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snakemake杂记:多个转录比对到多个基因得到多个bam文件然后合并

我的需求是: 我有10个基因,然后又12个转录数据,然后将这个12个基因数据分别比对到这个10个基因,每个基因得到12个bam文件,然后将每个基因的12个bam文件合并 ,最终得到10个合并的...""" samtools merge -@ {threads} {output} {input.bams} """ 这样写的问题是合并的时候每个基因对应的是...请大家批判着看,欢迎大家指出其中的错误 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录学...、基因学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记!

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spark读取多个文件夹(嵌套)下的多个文件

在正常调用过程中,难免需要对多个文件夹下的多个文件进行读取,然而之前只是明确了spark具备读取多个文件的能力。...针对多个文件夹下的多个文件,以前的做法是先进行文件夹的遍历,然后再进行各个文件夹目录的读取。 今天在做测试的时候,居然发现spark原生就支持这样的能力。 原理也非常简单,就是textFile功能。...编写这样的代码,读取上次输出的多个结果,由于RDD保存结果都是保存为一个文件夹。而多个相关联RDD的结果就是多个文件夹。...          val alldata = sc.textFile("data/Flag/*/part-*")           println(alldata.count())    经过测试,可以实现对多个相关联

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Linux:修改文件夹权限和用户名用户

Linux里面对这些字符设置对应的数值,r是4,w是2,x是1,-是0。 “rw-”是6(=4+2+0),a.txt的权限是644,属于root用户的root用户。...二、修改权限:chmod 1、改文件的权限 修改文件a.txt的权限为755 chmod 755 a.txt 2、改文件夹的权限 只改变文件夹本身权限,不改动子文件(夹) chmod 600 my/ 改变文件夹及子目录下所有文件...(夹)权限 # 中间是大写的R,不是小写 chmod -R 777 my/ 三、修改所属用户和用户:chown 这个和修改文件夹的权限是基本相同的,只不过是把chmod命令换成了chown。...1、修改文件所属用户和用户 # 修改a.txt文件所属用户(jay)和用户(fefjay) chown jay:fefjay a.txt 2、修改文件夹所属用户和用户 只改文件夹本身所属用户和用户...,不改子文件(夹) chown redis:redis /var/lib/redis 改变文件夹及所有子文件(夹)所属用户和用户 chown -R redis:redis /var/lib/redis

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linux 如何修改文件夹所属用户名和用户

有一次魏艾斯博客新建了一个文件夹,把网站文件全都放了进去,后来发现 ftp 无法上传文件了,总提示上传失败。...分析问题:查看网站文件夹的所属用户和用户 ls -l ? 我们看到 vpsss 这个文件夹属于 root 用户和用户,不属于网站的 www 用户和用户。...原来当初新建文件夹的时候,使用 root 账号建立的,看来问题出在这里,下面就是修改权限了。 解决问题:1、使用 chown 命令更改文件/文件夹拥有者。...2、使用 chgrp 命令更改文件所属用户 格式:chgrp 用户名称 dirname/filename 实例:chgrp www vpsss 上面 www 是改后的用户,vpsss 是要修改的文件夹名字...回过头来总结一下,当你需要把网站文件换到别的文件夹里面的时候,首先要检查新文件夹的权限对不对,如果不对及时更正。

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linux中复制文件夹到另一个文件夹_linux 文件夹复制

1、将一个文件夹下的所有内容复制到另一个文件夹下 cp -r /home/packageA/* /home/cp/packageB/ 或 cp -r /home/packageA/....方法示例: 2、将一个文件夹复制到另一个文件夹下 cp -r /home/packageA /home/packageB 运行命令之后packageB文件夹下就有packageA文件夹了。...方法示例: 3、删除一个文件夹及其下面的所有文件 rm -rf /home/packageA -r表示向下递归,不管有多少级目录,一并删除 -f表示直接强行删除,不作任何提示的意思 方法示例:...4、移动一个文件夹到另一个文件夹下面 mv /home/packageA /home/packageB/ 或 mv /home/packageA /home/packageB 这两种方法效果是一样的...方法示例: 5、移动一个文件夹下的所有内容到另一个文件夹下面 mv /home/packageA/* /home/packageB/ 方法示例: 参考文章 https://blog.csdn.net

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如何linux删除文件夹,linux删除文件夹,教您电脑的linux怎么样删除文件夹

有些爱学习的用户会去操弄linux软件程序,在操作linux的过程中,有时候要删除一个文件夹,往往会提示次此文件非空,没法删除,这对于刚接触的用户来说无疑是一个巨大的困难,为此,小编这就来跟大家分享linux...有用户在网上提出这样的提问,一般普通的用户对这些程序软件还不是很了解,linux 可以说是现在最便宜的操作系统,linux 现在正向两个方面发展:服务器版和个人家用版,那么linux删除文件夹呢?...下面,小编就来跟大家介绍linux删除文件夹的操作方法。...linux删除文件夹 使用“SecureCRT”,通过 SSH2 连接到Linux 系统 linux电脑图解1 在 Linux 下删除目录的命令是“rm”,可以在终端命令提示符下输入“rm –help...首先创建一个名为“test”的文件夹,然后输入命令“rm -r test” 文件夹电脑图解3 再来测试一下带有 “rm -r -i -v test” 参数的 rm 命令 linux电脑图解4 删除文件夹实例

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windows连接linux共享文件夹,windows访问linux共享文件夹

,利用映射盘的原理将Linux共享文件夹映射到Windows磁 … Ubuntu Linux虚拟机与windows快速创建共享文件夹 有时候我们需要在windows下与远程Linux服务器传输文件,之前使用...… windwo访问linux文件夹方法 windwo访问linux文件夹:是通过linux的samba来实现的: 安装samba需要安装samba-client.samba-common.smaba3...windows上的路径,指定名称code: 选择自动挂载.固定分配3.在centos上面执行如下命令 … Linux访问Window共享文件夹的配置步骤 1....Window下创建用户XXX(作用:Linux mount时需要提供用户和密码) 2. Window下共享文件夹给XXX用户,并根据实际需要设置读取/写入权限 3....console.log(i); },0); } 解析: 考的是setTimeo … Vue的组件 1,局部组件就是在Vue对象内部注册的构造器 【splunk】按时间统计并找到异常值 场景: 有长时间对多个端口访问的日志数据

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Linux 调度浅析

cgroup 与调度 linux内核实现了control group功能(cgroup,since linux 2.6.24),可以支持将进程分组,然后按来划分各种资源。...cgroup支持很多种资源的划分,CPU资源就是其中之一,这就引出了调度。 linux内核中,传统的调度程序是基于进程来调度的(参阅《Linux 进程调度浅析》)。...在linux内核中,使用task_group结构来管理调度的。所有存在的task_group组成一个树型结构(与cgroup的目录结构相对应)。...(参见《linux内核SMP负载均衡浅析》。近期会推送给大家) 的调度策略 调度的主要数据结构已经理清了,这里还有一个很重要的问题。...实时进程的调度 从《Linux 进程调度浅析》一文可以看到,实时进程是对CPU有着实时性要求的进程,它的优先级是跟具体任务相关的,完全由用户来定义的。调度器总是会选择优先级最高的实时进程来运行。

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图解|Linux 调度

本文基于 Linux-2.6.26 版本 什么是进程调度 一般来说,在操作系统中会运行多个进程(几个到几千个不等),但一台计算机的 CPU 资源是有限的,如 8 核的 CPU 只能同时运行 8 个进程。...为了解决这个问题,Linux 实现了 调度 这个功能。那么什么是 调度 呢? 调度 的实质是:调度时候不再以进程作为调度实体,而是以 进程 作为调度实体。...# 在进程A中创建进程C $ echo 1923 > /sys/cgroup/cpu/A/cgroup.procs # 向进程A中添加进程ID为1923的进程 Linux 在调度的时候,首先会根据...在分析之前,为了对 完全公平调度算法 有个大体了解,建议先看看这篇文章:《Linux完全公平调度算法 》。 1. 进程Linux 内核中,使用 task_group 结构表示一个进程。...Linux 调度的时候,就是从上而下(从根进程开始)地筛选出最优的进程进行运行。 2.

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Linux 用户和

Linux 用户和 1、用户和的概念 用户的作用: Authentication:认证 Authorization:授权 Accouting:审计 用户存在的最终目的: 为了实现资源的分派 的作用...: 将具有相同特征的用户放在一起组成一个整体 当用户过多时方便管理 1.1Linux安全上下文 Linux通过安全上下文的概念完成用户权限的指派。...---- 2 用户分类 Linux分为root用户、系统用户、普通用户: 用户分类 用户ID(uid) root用户 0 系统用户 1~499(为守护类进程获取系统资源而完成权限指派的用户) 普通用户...500~65535(为了完成交互式登录使用的用户) ---- 3 的分类 用户组分类 特性 基本组 用户的默认 附加组(额外) 基本组以外的其它 ---- 4、用户和相关的配置文件 4.1...GID,必须事先存在 -G gruopname //附加组,可以有多个,用逗号隔开。

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linux 文件夹说明《Rice linux 学习开发》

Linux下各文件夹的说明: /bin:二进制可执行命令。 /dev:设备特殊文件。 /etc:系统管理和配置文件。 /etc/rc.d:启动的配 置文件和脚本。.../usr/src:源代码,linux内核的源代码就放在/usr/src/linux 里。 /usr/local/bin:本地增加的命令。 /usr/local/lib:本地增加的库根文件系统。...linux正是靠这些文件才得以正常地运行。 4. /root目录 /root目录是超级用户的目录。 5..../etc/group:类似/etc/passwd,但说明的不是用户信息而是的信息。包括的各种数据。 6. /etc/inittab:init的配置文件。 7....;如有多个分区则依次为hda1、hda2 . . . . . . 3. /dev/sd:scsi磁盘驱动程序接口。如系统有scsi硬盘,就不会访问/dev/had, 而会访问/dev/sda。 4.

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linux怎么创建用户和用户_linux查看用户

1、linux里查看所有用户 (1)在终端里.其实只需要查看 /etc/passwd文件就行了. (2)看第三个参数:500以上的,就是后面建的用户了.其它则为系统的用户..../shadow和 /etc/passwd 创建/etc/passwd ,然后会删除 /etc/shadow 文件; finger 注:查看用户信息工具 id 注:查看用户的UID、GID及所归属的用户...visodo 是编辑 /etc/sudoers 的命令;也可以不用这个命令,直接用vi 来编辑 /etc/sudoers 的效果是一样的; sudoedit 注:和sudo 功能差不多; 3、管理用户(...group)的工具或命令; groupadd 注:添加用户; groupdel 注:删除用户; groupmod 注:修改用户信息 groups 注:显示用户所属的用户 grpck grpconv...M:不建立默认的自家目录,也就是说在/home下没有自己的目录 useradd –G test –d /tmp/test –M usr2 [code] 接着改变文件夹的属主和权限 chown usr1

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