肽在被改造成癌症疫苗后，可以刺激针对癌细胞的特异性免疫反应，呈现抗原肽。然而，在大多数情况下多肽需要与IC(50)<500 nM的高效MHC分子结合才能有效地引起免疫反应。...因此，多肽与MHC结合是抗原呈递过程中的关键。识别能与MHC分子结合的多肽是开发癌症疫苗的重要步骤之一。...为此，作者提出一种可解释的预测多肽-MHC结合模型-ACME，该模型将深度卷积神经网络与注意力模块相结合，整合了从卷积网络多个层次提取的特征，有效捕捉了多肽与MHC结合的内在特征，建立了一个准确且可解释的预测模型...此外，作者将ACME模型与较新的ConvMHC模型在多肽与MHC结合预测性能方面进行了对比。值得注意的是，ConvMHC只能应用于长度为9的多肽上。...在这个长度的多肽上，ACME的准确率比ConvMHC 高1.2%。而除了长度为9的多肽，ACME还可以对不同长度的多肽进行精确预测。
20世纪80年代重组技术的出现使生产更大的多肽成为可能。随后，通过结合脂类、较大的蛋白质和聚乙二醇来增加多肽分子量的策略有助于克服肾脏清除和增加血浆循环时间的问题。...像噬菌体展示这样的显示技术现在允许从巨大的文库中以目标为导向发现具有更多药物性质的多肽。Flexizyme技术允许将非蛋白原性氨基酸纳入展示库。...目前获批的多肽类药物中，大多数是激动剂，最常见的靶向适应症与内分泌学、代谢和肿瘤学有关。 ? 图2. 多肽药物市场 肽药物发现策略 整合的毒液组学和显示技术是发现治疗性先导物的两项关键技术。...图5.肽药物的药物化学策略 肽药物开发展望 在过去的60年里，多肽疗法得到了稳步的认可，我们预计这一趋势将会加速，因为生物制剂已经消除了药物需要口服才能成功的传统假设。...多肽领域在许多方面已经成熟，包括能够大规模、可靠、快速地生产结构复杂的多达100个氨基酸的多肽的平台，使高效、低成本的SAR和先导物优化研究成为可能。
长期以来的多肽识别方法，如搜索引擎和实验质谱库，正在被深度学习模型所取代，这些模型可以根据多肽的氨基酸序列来预测其碎片质谱。...该领域目前的挑战包括预测具有翻译后修饰的多肽和交联的多肽对的质谱。...修饰和交联的多肽 PTMs是对蛋白质的共价修饰，可以发生在氨基酸侧链或末端。它们的存在改变了离子序列成员的质量，也可以对峰强度产生深远的影响。此外，由于特定于修改的中性损失，它们可能会产生额外的碎片。...深度学习在多肽识别问题上的另一个有前途的应用是DeepMatch，它规避了光谱的预测，直接预测PSM分数。
多肽不仅与多个生理活动相关联，还可以自组装成纳米粒子，参与到生物检测、药物递送、组织工程中。 然而，多肽的序列组成过于多样，仅 10 个氨基酸就可以组成超过百亿种多肽。...由于这些氨基酸的侧链和水之间相互排除，疏水性强，对多肽自组装贡献较强。这组氨基酸常分布在多肽的两端，尤其是自组装多肽的 N 端。...T 和 S 倾向于占据多肽的两端，尤其是 N 端，这有利于氢键的形成。而 H 会远离多肽的两端。 图 10：极性侧链对多肽结构的影响 第四组氨基酸包括蛋氨酸 (M) 和脯氨酸 (P)。...M 和 P 在不同 APHC 的多肽中分布基本一致，仅对多肽的特定指标有微弱的影响。...自组装多肽：生物医药新方向 虽然人们对多肽的自组装特性研究还不够深入，但自组装多肽已经广泛用于组织工程、药物递送和生物传感当中。
主要组织相容性复合物（MHC，major histocompatibility complex）Ⅰ类蛋白与多肽的结合预测是研究T细胞免疫的重要工具。...之后结合MS识别的多肽（hits）与未识别到的多肽（decoys）生成AP模型的训练集以结合MHCI类等位基因信息。...它的神经网络结构包含了多肽N端和C端裂解或加工信号（图3A）。...该分析显示，半胱氨酸在整个多肽中的hits缺失，这是MS的已知偏差。...AP预测器被训练来学习BA预测器漏掉了什么，即在预测与MHCⅠ类紧密结合的多肽中，区分MS-hits和decoys的残基序列特性。
天然存在的多肽长度从两个到数千个氨基酸残基不等。即使是最小的肽也能产生重要的生物学效应。...一些蛋白质由一条多肽链组成，但其他蛋白质（称为多亚基蛋白质）具有两个或多个非共价结合的多肽（表 3-2）。多亚基蛋白中的各个多肽链可以相同或不同。...如果至少有两个相同，则该蛋白质被称为寡聚体，相同的单元（由一条或多条多肽链组成）称为原聚体。...在这种多亚基蛋白的结构中，每个 α 亚基都以相同的方式与一个 β 亚基配对，因此血红蛋白可以被认为是四个多肽亚基的四聚体或 α β 原聚体的二聚体。 一些蛋白质含有两个或多个共价连接的多肽链。...例如，胰岛素的两条多肽链通过二硫键连接。在这种情况下，单个多肽不被认为是亚基；相反，它们通常被简称为链。 蛋白质的氨基酸组成也是高度可变的。20种常见氨基酸在蛋白质中的含量几乎不一样。
在不需要多肽的多序列比对信息的情况下，作者应用AlphaFold2成功建模出多肽-蛋白质复合体，并且还可以处理配体结合诱导的受体构象变化。...1 研究背景 多肽-蛋白质相互作用对许多生物过程十分重要，多肽常通过结合蛋白质和介导或阻断相互作用，作为治疗药物应用于生物技术、药物传递、成像等等。...实验表明，通过将多肽连接到受体，神经网络会生成准确的多肽-蛋白质复合结构。...这一性能的实现要归功于AF2能够 (1) 准确识别非结构化区域并将它们建模为linker，以及 (2) 预测多肽-受体复合物，而无需对多肽进行多序列比对。...此外，值得一提的是，AF2还能够在没有可用的多肽MSA信息的情况下，模拟多肽-蛋白质复合结构。
不增加对正常组织和器官毒性的情况下提高治疗效果是抗肿瘤治疗的一大难题。众所周知，肿瘤细胞过度表达碱性磷酸酶。碱性磷酸酶是临床上测试最多的肿瘤生物标志物。在活细胞...
谈及此次投资逻辑，富汇创投投资合伙人程浩博士表示：主流源生物在传统多肽药物研发的基础之上，寻求新型治疗策略，将多肽与经典化疗药物完美结合，多个肽段完美融合，开辟了多肽类药物2.0的新篇章，对新药领域的发展具有重要意义...我们期待主流源生物早日面向全球推出“有效性、安全性、经济性”兼备的商业化创新多肽药物，惠及更多患者。...据了解，主流源生物成立于2021年，是一家聚焦多肽创新药物2.0的研发型生物科技企业。公司利用其先进独特的多肽偶联药物（PDC）以及多功能肽药物筛选、优化平台，开发了一系列具有一类新药潜质的多肽药物。...主流源生物团队通过计算化学和AI辅助的多肽设计，能够精确计算模拟药物与靶点蛋白的相互作用，从而进一步通过适当的多肽结构修饰来提高成药性。...主流源公司创始人张君革博士表示：非常感谢富汇创投和各家投资机构对多肽新药的支持和认可。主流源生物团队将发挥我们在多肽新药领域的技术优势，在PDC和多功能肽药物领域持续创新，推动我国新药行业的发展。
目前，在自然界发现了7000多种多肽，这些多肽在各种生理过程中发挥着重要作用。...多肽可以以较高的精度作用于体内目标，产生良好的效果并且减少副作用，与传统分子（如蛋白质）相比，多肽具有渗透性高、生产成本低、复杂度低、特异性高以及生物活性强等优点，因此，多肽被视为设计新药的理想分子。...在多肽药物发展的过程中需要重点关注多肽的这三个属性：毒性、免疫原性以及稳定性。目前在这个三个属性中，多肽的毒性受到的关注最少，其也是限制多肽药物发展的主要因素之一。...然而，在湿实验室中利用传统实验的方法验证多肽的毒性通常费时、费力且成本高，并且随着多肽数据的增长，传统的实验方法已经不能满足我们的需求，因此，研究人员非常有必要建立基于机器学习的技术来检验多肽的毒性，这种技术可以有效地减少候选多肽药物的搜索...2.CNN_BiLSTM：首先利用CNN从多肽的位置特异性得分矩阵中提取多肽序列的局部信息，接着，利用BiLSTM提取多肽序列中的远距离依赖关系，从而得到多肽的进化特征。
其中，具有序列多样性的多肽分子构成了一个超大规模的潜在治疗药物的候选库。通过噬菌体、核糖体展示等高通量技术，可以实现 条序列的功能识别。...在长度为6-9的多肽上进行全局搜索 ，通过湿实验和活体实验，结果显示，筛选出的多肽的抗菌性能至少可以达到目前发现的，针对特定菌种的最好的抗菌肽的水平。...图 1 数据集的选择部分，我们融合了当前广泛使用的 APD，DADP，DBAASP 和 UniProt 等数据集，按照菌种收集了约 7660 条数据(同一条多肽的多条抗菌性记录使用均值处理，对不具有抗菌性的多肽统一赋一个极大值以示区分...实验解读 对于多肽序列的输入，我们使用了两种处理方式应对不同的模型。针对传统的机器学习模型，使用相关工具包，计算出多肽对应的物化性质的 676 维结构化特征。...图 5.a 显示了该框架极高的运算效率，可以在 19 天内完成对 5000 亿级别多肽库的筛选。图 5.c 表明，识别的 54 条多肽（共 55 条）具有抗菌性，识别成功率高达 98.2%。
识别蛋白质与多肽的结合位点对于了解蛋白质功能机制和探索药物发现至关重要。...为了解决这一问题，作者提出了PepBCL，这是一种新的基于BERT的对比学习框架，仅基于蛋白质序列预测蛋白质-多肽结合位点。...二、研究背景 蛋白质-多肽相互作用是重要的蛋白质相互作用之一，在许多基本细胞过程中起着至关重要的作用，例如DNA修复、复制、基因表达和代谢等。...研究还发现，蛋白质相互作用涉及一些异常的细胞行为，这些行为会诱发多种疾病，其中约 40%的相互作用是由相对较小的多肽介导的。...因此，识别参与蛋白质-多肽相互作用的结合位点对于理解蛋白质功能和药物发现都是必要的。
许多蛋白质的折叠需要分子伴侣，即与部分折叠或不正确折叠的多肽相互作用的蛋白质，促进正确的折叠途径或提供可以发生折叠的微环境。在从细菌到人类的生物体中发现了几种类型的分子伴侣。...Hsp70蛋白与富含疏水残基的未折叠多肽区域结合。因此，这些分子伴侣“保护”受热变性的蛋白质和合成的新肽分子（尚未折叠）。...Hsp70蛋白在一个循环中结合并释放多肽，该循环利用ATP水解产生的能量，并涉及几种其他蛋白（包括一类称为Hsp40的蛋白）。图4-28说明了真核Hsp70和Hsp40伴侣的伴侣辅助折叠。...Hsp70伴侣与未折叠多肽的结合可能会破坏蛋白质聚集体或阻止新蛋白质聚集体的形成。当结合的多肽被释放时，它有机会恢复折叠至其天然结构。如果折叠发生得不够快，多肽可能会再次结合并重复该过程。...或者，可将Hsp70结合的多肽递送至伴侣蛋白。 伴侣蛋白是一些细胞蛋白质折叠所需的精细蛋白质复合物，这些蛋白质不会自发折叠。
在自然界中，一些蛋白质和多肽也含有卤素原子，而卤代蛋白质和卤代多肽的合成也是科研人员关注的一个领域，但目前仍然缺乏对卤代蛋白质或肽所形成的卤键的系统研究。...相关研究为卤键应用于多肽/蛋白药物的研发提供了理论性指导。...工作介绍 研究人员首先对PDB数据库中的195,093个三维结构进行了筛选，发现卤代蛋白或卤代多肽所形成的卤键主要存在于蛋白-多肽相互作用界面（inter_XBs）以及蛋白结构内部（intra_XBs）...含卤蛋白/多肽的统计结果（aNo_XB表示未形成卤键） 对于蛋白-多肽间的卤键，研究人员通过QM/MM结构优化、自然键轨道（NBO）理论和独立梯度模型（IGM）分析，证实蛋白-卤代多肽复合物间形成了强卤键...为了进一步研究卤键对蛋白-多肽结合的作用，研究人员对卤代前后蛋白-多肽复合物的优化结构进行了结合能计算，计算结果表明卤键的存在显著增强了蛋白-多肽间的结合作用（表一）。 图二.
在48天内，IBM的AI分子设计系统发现、合成和实验测试了20个AI生成的新型候选多肽类抗生素。其中两个被证明对各种革兰氏阳性和革兰氏阴性病原体具有很强的效力。...在《Nature Biomedical Engineering》上发表的文章中，我们概述了我们如何利用它创造出两种具有强大广谱效力的新型多肽类抗生素。...我们的方法的性能比其他领先的从头多肽类抗生素设计方法的性能高出近10%。...它的工作原理是从多肽的信息隐藏空间中采样，并依赖一个由分类器在隐藏表示中训练的分子属性指导的拒绝采样方案。...在48天内，我们的AI加速发现的分子设计方法使我们能够发现、合成和实验测试20个AI生成的新型候选多肽类抗生素。
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