Linux Shell是一种基本功,由于怪异的语法加之较差的可读性,通常被Python等脚本代替。既然是基本功,那就需要掌握,毕竟学习Shell脚本的过程中,还是能了解到很多Linux系统的内容。
grep命令是Linux系统中最重要的命令之一,功能是从文本文件或管道数据流中筛选匹配的行和数据,如果再配合正则表达式,功能十分强大,是Linux运维人员必备的命令
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;提供的例子和参数都是最常用和最为实用的;对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行;如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧.
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk; 提供的例子和参数都是最常用和最为实用的; 我对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行; 如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧; find 文件查找 查找txt和pdf文件 find . \( -name "*.txt" -o -name "*.pdf" \) -print 正则方式查找.txt和pdf find . -
find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;
本节将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具: find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk; 提供的例子和参数都是常用的; 我对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行; 如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧;
sed是Linux中最常用的"文本处理工具"之一,常规情况下,每次匹配一行内容到模式空间,经过处理变化之后,输出结果
awk -F ‘:’ ‘BEGIN{语句} {if(条件){语句1;语句2;语句3} } END{语句}’ filename
我们先来说一说awk是用来干什么的,awk是一个强大的文本分析工具,相对于grep的查找,sed的编辑,awk在其对数据分析并生成报告时,显得尤为强大。简单来说awk就是把文件逐行的读入,以空格为默认分隔符将每行切片,切开的部分再进行各种分析处理。
文件管理不外乎文件或目录的创建、删除、查询、移动,有mkdir/rm/mv 文件查询是重点,用find来进行查询;find的参数丰富,也非常强大; 有时候,需要给文件创建一个别名,我们需要用到ln,使用这个别名和使用原文件是相同的效果; 2.1. 创建和删除 创建:mkdir 删除:rm 删除非空目录:rm -rf file目录 删除日志 rm *log (等价: $find ./ -name “*log” -exec rm {} ;) 移动:mv 复制:cp (复制目录:cp -r ) 查看当前目录下文件个数: $find ./ | wc -l 复制目录: $cp -r source_dir dest_dir 2.2. 目录切换 找到文件/目录位置:cd 切换到上一个工作目录: cd - 切换到home目录: cd or cd ~ 显示当前路径: pwd 更改当前工作路径为path: $cd path 2.3. 列出目录项 显示当前目录下的文件 ls 按时间排序,以列表的方式显示目录项 ls -lrt 以上这个命令用到的频率如此之高,以至于我们需要为它建立一个快捷命令方式: 在.bashrc 中设置命令别名: alias lsl='ls -lrt' alias lm='ls -al|more' 这样,使用lsl,就可以显示目录中的文件按照修改时间排序;以列表方式显示; 给每项文件前面增加一个id编号(看上去更加整洁): >ls | cat -n 1 a 2 a.out 3 app 4 b 5 bin 6 config 注:.bashrc 在/home/你的用户名/ 文件夹下,以隐藏文件的方式存储;可使用 ls -a 查看; 2.4. 查找目录及文件 find/locate 搜寻文件或目录: $find ./ -name "core*" | xargs file 查找目标文件夹中是否有obj文件: $find ./ -name '*.o' 递归当前目录及子目录删除所有.o文件: $find ./ -name "*.o" -exec rm {} \; find是实时查找,如果需要更快的查询,可试试locate;locate会为文件系统建立索引数据库,如果有文件更新,需要定期执行更新命令来更新索引库: $locate string 寻找包含有string的路径: $updatedb 与find不同,locate并不是实时查找。你需要更新数据库,以获得最新的文件索引信息。 2.5. 查看文件内容 查看文件:cat vi head tail more 显示时同时显示行号: $cat -n 按页显示列表内容: $ls -al | more 只看前10行: $head - 10 ** 显示文件第一行: $head -1 filename 显示文件倒数第五行: $tail -5 filename 查看两个文件间的差别: $diff file1 file2 动态显示文本最新信息: $tail -f crawler.log 2.6. 查找文件内容 使用egrep查询文件内容: egrep '03.1\/CO\/AE' TSF_STAT_111130.log.012 egrep 'A_LMCA777:C' TSF_STAT_111130.log.035 > co.out2 2.7. 文件与目录权限修改 改变文件的拥有者 chown 改变文件读、写、执行等属性 chmod 递归子目录修改: chown -R tuxapp source/ 增加脚本可执行权限: chmod a+x myscript 2.8. 给文件增加别名 创建符号链接/硬链接: ln cc ccAgain :硬连接;删除一个,将仍能找到; ln -s cc ccTo :符号链接(软链接);删除源,另一个无法使用;(后面一个ccTo 为新建的文件) 2.9. 管道和重定向 批处理命令连接执行,使用 | 串联: 使用分号 ; 前面成功,则执行后面一条,否则,不执行:&& 前面失败,则后一条执行: || ls /proc && echo suss! || echo failed. 能够提示命名是否执行成功or失败; 与上述相同效果的是: if ls /proc; then echo suss; else echo fail; fi 重定向: ls proc/*.c > list 2> &l 将标准输出和标准错误重定向
比较表达式采用对文本进行比较,只有当条件为真,才执行指定的动作。比较表达式使用关系运算符,用于比较数字与字符串
由于被疫情打乱更博节奏,已经好久没有更新博客了,今天来一发笔记,记录一下 linux 三剑客的常用操作。所谓的三剑客,其实就是 grep awk sed 三个命令,在 linux 操作中,特别是关于文本的查找和修改,这三条命令可谓是各显神通。
下面所说的是Linux中最重要的三个命令在业界被称为“三剑客”,它们是awk,sed,grep。
我以前的文章介绍过grep了,今天我就来说一下第二个sed,它是stream editor的缩写。在Linux的文本文件中文本存储都是一行,显示时表现的多行其实都是因为有换行符的存在,例如:文本是:abc$def$ghi 显示出来就是三行了。Sed就是一个行编辑器,它一次读一行文本进行操作,然后根据我们的选择看是否同步到文本之中。还有一个叫awk的,在Linux上叫做gawk(gnu awk),它是一个文本格式化工具,我们下一篇文章再说。 工作机制:每次读取一行文本至“模式空间(pattern space)
Be kind; everyone you meet is fighting a hard battle.
Linux 系统中文本处理有多种不同的方式,系统为我们提供了三个实用命令,来实现对行列的依次处理功能,grep命令文本过滤工具,cut列提取工具,sed文本编辑工具,以及awk文本报告生成工具,利用这三个工具可以灵活的过滤截取任何系统文本内容。
Sed is a stream editor. sed全称是:stream editor 流编辑器 对文件的操作无非就是”增删改查“,sed命令就是实现对文件的”增删改查“。
本文介绍了如何使用流编辑器sed和编程语言awk对文本进行编辑和处理。首先介绍了流编辑器sed,它是一种非交互式编辑器,可以用于删除、替换和插入文本。然后介绍了编程语言awk,它是一种功能强大的文本处理工具,可以用于各种文本处理任务,包括从文本中提取信息、过滤和转换文本以及处理文本数据。
date - print or set the system date and time
这个命令组合实际上并不是很有效,因为 xargs 和 sed 两者的组合有些冗余。如果目标是将多行内容转换为单行并使用特定分隔符,那么使用 paste 或其他方法可能更为简洁。
正则表达式 (Regular Expression, RE, 或称为常规表达式)是通过一些特殊字符的排列,用于『查找/替换/删除』一行或多行文字或字符串,简单的说,正则表达式就是用在字串的处理上面的一种『表示公式』,正则表达式并不是一个工具程序,而是一个对字符串处理的标准依据,如果您想要以正则表达式的方式处理字串,就得要使用支持正则表达式的工具程序才行,这类的工具程序很多,例如 vi,vim,sed,awk,gawk,egrep等.
cut 译为“剪切, 切割”,是一个强大文本处理工具,它可以将文本按列进行划分的文本处理。cut命令逐行读入文本,然后按列划分字段并进行提取、输出等操作。
awk 是一个强大的文本处理工具,它不仅是 Linux 中,也是其他环境中现有的功能最强大的数据处理引擎之一。相对于 grep 的查找,sed 的编辑,awk 在其对数据分析并生成报告时,显得尤为强大。简单来说 awk 就是把文件逐行的读入,以空格为默认分隔符将每行切分,切开的部分再进行各种分析处理。awk 的名字来源于他的三个创始人,Alfred Aho 、Peter Weinberger 和 Brian Kernighan 姓氏的首个字母。
-多年互联网运维工作经验,曾负责过大规模集群架构自动化运维管理工作。 -擅长Web集群架构与自动化运维,曾负责国内某大型金融公司运维工作。 -devops项目经理兼DBA。 -开发过一套自动化运维平台(功能如下): 1)整合了各个公有云API,自主创建云主机。 2)ELK自动化收集日志功能。 3)Saltstack自动化运维统一配置管理工具。 4)Git、Jenkins自动化代码上线及自动化测试平台。 5)堡垒机,连接Linux、Windows平台及日志审计。 6)SQL执行及审批流程。 7)慢查询日志分析web界面。
在 Linux 中,你可以使用多种命令来统计文件的行数。以下是其中一些常用的命令:
grep awk sed是Linux下文本处理常用的命令,能完成很多神奇的操作,今天就分享一下这三个命令最常见的用法
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在Shell编程工具中,四剑客工具的使用更加的广泛,Shell编程四剑客包括:find、sed、grep、awk,熟练掌握四剑客会对Shell编程能力极大的提升。
为了方便以后工作使用和复习,吐血整理记录一下学习shell脚本的笔记,看这篇文章需要对linux系统熟悉,希望对大家有所帮助!
-w:word 精确查找某个关键词 pattern less -S Data/example.gtf | grep -w 'gene' ##匹配文件中含有gene的文字
说到sed命令,就不得不sed,awk,grep三个命令,很多时候这三个命令是一同出现的;
23. 产生一个随机数 代码如下: echo $RANDOM 24. 按照模式split 文件 代码如下: csplit server.log /PATTERN/ -n 2 -s {*} -f server_result -b "%02d.log" -z /PATTERN/ 用来匹配某一行,分割过程由此开始 {*} 根据匹配,重复执行分割 -s 静默模式 -n 分割后文件名后缀中,数字的个数 -f 分割后的文件名前缀 -b 指定后缀格式 25. 获取文件名或者扩展名 代码如下: var=ha
管道符 | 前面的输出作为后面的输入 grep 可以理解为正则表达式 grep [参数] 文件名 -c 打印符合要求的行数 -v 打印不符合要求的行 -n 在输出符合要求的行的同时连同行号一起输出 -i 忽略大小写 [0-9] ^ grep -c 'root' /etc/passwd grep -nv 'root' /etc/passwd grep '[0-9]' 文件名 grep '^#' -v test.py yhq@yhq-virtual-machine:~$ gr
Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统,是一个基于POSIX和UNIX的多用户、多任务、支持多线程和多CPU的操作系统。它能运行主要的UNIX工具软件、应用程序和网络协议。它支持32位和64位硬件。Linux继承了Unix以网络为核心的设计思想,是一个性能稳定的多用户网络操作系统。
例3:ls -ltr 查看当前目录详细列表,按时间顺序逆序排序,最近修改的文件在后面
我们整个系统运行的时候可能需要很多后台的服务来支撑,这些服务往往都是在系统一启动的时候就开始了,直到系统关闭的时候才会被终止,所有的这些服务,我们称作系统服务,而具体执行这些服务的进程,我们往往把他们叫做守护进程(deamon).
linux文本处理命令是一类对文件进行操作的命令,通过使用文本处理命令,可以轻松的对文件进行排序,拆分,合并等操作,熟练掌握文本处理命令,在生物信息文本处理中,有十分重要的意义。
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find - search for files in a directory hierarchy 搜索目录层次结构中的文件 用来在指定目录下面查找文件或目录,任何位于参数之前的字符串都被视为想在那个目录下面查找
三剑客的功能非常强大,但我们只需要掌握他们分别擅长的领域即可:grep擅长查找功能,sed擅长取行和替换。awk擅长取列。
值得注意的是,里面的 AnnoProbe包是可以根据不同物种的ENSEMBL信息去转为SYMBOL信息,实际上它这个转换是基于我对人类和小鼠的gtf文件的解析。
说明:[A][N][P][G]表示第一个支持变量的工具,[A]=awk、[N]=nawk、[P]=POSIXawk、[G]=gawk
5.2 如何获取目标基因的转录因子(上)——biomart下载基因和motif位置信息
⭐重头戏来啦!真的很难很繁琐,每个命令下面又有许多个小参数,套娃!先记录下来以后要多看看~
前段时间迷上了做 B 站视频,主要是摩托车方面的知识分享。做的也比较粗糙,就是几张图片配上语音和字幕进行解说。尝试过自己解说,发现录制视频对节奏的要求还是比较高的,这里面水太深把握不住。好在以 "在线 免费 文字转语音" 作为关键字搜索一番,发现一个好用的网站——字幕说。好用的语音合成工具千千万,为什么我对这个情有独钟呢?原来它将文字底稿转换为语音的同时,还输出了字幕文件 (srt),这个在 B 站的云编辑器中就可以直接导入了,非常方便:
正则表达式的分类 基本正则表达式(Basic Regular Expression 又叫 Basic RegEx 简称 BREs) 扩展正则表达式(Extended Regular Expression 又叫 Extended RegEx 简称 EREs) Perl正则表达式(Perl Regular Expression 又叫 Perl RegEx 简称 PREs) [www] grep,egrep正则表达式 grep支持BREs,EREs,PREs grep后面不跟任何参数,则表示使用BREs gre
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