pc-System-Product-Name:/data/fudan_TNBC$ ls -l |grep "^-"|wc -l 727 把/data/fudan_TNBC/下的sra文件转成fastq文件，并存放在/project/raw_fq.../下 cd /project/raw_fq/ for id in `seq 8223 8454`; do nohup sudo fastq-dump --gzip --split-3 /data...;done & raw_fq共5.3T，分批进行处理。 实际是，因为机房停电，很多文件没有转换完整。然后最后直接分两批转完了，共占用5.8T空间。
为什么慢？GFW屏蔽了google, 而stack overflow上用了一个js脚本，此脚本在谷歌服务器上。解决思路，就是让浏览器在本地加载此js脚本。访问速...
关键词：fq; gz; zlib 近期感谢yongzhe同学的需求，让我有机会能够用c来实操fq.gz的处理。...具体需求很简单： 输入一个index，将fq1和fq2（两个都是gz文件）中能够匹配该index的reads输出。输出文件也要是gz格式。...补充：仅处理一个fq的话 如果仅处理一个fq.gz文件，即仅打印fq1或fq2中匹配index的reads，可以这样做： （假设要处理的gz文件是test.fq.gz，index序列是ACCGAATG...） 使用grep –A命令： zcat test.fq.gz | grep –A 3 ‘:ACCGAATG$’| gzip –c > out1.fq.gz ?...或者用sed命令 zcat test.fq.gz| sed –n ‘/:ACCGAATG$/{N;N;N;p}’ | gzip –c > out2.fq.gz ?
solrParams.setQuery("测试新增内容"); // df-指定一个搜索Field solrParams.set("df","item_title"); //fq... - （filter query）过虑查询，作用：在q查询符合结果中同时是fq查询符合的 //item_price 在 1-1000000 之间，用 * 表示无限 //item_price...100 //也可写成 solrParams.setFilterQueries("item_price:[1 TO 1000000]"); solrParams.set("fq
当有多个fq文件要进行数据质量检测时，我们可通过建立一个脚本执行文件，执行该脚本，可同时批量对fq文件进行检测。...Started analysis of output_forward_paired.fq.gz Approx 5% complete for output_forward_paired.fq.gz Approx...10% complete for output_forward_paired.fq.gz Approx 15% complete for output_forward_paired.fq.gz Approx...complete for output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz Started analysis of output_forward_unpaired.fq.gz...for output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz Started analysis of output_reverse_unpaired.fq.gz
我分享给大家的ngs流程里面经常是需要制作配置文件，里面的每个样品名字都有两个测序文件，因为目前都是双端测序，制作配置文件的过程其实就是Linux下的文本处理，代码如下所示： echo A_{1..25...引用： (公众号推文) linux命令行文本操作一文就够 (公众号推文)linux系统环境变量一文就够 (公众号推文)构建shell脚本一文就够 (公众号推文) conda管理生信软件一文就够 shell...中的扩展(Expansions) https://opengers.github.io/linux/linux-shell-brace-parameter-command-pathname-expansion.../ bash脚本的参数扩展 (parameter expansion) ：https://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-bash-parameters.html...最低要求是完成我的 linux 20题 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html 其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam
Bandwidth meta plugin 解析 pod annotation，并通过 TC TBF 实现限速 bandwidth meta plugin 是一个 CNI plugin，底层利用 Linux...可参考 《Linux 高级路由与流量控制手册（2012）》第九章：用 tc qdisc 管理 Linux 网络带宽； veth pair 宿主机端的流量方向与 pod 的流量方向完全相反，也就是 pod...具体来说， Linux bond 默认支持多队列（multi-queue），会默认创建 16 个 queue， 每个 queue 对应一个 FQ，挂在一个 MQ 下面，也就是上面图中画的；OVS bond...使用的时钟类型） 如果不重置，将包从 RX 转发到 TX 会导致包在 FQ 中被丢弃，因为 超过 FQ 的 drop horizon。...FQ horizon 默认是 10s。
raw_fq/${id}_2.fastq.gz \ -O 2.clean_fq/${id}_2.fastp.fq.gz \...fq2=2.clean_fq/${id}_2.fastp.fq.gz hisat2 -p 4 -x $index -1 $fq1 -2 $fq2 | \ samtools sort -@ 4 -...(注意，不是答疑，不是售后，也不讲解Linux和R基础知识)，你需要自己跟着我们生信技能树的系统性基础入门视频学习背景知识！...首先是LINUX学习 我在《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》把Linux的学习过程分成6个阶段 ，提到过每个阶段都需要至少一天以上的学习： 第1阶段：把linux系统玩得跟Windows...第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不在神秘！
论文地址：https://arxiv.org/pdf/2111.13824.pdf 项目代码：https://github.com/megvii-research/FQ-ViT 计算机视觉研究院专栏
其实呢，这个就涉及到了RNA-seq数据分析的上游流程，需要一些Linux知识啦， 如果你没有服务器，下面的教程就纯粹看一眼哈。.../miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-4.6.14-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc...fq文件大小是有变化的。...需要把Linux的6个阶段跨越过去 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习： 第1阶段：把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅，主要目的就是去可视化，熟悉黑白命令行界面...第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。 详见：《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》 ?
这篇主要记录linux下写简单shell脚本调用bwa对fastq文件作mapping code 输入两个或者三个参数，分别表示SE PE的情况，第一个参数是ref，可选为在reference所在目录下的已经建好...exit fi ref=$1 fq1=$2 fq2=$3 #bn=$(basename $fq1) dn=$(dirname $fq1) bn=${bn%%.*} bam=$dn/$bn.bam reference...$fq2) dn=$(dirname $fq2) bn=${bn%%.*} p2=$dn/$bn.pipe bam=$dn/${bn%_*}.bam if [...-e ${p2} ];then mkfifo ${p2}; fi bwa aln -t 20 -l 25 $reference $fq1 > $p1 & bwa aln -t 20 -...l 25 $reference $fq2 > $p2 & bwa sampe $reference $p1 $p2 $fq1 $fq2 | samtools view -bS - > $bam
47 47 47 # 统计多个文件 seqkit stat sample.fq sample.fq file format type num_seqs sum_len...min_len avg_len max_len sample.fq FASTQ DNA 3 141 47 47 47 sample.fq...FASTQ DNA 3 141 47 47 47 # 统计多个压缩文件 seqkit stat *.fq.gz 用Linux命令统计.../10^9 "G";}' # 3e-06 million 1.41e-07 G # 统计多个文件 for i in *.fq; do cat sample.fq | awk -v name=${...3e-06 million 1.41e-07 G # 统计多个压缩文件 for i in *.fq.gz; do zcat sample.fq.gz | awk -v name
view=software Linux环境可以执行选择下面地址直接下载并解压安装 # CentOS $ wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk.../sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz $ tar zxvf sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz 将 sra.../sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-files ERR571271.sra 解压后产生 ERR571271_1.fastq 和.../trimmomatic/ERR571271_1_unpaired.fq \ /trimmomatic/ERR571271_2_paired.fq /trimmomatic/ERR571271_2.../trimmomatic/ERR571271_1_unpaired.fq /trimmomatic/ERR571271_2_paired.fq /trimmomatic/ERR571271_2_unpaired.fq
不过这次是从fq文件开始，所以大量代码都是在Linux平台的命令行而已，虽然给了客户全部的代码，但是客户直接说不想学，问有没有基于R的实现方式。...第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。...月 20 10:40 SRR10574381_1_val_1.fq.gz 188K 2月 20 10:40 SRR10574381_2_val_2.fq.gz 177K 2月 20 10:40 SRR10574382..._1_val_1.fq.gz 183K 2月 20 10:40 SRR10574382_2_val_2.fq.gz 152K 2月 20 10:40 SRR10574383_1_val_1.fq.gz...160K 2月 20 10:40 SRR10574383_2_val_2.fq.gz 71K 2月 20 10:40 SRR10574384_1_val_1.fq.gz ---- 这个时候
location-to-put-transrate> wget https://bintray.com/artifact/download/blahah/generic/transrate-1.0.3-linux-x86..._64.tar.gz tar zxvf transrate-1.0.3-linux-x86_64.tar.gz #添加环境变量 echo 'export PATH=/LUSTRE/apps/workshop.../transrate-1.0.3-linux-x86_64:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc #安装 hmmer wget http://eddylab.org/..._1m_1.fq.gz TARA_135_DCM_5-20_rep2_1m_1.fq.gz TARA_136_SRF_5-20_rep2_1m_2.fq.gz TARA_135_DCM_5-...20_rep2_1m_2.fq.gz TARA_137_DCM_5-20_rep1_1m_1.fq.gz TARA_135_SRF_5-20_rep1_1m_1.fq.gz TARA
该数据库有自主开发的下载软件Edge turbo客户端主要包含两部分：linux 命令行工具和 edgeturbo service。...系统要求 Linux 内核版本 ：3.10.0 及以上，推荐使用 4.15 以上的版本； 操作系统版本 ：CentOS7.2 及以上、Ubuntu 14 及以上，以及其它满足上述内核版本要求的主流 linux...://ngdc.cncb.ac.cn/ettrans/download/edgeturbo-client.linux.latest.cncb.tar.gz 解压 tar -zxvf edgeturbo-client.linux.latest.cncb.tar.gz.../CRR511439_f1.fq.gz 下载的数据会保存在家目录下download目录下 PS: 我在自己的服务器测试了一下， 貌似速度也一般般哦。...)下载命令是： edgeturbo download /gsa/CRA007099/CRR511439/CRR511439_f1.fq.gz 把前缀去掉即可。
传统安装 下载 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 在Linux系统下将上述的链接下载到本地 sudo wget https...://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.3.4.1/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip 解压 unzip...bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip 设置环境变量 打开环境变量设置文件 sudo vim /etc/environment 添加软件 bin 目录的路径，并用 : 隔开...-1 以逗号分隔的包含队友1的文件列表（文件名通常包含_1），例如-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq。使用此选项指定的序列必须与文件中的文件和读取的文件一致。...-U 逗号分隔的包含未配对读取的文件列表要对齐，例如lane1.fq,lane2.fq,lane3.fq,lane4.fq。读数可能是不同长度的混合。
-O PATH wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux...-64.tar.gz tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz #安装 bash aspera-connect-3.7.4.147727-...linux-64.sh # 然后cd到根目录下看看是不是存在了.aspera文件夹，有的话表示安装成功 cd && ls -a # 将aspera软件加入环境变量，并激活 echo 'export PATH...下载的fq文件是完整的？...（_I1 _R1 _R2 文件 是我后面获取sra再转成fq后得到的完整的） 可以发现单独一个的fq文件和完整三个fq文件（前面我们谈至少两个 就是这里的_R1 _R2）中最大的fq文件是大小一致的，这就说明单独一个
在Linux Shell脚本中，1、2、 在上面的脚本中1代表输入给（submit.sh）脚本的第一个参数，即第二个脚本（script2.sh），同理2代表4，3代表i。...-2 /home/xiaowang/proj1115/3_trim/TR_5445_001_1*_2.fq.gz -S ....-2 /home/xiaowang/proj1115/3_trim/TR_5445_001_2*_2.fq.gz -S ....在Linux的shell脚本中，行号是从0开始计数的哦！但如果通过cat -n来查看，行号仍是从1开始显示。下文中提到的第X行命令都指的是shell脚本中的行号。...我们可以简单的把linux系统理解为景区售票处，每一行命令代表一个人，景区因为人流量过大，安排了几个入口，所有人都需要按照一定的规则排队，只有当前面的人通过时，后面的人才能有序通过。
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