_64.sh 在linux环境下复制粘贴点击右键，不动键盘安装的详细过程linux安装脚本运行的代码：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh然后开始安装过程，中间会出现很多的版权信息...实操过程(base) bio10@ecm-cefa:~/biosoft$ fastqc --help【一大段话】创建conda环境conda环境：conda environment实战中，可能需要在同一台服务器上面分析转录组...每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，就可以按照项目定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰...查看当前的conda有哪些环境conda info --envs前面有*的就是当前激活的环境实操代码(base) bio10@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs#...-n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y创建完之后，再次查看一下我conda环境，看是否多了一个rna-seqconda info --envs此时默认的环境还是
1 环境变量的定义环境变量是用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量常见环境变量：（全部大写）HOME：当前用户的主目录PATH：shell查找命令的目录列表，由:分隔SHELL：bash shell...：系统配置文件，包含专用于你的bash shell的bash信息、设置，每次登录或打开新的shell时，该文件会被自动读取和执行如果正确修改了~/.bashrc，需要source$PATH：输入命令时Linux...命令也是文件2 环境变量的管理推荐方法：在自己家目录下创建一个~/bin/文件夹，并将其添加到环境变量，后续手动安装的软件就可以将软件的可执行文件拷贝或软链接（绝对路径）到这个bin文件夹：mkdir...~/binecho 'export " PATH=~/bin:$PATH" ' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc3 其他安装方式（了解）二进制文件安装源代码安装java编译的软件
Linux系统主要应用于服务器领域，平常人在日常使用中并不多使用，接触最多也就是开发人员，所以在Linux软件安装教程上，我们也主要是一些服务器软件的安装配置，以及环境变量配置等信息，在安装教程中统一使用...Xftp和Xshell两款工具来进行操作，Xftp主要用于上传文件，Xshell主要用于远程连接操作系统，两款工具的安装教程如下教程，也可在软件目录之中查找 Xftp安装教程 Xshell安装教程 自己也可以使用自己习惯的工具...在Linux系统方面，统一使用centos 7操作系统来进行操作，由于不用的操作系统，虽然都是Linux操作系统，但命令有时会有些差别，所以这里安装环境统一使用centos 7，文章教程内会说明操作是什么操作...在安装软件之前，统一环境默认为使用xshell和xftp连接上系统，这里介绍以下使用两款工具连接系统的过程： 1 打开操作系统，桌面右键选择Open Terminal 2 命令行下输入ifconfig...输入ifconfig会显示和刚才一样的信息 Xftp连接教程： 1 打开xftp，单击新建 2 输入相关信息，和xshell一样，单击连接 3 左侧为自己本地电脑的文件，右侧为centos系统的软件目录
安装miniconda1.进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/2.选择Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh5.运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，开始安装6.激活condasource ~/.bashrc7.命令行输入conda，出现conda介绍信息...1.查看所有软件列表conda list2.安装软件conda install 软件名称 -y，如conda install fastqc -y 指定软件版本号：conda install fastqc...=0.11.7 -y3.输入fastqc --help，出现软件帮助文档，即安装成功创建不同环境1.查看当前环境conda info --envs （*表示当前激活的环境）(base) bio04@...，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomaticconda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 3.激活新的环境
linux内的“应用商店”----conda 精华版conda----miniconda的下载和安装 miniconda的下载 进入miniconda 清华 查看服务器是多少位的：输入命令 uname...-a 安装最新版本（latest） 右键-复制下载链接 进入cd ~/biosoft（我的软件下载区） wget 复制的下载链接 （一共以上六步完成下载） miniconda的安装和激活 bash...Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #输入这个开始下载，有要选择的地方输入yes #完成安装后，还需要激活 source ~/.bashrc #来激活conda conda...conda install fastqc -y #安装软件 fastqc为软件名 conda install fastqc=0.11.7 -y # 0.11.7为版本号 如要安装fastqc...0.11.7版本的软件则需要特殊标明 fastqc --help #确认是否安装成功，如果出现帮助文档则为成功 conda remove fastqc -y #卸载软件
conda介绍Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，主要用于Python程序，但也可以用于其他编程语言。它能够跨平台运行，支持多种操作系统，如Linux、OS X和Windows。...Conda主要用于安装和管理软件包及其依赖关系，可以在不同环境中轻松切换，使得软件包的安装和管理更加方便。..._64.sh #从网络下载一个文件并保存在当前目录中（biosoft），sh代表为一个脚本bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86...yes(base) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ fastqc --help #--help检查软件是否安装成功2.conda 环境(base) bio07@ecm-cefa...#创建新的环境ran-seq,并在该环境下下载Python，fastqc,trimmomatic软件(base) bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs
程序包至服务器首先，查看服务器位数，选择合适的版本uname -a进入链接，https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ ，选择安装在linux...，还需要安装，开始安装，输入命令bash 安装包.sh即bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shpress ENTER即ENTER，yes即yes，几顿操作完成之后，...-yconda环境：就是进行不同项目（转录组，基因组组装等等）分析的时候，需要不同的软件和同一软件的不同版本，需要进行conda环境分开互不干扰。...是-name，新建名叫rna-seq的环境，指定python版本为3，并且安装软件fastqc、trimmomatic。...退出当前环境，conda deactivateTips：xx.sh，后缀为软件程序的脚本，相当于安装软件的压缩包linux下，左键复制，右键粘贴
Miniconda安装 将miniconda安装到biosoft文件夹 ls cd biosoft 搜索引擎搜索“miniconda清华” 进入miniconda清华镜像 找到最新版64位Linux版本...miniconda，复制下载链接 运行 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh 运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,期间停顿yes，进入协议点击q退出。...不同生信项目下的Conda分身 Conda环境 在生信实战中，每个项目可能需要不同的软件，甚至同一软件要求不同的版本。...，后自动进入环境 conda activate rna-seq#激活环境 fastqc#可查看该环境fastqc软件的帮助文档 conda deactivate#退出该环境 内容参考微信公众号 生信星球
wget命令，wget + 刚才复制的链接wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh安装miniconda运行：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 生信星球安装成功标志：生信星球最后还需要激活,source ~/.bashrc来激活.../mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --set show_channel_urls yes使用conda查看当前服务器上安装的所有软件列表...conda list安装软件fastqcconda install fastqc -y确认astqc软件是否安装成功fastqc --help出现一大片文字，是软件的帮助文档，确定安装成功
图片Linux软件安装以下内容来自生信技能树学习******************conda相关 conda 软件包管理器 anaconda 自动安装了很多包 miniconda 下载器下载miniconda...1.通过miniconda 清华镜像uname -a务必通过此代码查看服务器位数查找适合自己的版本，注意区分X86_64与ppc64le的区别 注意区分Linux与Windows的区别下一步 进入服务器...xshell 进入biosoft目录 用wget+链接 下载 如果失败 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbash 上文所选择的版本！...conda install 软件名 -y-y 对安装过程中问题默认yes指定版本号 conda install 软件名=版本号 -y查看是否安装完成软件名 --help查看文件帮助文档，可查看则为完成卸载软件...conda remove 文件名 -y 环境：可以理解为软件多开查看环境conda info --envs查看时，带*的就是当前激活的创建环境conda create -n 环境名 python=3 fastqc
anaconda/miniconda/中找到最新的 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86...biosoft先进入biosoft文件夹wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86..._64.sh下载Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.shbash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh看到“Thank you for...//mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --set show_channel_urls yes配置镜像conda list查看所有的软件...conda install fastqc -y 安装软件fastqc --help ###帮助文档参考生信星球学习小组第169期 (umu.cn)
、输入指令【bash+软件名】开始安装2、激活conda，指令【source ~/.bashrc】三、使用conda1、查看当前服务器上安装的所有软件列表【指令： conda list】2、安装软件 【...-y】四、查看当前conda有哪些环境生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。...每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，按照项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰...1、查看当前conda环境【指令：conda info --envs】2、建立conda环境例一个名叫rnaseq的conda环境【指令：conda create -n rna-seq python=3...4、激活新的conda环境【conda activate rna-seq】这时默认的*就会转移到rna-seq前面5、退出当前环境【指令：conda deactivate】
linux环境下的软件安装1、conda是什么？...清华”,进入进入上图的网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/直接ctrl+F,输入latest，找到以下最新版本，安装linux...miniconda下载链接记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴3、安装和配置miniconda运行 bash Miniconda3-latest-Linux-x86...conda list如下图所示安装软件conda install fastqc -yps：我觉得这个安装需要一点点时间，不是一下子就好了，当它停止于下图红色框框那行字时，不必管它检验fastqc软件是否安装成功输入...fastqc --help如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。
复制下载链接在终端 biosoft文件夹下wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86..._64.sh下载sh脚本文件通过bash命令运行sh文件bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh最后source ~/.bashrc激活conda，进一步在base...环境下输入conda，出现满屏的信息说明成功了设置镜像所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度把下面的代码全部复制到命令行...conda list安装软件 conda install fastqc -y【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes，不加yes需要手动键入确认安装】，键入fastqc --help...查看是否安装成功，即出现大片帮助文档查看环境 conda info --envs (前面带*的就是当前激活的)激活环境conda activate 环境名关闭环境 conda deactivate 环境名
linux环境下的软件安装软件管理Miniconda搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）登录服务器，查看服务器是多少位：uname -a图片在镜像网站中找到对应软件最新版本（last...）edge出错，chrome能正常查找，也可能是我电脑或软件版本问题wget命令wget 复制的链接 下载图片安装minicondabash Miniconda3-latest-Linux-x86_64...fastqc --help，查看帮助文档，若出现一大片文字，则安装成功图片卸载软件conda remove fastqc -y图片conda环境生信星球::生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目...查看当前conda有哪些环境图片建立新环境例如：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫...rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学
linux环境下如何安装软件一、conda--“linux的应用商店”最方便快捷的软件下载器；日常生信使用小而精的Miniconda即可二、服务器下载conda复制链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...三、安装和配置miniconda运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh按q跳过版权信息,按q不动的地方按回车，问题就回答一个yes，按回车.激活 source...~/.bashrc输入conda，出现满屏信息说明成功四、查看已安装的软件、安装、卸载（生信需要的）软件1....查看当前服务器上安装的所有软件列表**conda list**2.安装软件 conda install fastqc -y这里卡了很久，遇到了conda Collecting package metadata...3.确认fastqc软件是否安装成功:输入**fastqc --help**，出现一大片文字
miniconda的安装，过程有点曲折，没有仔细阅读教程使用condaconda list 为查看当前服务器上安装的所有软件列表conda install fastqc -y 安装软件 （-y是yes的意思...）fastqc --help 确认软件是否安装成功还想理解一下conda环境先查看当前conda有哪些环境conda info --envs(前面带*的就是当前激活的)厉害了，要处理转录组数据了！...先建立名字叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（两个可以一步完成）生信星球conda deactivate 退出当前环境最后附上思维导图
可以看到真正的配置文件在/etc/mysql/conf.d/和/etc/mysql/mysql.conf.d/目录下
mariadb完全兼容于mysql，在很多新版本的linux系统中，mysql都已经被替换成了mariadb。 mariadb的官网：mariadb官网，下载地址：下载地址。...-10.5.0-linux-systemd-x86_64.tar.gz 1 wgethttps://downloads.mariadb.com/MariaDB/mariadb-10.5.0/bintar-linux-systemd-x86..._64/mariadb-10.5.0-linux-systemd-x86_64.tar.gz 首先把安装包下载到本地，然后解压到/usr/local目录： tar -zxvf mariadb-10.5.0...-linux-systemd-x86_64.tar.gz -C /usr/local/ ln -s /usr/local/mariadb-10.5.0-linux-systemd-x86_64/ /usr...-10.5.0-linux-systemd-x86_64//usr/local/mysql 初始化数据库，设定数据存储目录为/appdata/mysql，启动用户为mysql： # 创建mysql用户
Day3-i linux环境下的软件安装将miniconda下载到服务器上网站：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/安装64位最新版本...右键-复制下载链接wget 下载链接 ，如：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh激活source ~/.bashrc添加镜像开始使用conda查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list安装软件 conda install fastqc -y确认fastqc...软件是否安装成功fastqc --help出现帮助文档，则安装成功
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