you can probably install the debian libraries into quantal with no issues, precise is less likely to work, but it might possibly you will have to build it from source to get everything right. Code:
CESM是一个完全耦合的地球系统的数值模拟，由大气、海洋、冰、陆地表面、碳循环和其他组成部分组成。CESM包括一个气候模型，提供地球过去、现在和未来的模拟。CESM是CCSM的升级版，2010年，国家科学基金会（NSF）和美国能源部（DoE）的重要资金（NSF）和重要资金的全球动力学部门（CGD）在2010年发布了CESM1。
直接使用Anaconda/Miniconda的包管理器conda进行安装即可，安装命令如下：
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在处理分子动力学模拟的数据时，不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据，也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题。现有的比较常见的方式，大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式。这两种方式各有优劣，明文存储可读性较好，二进制文件压缩率较好，不会占用太大的空间。又因为我们也不会经常性的去打开轨迹文件一个一个的检索，因此二进制文件是一个更好的存储格式选项。如果不仅仅限于分子动力学模拟的领域，在其他数据领域经常用的格式有npz等。而经过各种格式的对比之后，发现hdf5格式是一种非常适合用来存储分子动力学轨迹的文件，其原因主要有：
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如果在Python中使用pandas库时遇到了以下错误信息：ImportError: HDFStore requires PyTables, "No module named 'tables'"，那么说明你的环境缺少PyTables库。 PyTables是一个用于在Python中操作HDF5文件的库，而pandas使用了PyTables来支持HDF5数据的存储和读取。因此，在使用pandas来读取或存储HDF5文件时，需要先安装PyTables库。 下面是解决这个问题的步骤：
HDF5（Hierarchical Data Format 5）是一种用于存储和组织大量科学数据的文件格式。h5py是Python中的一个库，提供了对HDF5文件的高级封装，使得在Python中处理HDF5文件变得更加简单和高效。本文将介绍h5py的基本概念和使用方法。
h5py官方文档：https://docs.h5py.org/en/stable/build.html
一百万细胞或更多细胞的单细胞转录组分析在数据整合方面非常消耗电脑内存，我在单位32G 内存的iMac上跑，经常会出现R session abortion。然后发现Seurat官方给出了v5，即更新版的。
（1）numpy.save , numpy.savez , scipy.io.savemat
既然 hdf5r 和 RcppArmadillo包报错了，就先安装它们，首先是hdf5r ， 第一次尝试安装它：
VMD是分子动力学模拟领域常用的一款可视化软件，可以非常直观方便的展示分子的运动过程。而VMD本身对展现的格式有一定的要求，如果不是常见的rst等类型的坐标文件的话，就需要自己手动去实现一个可视化的插件。这里我们介绍的是通过VMD来可视化hdf5格式的坐标文件——hdf5是量子化学领域非常常用的一个数据格式，对于规模较大的数据集有很好的性能支持。
OpenMolcas是收费软件Molcas的开源免费版本，前两年在GitLab上开源；QCMaquis前几个月在GitHub上开源，二者结合可以做DMRG、DMRG-NEVPT2和DMRG-PDFT等方法的计算。软件的详细介绍请阅读公众号前期教程《OpenMolcas 与 QCMaquis 的安装》，文中也讲了如何联网安装。QCMaquis的详细使用请阅读官方手册
Pandas 提供了强大的 IO 操作功能，可以方便地读取和写入各种数据源，包括文本文件、数据库、Excel 表格等。本篇博客将深入介绍 Pandas 中的高级 IO 操作，通过实例演示如何灵活应用这些功能。
CDO全称The Climate Data Operators ，是一款相当强大的气象数据处理软件，包含一系列的统计参量和算术函数，用于处理GRIB和NetCDF格式数据有着相当方便指令操作。
解决方案： 修改 caffe_root/cmake/Dependencies.cmake，添加 contrib:
HDF(Hierarchical Data Format层次数据格式)是一种设计用于存储和组织大量数据的文件格式，最开始由美国国家超算中心研发，后来由一个非盈利组织HDF Group支持。HDF支持多种商业及非商业的软件平台，包括MATLAB、Java、Python、R和Julia等等，现在也提供了Spark。其版本包括了HDF4和现在大量用的HDF5。h5是HDF5文件格式的后缀。h5文件对于存储大量数据而言拥有极大的优势，这里安利大家多使用h5文件来存储数据，既高逼格又高效率。
数据输入输出通常可以划分为几个大类：读取文本文件和其他更高效的磁盘存储格式，加载数据库中的数据，利用Web API操作网络资源。
作为一个在深度学习上的小白，买Jetson TX2一个很大的原因就是想学习深度学习。那么当用Jetpack刷好板子后，第一个任务肯定是要学着安装caffe! 本文教程是参考了jiongnima的博客 （http://blog.csdn.net/jiongnima/article/details/70040262）和创客智造的文章（http://www.ncnynl.com/archives/201705/1631.html）——对于小白来说，站在大神的肩膀上可以节省不少时间。
HDF5 (Hierarchical Data Format) 是由美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校，是一种跨平台传输的文件格式，存储图像和数据
现在的数据科学比赛提供的数据量越来越大，动不动几十个GB，甚至上百GB，这就要考验机器性能和数据处理能力。
一个HDF5文件就是一个容器，用于储存两类对象：datasets，类似于数组的数据集合；groups，类似于文件夹的容器，可以储存datasets和其它groups。当使用h5py时，最基本的准则为：
因为这台GPU服务器闲置了很久，经过这两天的安装，现在基本能用了。整个过程其实挺坎坷的，因此记录下此次安装过程中遇到的坑，后面好参考。服务器从原先的OpenSuse换成了Ubuntu 16.04 LTS 发行版。
Milvusdm (Milvus Data Migration) 是一款针对 Milvus 研发的数据迁移工具，支持 Milvus 数据传输以及数据文件的导入与导出：
一个HDF5文件是一种存放两类对象的容器：dataset和group. Dataset是类似于数组的数据集，而group是类似文件夹一样的容器，存放dataset和其他group。在使用h5py的时候需要牢记一句话：groups类比词典，dataset类比Numpy中的数组。 HDF5的dataset虽然与Numpy的数组在接口上很相近，但是支持更多对外透明的存储特征，如数据压缩，误差检测，分块传输。
本文主要介绍在TensorFlow2 中使用Keras API保存整个模型，以及如果使用保存好的模型。保存整个模型时，有两种格式可以实现，分别是SaveModel和HDF5；在TF2.x中默认使用SavedModel格式。
HDF5（Hierarchical Data Formal）是用于存储大规模数值数据的较为理想的存储格式，文件后缀名为h5，存储读取速度非常快，且可在文件内部按照明确的层次存储数据，同一个HDF5可以看做一个高度整合的文件夹，其内部可存放不同类型的数据。在Python中操纵HDF5文件的方式主要有两种，一是利用pandas中内建的一系列HDF5文件操作相关的方法来将pandas中的数据结构保存在HDF5文件中，二是利用h5py模块来完成从Python原生数据结构向HDF5格式的保存，本文就将针对pandas中读写HDF5文件的方法进行介绍。
HDF5（Hierarchical Data Formal）是用于存储大规模数值数据的较为理想的存储格式。
convert_imageset是将我们准备的数据集文件转换为caffe接口更快读取的LMDB或HDF5数据类型。
0.导语1.Caffe源码编译1.0 NVIDIA与Anaconda31.1 GCC与G++降级1.2 cuda 9.01.3 cuDNN1.4 caffe-gpu源码编译1.5 python库安装1.6 编译1.7 环境变量1.8 导包测试2.caffe-cifar10测试2.1 获取数据集2.2 转换数据集格式2.3 训练及测试3.Caffe-C3D3.1 下载及配置3.2 安装库与编译4.C3D-cifar10测试4.1 获取数据集4.2 转换数据集格式4.3 训练及测试
一、caffe安装流程：安装依赖、配置python、配置caffe、配置caffe的makefile文件、配置python caffe
Groups就像字典(dictionaries)一样工作，而datasets像Numpy数组(arrays)一样工作!
你可以使用 model.save(filepath) 将 Keras 模型保存到单个 HDF5 文件中，该文件将包含：
这次我们来简单了解下气象数据常用的格式以及处理的工具，常用的数据格式包括普通的二进制格式、文本数据、NetCDF、HDF4/5以及GRIB1/2数据。我们可以利用编程语言例如python、matlab以及c语言，根据数据的说明文档或者相应的数据api开发文档进行读取，此外我们也可以根据提供的command命令行进行高效提取数据。
LMDB格式的优点： - 基于文件映射IO（memory-mapped），数据速率更好 - 对大规模数据集更有效.
在机器学习项目中，如果使用的是比较小的数据集，数据集的处理上可以非常简单：加载每个单独的图像，对其进行预处理，然后输送给神经网络。但是，对于大规模数据集(例如ImageNet)，我们需要创建一次只访问一部分数据集的数据生成器(比如mini batch)，然后将小批量数据传递给网络。其实，这种方法在我们之前的示例中也有所涉及，在使用数据增强技术提升模型泛化能力一文中，我就介绍了通过数据增强技术批量扩充数据集，虽然那里并没有使用到超大规模的数据集。Keras提供的方法允许使用磁盘上的原始文件路径作为训练输入，而不必将整个数据集存储在内存中。
以上就是python查看hdf5文件的方法，希望对大家有所帮助。更多Python学习指路：python基础教程
如果要加载的模型包含自定义层或其他自定义类或函数，则可以通过 custom_objects 参数将它们传递给加载机制：
今天打算使用GDAL读取MODIS影像数据，由于我的MODIS是HDF4格式，而默认的GDAL是不包含HDF数据驱动的，所以必须重新编译GDAL。 我的开发环境是Ubuntu 14.04，首先安装需要的HDF包。 sudo apt-get install libhdf4-alt-dev libhdf5-dev libnetcdf-dev hdf4-tools hdf5-tools libgeos-dev libproj-dev 其中，libhdf4-alt-dev，libhdf5-dev，libnetcdf-dev分别是HDF4, HDF5, NetCDF数据的开发库，hdf4-tools和hdf5-tools分别是HDF4和HDF4的命令行工具。libgeos-dev和libproj-dev分别是GEOS和Proj.4的库。 特别需要注意的是：对于HDF4不要安装libhdf4-dev而需要安装libhdf4-alt-dev。我今天刚开始安装的是libhdf４-dev，编译安装都没有问题。但是读数据的时候一直提示打不开HDF4的数据。折腾了好久，最后，网上查询到说是libhdf4-dev包中含有一个NetCDF库的兼容API导致的。 接下来是下载源码进行编译，进入源码目录，执行下面命令。 ./configure --with-geos --with-static-proj4 --with-hdf4 --with-hdf5 --with-netcdf --enable-debug make sudo make install 将lib库添加到用户环境变量中，我是在~/.profile文件中进行的配置： export LD_LIBRARY_PATH=/lib:/usr/lib:/usr/local/lib 最后使用sudo ldconfig命令使之生效。 利用其读取MODIS数据如下图：
上面的代码是对应的操作，这里我除了最后一层，其他层我都加载了权重，记住，by_name 必须赋值为True 这样才能够按照名称对应赋值权重。
HDF也是一种自描述格式文件，主要用于存储和分发科学数据。气象领域中卫星数据经常使用此格式，比如MODIS，OMI，LIS/OTD等卫星产品。对HDF格式细节感兴趣的可以Google了解一下。
今天给大家介绍下，R处理NASA下载的降雨量数据 在进行环境数据分析时候，经常需要用到降雨量的信息，而NASA提供了每年，每个月甚至每天的降雨量数据。 如何下载NASA降雨量数据，见此链接。
Warning! ***HDF5 library version mismatched error***
1. Boost库：它是一个可移植、跨平台，提供源代码的C++库，作为标准库的后备。
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