所以，好好利用plink软件，对于速度的提升非常显著。 功能强大，我在使用plink的过程中，它逐渐给我惊喜，仔细研究说明文档非常有必要。...1 (PART) Part I 软件介绍 1 plink 软件介绍 准备写一系列plink软件常用的命令，最近在数据分析时，需要将基因型的数据转化为0-1-2的形式，编程实现效果太差，100万的数据，plink...格式」 「第三种常用的格式：hapmap格式」 3.1 plink正常格式转二进制格式 比如这里有plink格式的文件，前缀为a的plink文件： $ ls a.map a.ped 将其转化为二进制文件...--cow --dog --horse --mouse· --rice --sheep 3.2 plink二进制格式转为正常格式 这里有plink格式的文件，前缀为b的plink二进制文件...文件转为vcf文件 这里有plink格式的文件，前缀为c的plink二进制文件： $ ls *c* c.hh c.log c.map c.ped 将其转化文件：d.vcf plink --file
飞哥真心话： 虽然plink2.0已经存在好久了，但是一直用的都是plink1.9，因为语法熟悉。...更主要是plink2.0语法变动太大，害怕步子迈得太大了…… plink2.0用是不会用的，2022年都不会用！！！...建议：plink1.9简写为plink，plink2.0 简写为plink2 3，plink帮助文档 可以通过官网查询具体参数：https://www.cog-genomics.org/plink/...plink2 --ped yuanshi.ped --map yuanshi.map 或者写为： plink2 --pedmap yuanshi 默认输出文件： plink2.log plink2....pgen plink2.psam plink2.pvar • plink2.log，log日志，不用理会 • plink2.pgen，二进制文件，类似plink1.9的bim文件 • plink2
问题来了：如何在R语言中运行plink软件。 Linux系统下，将plink放到bin文件夹下，直接调用就行，用R语言的system直接调用就行。...1，下载plink软件 2，下载R语言 3，将plink.exe文件，放到R语言的bin文件夹下 4，将R语言的路径放到环境变量中 然后就可以在R中调用plink软件了，而且代码放到Linux系统下...1，下载plink软件 网址：https://www.cog-genomics.org/plink/ 然后解压，进入文件夹，找到plink.exe文件。...2，下载安装R语言 网址：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 3，将plink文件放到R中的bin文件夹 默认的安装路径是：C:\Program...5，测试是否成功 打开Rstudio，新建一个R脚本： # test plink system("plink") 运行： 搞定！ 分割线 ---- 大家好，我是邓飞，一个持续分享的数据分析师
plink 软件可以用于识别tagSNPs。由于tagSNPs是建立在haplotype的基础上的，所以首先需要识别haplotype block。...命令如下 plink --bfile mydata --blocks 这条命令会产生两个文件，plink.blocks 和 plink.blocks.det 。...基于haplotype的结果，我们就可以去分析某个haplotype block中的tagSNPs位点了，用法如下 plink --bfile mydata --show-tags mysnps.txt...mysnps.txt 文件中每一行是一个SNP位点，示例如下 rs7527871 rs2840528 rs7545940 plink只会对mysnps.txt文件指定的一组SNP位点挑选tagSNPs...这一步会生成两个文件，plink.list和plink.tags.list。 plinks.list和mysnps.txt文件内容类似，只不过在其基础上新增了tagSNP位点的ID。
plink是进行全基因组关联分析常用的软件之一，该软件需要两种基本格式的输入文件，ped和map。本篇重点介绍一下ped格式。...phenotype代表表型，其中表型可以是离散型的（比如质量性状），也可以是连续型的（比如数量性状），plink会自动识别对应的类型。通过以上6个必须的字段，可以完整的映射到某一性状的家系图上。
❝毕竟不是Linux系统，它是不能安装运行Linux软件的。它可以用Linux的形式调用Windows的软件，后面我会用plink这个软件举例子。 ❞ 1....下载安装 原则上来说，给一个名称git即可，后面应该可以自己搜索下载安装了，但是为了凑字数，还是贴出网址更好，如果再有一些截图，就更像正儿八经的教程，而不是临时的灌水之作了。 「搜索」 ?...「点击下载Windows版」 ? 下载一个Git-2.28.0-64-bit.exe文件，下载完之后，点击安装即可。 2....默认自带Linux常用命令 cd cat less grep sed awk tar …… 4. 运行plink文件？...可以设置~/bin文件夹，然后将plink.exe放到里面，就可以直接调用plink命令了。 ? 随便进入一个文件夹，键入plink如果出现如下信息，说明plink已经没问题了。 plink ?
平时在分析时，也有时候需要将外部准备好的数据，更新到plink数据中。...其实，plink自己有一个参数，可以自动更新表型数据，只需要将所要更新的表型数据准备好就行了。下面介绍一下操作流程。...1. plink文本文件更新表型数据 下面我们用plink示例数据来进行演示，这个数据很小，也可以自己生成。...0 A A 1 1000000001 0 0 1 1 C C G A 2. plink二进制文件更新表型数据 首先，用toy生成二进制的plink文件 plink --file toy...为何要更新表型数据 初学者看到plink的ped第六列或者fam的第六列是表型数据，就想把自己的数据加进去。
既然可以用直接方式向光盘写入文件，为什么还要如此麻烦地制作一个映像文件呢？要知道制作映像文件同样是个耗费时间的过程，这样做是否多此一举？其实不然，在正式刻录之前...
❞ 同样的问题还有： 如何安装plink软件 plink软件的图标是什么 plink软件有没有快捷方式 …… 你以为plink软件像word或者Excel一样？...现在我提供三种方法，来运行plink软件。 首先是下载软件：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ 下载到本地，解压即可。...如果了解到Linux系统，它就像bin文件夹一样。它的好处是可以在其它文件夹中直接调用，就像你可以在任何文件夹中新建excel一样。...使用git和bin模仿Linux系统 第三种，也是最简单的一种，安装git软件，然后右键打开git的终端： 然后运行下面命令，将plink.exe放到bin文件夹下： mkdir ~/bin/; cp...plink.exe ~/bin/ 键入plink，就可以看到帮助文档，说明已经搞定了。
plink2R的github： 10年之前的包，没有更新，但是有用。所以，安装一下。 R语言是昨天安装的R3.6版本（Linux系统安装老版本的R语言，比如R3.6？）。...1，系统中有git（如果没有，通过手动下载上传也是一样的） 通过git下载： git clone https://github.com/gabraham/plink2R.git 手动下载： 下面以手动下载的文件为演示...loading ** help Warning: /home/gwas/test/plink2R/plink2R/man/plink2R-package.Rd:33: All text must be...in a section Warning: /home/gwas/test/plink2R/plink2R/man/plink2R-package.Rd:34: All text must be in...(plink2R) dat <- read_plink("data") dim(dat$bed) dim(dat$fam) dim(dat$bim)
Plink是我们常用的全基因关联分析工具，具有多种文件格式。许多分析工具都需要Plink的文件格式作为输入文件，今天小编就带大家掌握多种Plink文件格式的转换，解决分析过程中遇到的输入文件问题。...## 下载Plink wget -c http://s3.amazonaws.com/plink1-assets/plink_linux_x86_64_20200219.zip ## 解压 unzip...plink_linux_x86_64_20200219.zip vcf 转为 ped/map ## 使用vcftools vcftools --vcf snp.vcf --plink --out snp...## 使用plink plink --vcf snp.vcf --recode --out snp ped和map文件是Plink的基本格式。...bed/bim/fam plink --file snp --make-bed --out snp_test ## bed/bim/fam转换为ped/map plink --bfile snp_test
首先我们要下载和安装GEMMA。...## 下载GEMMA wget -c https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/download/0.98.1/gemma-0.98.1...-linux-static.gz ## 解压 gzip -d gemma-0.98.1-linux-static.gz ## 设置权限 chmod a+x gemma-0.98.1-linux-static...GEMMA的输入文件格式为Plink二进制格式 (bed/bim/fam)，具体的转换方法可以参考我之前的推送 一文掌握Plink文件格式转换。.../gemma-0.98.1-linux-static -bfile gemma_input -gk 2 -o gemma -bfile：输入Plink二进制格式文件的前缀。
作为关联分析最常用的工具，plink支持多种关联分析的算法。...plink中的费舍尔精确检验是一个双边检验的结果，用R语言验证的结果如下 ?...目前plink只有-assoc支持输出置信区间和多重假设检验的校正，--model不支持。
推荐网站：https://www.linux.org/ 1.CentOS CentOS官网：https://www.centos.org/ CentOS各个版本下载：https://www.centos.org...中标麒麟 国产操作系统 中标麒麟官网：http://www.cs2c.com.cn/ 国产中标麒麟操作系统下载,试用申请,linux操作系统下载：试用 申请界面： 7.Gentoo Gentoo...Linux下载1：https://www.gentoo.org/ Gentoo Linux下载2:https://www.gentoo.org/downloads/ 8.Debian Debian.../ OpenSuse下载：https://software.opensuse.org/distributions/leap Linux开源社区 Linux开源社区：https://linux.cn/article...-4130-1.html Linux下载站 Linux下载站：http://www.linuxdown.net/ 中国科学技术大学网站 中国科学技术大学网站下载各种资源：http://chinanet.mirrors.ustc.edu.cn
本篇文章按照plink官方提供的教程，进行一个实际操作。可以看做是官方教程的一个翻译版本。...官方教程的链接如下 http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/tutorial.shtml 1....下载测试数据 wget http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/hapmap1.zip unzip hapmap1.zip 文件列表如下 ├── hapmap1.map ├──...查看输入文件的基本信息 plink运行时，会联网检查软件是否是最新版，如果不想进行这一操作，可以添加--noweb选项。plink 需要两个输入文件，分别为.ped和.map格式。...命令如下 plink --file hapmap1 --noweb 需要注意的是，plink默认情况下，会对输入数据进行过滤，主要是过滤突变位点和和样本。
Linux安装测试 2.1 下载 在终端中运行下面命令： wget https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/bin/gcta_1.94.0beta.zip...下载成功： 文件： gcta_1.94.0beta.zip 2.2 解压 unzip gcta_1.94.0beta.zip 文件： gcta_1.94.0beta ├── gcta64...Windows安装测试 3.1 下载 3.2 解压 3.3 测试 在bin中打开git终端： 运行代码： ./gcta64.exe --bfile .....安装成功 可以看到，Windows和Linux运行命令一致。gcta也有Mac系统，和plink类似。 5....「windows下：」 cp gcta64.exe ~/bin/ 「Linux下：」 cp gcta64 ~/bin/
参考： PLINK 1.9 (cog-genomics.org)[1] 前言 发现plink2 和plink 差别还是挺大的，没什么plink2 教程，还是用老版。...1-基本配置 直接下载plink 即可。（2,1 版本的参数差异还挺大的，这里我使用 1.9版本） ps：本来想尝试一下python 写的hail，但发现软件老是报错。...Hail | Install Hail on GNU/Linux[2] 2-输入数据类型 参考：PLINK 1.9 / 2 基本使用方法 （未完工） – GWAS实验室 – GWASLab[3] 常用格式如下...plink2 --bfile HapMap_3_r3_1 --missing 会生成两个文件： $ ls plink2* plink2.log plink2.smiss plink2.vmiss...Hail on GNU/Linux: https://hail.is/docs/0.2/install/linux.html [3] PLINK 1.9 / 2 基本使用方法 （未完工） – GWAS
这里，总结一下GWAS的学习笔记，GWAS全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位，这次学习的教程是plink做GWAS，plink是个很好的软件...参考： ❝教程代码和数据下载：https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial/ ❞ 这个教程非常的经典，我看网上很多人推荐。...下载数据和代码 首先，在linux环境下，新建一个文件夹，进入后运行下面命令： git clone https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial.git 下载之后，...下载R语言和plink软件 如果你已经安装了这两个软件，就不用下载安装了。...R：https://www.r-project.org/ plink：http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/ https://www.cog-genomics.org/plink2
plink是进行连锁不平衡分析的常用工具之一，需要两个基本的输入文件，后缀分别为ped和map。ped文件格式在之前的文章中已经详细介绍过，这里只介绍map文件。...plink 进行LD分析有以下两种方式： 1....对所有的SNP位点进行分析 命令如下： plink --file test --r plink --file test --r2 --r会直接输出所有LD分析的结果，而--r2会根据R2值对结果进行过滤...输出文件为plink.ld。...更多参数的用法请参考官方文档 http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/ld.shtml
1，vcf变为plink，或者excel变为plink格式，然后直接读入到Haploview，卒。...vcf变为plink，以及plink提取snp导出plink格式，或者excel的格式变为plink格式，这些数据都建议用plink重新跑一下，确保数据没问题。...plink --file file --maf 0.01 --geno 0.3 --recode --out qc300 如果plink运行报错，就不要往下走了，先把这个问题解决掉！...2，plink格式的map数据，需要变为info格式 简单来说，就是提取map的第二列和第四列，生成info为后缀的文件 awk '{print $2,$4}' qc300.map >qc300.info...代码汇总： plink --file file --maf 0.01 --geno 0.3 --recode --out qc300 sed -i 's/-/_/g' qc300.ped sed -
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