gffread可以直接实现这个功能，这来自于cufflinks（一直不知道这个老软件竟然还有这个功能），直接conda install cufflinks之后即可使用gffread。...使用如下代码即可转换： gffread transcripts.gtf -g reference.fasta -w transcripts.fasta 转出来效果： ?...使用： gffread -h 即可查看所有参数。
今天小编就给大家介绍一个工具，gffread来实现这个目的。注意这个工具需要在linux或者mac操作系统上运行。...CLUHART00000008717:three_prime_utr"; Parent "CLUHART00000008717"; original_biotype "three_prime_UTR"; 那么如何安装gffread...通过conda安装gffread conda install -c bioconda gffread 3.格式转换，下面这一条命令就可以将gff3格式的注释文件转换成gtf格式的文件了。...gffread gencode.v19.annotation.gff3 -T -o gencode.v19.gtf 当然也可以将gtf格式的文件转换成gff3格式的文件 gffread gencode.vM13
安装提取工具gffread 这里用到了gffread (https://github.com/gpertea/gffread)，安装方式如下 (若不理解，见这个为生信学习打造的开源Linux教程真香的软件安装部分...)： git clone https://github.com/gpertea/gffread cd gffread make release 提取转录本序列、CDS和蛋白序列 gffread -h可以参考所有可用参数...1.获取转录本序列 gffread GRCh38.gtf -g GRCh38.fa -w GRCh38.transcripts.fa 内容如下： head GRCh38.transcripts.fa >...ENST00000382398 ATGAAGTCCCTACTGTTCACCCTTGCAGTTTTTATGCTCCTGGCCCAATTGGTCTCAGGTAATTGGTATG 3.获取蛋白序列 # 获取蛋白序列 gffread...unprocessed_pseudogene 我们只筛选lincRNA grep 'transcript_biotype "lincRNA"' GRCh38.gtf >GRCh38.lincRNA.gtf gffread
GFF 文件与 GTF 文件相互转换 使用Cufflinks里面的工具gffread #gff2gtf gffread my.gff3 -T -o my.gtf #gtf2gff gffread merged.gtf...-o- > merged.gff3 GTF 文件中提取转录本序列(.fa) Cufflink中的gffread gffread transcripts.gtf –g genome.fa –w transcripts.output.fa...# 获取CDS序列 gffread transcripts.gtf –g genome.fa -x cds.output.fa # 获取蛋白序列 gffread transcripts.gtf –g
前面我们讲了如何利用工具gffread将gff文件转换成gtf文件。可能有些读者会说我没有安装了linux或者苹果操作系统的电脑。...这个工具包对操作系统没有要求，也就是说在windows，linux或者苹果操作系统下面都能用。 下面我们来看看具体的操作 1.
genomes/all/GCF/000/001/405/GCF_000001405.38_GRCh38.p12/GCF_000001405.38_GRCh38.p12_genomic.gff.gz 1. gffread...gffread是由cufflinks的开发团队提供的一款读取gff文件的工具，可以实现gff文件转换为gtf文件，用法如下 gffread -T GCF_000001405.38_GRCh38.p12...transcript_id "rna0"; gene_id "gene0"; gene_name "DDX11L1"; gffread 生成的gtf文件中只提供了exon和CDS这两种类型的结构信息，第九列的属性也只有...CDS 3. start_codon 4. stop_codon 5. transcript 虽然区间的类型变多了，但是属性的问题和gffread是一样的，除了gene_name属性有价值外
from pyranges import PyRanges read_gtf_full("example02.gtf") example02.gtf文件的内容 ##gff-version 3 # gffread...v0.12.7 # gffread -E --keep-genes /mnt/shared/scratch/wguo/barkeRTD/stringtie/B1/Stringtie_B1.gtf -o
不需要用gffread进行转化。 3).gffread的安装和使用。...$ conda install -c bioconda gffread #GFF转换GTF $ gffread input.gff3 -T -o out.gtf #GTF转换GFF3 $ gffread
dna.primary_assembly.fa.gz -O GRCh38.gtf.gz gunzip -c GRCh38.fa.gz >GRCh38.fa gunzip -c GRCh38.gtf.gz >GRCh38.gtf # 获取cDNA序列 gffread...GRCh38.gtf -g GRCh38.fa -w GRCh38.transcript.fa.tmp # gffread生成的fasta文件同时包含基因名字和转录本名字 grep '>' GRCh38
前面的流程我使用的是 hisat2比对 samtools sam bam 格式转换 stringtie组装转录本 gffcompare and gffread提取转录本 salmon进行转录本定量 最后获得
/data/msu_rice# 下载相应genome,cds,protein文件和gtf文件到该文件夹# 利用gffread 把gff转换为gtf# 重命名如下data/msu_rice/├── cds.fa...首先要把gtf文件（如果是gff文件需要先用gffread转换成gtf文件）转换为genepred文件，转换的工具是gtfToGenePred，要想用这个软件，得先安装kentUtils。...# 转换 msu文件gffread genes.gff3 -T -o msu.gtfgtfToGenePred -genePredExt msu.gtf msu_refGene.txt 接下来是生成mRNA
以上图片来源于论文 GFF Utilities: GffRead and GffCompare 长链非编码RNA通常是选择class_code为u/x/i，比如论文 Global identification
gffread GRCh38.gtf -g GRCh38.fa -w GRCh38.transcript.fa.tmp # gffread生成的fasta文件同时包含基因名字和转录本名字 grep '...ARGIND==1{id1[$1]=1}ARGIND==2{if(id1[$1]==1) print $0}' GRCh38_tmp.seqid GRCh38.gtf >GRCh38_tmp.gtf gffread
Linux 文件系统 目录 说明 bin 存放二进制可执行文件 sbin 存放二进制可执行文件，只有 root 才能访问 boot 存放用于系统引导时使用的各种文件 dev 用于存放设备文件 etc...是超级管理员 localhost 表示主机名 ~ 表示当前目录（家目录），其中超级管理员家目录为 /root，普通用户家目录为 /home/chan $ 表示普通用户提示符，# 表示超级管理员提示符 Linux...test.tar.gz 文件搜索命令 locate：在后台数据库搜索文件 updatedb：更新后台数据库 whereis：搜索系统命令所在位置 which：搜索命令所在路径及别名 find：搜索文件或文件夹 用户和组 Linux
wget http://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75. gtf.gz 或者通过 gffread...#gff2gtf gffread my.gff3 -T -o my.gtf #gtf2gff gffread merged.gtf -o- > merged.gff3 写在最后：有时间我们会努力更新的
Linux文件操作 Linux中，一切皆文件(网络设备除外)。 硬件设备也“是”文件，通过文件来使用设备。 目录(文件夹)也是一种文件。...boot:这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件，包括一些连接文件和镜像文件。...deb:deb是Device(设备)的缩写，该目录下存放的是Linux的外部设备，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。...系统会自动识别一些设备，例如U盘、光驱等，当识别后，Linux会把识别的设备挂载到这个目录下。...---- Linux文件的操作方式 文件描述符fd fd是一个大于等于0的整数。 每打开一个文件，就创建一个文件描述符，通过文件描述符来操作文件。
# 先安装conda并且配置镜像 wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # （一系列互动设置） source ~/.bashrc # （安装好的conda必须启动） conda...bioconductor-tximeta=1.2.2 - bioconductor-summarizedexperiment=1.14.0 - deeptools=3.3.1 - fastqc=0.11.8 - gffread
v4.gff3 > V4.bedpython -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=ID sorted.gff > sorted.bed##cds文件gffread
shell 对于Linux，有相同的作用，主要是对我们的指令进行解析，解析指令给Linux内核。反馈结果在通过内核运行出结果，通过shell解析给用户。...2.3 Linux中的用户 Linux下有两种用户：超级管理员（root）、普通用户。 超级管理员(root)：可以再linux系统下做任何事情，不受权限约束 普通用户：在linux下做有限的事情。...Linux具有组的概念，主要是在多人协作的时候，更好的进行权限管理！...而在Linux中不通过后缀区分文件类型！但并不是说Linux不用后缀。 那通过什么区分呢？即ls -l第一个属性列。 Linux文件类型： -：普通文件。...很简单一个道理，Linux系统不以文件后缀作为区分文件类型的依据，但并不代表gcc不需要，Linux系统 != gcc。
Linux ESC :wq 和:wq!的区别 Linux ESC:wq 和:wq!...的区别 发布者：IT人在线 ｜ 发表时间：2018-12-4 17:20:43 Linux ESC :wq esc(键退出)->:(符号输入)->wq(保存退出) wq(存盘并退出 write%quite
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