正好系统性整理一下初学者该如何学习一个新的软件，比如blat工具。...首先安装软件 首先谷歌找到这个教程：http://nix-bio.blogspot.com/2013/10/installing-blat-and-blast.html 从这里面找到blat的二进制可执程序下载地址...（优先选择这样的软件安装方式） mkdir blat cd blat wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/blat/blat...chmod a+x blat ....#blat常见用法 #处理单个job blat chr11.fa human/test.fa test.psl #输出不含序列 blat chr11.fa human/test.fa -out=pslx
除了动态的查看基因组学数据，IGV还内置了以下两个工具 Blat Motif finder 前者用于序列比对，后者用于motif的查找，本文的重点是介绍如何用IGV来进行序列比对。...IGV通过调用UCSC的Blat软件来实现序列比对, 软件对应的网址如下 https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?...command=start 在IGV中，通过工具栏的Tools->BLAT菜单，可以自定义输入查询序列 ? 直接在该输入框中粘贴查询序列的碱基即可，序列比对完成后，会弹出如下所示的结果框 ?...会有一个名为Blat的track, 显示查询序列的比对位置。...reads进行比对，对基因结构中的某个特征，exon,intron进行比对等等，详细的描述请参考以下链接 http://software.broadinstitute.org/software/igv/BLAT
在江湖上混，曾经没学会的东西迟早要还的，好吧，现在问题来了： 其实，刚看到blat这四个英文字母的时候我发现我脑子里没有关于它的内存，经过我苦苦搜索，终于找到了UCSC上的网页工具BLAT，我以为我的问题马上就得到解决了...其实BLAT这个网页小工具在健明老师的B站视频讲过的，如果我早些看过就不会掉这个坑里并在坑里挣扎5个小时了……我可以直接去跳下一个坑啦，前面那么多坑等着我往里跳呢，干嘛在这个坑里浪费时间~ ?...fastq文件格式用zcat查看压缩文件，直接把第二行复制到BLAT里那个放序列的框里就行 zcat C1_R1.fastq.gz | less -S $ zcat C1_R1.fastq.gz | less...想要更好的就看下Jimmy老师在B站上的Linux视频吧 ? 如果你觉光看视频还是不够，那就来跟我一起当学徒吧，享受VIP一对一指导。...下面是正文 今天我们介绍一款网页版序列相似性搜索工具—UCSC BLAT，这款小工具能方便快捷的告诉我们目标序列是人的还是小鼠的。 操作起来特别简单： 1. 打开BLAT主页 2.
= ""; $blong = ""; for ($i=0; $i<$bl; $i++) { if ($i%2) $blat=$blat.substr($binary, $i...blong=$blong.substr($binary, $i, 1); } //now concert to decimal $lat = $this->binDecode($blat...//figure out how precise the bit count makes this calculation $latErr = $this->calcError(strlen($blat...$addlong; } //encode each as binary string $blat = $this->binEncode($lat, -90, 90, $latbits..., 0, 1); $blat = substr($blat, 1); } $uselong = !
「注意，这个教程的软件运行环境为linux，没有相关环境需要使用docker或者虚拟机，而且，经过测试，python版本要求为2.7， biopython=1.67，在不停报错的教训中得到的结论。」...现在，我们可以使用BLAT对载体污染数据库进行额外的比对。..../1_BLAT_Filter.py mouse1_univec_bwa.fastq mouse1_univec.blatout mouse1_univec_blat.fastq mouse1_univec_blat_contaminats.fastq...> 在这里，BLAT不会识别与载体污染物数据库比对的任何其他序列。...「问题5：BWA和BLAT与小鼠宿主序列数据库比对了多少次？」
param aLat number 第一个和第二个参数可以写成对象{lat:23,lng:133}，表示第一个和第二个点的lat+lng * @param aLng number * @param bLat...number * @param bLng number * @return number 单位为千米 * */ var getDistance = function(aLat,aLng,bLat...,bLng){ var EARTH_RADIUS = 6378.137;//地球半径，单位千米 if(typeof aLat=='object'){ bLat = aLng.lat...(aLat&&aLng&&bLat&&bLng)){ console.error('[getDistance]参数不足'); return; } function...s = Math.round(s * 10000) / 10000; return s; } return GetDistance(aLat,aLng,bLat
1.1 安装 bioconda cd /ifs1/Software #下载安装： wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #默认目录/root/miniconda3 修改为/ifs1/Software/miniconda3 #by...y bwa mamba install -y samtools mamba install -y bcftools mamba install -y blast mamba install -y blat...但由于Linux 系统权限的问题，用户无法使用这个 conda 来安装软件。当自己安装 bioconda 之后，则有权限安装软件。.../share/home/lius/anaconda3/envs/blast /share/home/lius/anaconda3/envs/blat
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:60 YT:Z:UU XS:A:+ NH:i:1 但是我把该序列拿到blat...image-20191201170907300 因为我们的hisat2工具使用的参考基因组里面并没有blat这个工具里面的那个染色体，所以出现冲突也不意外。...同样的，我们也是在blat工具检查看看； ? image-20191201171304037 实际上，我们并不想看到这样的事情发生，我们只需要染色体序列即可，并不需要那么多的非染色体片段。...我们看看比对次数最多的 有很多序列都是可以比对10次， 我随便找了一个，如下： TAACATTGGGAGAAATAGCCAGCTGAATCTGTAACTCAACAGAAACAAGTGATCCATATA 在blat...CAGAATGAGTGGGAGGAGAGAAATGCATTGCTCCAAGTCCAAGAAAATGATCATTATCAA AS:i:-6 ZS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:5G54 YT:Z:UU NH:i:1 同样的，blat
目前由以下9个模块组成：gget ref、 gget search、 gget search、gget info、gget seq、gget blast、gget blat、gget muscle、gget...MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR -o results.csv 用fa或txt文件进行BLAST gget blast -seq fasta.fa -o results.csv ---- ⑥ gget blat...使用BLAT找出核苷酸或氨基酸序列的基因组位置。...Find the genomic location of a nucleotide or amino acid sequence using BLAT....返回格式：data frame 参数： 使用示例：搜索斑马鱼中特定氨基酸序列所在的基因组位置，并保存为csv文件 gget blat -seq MKWMFKEDHSLEHRCVESAKIRAKYPDRVPVIVEKVSGSQIVDIDKRKYLVPSDITVAQFMWIIRKRIQLPSEKAIFLFVDKTVPQSR
any BLAST database.gget blatFind the genomic location of a nucleotide or amino acid sequence using BLAT.gget...ENSG00000130234# Quickly find the genomic location of (the start of) that amino acid sequence$ gget blat...homo_sapiens")gget.info(["ENSG00000130234", "ENST00000252519"])gget.seq("ENSG00000130234", translate=True)gget.blat...gget$info(list("ENSG00000130234", "ENST00000252519"))gget$seq("ENSG00000130234", translate=TRUE)gget$blat
BLAT 功能特点 BLAT 是一种快速的比对工具，用于在基因组中进行精确的局部比对。它注重速度，适合快速扫描基因组。 优点 • 速度快：在局部比对中表现优异，适合快速初步分析。...适用场景 BLAT 适合需要快速获得局部比对结果的应用，如初步注释和同源性搜索。 MUSCLE 功能特点 MUSCLE 是一种常用的多序列比对工具，以其精确性和速度而著称。...• 数据库搜索：在需要进行数据库搜索和序列注释时，BLAST 和 BLAT 提供了广泛的功能支持。 • 多序列比对：在多序列比对任务中，MUSCLE 和 MAFFT 提供了高效的解决方案。
circBase有blat功能可以进行序列比对，用于了解基因的物种保守性，不过物种较少 推荐使用UCSC（http://genome.ucsc.edu/）的blat功能 其实circBase的序列信息还是源于
apt install -y libboost-dev #conda安装 wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc #添加软件源 conda config --add channels bioconda...help 验证安装成功 #-------------------------------------------------------------------------------- #(31)blat...已安装 conda install -c bioconda blat #----------------------------------------------------------------....tbl2asn.gz #chmod 755 linux64.tbl2asn #linux64.tbl2asn -h 验证安装成功 #---------------------------------
我分享给大家的ngs流程里面经常是需要制作配置文件，里面的每个样品名字都有两个测序文件，因为目前都是双端测序，制作配置文件的过程其实就是Linux下的文本处理，代码如下所示： echo A_{1..25...引用： (公众号推文) linux命令行文本操作一文就够 (公众号推文)linux系统环境变量一文就够 (公众号推文)构建shell脚本一文就够 (公众号推文) conda管理生信软件一文就够 shell...中的扩展(Expansions) https://opengers.github.io/linux/linux-shell-brace-parameter-command-pathname-expansion.../ bash脚本的参数扩展 (parameter expansion) ：https://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-bash-parameters.html...最低要求是完成我的 linux 20题 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html 其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam
$ seqkit stat MN908947.3.fa ivar_consensus.fa blat MN908947.3.fa ivar_consensus.fa -out=axt blat.axt...生成blast格式直接看 blat MN908947.3.fa ivar_consensus.fa -out=blast blat.out 写在最后：有时间我们会努力更新的。
文件文件夹路径 -P STR primer_core程序文件夹路径 -L STR bla文件夹t路径 -V STR blat...start 10.11.240.76 17777/reference/hg18/hg18.2bit -stepSize=5，服务器路径应该为10.11.240.76 -T STR blat...理论上，你应该用 1 blat hit 挑出小写的引物。如果blat hit 是0，意味着由太多hit了，所以不要挑选这种引物。...有时候，即使引物是在重复序列上（小写字母），但是在基因组上仍然是单一比对的，（1 blat hit)，因为是重复元件的变异，挑选这种引物是可以的。
然后用ABySS来进行转录本组装(多个kmer值同时组装),组装好的contig先用RepeatMasker把ployA尾巴屏蔽掉 然后用blat跟参考基因组比对，BLAT产生的pslx文件可以直接作为
可能有人会问只有序列怎么通过ensembl寻找同源基因，这个可以通过Ensembl的BLAST/BLAT功能来寻找序列对应的基因，BLAST/BLAT功能的位置在下图的红框中进行标出： ?
，收录了注释到的150,589个mRNA转录本异构体和34,481 个具有完整开放阅读框的基因；同时还整合了62个新测序的荷花栽培品种和26个此前已报道的栽培品种的遗传变异和关键性状；随着BLAST、BLAT...基因共表达网络分析示例 基因组比对及引物设计 用户可通过BLAST或BLAT根据序列相似性在NGD中进行搜索比对；PCR实验的引物也可以直接在NGD中设计。
suppressed due to -m: 2494 (4.11%) Reported 49162 alignments to 1 output stream(s) 发现比对率有点低，然后我搜索了其中几个探针，去blat...题外话 我很喜欢blat这个在线网页工具，因为当初听说它的速度甩blast工具几十条街。 在我B站视频，多次提到它的奇妙用法，但是我也是今天才知道，它居然也可以跨越内含子进行比对。
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