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    GBS hapmap 格式化为Plink格式方法

    1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。...本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 环境:linux系统 2....要安装anaconda或者miniconda,然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法:https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux...3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...5.5 使用plink将bed文件转化为map和ped文件 plink --bfile tassel.test.vcf2plink --recode --out result 结果生成:result.ped

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    python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

    MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。

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    linux添加硬盘,光驱及yum源安装

    超全 Linux 硬盘操作总结 0.linux 服务器添加硬盘并进行分区 1.光驱的挂载 2.软件的相关操作 0.linux 服务器添加硬盘并进行分区 1、linux 服务器添加硬盘并进行分区,实现自动挂载...Fdisk /dev/sdb n p 分区一的开始 1 分区一的结尾 自定义1 分区二的开始 自定义1+1 分区二的结尾 自定义2 w 3、磁盘格式化 mkfs...-t ext4 /dev/sdc1 mkfs -t ext4 /dev/sdc2 4、硬盘挂载(临时挂载:重启linux系统后,不会挂载) mount /dev/sdc2 /mnt/disk1...添加UUID=新硬件的UUID 挂载点路径 格式等 重启 其他说明 硬盘删掉后,/fstab没有删除UUID重启报错 使用 mount -o remount rw /...重新挂载,能够编辑/etc/fstab 删掉 添加UUID=新硬件的UUID 重启 1.光驱的挂载 目标虚拟机, 右键 设置 选中 CD/DVD, 浏览 选中本地的 centOS 镜像

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    在Excel中如何匹配格式化为文本的数字

    标签:Excel公式 在Excel中,如果数字在一个表中被格式化为数字,而在另一个表中被格式化为文本,那么在尝试匹配或查找数据时,会发生错误。 例如,下图1所示的例子。...图1 在单元格B6中以文本格式存储数字3,此时当我们试图匹配列B中的数字3时就会发生错误。 下图2所示的是另一个例子。 图2 列A中用户编号是数字,列E中是格式为文本的用户编号。...图3 为了成功地匹配数据,我们应该首先获取要匹配的数字,并以数据源的格式对其进行格式化。在这个示例中,可以借助TEXT函数来实现,如下图4所示。...图5 列A中是格式为文本的用户编号,列E中是格式为数字的用户编号。现在,我们想查找列E中的用户编号,并使用相对应的列F中的邮件地址填充列B。

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    高清视频编码格式_如何将高清视频转化为蓝光

    H.264格式的最大特点是在保证画面质量的情况下,它可以把文件大小控制在MPEG2格式的二分之一甚至三分之一。...微软公司在2003年9月提出了VC-1编码格式(开发代号Corona),目前已经得到了MovieBeam、Modeo等不少公司的采纳,同时也包含在HDDVD和蓝光中,包括华纳和环球等影业公司也有采用这种格式的意向...VC-1基于微软windows Media Video9 ( WMV9)格式,而WMV9格式现在已经成为VC-1标准的实际执行部分。...VC-1是最后被认可的高清编码格式,因为有微软的后台,所以这种编码格式不能小窥,相对于MPEG2,VC-1的压缩比更高,但相对于H.264而言,编码解码的计算则要稍小一些。  ...JPEG2000 是一种图像编码格式, 而并不是视频编码格式,设计之初是用于取代JPEG , 而视频序列的每一帧画面也相当于是一幅图像,与其前辈JPEG相比,JPEG2000放弃了以离散余弦变换DCT为主的区块编码方式

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    R语言︱用excel VBA把xlsx批量转化为csv格式

    与之相反,R对csv等文本格式支持的很好,而且有fread这个神器,要处理一定量级的数据,还是得把xlsx转化为csv格式。...以此为思路,在参考了两个资料后,我成功改写了一段VBA,可以选中需要的xlsx,然后在其目录下新建csv文件夹,把xlsx批量转化为csv格式。...代码如下: Sub getCSV() '这是网上看到的xlsx批量转化,而改写的一个xlsx批量转化csv格式 '1)批量转化csv参考:http://club.excelhome.net/thread...这个方法的好处是: 1、操作简单,直接依托于excel的VBA操作,不用配置java环境,之后沟通成本/换电脑成本小 2、特别适用于有一定数据量,但是数据格式整齐的文件,譬如从某数据端读入的数据。...来读取: #lapply读取法 filenames <- list.files("C:/Users/a.csv", pattern = ".csv",full.names = TRUE) #变成list格式

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