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全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) (3)-- SQANTI3 v5.2

Functional IsoTranscriptomics (FIT) 是美国弗罗里达大学(University of Florida)Ana Conesa 教授团队(Genomics of Gene Expression Lab, ConesaLab)开发的在转录本isoform水平上进行生物信息学分析的流程,旨在提供一个全长转录组end-to-end的解决方案 (图1)。SQANTI 3 构成了FIT流程的第一个模块,其设计目的是使长读序列定义的转录组的质量控制和过滤成为可能,这些转录本通常含有artifacts和假阳性。因此,对全长转录组进行校正是进行FIT分析的前提,且对产生可靠的、在生物学上合理的结论/假设至关重要。SQANTI 3 是SQANTI 工具(发布)的最新版本,该版本合并 SQANT 1 和 SQANTI 2 中的功能并加入了新的功能 ,更好的对全长转录本进行深度表征 。

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exp/imp导入导出版本问题和ORA-6550报错

前几天有位同事问到exp/imp是否涉及到版本问题,我认为,只要是软件,都会涉及到高低版本的兼容性问题,Oracle也是软件,自然也是这样。 简单的实验: exp工具版本:10g 导出的source数据库版本:9i bash-4.1$ exp x/x@x tables=T file=/home/x/t.dmp Export: Release 10.2.0.4.0 - Production on Wed Dec 11 15:17:05 2013 Copyright (c) 1982, 2007, Oracle.  All rights reserved. EXP-00056: ORACLE error 6550 encountered ORA-06550: line 1, column 41: PLS-00302: component 'SET_NO_OUTLINES' must be declared ORA-06550: line 1, column 15: PL/SQL: Statement ignored EXP-00000: Export terminated unsuccessfully 从报错看,好像是有个组件未定义,导致导出失败。 从MOS上看到一篇文章,有个介绍exp/imp版本兼容性问题的经典总结:

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CentOS(linux)安装PostgreSQL

PostgreSQL是一个功能强大的开源数据库系统。经过长达15年以上的积极开发和不断改进,PostgreSQL已在可靠性、稳定性、数据一致性等获得了业内极高的声誉。目前PostgreSQL可以运行在所有主流操作系统上,包括Linux、Unix(AIX、BSD、HP-UX、SGI IRIX、Mac OS X、Solaris和Tru64)和Windows。PostgreSQL是完全的事务安全性数据库,完整地支持外键、联合、视图、触发器和存储过程(并支持多种语言开发存储过程)。它支持了大多数的SQL:2008标准的数据类型,包括整型、数值值、布尔型、字节型、字符型、日期型、时间间隔型和时间型,它也支持存储二进制的大对像,包括图片、声音和视频。PostgreSQL对很多高级开发语言有原生的编程接口,如C/C++、Java、.Net、Perl、Python、Ruby、Tcl 和ODBC以及其他语言等,也包含各种文档。

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