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GBS hapmap 格式化为Plink格式方法

1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。...本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 环境:linux系统 2....要安装anaconda或者miniconda,然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法:https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux...3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...5.5 使用plink将bed文件转化为map和ped文件 plink --bfile tassel.test.vcf2plink --recode --out result 结果生成:result.ped

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linux xfs动态扩容inode空间占比

问题描述 因小图片较多,导致Inode占用100%,磁盘空间虽然还有82%但是无法写入数据,导致minio各节点无法同步,最终导致节点无法启动 解决方案 xfs硬盘格式inode空间占比(默认为5%)...如果是ext4无法动态调整inode空间占比,所以需要将ext4改为xfs(xfs支持动态调整inode空间占比),这里就不说怎么改了,只说xfs调整inode空间。...IUse% Mounted on /dev/mapper/centos-root 48M 142K 48M 1% (总共就48M,已经使用了142K) 查看目前inode空间占比 # xfs_info...extsz=4096 blocks=0, rtextents=0 inode max percent changed from 25 to 30(从25扩容到30) xfs...文件系统动态扩容inode空间占比为10%(后续可以根据存储情况调整) 再次查看inode空间占比 # xfs_info /data meta-data=/dev/mapper/centos-root

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python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。

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Linux学习----在Linux环境下如何使用XFS文件系统

/configure #make #make install使用mkfs.xfs格式化磁盘为xfs文件系统,方法如下:# /sbin/mkfs.xfs /dev/sda6 #说明:将分区格式化为...,如果mkfs.xfs提示你分区原本已被格式化为其它文件系统,可以使用参数 –f 强行格式化:#/sbin/mkfs.xfs –f /dev/sda6加载XFS文件系统#mount –t xfs /dev...各位可以按照自己习惯的方式去完成如果你想得到一个纯的xfs系统(系统的所有文件系统均采用XFS文件系统)话,还得将根文件系统也格式化为xfs文件系统。这实际上是比较繁杂的一步。.../configure #make #make install 使用mkfs.xfs格式化磁盘为xfs文件系统,方法如下: # /sbin/mkfs.xfs /dev/sda6 #说明:将分区格式化为...,如果mkfs.xfs提示你分区原本已被格式化为其它文件系统,可以使用参数 –f 强行格式化: #/sbin/mkfs.xfs –f /dev/sda6 加载XFS文件系统 #mount –t xfs

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Linux环境下如何使用XFS文件系统

XfS文件系统是SGI开发的高级日志文件系统,XFS极具伸缩性,非常健壮。所幸的是SGI将其移植到了Linux系统中。在linux环境下。...,将XFS编译进Linux核心可中。.../configure #make #make install 使用mkfs.xfs格式化磁盘为xfs文件系统,方法如下: # /sbin/mkfs.xfs /dev/sda6 #说明:将分区格式化为...,如果mkfs.xfs提示你分区原本已被格式化为其它文件系统,可以使用参数 –f 强行格式化: #/sbin/mkfs.xfs –f /dev/sda6 加载XFS文件系统 #mount –t xfs...各位可以按照自己习惯的方式去完成 如果你想得到一个纯的xfs系统(系统的所有文件系统均采用XFS文件系统)话,还得将根文件系统也格式化为xfs文件系统。这实际上是比较繁杂的一步。

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在Excel中如何匹配格式化为文本的数字

标签:Excel公式 在Excel中,如果数字在一个表中被格式化为数字,而在另一个表中被格式化为文本,那么在尝试匹配或查找数据时,会发生错误。 例如,下图1所示的例子。...图1 在单元格B6中以文本格式存储数字3,此时当我们试图匹配列B中的数字3时就会发生错误。 下图2所示的是另一个例子。 图2 列A中用户编号是数字,列E中是格式为文本的用户编号。...图3 为了成功地匹配数据,我们应该首先获取要匹配的数字,并以数据源的格式对其进行格式化。在这个示例中,可以借助TEXT函数来实现,如下图4所示。...图5 列A中是格式为文本的用户编号,列E中是格式为数字的用户编号。现在,我们想查找列E中的用户编号,并使用相对应的列F中的邮件地址填充列B。

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