LAMP（Linux- Apache-MySQL-PHP）网站架构是目前国际流行的Web框架，该框架包括：Linux操作系统，Apache网络服务器，MySQL数据库，Perl、PHP或者Python编程语言，所有组成产品均是开源软件，是国际上成熟的架构框架，很多流行的商业应用都是采取这个架构，和Java/J2EE架构相比，LAMP具有Web资源丰富、轻量、快速开发等特点，微软的.NET架构相比，LAMP具有通用、跨平台、高性能、低价格的优势，因此LAMP无论是性能、质量还是价格都是企业搭建网站的首选平台
通过Latex语法，实现生成数学公式的解决方案也很多。这里介绍一种方法，使用开源的mimeTex。该项目的官网地址如下： http://www.forkosh.com/mimetex.html 网站主页有一个声明。如果你的服务器上已经安装了latex，那么推荐使用mathTex，因为mathTex基于真正的Latex，并且显示的图像质量高于mimeTex。但是mathTex只能在Linux环境部署，并且需要已安装了latex才行。而mimeTex则可以在Linux和Windows下都部署，并且不需要安装latex。
如果你对项目有读写权限或只读权限，你可能需要建立起一个基于网页的简易查看器。 Git 提供了一个叫做 GitWeb 的 CGI 脚本来做这项工作。
安装 [url]http://sourceforge.net/projects/awstats/[/url] 下载安装包后： GNU/Linux：tar zxf awstats-version.tgz awstats的脚本和静态文件缺省都在wwwroot目录下：将cgi-bin目录下的文件都部署到 cgi-bin/目录下：/home/apache/cgi-bin/awstats/ mv awstats-version/wwwroot/cgi-bin /path/to/apache/cgi-bin/awstats 把图标等文件目录复制到WEB的HTML文件发布目录下，例如：/home/apache/htdocs/ 下发布 更多的批量更新脚本等在tools 目录下，可以一并放到cgi-bin/awstats/ 目录下 升级国内主要 搜索引擎和蜘蛛定义，安装GeoIP的应用库：C [url]http://www.maxmind.com/download/geoip/api/c/[/url] 解包，编译安装 perl -MCPAN -e ‘install “Geo::IP”‘ 或者使用纯Perl包 perl -MCPAN -e ‘install “Geo::IP::PurePerl”‘ 下载GeoIP/GeoIPCityLite包：解包并部署到awstats目录下:
搭建基于apache的nagios系统比较容易，网上的资料也比较多。可是在nginx环境下就有点费劲了，因为nginx本身不支持CGI，所以需要在三方程序的配合下，才能实现CGI的解析。
安装perl，下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads 根据操作系统版本下载安装，安装时选择将perl加入PATH
本文转载自南琴浪博客：https://sometimesnaive.org/wget-compile-update.html
Httpd服务器是Apache产品线下的一款web服务器，常与PHP或Python等CGI脚本一起配合使用，为用户提供动态Web服务。httpd，从名字就可以看出，它提供的主要是基于http协议的Web服务。本篇为介绍Httpd服务器的第一篇，主要介绍下Httpd服务器的安装，运行模式，容器配置，以及CGI的配置，目的是使大家能通过阅读此篇文章来从零建立起一个可运行的Web服务器。
Bugzilla 是一个基于 Web 的，开源的，用来记录跟踪缺陷数据库的 bug 跟踪软件。它可以管理软件开发中缺陷的提交（new）、修复（resolve）和关闭（close）等整个生命周期，它允许个人和团队有效地记录下他们产品的一些突出问题。
PHP是一种开源服务器端脚本语言，应用很广泛。Apache web服务器提供了这种便利：通过HTTP或HTTPS协议，访问文件和内容。配置不当的服务器端脚本语言会带来各种各样的问题。所以，使用php时要小心。以下是Linux下PHP+Apache的26个PHP程序员必知的安全方面的设置
目前最新版的PHPWAMP集成环境默认都安装了zend解密组件，下面是详情信息。
CGI即通用网关接口(Common Gateway Interface)，它是一段程序, 通俗的讲CGI就象是一座桥，把网页和WEB服务器中的执行程序连接起来，它把HTML接收的指令传递给服务器的执行程序，再把服务器执行程序的结果返还给HTML页。CGI 的跨平台性能极佳，几乎可以在任何操作系统上实现。 CGI已经是比较老的模式了，这几年都很少用了。
PHP运行模式有4钟：http://blog.csdn.net/hguisu/article/detPHP
接下来就好了，可以尝试在主机的共享文件夹中存放一个文件 ，查看VMware中Linux的/mnt/hgfs/ 中是否有该文件夹,假如hgfs里面没有共享的文件夹，则需要下面第三步
php本身是一个php代码的脚本执行程序，运行方式是指其运行的方法。整理归纳为一下五种方法：
GoAhead WebServer，它是一个源码免费、功能强大、可以运行在多个平台的嵌入式WebServer。
Windows版的PHP从版本5.2.1开始有Thread Safe(线程安全)和None Thread Safe(NTS，非线程安全)之分，这两者不同在于何处？到底应该用哪种？这里做一个简单的介绍。
删除无用文件 操作目的 删除默认安装时的无用文件 检查方法 检查Apache目录下是否存在无用文件 加固方法 删除默认安装的HTML文件# cd /usr/local/apache2/htdocs/，
**注意：**NCBI其实已经更新了一个多线程抽取工具fasterq-dump，可以在sratools的bin目录里找到，但是文档没有写，没有特殊需求的话，可以考虑直接用新工具替代。
我们一般通过 SSH 进行授权访问，通过 git:// 进行无授权访问，但是还有一种协议可以同时实现以上两种方式的访问。 设置 Smart HTTP 一般只需要在服务器上启用一个 Git 自带的名为 git-http-backend的 CGI 脚本。 该 CGI 脚本将会读取由 git fetch 或 git push 命令向 HTTP URL 发送的请求路径和头部信息，来判断该客户端是否支持 HTTP 通信（不低于 1.6.6 版本的客户端支持此特性）。 如果 CGI 发现该客户端支持智能（Smart）模式，它将会以智能模式与它进行通信，否则它将会回落到哑（Dumb）模式下（因此它可以对某些老的客户端实现向下兼容）。
Linux上的PHP同样有NTS和TS版本的区别,默认是NTS版本,configure时加上–enable-maintainer-zts则编译为TS版本
CustomLog ” /var/log/httpd/access_log” combined
AWStats是一款功能强大且功能强大的免费工具，可以图形方式生成高级Web，流媒体，ftp或邮件服务器统计信息。此日志分析器用作CGI或命令行， 并在几个图形网页中显示您的日志包含的所有可能信息。 它使用部分信息文件来经常快速地处理大型日志文件。它可以分析来自所有主要服务器工具的日志文件，如Apache日志文件（NCSA组合/ XLF / ELF日志格式或通用/ CLF日志格式），WebStar，IIS（W3C日志格式）以及许多其他Web，代理，wap，流服务器，邮件服务器和一些ftp服务器。 关于AWStats与其他日志分析系统的对比可以查看：https://awstats.sourceforge.io/docs/awstats_compare.html
Nginx本身不能处理PHP，它只是个web服务器，当接收到请求后，如果是php请求，则发给php解释器处理，并把结果返回给客户端。
该公司来到天。我们所从事的事情在网站上。这对我来说确实是一个很大的挑战。个人一直从事Android，对于web而一个开发网站server知识的几乎为零。在这里应该说，现在我只是有一个技术人员，昨天相遇CGI ERROR错误（The specified CGI application misbehaved by not returning a complete set of HTTP headers.）把我搞了好久好久。经过今天的早上爬帖。最终找到问题所在。以下还是把新学到的知识梳理一下吧：
Sendmail是目前Linux系统下面用得最广的邮件系统之一，虽然它存在一些不足，不过，目前还是有不少公司在使用它。对它的学习，也能让我们更深的了解邮件系统的运作。下面我们就来看看sendmail邮件服务器的部署。
由于最近工作的需要，本人学习了一下利用高性能web server - Nginx，来发布C/C++编写的fastCGI程序，详细细节如下。
Nginx的性能远远优于Apache，但由于nagios的web界面中包含php和c-cgi程序，因此需要两套fcgi管理工具（并非必须）和两套解释器（必须）。php用php-cgi跑就可以，c-cgi我选用fcgiwrap。下面介绍安装/配置步骤。
一、什么是 FastCGI FastCGI是一个可伸缩地、高速地在HTTP server和动态脚本语言间通信的接口。多数流行的HTTP server都支持FastCGI，包括Apache、Nginx和lighttpd等，同时，FastCGI也被许多脚本语言所支持，其中就有PHP。 FastCGI是从CGI发展改进而来的。传统CGI接口方式的主要缺点是性能很差，因为每次HTTP服务器遇到动态程序时都需要重新启动脚本解析器来执行解析，然后结果被返回给HTTP服务器。这在处理高并发访问时，几乎是不可用的。另外传统的CGI接口方式安全性也很差，现在已经很少被使用了。 FastCGI接口方式采用C/S结构，可以将HTTP服务器和脚本解析服务器分开，同时在脚本解析服务器上启动一个或者多个脚本解析守护进程。当HTTP服务器每次遇到动态程序时，可以将其直接交付给FastCGI进程来执行，然后将得到的结果返回给浏览器。这种方式可以让HTTP服务器专一地处理静态请求或者将动态脚本服务器的结果返回给客户端，这在很大程度上提高了整个应用系统的性能。
一个模糊的概念 无论是php，python编程语言，还是apache，nginx服务器对于cgi协议是个绕不开的话题。安装，部署都会经常的看到，那么它们到底是干什么的，网上的答案非常的多！今天通过它们
Linux的httpd服务器正如我们所熟悉的它是网站服务器，而使用apache的是因为以下特点：
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关闭SElinux：修改/etc/selinux/config文件中的SELINUX= 为 disabled
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CGI是指web服务器调用编程语言编写的程序的一个接口。比如我们可以编写一个用户注册的页面，用户将其输入的邮箱、用户名、密码输入并点击注册，此时浏览器就将用户输入的内容发送给了我们后台的CGI程序，我们的CGI程序接受到这些信息，可以对其进行处理。比如送入数据库、判断输入的信息是否合法等。
前言： Awstats 是在 SourceForge 上发展很快的一个基于 Perl 的 WEB 日志分析工具，一个充分的日志分析让 Awstats 显示您下列资料： 访问次数、独特访客人数, 访问时间和上次访问, 使用者认证、最近认证的访问, 每周的高峰时间(页数,点击率,每小时和一周的千字节), 域名/国家的主机访客(页数,点击率,字节,269域名/国家检测, geoip 检测), 主机名单,最近访问和未解析的 IP 地址名单 大多数看过的进出页面, 档案类型, 网站压缩统计表(mod_gzip 或者 mod_deflate), 使用的操作系统 (每个操作系统的页数,点击率 ,字节, 35 OS detected), 使用的浏览器, 机器人访问(检测 319 个机器人), 蠕虫攻击 (5 个蠕虫家族), 搜索引擎，利用关键词检索找到你的地址, HTTP 协议错误(最近查阅没有找到的页面), 其他基于 URL 的个性报导,链接参数, 涉及综合行销领域目的. 贵网站被加入"最喜爱的书签".次数. 屏幕大小(需要在索引页补充一些 HTML 标签). 浏览器的支持比例: Java, Flash, RealG2 reader, Quicktime reader, WMA reader, PDF reader. 负载平衡服务器比率集群报告.
建议下载brat的release版本，地址：https://github.com/nlplab/brat/releases/tag/v1.3p1
现如今打开浏览器，搜索LAMP关键词，出现大量的关于LAMP的介绍，包括LAMP的一键脚本、LAMP的yum安装、LAMP的编译安装，但是对于一个非开发或非专业人员有可能根据网络参考资源实现LAMP的搭建并成功运行各种服务，也有部分人员完全照搬某些博客知识进行搭建，最后以失败告终，因此抱怨互联网资源不够成熟，其实根本原因并非如此，主要原因如下：
brat是一个文本标注工具，可以标注实体，事件、关系、属性等，只支持在linux下安装，其使用需要webserver，官方给出的教程使用的是Apache2。
年前，终于迎来了期待已久的 php7 正式版，我也在第一时间就给博客用上了。性能确实有了质的飞跃，问题还是有不少的。比如鱼叔的微信插件在 php7 下面自动回复异常等。 为了继续使用微信插件，我只好将
多半是disable_functions惹的祸。查看phpinfo发现确实设置了disable_functions：
一般Linux系统中自带apache 版本，但是用这个自带的版本启动时，就会出现端口被占用等各种问题，因为自带的apache版本都比较低，所以首先查看Linux中是否已有安装的低版本的apache，如果有先卸载，然后再安装。本文用的Linux是CentOS6.5版本。
图 1. Webmin 配置屏幕 用户也可以使用 Webmin有一个图标用来配置可选的 Usermin 软件包,这个软件包提供了一个基于 Web 的工具,用户可以借助它完成修改密码、管理系统邮件等任务。使用 Usermin 不能访问系统配置文件。Usermin 和 Webmin 都将是免费的产品。 System 窗体可以进行操作系统的总体配置。在这里,您可以配置文件系统、用户、组和系统通常的引导行为。您可以控制系统中运行的服务,通过选择 Bootup 和 Shutdown 图标来决定它们是否自动启动。不过,对那些服务的具体配置是由 Servers 窗体完成的。尤其要注意“Software Package”工具,它可以方便地查看您系统中已经安装的软件包,以及到发行版本升级库和 rpmfind.net 的接口,rpmfind.net 是 Internet 上的一个公用的 RPM 库。 Servers 窗体可以对您可能会在系统中运行的各个服务进行配置。BIND 和 DHCP 工具非常便捷。同时 Samba 工具也很好用,可以为 Windows 和其他客户机配置文件和打印机的共享。SMTP 服务器 Sendmail 以其极复杂的配置文件而出名。Webmin Sendmail 工具同样为您解决了这一问题。
php超文本预处理器的字母缩写，是一种被广泛应用的开发源代码的多用途脚本语言，它可嵌入到HTML中，尤其适合web开发。
创建yum仓库的步骤详细步骤请参考 Linux下通过rdesktop远程登陆Windows系统
Ps:2019-1-18修改 我其实对这篇文章能有两万+的阅读量感觉很惊讶，占了我博客访问人数的很大一部分，我猜测可能确实是传统的Python web开发的学习方式都是从框架开始，而框架封装过度，让人难以理解背后的原理，最后只是简单的学习API和框架，同时学习Python的人中很大一部分其实是非计算机专业的同学，基础薄弱，想学习底层原理也不知道从何入手。 原先博文优点和缺点都很明显，缺点在于我只是简单罗列了资源，很多东西其实没有表达清楚，因为最初的目的，并不是教学，而是自己回顾和总结，优点可能在于他是比较系统化的展示出了web开发的演变过程，这其实有助于建立知识之间的联系和对web开发整体的理解。 后来我就考虑能否把文章的内容更加深入一些，用一套代码就能展现出这整个过程演变，而不是碎片化的资源罗列，把真正做成一个教学贴。但是因为拖延症一直没有完成，现在基本完成，我希望它会是一个好的学习指南，也希望读者能从学习这些代码的过程中，理解web开发的本质。
UCSC基因组浏览器在大规模高通量数据的可视化和比较分析研究中发挥着重要的作用。拥有了本地浏览器，就可以对自己的测序数据进行更深入的分析和共享使用。本文详细介绍了如何一步步在本地安装、配置、高级使用UCSC浏览器。其详细介绍见 测序数据可视化 （三） - UCSC genomebrowser 安装UCSC浏览器 1. 安装mysql+apache #For Ubuntu user sudo apt-get install tasksel sudo apt-get install lamp-server #
SRAtoolkit是NCBI提供的SRA文件处理工具集， SRA文件是NCBI的SRA数据库数据的储存格式，许多公开的scRNA-seq数据都会上传到该数据库。SRAtoolkit将NCBI的SRA数据库中SRA文件转换为FastQ文件。
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