采用常规的血清学手段对HLA分型时，由于交叉反应的存在，并不能特异性的鉴定某一种抗原，所以血清学分型的结果，对应的是多个抗原的集合。为了了解HLA抗原的特异性，就必须对其抗原表位进行研究。...HLA Epitope Registry 是一个在线的数据库，存储了HLA Allel 对应的抗原表位信息。...网址如下: http://epregistry.ufpi.br/ 对于不同的HLA 基因座，采用了不同的子数据库进行存储，共有以下几个子数据库 ABC DRB DQB+DQA DPB + DPA MICA...以ABC为例，该数据库存储的是HLA-A , HLA-B, HLA-C 这3个经典的HLA I 型基因的抗原表位信息，网址如下 http://epregistry.ufpi.br/index/databases...， 可以连接到ANFD数据库， 第五列表示抗体反应，如果存在实验证据支持，取值为confirmed,其他则为provisional; 第六列表示抗原表位的结构，第七列表示Luminex 芯片中对应的HLA
HLA-B HLA-C HLA-E HLA-F HLA-G MICA MICB HLA-DMA HLA-DMB HLA-DOA HLA-DOB HLA-DPA1 HLA-DPB1 HLA-DQA1...HLA-DQB1 HLA-DRA HLA-DRB1 HLA-DRB5 TAP1 TAP2' do ....gene : HLA-A # of considered types : 3182 ----------- HLA-Types ----------- [Type 1] 31:01:02:01 EX3...gene : HLA-E # of considered types : 17 ----------- HLA-Types ----------- HLAscan cannot determine...gene : HLA-F # of considered types : 22 ----------- HLA-Types ----------- HLAscan cannot determine
主要是参考这个进行的，https://github.com/humanlongevity/HLA 其文章在这：http://www.pnas.org/content/early/2017/06/27/1707945114...> hla.sam #然后比对 samtools view -S hla.sam -b > hla.bam #格式转换 samtools sort hla.bam hla_sorted.bam # 排序...samtools index hla_sorted.bam # 索引 最后，进行xhla算法比对。...docker run -v `pwd`:`pwd` -w `pwd` humanlongevity/hla --sample_id test --input_bam_path hla.bam --output_path...", "sample_id": "test", "hla": { "alleles": [ "A*24:290", "A*24:290", "C*07:02", "C*07:02",
对于不同的HLA Allel来说，exon2和exon3 序列的差异性尤为明显，很多的HLA 分型软件都会根据这部分序列，整理出HLA Allel序列参考数据库。 ?...seq2HLA也采用了类似的策略，通过HLA不同Allel的exon2和exon3的序列，整理了一份HLA参考数据库，通过将RNA_seq的reads与该数据库比对，确定HLA分型结果，原理示意图如下...seq2HLA采用python和R进行开发，安装过程较为简单，直接下载源代码即可，安装过程如下 git clone https://github.com/TRON-Bioinformatics/seq2HLA...cd seq2HLA/ 用法如下： python seq2HLA.py -1 R1.fastq -2 R2.fastq -r test -p 10 -1和-2参数分别指定输入的R1和R2端的fastq...NA B B*39:05' 0.3821314 B*13:48 0.09848174 C C*08:02' NA C*08:02 NA 对于HlA I型基因，给出了A, B, C 三个基因的分型结果
HLA-VBseq 利用全基因组测序的数据，可以提供8位的HLA分型结果，其文献链接如下 https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471...在不同条件下，HLA-VBseq的准确率都是最高的。...文件时会用到；后两个文件是从IMGA/HLA数据库下载的，如果觉得官网提供的版本较老，可以从IMGA/HLA数据库下载最新版。...与HLA参考reads比对 利用bwa软件，将上一步得到的reads与HLA参考序列比对，命令如下 bwa index hla_all.fasta bwa mem -t 8 -P -L 10000 -a...运行HLA-VBSeq HLA-VBSeq支持双端或者单端测序的数据，这里以双端数据为例，用法如下 java -jar HLAVBSeq.jar hla_all.fasta out.sam result.txt
HLAScan是由韩国的科研团队开发的一款HLA分型工具，可以处理WGS, WES和目标区域捕获测序的数据，将reads与IMGT/HLA数据库中的reads进行比对，然后确定HLA的基因型信息。...软件默认对HLA-A基因进行分型，除了该基因外，还支持以下基因的分型 HLA-A HLA-B HLA-C HLA-E HLA-F HLA-G MICA MICB HLA-DMA HLA-DMB HLA-DOA...HLA-DOB HLA-DPA1 HLA-DPB1 HLA-DQA1 HLA-DQB1 HLA-DRA HLA-DRB1 HLA-DRB5 TAP1 TAP2 软件也支持直接提供fastq格式的输入序列...gene : HLA-A # of considered types : 3182 ----------- HLA-Types ----------- [Type 1] 01:11N EX3...基因，基因分型的结果为HLA-A*01:11N。
soap-hla运行个perl报错，hlarepoter也没跑成功。...# 安装 conda install hla-la # 数据库下载 cd ~/miniconda3/opt/hla-la/ mkdir graphs wget http://www.well.ox.ac.uk...，我这16G ram的笔记本靠swap扛着，速度就慢了不只一点了 cd ~/miniconda3/opt/hla-la/bin/ ..../HLA-LA --action prepareGraph --PRG_graph_dir .....HLA-LA.pl --BAM ./2hla_sorted.bam --graph PRG_MHC_GRCh38_withIMGT --sampleID 10 --maxThreads 8 --workingDir
在前面的文章中，我们详细介绍了HLA Allel的命名格式，示意图如下 ?...本篇文章主要介绍HLA reporter 软件，该软件可以利用高通量测序的结果进行HLA 分型。其分型结果分辨率高，最多可到9位。下图是该软件与其他同类软件的比较结果 ?.../HLA 数据库中已知的HLA Allel信息，通过bwa将reads与CRP比对，提取比对到某个HLA基因的reads,然后进行组装，将组装的contig与数据库比较，确定最终的Allel。...识别HLA Allel 对于HLA-A , HLA-B, HLA-C 这三个I型基因而言，调用4digit_predict_classI_ssake.sh脚本；对于HLA II 型基因，调用4digit_predict_classII_main.sh...HLA_B HLA_C HLA_DRB1 HLA_DRB2 HLA_DRB3 HLA_DRB4 HLA_DRB5 HLA_DQB1 HLA_DPB1 HLA_DQA1
HLA全长约3.6M, 含有220多种功能不同的基因，是目前已知的人类染色体中基因密度最高，多态性最为丰富的区域，位置示意图如下 ?...根据基因产物的结构，功能，细胞分布等因素，将HLA基因分成了3大类：HLA-I型基因，包括了HLA-A, HLA-B，HLA-C等经典的抗原基因，还有一些假基因；HLA-II 型基因，其编码产物都是双链蛋白质...，包括DR, DP, DQ等基因，HLA-III型基因，包含了C2,C4,BF等补体基因，还包括其他一些基因，分布图如下 ?...某些特定的HLA蛋白与疾病密切相关，比如HLA-B27在临床检测中作为僵直性脊柱炎的标志物。鉴于其基因的高密度和多态性，在研究之初，专门成立了一个委员会，对不同的HLA等位基因制定了统一的命名规则。...一个典型的HLA等位基因名称，示意图如下 ?
HLA基因，位于6号染色体上短臂上，长约4000Kb。HLA是目前所知人体最复杂的遗传多态性系统，有几十个基因座位，每个基因座位又有几十个等位基因，且呈共显性表达。...1.软件下载 SNP2HLA主软件包：http://software.broadinstitute.org/mpg/snp2hla/data/SNP2HLA_package_v1.0.3.tar.gz...附HLA的临床意义： 1.器官移植：HLA配型能改善移植物的存活率。供体和受体的HLA-A，B.DR完全相同者的存活率显然高于不同者。在尸肾移植中，HLA-DR配型效果更甚于HLA-A，B配型。...临床输血的发热反应中，有些是由HLA抗体引起的，尤其是多次输血的患者，HLA抗体可以破坏白细胞，为避免HLA引起输血反应，可在输血前帮做交叉淋巴细胞毒试验。...因此由于HLA系统的高度多态性；新生儿出生时HLA抗原就忆完整表达；以及HLA的遗传规律已阐明等原因，而使其成为亲子鉴定中的一个有力工具，能肯定某些亲子关系。这在法医学中具有重在意义。
关键词：HLA; typing; NGS; 本文整理搜集了用于HLA typing的软件，供大家参考。 先贴一张比较全的表格： ?...表格来源：https://www.nature.com/articles/jhg2015102/tables/2 表格中未列出的HLA-typing软件还包括： SOAP-HLA: http://soap.genomics.org.cn.../SOAP-HLA.html Erlich et al: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-12-42 Lange...10.1186/1471-2164-15-63 Dilthey et al: https://www.biorxiv.org/content/early/2014/07/08/006973 GATK HLA...Caller: https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/65/hla-caller 如果有新的软件欢迎告知！
之前做了一个简单的网页，使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据，当然准确性不咋的，也就玩玩，上线后为大约100+人提供了服务，这是伯值得骄傲的事，因为第一次能为大家提供服务。...请把数据命名为邮箱地址.txt,如zd@163.com.txt 请选择并上传你的芯片数据文件（及扩展数据，可选）即可完成HLA分型。...这是之前网页的信息： 是采用大神开发的snp2hla进行分型的，具体过程可参考我的博客：https://jiawen.zd200572.com/431.html snp2hla是大名鼎鼎的Broad...研究所开发的，通过snp分型数据来获得HLA分型信息的软件。...由于不同芯片的数据中HLA区域位点的数目不同，可能获得的结果有n多候选，请悉知。
B2M和大多数HLA I类基因的表达水平高于HLA II类基因（图1A），HLA-G和HLA-DO分别为I类和II类基因中表达水平最低的基因。...HLA I类和HLA II类基因的表达水平与M2巨噬细胞，T辅助细胞2没有相关性（图1B）。HLA I类和HLA II类基因的表达水平与免疫原性正相关，HLA II类基因表达水平较高的患者生存率较高。...HLA II类基因的上调会缓解受细胞溶解活性影响的HLA I类基因附近的DNA甲基化 作者认为HLA基因的DNA甲基化是一种潜在的HLA介导的肿瘤逃逸策略。...在C1和C4中HLA I类的启动子甲基化较高（图4B），C2中HLA I类启动子甲基化较高（图4C），HLA II上调与HLA 启动子低甲基化相关（图4D）。...HLA杂合性缺失（LOH）与OS较差有关，但可以通过HLA高表达缓解 接下来，作者研究HLA的杂合性缺失（LOH）并评估其与HLA表达和患者生存期的相关性。
CDS序列，HLA 基因序列，不同HLA Allel共享的蛋白结构域文件，在database目录下还有对应的bash脚本，可以用于更新数据库。...to HLA references..." ...../database/HLA_ABC_CDS.fasta -i TASRhla200.contigs -o 0 -a 1 > tig_vs_hla-ncbi.coord ###Align HLA references.../database/HLA_ABC_CDS.fasta -d TASRhla200.contigs -o 0 > hla_vs_tig-ncbi.coord ###Predict HLA alleles.../bin/HLAminer.pl -a TEST_vs_HLA.sam -h ../database/HLA_ABC_CDS.fasta -p ..
可以用snp芯片数据实现HLA分型，任意的SNP芯片，只要位点数足够即可（几十万）。 由于本人几乎没有前端和后台水平，所以应用相当简陋，请谅解。...请把数据命名为邮箱地址.txt,如zd@163.com.txt 请选择并上传你的芯片数据文件（及扩展数据，可选）即可完成HLA分型。...是采用大神开发的snp2hla进行分型的，具体过程可参考我的博客：https://jiawen.zd200572.com/431.html snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所开发的，通过snp分型数据来获得...HLA分型信息的软件。...地址也放在这：https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html
在这篇文章中，该团队发现了循环肿瘤细胞 (CTC) 与 NK 细胞间的一种新的免疫检查点-- HLA-E，阐述了 CTC 通过免疫检查点分子对 HLA-E: CD94-NKG2A 逃避 NK 细胞监视的新机制...因此，血液中 NKG2A 和 HLA-E 之间上调的相互作用可能是由 HLA-E 分子水平的增加驱动的[2]。...或敲低 HLA-E 来中断免疫检查点。...■ 机制探究CTC 通过参与血小板来源的 RGS18 上调免疫检查点分子 HLA-E那么 CTCs 是如何动员 HLA-E 的呢？研究人员评估了可能与 HLA-E 表达水平呈正相关的差异表达基因。...4.CREB1 与细胞核内 HLA-E 基因启动子区 SXY 位点结合，上调 CTC 表面 HLA-E 表达和易位。
HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件，github地址如下 https://github.com/FNaveed786/hlaforest 安装过程如下 git clone...ROOT:B ROOT:B:55 ROOT:B:55:01 ROOT:B:55:01:01 ROOT:B ROOT:B:08 ROOT:B:08:01 ROOT:B:08:01:01 在上述文件中，HLA-A
HLA Dictionary , 中文名叫做HLA 字典，记录了HLA-A, -B, -C, -DRB1/3/4/5 和 -DQB1 等HLA基因的不同Allel 对应的血清学分析鉴定的抗原。...最新版本于2008年发布，共包含了832个HLA Allel对应的血清学抗原信息，其中， I 型HLA 基因有685条记录，II 型HLA 基因有147条记录。...在IMGT/HLA 数据库中，提供了检索HLA Dictionary 的功能，网址如下 https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/dictionary.html 用法也非常简单...支持三种格式的数据 HLA Allel Expert Assigned Type WHO Assigned Type 以HLA Allel为例，输入数据A*01:01, 检索结果如下 ?...在HLA分型结果中，除了提供HLA Allel之外，有时还需要提供对应抗原的信息，就可以通过这个方法得到。
scHLAcount允许我们使用个性化的参考基因组计算HLA I类基因HLA-A、B和C的单细胞转录组序列数据中的分子数；和HLA II类基因DPA1, DPB1, DRA1, DRB1, DQA1,...可以使用由替代方法确定的提供的HLA类型，也可以使用此工具分析HLA类型，然后根据这些调用进行量化。 scHLAcount可用于观察HLA基因等位基因的特异性表达。...通过将细胞特异性HLA计数mapping在t-SNE图谱上，寻找单倍型完全缺失的簇，它还可以用来评估杂合性的缺失。...一般的HLA表达损失也可以用scHLAcount来评估，并且在这个任务上比默认的Cell Ranger表现得更好，特别是当样本具有与参考不符的HLA单倍型时。 ?...scHLAcount 是10X 官方出品，也是单细胞转录组数据挖掘的另一个例子，其实我们仅看HLA表达量的话，我们写过如何快速地从单细胞数据中观察HLA基因表达模式（https://www.jianshu.com
HLAminer软件可以同时对HlA I型基因和II 型基因进行分型，但是分型结果中不可避免的会存在假阳性的结果。...为了提高分型结果的准确性，不同的研究团队都在开发新的工具和算法，Opitype是一款专门针对HLA I型基因进行分型的软件，可以提供精确的4位分型结果。...采用 razers3 比对参考序列数据库 razers是一款比对工具，可以从原始的测序数据中筛选出属于HLA基因的reads。...opitype利用HLA I型基因exon2到exon3的DNA序列构建了一个参考数据库，如果reads能够比对到这个参考数据库，认为这些reads来自与HLA基因。.../home --entrypoint="razers3" fred2/optitype -i 95 -m 1 -dr 0 -o /home/R1.bam /home/OptiType/data/hla_reference_dna.fasta
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