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Linux学习 - 常用和不太常用的实用awk命令

Linux学习系列文章是生信宝典最开始主推的一块,力图从一个新额视角帮助初学者快速入门Linux系统,熟悉Linux下的文件和目录,文件操作, 文件内容操作。...而且教程摒弃了完美操作,列举出常见错误和解决方式,管道、标准输入输出解惑Linux下多种信息输出方式。 在文件排序和FASTA文件操作中简述了awk和sed的使用,作为一个引子。...awk读取单个文件时的基本语法格式是awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{print $0, $1;}' filename。...读取多个文件时的语法是awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}ARGIND==1{print $0, $1;}ARGIND==2{}' file1 file2。...}' shengxinbaodian SXBD 学会了基本命令,生信分析中还有一大块是使用已经安装好的工具,针对软件安装中遇到的问题,推出了系列文章:环境变量和可执行属性彻底释义环境变量的概念;列举出Linux

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    S3C2440移植linux3.4.2内核之修改分区以及制作根文件系统

    填在offset里,表示先后保留多少size空间大小   MTDPART_OFS_NXTBLK: 填在offset里,表示从下一个块开始   MTDPART_OFS_APPEND: 填在offset...//设置交叉编译前缀 进入Busybox Settings --->Build Options --->() Cross Compiler prefix 在弹出的对话框里面写入:arm-linux...安装glibc库   输入$PATH找到交叉编译位于/work/tools/arm-linux-gcc-4.3.2/usr/local/arm/4.3.2位置,   通过find -name lib,.../work/nfs_root/fs_mini_mdev_new/lib mkdir /work/nfs_root/fs_mini_mdev_new/usr/lib -p cp arm-none-linux-gnueabi...配置EABI   进入si,搜索exitcode,找到0x00000004对应的宏定义是SIGILL,表示非法指令,是因为arm-linux-gcc-4.3.2是使用的EABI接口,内核由于未配置,所以出现非法

    1.7K30

    生信分析中linux的使用7-awk

    transcript_id与value值用空格分开,空表示没有转录本 #这样也可以 #里面引号要用双引号,因为linux成对识别引号 #指定分隔符为tab键 #匹配模式 #可以自定义输出顺序 #BEGIN...主题操作 END{主题操作后的操作} awk 内置变量: ➢ FS :定义输入字段分隔符,Field Separator,同 –F ➢ RS :定义输入记录分隔符,Record Separator ➢ OFS...Separator ➢ ORS :定义输出记录分隔符,Out Record Separator ➢ NF :数据文件中的字段总数,可以简单理解为列数 ➢ NR :已处理的输入记录数,可以简单理解为行数 #设置OFS...以定义输出字段分隔符: cat Data/example.gtf | awk 'BEGIN{OFS=":" } {print #使用NR来打印行号 cat Data/example.gtf | awk...'BEGIN{FS="\t"; OFS=":" } {print NR,$9}' | head -5 awk 条件和循环语句: if:条件判断 awk ' { if (判断条件) {yes} else

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    Linux|了解如何使用 awk 内置变量

    但我们也可以仔细更改这些值,内置变量包括: FILENAME :当前输入文件名(不要更改变量名) FR :当前输入行号(即输入行1、2、3……以此类推,不要更改变量名) NF :当前输入行中的字段数(不要更改变量名称) OFS...有两种方法可以做到这一点: 一种方法是使用 FS 内置变量 第二个是调用 -F Awk 选项 考虑Linux系统上的文件/etc/passwd,该文件中的字段使用:字符分隔,因此当我们想要过滤掉某些字段时...,我们还可以利用 FS 内置变量,如下所示: awk ' BEGIN { FS=“:” ; } { print $1, $4 ; } ' /etc/passwd 要指定输出字段分隔符,请使用 OFS...内置变量,它定义如何使用我们使用的字符分隔输出字段,如下例所示: awk -F':' ' BEGIN { OFS="==>" ;} { print $1, $4 ;}' /etc/passwd 在本文中

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