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生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)

在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面,我提到过Linux基本上几十年都没有怎么变动过基础知识的,哪怕你现在搜索到十几年前的Linux教学视频,也不会觉得尴尬。而且Linux属于IT工程师必备技能,IT的发展程度远超于我们,再加上各种马哥鸟叔,还有黑马训练营公开30天完整教学视频,按照道理我是没有必要在他们IT专业人士面前班门弄虎的, 毕竟他们随便拿几个偏门知识点就可以问倒我了!不过我们生信技能树的特色是主打生物信息学方向技能建设,而它作为一个典型的教交叉学科,想在此领域成为一个专业靠谱的生信工程师,我们实在是做不到在任何一个非核心知识点投入过多的时间和精力。

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你不会以为它们的免疫评分都是自己算的吧

但是接下来大家又想问,同样的想比较两个分组的免疫评分的差异,但是免疫评分的工具太多了,比如有一个2019的综述文章:《Comprehensive evaluation of transcriptome-based cell-type quantification methods for immuno-oncology》比较了常见的免疫细胞比例推断工具的表现,另外一个2018的综述《Quantifying tumor-infiltrating immune cells from transcriptomics data》提到工具更多,起码十几款了。大家也不可能一一研读,下载,测试,使用它。但是又确实看到了大量数据挖掘文章都使用了这些免疫评分信息啊,比如:新鲜出炉(2021年6月)的文章:《Identification of a Ferroptosis- Related LncRNA Signature as a Novel Prognosis Model for Lung Adenocarcinoma》 ,就对比了 ESTIMATE, TIMER, MCP counter, CIBERSORTx,和ssGSEA ,如下所示:

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