publish\ D:\Walterlv\DemoRepo\bin\Debug\publish\ 使用 .NET/C# 实现 本文的代码主要参考自 jeff.brown 在 Manipulating NTFS Junction...- Stack Overflow Manipulating NTFS Junction Points in .NET - CodeProject Reparse Points - Windows applications...- Microsoft Docs 本文会经常更新，请阅读原文： https://blog.walterlv.com/post/mklink-junction-in-dotnet.html ，以避免陈旧错误知识的误导
在v1版本中只支持tophat-fusion和STAR两款软件进行序列比对来识别junction reads,在v2版本中，扩展到了以下5种软件 Tophat-Fusion STAR BWA MapSplice..._64.tar.gz tar xvzf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz cd tophat-2.1.1.Linux_x86_64 cp b* c* f* g* j* long_spanning_reads...软件的使用过程就显得简单多了，该软件分为以下5个功能模块 Align Parse Annotate Assemble Denovo Align用于将序列比对到参考基因组上;Parse用于从比对结果中挑选junction...2. parse parse用于解析序列比对的结果，支持多款软件，以常用的STAR为例，代码如下 CIRCexplorer2 parse \ -t STAR \ Chimeric.out.junction...\ > CIRCexplorer2_parse.log 对于其他软件的用法，具体请参考官方文档，无论是什么比对软件，该命令最终都会生成以下文件 back_spliced_junction.bed 3
same folder or file in difference paths. mklink Using mklink command, you can create a “hard link”, “junction.../J Creates a Directory Junction. Link Specifies the new symbolic link name....Specifies the path (rel e.g: 1 mklink /J current %APPDATA%\walterlv\packages\1.0.0 That is to create a junction...Then I’ve post them below: Hard Link Junction Point Symbolic Link Command mklink /H Link Target mklink...effectively on Windows due to symlink issues, to behave just as efficiently and reliably as they do on Linux
每个用户独立操作，安装方法代码如下： # 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh # 接下来使用bash命令来运行我们下载的文件，记得是一路yes下去 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安装成功后需要更新系统环境变量文件...version: 1.6.0 perl --version This is perl 5, version 26, subversion 2 (v5.26.2) built for x86_64-linux-thread-multi...需要 重新下载star-fusion-1.9.0软件 在官网可以看到，https://anaconda.org/bioconda/star-fusion，确实是 linux-64 v1.6.0 ，所以...文件，但是star这个比对软件本身就修改了Chimeric.out.junction文件的格式，导致后面的解析Chimeric.out.junction文件的perl脚本也不得不与时俱进。
Each junction of the city is marked with a positive integer (≤ 20) denoting the busyness of the junction...Whenever someone goes from one junction (the source junction) to another (the destination junction),...The next q lines each contain a destination junction-number....There can be at most one direct road from a junction to another junction....1 (the zero point) to the given junction.
Windows支持 4 种 ”链接” 机制，分别是shortcut（快捷方式）、hard link（硬链接）、junction point（软链接）、symbolic link（符号链接）。...\Demo.txt junction point/softlink/reparsepoint junction point/softlink/reparsepoint 中文名 交接点 / 软链接 /...即使创建junction point时使用了相对路径，保存到NTFS中时将隐式转换成绝对路径。...关联 删除target directory，junction point仍将存在，但失效了，变得不可用。这个很好理解，因为此时junction point指向不存在的目录。...符号链接对用户而言是透明的，符号链接看上去和普通的文件和文件夹没有区别，操作方法也一模一样（更类似于 Linux 的软链接）。
pn结和半导体二极管 正向和反向偏置 二极管作为电路组件 结论 The pn Junction and the Semiconductor Diode Forward and Reverse Bias...原文链接：The PN Junction Diode and Diode Characteristics[2]该篇教程探讨了通过将n型半导体材料与p型半导体材料接触而形成的电子结构的物理和电气行为。..., we use the term pn junction; when we’re focusing on circuit design, we use the term diode....In a silicon pn-junction diode, the contact potential is about 0.6 V....在这里插入图片描述 Applying a reverse-bias voltage widens the junction’s depletion region.
Chimeric.out.junction文件，看看能否修改格式，让它符合star-fusion的输入呢？...首先看，正确的格式： $head Lib_FUSCCTNBC001_Chimeric.out.junction chrX 153959404 + chr11 65441502 -.../bin/Linux_x86_64/STAR --runThreadN 4 --genomeDir /home/yb77613/biosoft/starFusion/db/GRCh38_gencode_v31...:# Nreads 41047586 NreadsUnique 31992503 NreadsMulti 6000335 Lib_FUSCCTNBC003_Chimeric.out.junction...:# Nreads 34291126 NreadsUnique 27037183 NreadsMulti 4164969 Lib_FUSCCTNBC004_Chimeric.out.junction
mklink 使用 mklink 命令，你可以创建“硬链接（Hard Link）”、“目录联接（Junction Point）”和“符号链接（Symbolic Link）”。...有关使用 .NET/C# 来创建目录联接的方法，可以阅读我的另一篇博客： .NET 实现 NTFS 文件系统的硬链接 mklink /J（Junction） - walterlv 快捷方式 快捷方式是一个单纯...硬链接（Hard Link） 目录联接（Junction Point） 符号链接（Symbolic Link） 命令 mklink /H Link Target mklink /J Link Target...[坑1]: 在微软的官方博客中已有说明：从 Windows 10 Insiders build 14972 开始，符号链接对开发者将不再需要管理员权限，这可以让开发者像在 Linux 或 macOS 上一样高效地工作...额外的坑 如果你在开始菜单里面有快捷方式指向了一个目录联接（Junction Point）中的文件，那么在 Windows 10 操作系统更新后这个快捷方式便会消失。
4C在junction reads基础上，进行二次酶切，形成包含junction reads的环状序列，然后针对感兴趣的基因组区域，设计PCR引物，将包含该基因组区域的环状片段扩增出来，从而可以研究该基因组片段与其他片段的相互作用关系...5C采用事先设计好的，两端带有通用引物的探针与junction reads杂交，进行PCR扩增，PCR产物两端包含了通用引物，下游可以结合芯片或者高通量测序来分析基因组区域的互作。...3C,4C,5C都是基于最原始的junction reads, 不同之处就在于不同引物设计策略导致的通量的差异。...Hi-C在原始3C基础上有所变化，junction reads产生过程中添加生物素标记，然后采用抗体富集带有标记的junction reads, 再构建普通的测序文库，进行高通量测序。
mklink是Windows 7下的一个类似于linux下In的命令，其作用是在NTFS文件系统中创建文件或目录的链接（类似于桌面快捷方式）。...Mklink命令详细介绍 Windows 7下的mklink命令通过指定参数可以建立出不同形式的文件或目录链接，分为硬链接(hard link)、符号链接(symbolic link)和软链接（联接）(junction...2.软链接（联接）(junction) 作用基本和符号链接类似。区别在于，软链接在建立时会自动引用原文件（或目录）的绝对路径，而符号链接允许相对路径的引用。...无参数指定的默认情况下，建立的是文件的符号链接，删除链接文件不会影响源文件， /d：建立目录的符号链接符号链接(symbolic link) /j：建立目录的软链接（联接）(junction) /
Actin 的开发人员Energid现在为Actin提供了一个ROS Kinetic栈和一个ROS插件基类，支持Windows，Mac OS X和Linux。...Actin现在还包括Linux版本中的URDF阅读器支持。...仅Windows XP：下载junction.exe。需要从安装程序位置创建指向{third_party_source}存储库的链接。...这可以从命令提示符如下完成 cd C：/Energid/Installers/Actin_4.1.0.20161028 Windows XP：junction ActinROS C：/ Your /
和rMATS-turbo-Linux-UCS4），如何确定使用哪个文件夹下的文件呢？...笔者在操作过程中，操作系统出现的结果是1114111，因此使用rMATS-turbo-Linux-UCS4下的文件。...exonEnd 8）upstreamES 9）upstreamEE 10）downstreamES 11）downstreamEE 12）ID 13）IJC_SAMPLE_1：样品在inclusion junction...下的count数，重复样本的结果以逗号分隔 14）SJC_SAMPLE_1：样品在skipping junction counts（SJC）下的count数，重复样本的结果以逗号分隔 15）IJC_SAMPLE..._2：样品在inclusion junction下的count数，重复样本的结果以逗号分隔 16）SJC_SAMPLE_2：样品在skipping junction counts（SJC）下的count
对于输入的sam文件，需要经过两次扫描，在第一次扫描时，根据双端数据的比对情况筛选候选的环状RNA，这一步通过判断SAM文件中CIGAR那一列的值来实现，本质上是检测覆盖环状RNA连接点处的junction...图A表示junction read只覆盖了起始外显子和终止外显子的部分序列，这两部分reads在基因组上的比对位置是相反的，绝大部分的环状RNA都符合这种模型。...图B表示junction read除了覆盖了起始外显子和终止外显子的两部分序列外，还覆盖了中间的一个外显子的部分序列，这种情况下reads可以分成3个部分比对到基因组上。...图C表示junction read除了覆盖了整个环状RNA外，还重复又读了一部分序列，这个只有当环状RNA的序列长度小于测序读长时才可能出现。...在后续验证时，可以挑选表达量较高的来验证，在软件对应的文章中，挑选了junction reads数大于5的环状RNA来进行验证。
finspector.fa.fai) finspector.bed : the reference gene structure annotations for fusion partners finspector.junction_reads.bam...: alignments of the breakpoint-junction supporting reads. finspector.spanning_reads.bam : alignments...需要认真学好linux，参考我在 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》 设定的linux入门6个阶段 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习： 第1阶段：把linux系统玩得跟...第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不在神秘！...第4阶段：高级目录管理：软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量 第5阶段：任务提交及批处理，脚本编写解放你的双手 第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我
Owner SELECT Dog.dogId AS dogId, Dog.dogOwnerId AS dogOwnerId, Dog.name AS name, _junction.ownerId...FROM DogOwnerCrossRef AS _junction INNER JOIN Dog ON (_junction.dogId = Dog.dogId) WHERE _junction.ownerId...我们通过使用 Junction 引用这张表。...Relation( parentColumn = "ownerId", entityColumn = "dogId", associateBy = Junction...(DogOwnerCrossRef::class) ) val dogs: List ) Junction: developer.android.google.cn/reference
linux往往天然集成语言环境和包管理（语言级或系统桌面级），这使得云主机linux装机量往往占首位。...维护这样一个环境是必要的-它是继os core之后在PC软件上出现的第二大存在，这往往出现在windows和linux易用性之争上。或CUI，GUI之争中。...再来看这个msyscuione: 其实对windows上的cui的整合工作一直存在比如msys2,比如cmder，而msyscuione倾向于模拟了linux下的开发生产合一环境，全开源（未来可能与ros...上不会出现“找不到msvcrt.dll中函数入口”的错误 i686-w64-mingw32\include\_mingw.h /* #define MINGW_HAS_SECURE_API 1 */ 使用junction.exe...junction.exe to replace ln.exe 未来还将支持更多.. 下载地址见源站文章链接。
define to enhance class " + enhanceOriginClassName); } ElementMatcher.Junction... junction = not(isStatic()).and(instanceMethodsInterceptPoint.getMethodsMatcher())...= junction.and(ElementMatchers....else { newClassBuilder = newClassBuilder.method(junction...else { newClassBuilder = newClassBuilder.method(junction
crosslinking, 反交联，用蛋白酶消除DNA的交联状态 通过以上步骤处理之后，可以得到不同染色质片段连接在一起的DNA，这样的片段是一个嵌合体，由来自空间结构相近的两个不同DNA片段构成，称之为junction...通过分析junction reads中的不同部分分别对应哪些基因组区域，可以得到DNA之间的相互作用关系。...在传统的3C技术中，得到junction reads后，需要针对感兴趣的两个目标片段设计引物，通过PCR反应将这两个区域构成的junction reads扩增出来，通过PCR产物的有无和定量，可以评估目的片段之间相互作用关系的有无和强度
因此，笔者推荐Linux熟练度不够的同学，不建议尝试CIRCexplorer3。另一个角度考虑的话，CIRIquant发表在NC上，且是最新的软件。...site 5 end 3' back-spliced junction site 6 score CPM of circRNAs (#BSJ / #Mapped reads) 7 strand strand..._64.tar.gz tar -zxvf tophat-2.0.12.Linux_x86_64.tar.gz cd ..../tophat-2.0.12.Linux_x86_64 ln -s /home/data/ssy43/software_install/tophat-2.0.12.Linux_x86_64/tophat...reads score Flag of fusion junction realignment strand + or - for strand thickStart No meaning thickEnd
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