2.使用迅雷的批量下载（这里好像会限速，所以我并没有采用这个方法）提到批量下载，更多的人第一个想到的是迅雷——可惜纵然推出了轻量版，迅雷仍然属于不可忍受的广告类软件之一。
对于一个经常接触电脑的人来说，FTP无形中出现在我们生活的各个角落。日常生活中的文件上传和下载很多时候就是依靠FTP去实现的。
基因组学在生物学科的发展中，具有划时代的意义。同时，很多人在刚进入生物信息学领域时，最先接触的也往往是组装基因组，注释基因组。这在我们生信技能树的公号里有详细的教程，需要者可去公号get资源。前面jimmy老师介绍了sra和ebi这两个高通量测序数据存放中心：
假设我们现在有一个样本号“IRIS_313-11156”，想下载该样本的所有SRA数据(注意：一个样本的SRA数据可能分不同次run上机)。
最近要开一个肿瘤外显子实战线下课程，想到了以前看到的发在 Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Nov的文章Extremely high genetic diversity in a single tumor points to prevalence of non-Darwinian cell evolution ， 研究者对一个肿瘤 hepatocellular carcinoma (HCC) 样品测序超过300个部位，其中23个进行WES测序。但是研究者把数据上传到了GSA (Genome Sequence Archive)，如下：
很多时候需要同时下载多个SRA文件，ascp命令提供参数--file-list，用于批量下载SRA文件。
百度云解析失败，迅雷也是如此?无法下载BT!5大高分下载神器,你用过几个? ——wit小学生 最近好多小伙伴们向小学生吐槽，下载的BT不是没进度就是提示敏感资源，就是不相信这是迅雷的bug，分别用了迅
之前分享过一个号称万能下载的app，批量下载抖音快手b站小红书视频 ，今天再分享几个号称万能的app，在公众号后台对话框回复 app 获取下载地址。
在上周的文章KEGG数据库不会下载？了解下API！里，我介绍了基于KEGG API来获得所有基因的id，并通过wget遍历所有id来get基因的序列。对计算机比较了解或已经尝试过的朋友可能会意识到，虽然KEGG数据库整体并不是很大（原核生物大概5G），但是反复访问API地址耗时甚长！基于国内高校网速现状，全部下载可能需要长达数月甚至一年的时间！需要注意这里的耗时主要来源于反复访问KEGG API地址而不是下载数据本身，假如可以减少访问次数，那么就能大大缩短KEGG数据库下载时间。比较幸运的是，API指令中允许多个基因并行检索，如下所示：
前几天一个朋友发给我一堆磁力链接，说是一些比较不错的电影，可以这两天闲着看看。可是链接太多了，要是一个个添加下载还不得累死啊！所以我决定使用一些自动化下载的方法来试试。
2.ncbi中SRA的ftp下载链接为： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/， SRA数据库的格式为：
生物数据的处理本质上有两条路线：其中一条是序列本身具有结构特征，那么就可以通过软件算法来实现，比如预测基因，非编码 RNA，重复序列的分析等；另一条路线是序列本身没有结构特征，只能通过与已有序列进行比对，根据已知信息来推测未知信息，比如基因功能注释，16SrRNA 物种鉴定等，常见的一个例子就是得到一条序列，需要判断序列来自于哪个物种，就只能与数据库进行比对。
我们一想到Linux，肯定会想到黑白终端，真正的Linux用户总是偏爱从终端来进行工作，哪怕是用于下载。相比某种GUI工具，命令行下载工具可以帮助用户更迅速地从网上下载任何东西。有许多可满足一般用途、甚至用于torrent的下载工具，不过相比其他工具，只有像curl或者wget这少数几款工具更受欢迎。我们在本教程中将探讨用于在Linux环境中下载的十大命令行工具。不妨逐一探讨这些CLI工具。
我们通常用wget或curl下载文件，然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果文件特别大，就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了，这时可用 aspera 进行高速下载。
FTP服务器：192.168.0.199 FTP路径：/ftphome/data 本地路径：/local/data 将文件从FTP下载到本地的脚本如下：
NCBI的FTP下载链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra
1.创建biosoft（mkdir biosoft），然后进入biosoft（cd biosoft）
但是如果要下载成百上千个文件，最好是使用代码批量下载，而且现在单细胞技术的大行其道，使得表达量矩阵文件本身也会很巨大，比如：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE253013 ，可以看到如下所示9.3 Gb文件 ：
一个字“快”，真正的百兆宽带。下载NCBI原始文件SRA下行速度能够达到100M/s，一般SRA下载一个文件15-20分钟搞定。大大节省时间成本，对于云服务器使用来说，省时就是省钱。
本文属于转录组入门系列（RAN-seq基础入门传送门 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html ）第2部分内容，以一篇Nature文章为例，详细解读如何从NCBI下载高通量测序数据。 文章 AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 数据 根据文章中的提
第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全
NxShell名字的源于英文next shell，以及new shell，故最终取名软件为NxShell。软件一开始设计就为了提供一个高可靠，跨平台，现在风的ssh工具。 所以在选型上面参照了现在PC端比较流行以及能快速开发迭代的Electron+Vue技术架构。
截至2018年4月20日，NASA阻止了所有向公众服务器发送的FTP请求—包括LAADS DAAC和LANCE NRT。传统的FTP下载通道于2018年4月20日被关闭。官方为用户提供了全新的下载方式——HTTPS。
美国的国家生物技术信息中心（National Center forBiotechnology Information，NCBI，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）是1988年美国国家健康研究所（National Institutesof Health，NIH）和国家医学图书馆（United StatesNational Library of Medicine，NLM）联合发起成立的分子生物学、生物化学、遗传学知识储备和文献整理平台，并逐步演变为大规模生物医药数据存储、分类与管理，生物分子序列、结构与功能分析，分子生物软件开发、发布与维护，生物医学文献收集与整理，全球范围数据提交与专家注释于一体的世界生物医学信息与技术资源数据库。NCBI采用著名的Entrez搜索和信息检索系统，可以进行在线资源检索，同时构建FTP数据资源下载平台（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/#downloads），方便用户批量下载数据。
scTCR可以更细致的获取肿瘤免疫微环境的变化，比如单细胞转录组可以获取不同样本，不同分组（癌和癌旁，是否治疗，是否响应）的celltype组成，可以知道哪些celltype发生变化。
对ftp文件上传将行封装，实现连接的单例模式，完成线程安全的改进，ftp文件上传下载失败的重试。
尽管用户也可以使用DownThemAll[1]进行批量下载，但不适合直接在服务器上操作。
学习生活中，我们总需要将各大视频网站的视频或者音频下载下来使用。然而，我们会发现各大视频网站虽然提供了离线下载功能，但都需要下载自己的客户端软件，甚至发现离线后的视频仅能使用它们的客户端去播放，为了一些视频资源去给电脑装几个毒瘤，着实不符合我们的使用习惯。那么今天所介绍的这款工具，就完美的解决了这个问题。You-Get 是一款命令行工具，您只需要通过执行一行代码就可以将视频下载到您的设备。 使用 You-Get 十分简单，但是准备过程比较繁琐，若您想解决时间，请前往「 https://github.com/
****前言**** 一句话：wget不仅功能强大，使用极其简单的。 ---- ****wget特性**** 支持断点下传功能【important】 同时支持FTP和HTTP下载方式 支持代理服务器 设置方便简单 程序小，更是开源 ---- ****基本语法**** wget [参数列表] URL。 ---- ****常用参数**** 1、简单wget $wget http://www.example.com 2、递归下载 - 【下载整个网站资源】 $wget -r http://www.example
有个小姐姐要从历史数据日志里根据一定的规则筛选一批数据，这批数据中有对局战场id字段，再根据这些id转化为文件名，连接远程FTP搜索该文件并下载到本地，然后打开文件删除前5行并在第6行行首添加一个字母，最后将该文件后缀名修改。 一天处理50+个这样的文件转化需求，简单算了下，差不多刚好要一天时间吧！！
前面我布置了一系列学徒作业， 终于开始陆陆续续收到答案啦！下面的教程来自于7月的数据挖掘学员，对应的题目是：仅提供bam文件的RNA-seq项目重新分析
这里一步到位下载bowtie2的参考基因组:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml
Quixel Bridge mac版是一款纹理材质贴图扫描软件，可以配合虚幻引擎4打造真实的森林场景，还提供庞大的在线贴图材质数据库，全都是通过真实世界的扫描获得，支持浏览，批量下载并批量导出Megascans资产到Unreal Engine 4，Unity，Marmoset Toolbag 3，3ds Max和maya。
本程序遍历 ftp 目录，列出单个文件大小，统计目录个数、文件个数、文件总大小。目的是在批量下载 FTP 文件时，不严格的验证下载结果的正确性。
网上有很多的文档资源，如果一个一个的点击下载非常麻烦，浪费时间效率低。无论什么时候，提升工作效率都是非常必要的，使用批量下载工具可以帮助我们快速便捷的下载我们需要的文件，减轻我们的工作量。今天小编就和大家聊聊多个文档怎么批量下载到桌面，以及电脑怎么批量下载文件。
其中有一个资源是最新的（2023年10月）NC文章《Genome-wide association analysis of plasma lipidome identifies 495 genetic associations》里面的数据在GWAS catalog ，里面的索引号是 GCST90277238-GCST90277416，但是这个公众号的小伙伴却不知道该如何批量下载， 或者说发现规律去写代码，而且手动整理好全部的链接后下载然后把它当做是宝贝来宣传。。。。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！ 下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据。使用 fasp传输专利技术，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍
scp是secure copy.remote file copy program用于将文件或目录从一个linux系统复制到另一个linux系统,传输的协议是ssh协议,保证传输的安全
CMIP(Coupled Model Intercomparison Project)是国际耦合模式比较计划的英文缩写。近些年来，CMIP逐渐发展成为以“推动模式发展和增进对地球气候系统的科学理解”为目标的庞大计划。CMIP6是CMIP计划实施20多年来参与的模式数量最多、设计的科学试验最为完善、所提供的模拟数据最为庞大的一次。
PathSeq 是一个 GATK 管道，用于检测取自宿主生物体（例如人类）的短读长深度测序样本中的微生物。比如人类肿瘤测序数据，就可以使用它看看是否有微生物序列！ 下图总结了它的工作原理。该管道先对r
今天给服务器安装新LNMP环境时，wget 时提示 -bash:wget command not found,很明显没有安装wget软件包。一般linux最小化安装时，wget不会默认被安装。
其实我现在已经不写软件教程了！ fastqc对原始测序reads质控 NCBI的blast++软件使用说明书 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式 目录 一：下载安装该软件 二：准备数据 三：运行命令 四：输出文件解读 正文 一：下载安装该软件 在NCBI的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.ta
本文介绍高分（GF）与环境（HJ）等主要国产卫星遥感数据的免费下载（包括批量下载）方法。
今天向大家介绍DeepMind团队发表在Nucleic Acids Research上的一篇Breakthrough文章“AlphaFold Protein Structure Database: massively expanding the structural coverage of protein-sequence space with high-accuracy models”。作者在文章中介绍了一种名为AlphaFold DB的蛋白质数据库(https://alphafold.ebi.ac.uk)，它是一个可公开访问的高精度蛋白质结构预测数据库。在 DeepMind提出的AlphaFold v2.0模型的支持下，它使已知蛋白质序列空间的结构覆盖范围实现了前所未有的扩展。该数据库提供了可编程访问及交互式可视化功能，包括预测的原子坐标、每个残基和成对模型置信度的估计，以及预测的对齐误差。AlphaFold DB的初始版本包含21种模型生物蛋白质组中的360,000多个预测结构，很快将扩展到涵盖UniRef90数据集中的大部分代表性序列（超过1亿个）。
原文链接:https://rumenz.com/rumenbiji/linux-wget.html
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