背景 使用服务器的R语言,安装poppr包过程中,报错: In file included from vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.c...failed for package ‘igraph’ 其中主要是Rglpk包安装不上,原因是找不到共享的依赖。.../configure --prefix=/home/username/GLPK make make install 2.下载Rglpk包 cd /path/to/rpackages wget https...移动文件,并设置变量,让R可以识别到依赖。...R CMD INSTALL Rglpk 安装完,Rglpk则可以正常使用,依赖于Rglpk的其他R包也可以正常安装了。 写在最后:有时间我们会努力更新的。
R包 多个函数的打包存放 相应的R包可实现特定的分析功能 R包包含函数、数据、帮助文件、描述文件 安装 R包来源有CRAN、Bioconductor、GitHub install.packages(tidyr...jmzeng1314/idmap1") library("tidyr")#加载 devtools::install_local(“xxxx.zip”)#本地安装 安装后每次使用都要先加载,也可用来检验是否成功安装 载入包时回答提示信息尽量...no* 已经安装的包,可直接调用其中的函数 pheatmap::pheatmap(volcano)#包名::函数名 library(pheatmap) pheatmap(volcano) 学习R包的使用...browseVignettes("limma") #作者一手教程,不是每个包都有 ls("package:limma")#列出包中的函数等 引用自生信技能树 小洁老师
stringr包是Hadley Wickham大神贡献的R包之一,主要用于字符串的处理。对于经常需要对数据进行预处理的分析人员来说,简直是一把“利器”,可谓是上能屠龙,下能剔牙。...其用法相比于R自带的函数,更加简单明了。stringr包在我工作中,是属于频繁使用的R包之一。简单的用法也是深入我心,强烈推荐使用该包进行字符串的预处理。...#提取filepath 字母大小写转换 场景:在Excel中,查找匹配不区分大小写,但是在R中区分大小写,常出现在Excel中能查到到但是R中匹配不到的情况,故先预处理统一大小写再做匹配。...#大小写转换r.letter 检测 场景:常跟ifelse函数配合使用,对某一列字符串进行判断是否匹配。...该包不仅仅只有以上几个函数,还有其他函数,只是工作中较少用到,所以未列举出来。可见stringr包确实强大,提供了一整套字符串的处理方案。
今天继续学习R语言基础的R包使用,以R包:dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败,解决方法https://mp.weixin.qq.com.../s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101...经过这几期的R语言基础,你应该能够入门R了,渐渐的也要自己去学会看帮助文档,去搜报错,还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗? ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题,那么恭喜你,你的R应该没问题啦! 应该没问题了!!!!吧?
在这篇文章中,我们将学习如何操控R中的字符串,主要用的是Biostrings包。...Getting started 如果你是第一次使用,请先用以下命令安装Biostrings包: source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite...如果你想要查看这个包的说明文档,请点击链接http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/Biostrings/man/Biostrings.pdf...我们将通过实际操作一些Biostrings包提供的函数去熟悉它做的是什么,又是如何实现的。 Generating DNA alphabets R 提供了函数生成大写和小写的字母表。...如果你还没有下载好bioconductor包,可以使用下面的命令: source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
R包是多个函数的集合,具有详细的说明和示例。...本次以dplyr为例安装和加载R包镜像设置运行这两行代码options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options...(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")安装R包安装命令:install.packages()或者BiocManager...,而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数函数和R包的学习方式快速查看函数帮助文档?...dplylr可以用问号连接任何想知道使用方式的函数名称找R包介绍页面(善用搜索引擎,或者找帮助)##Vignettes这个单词硬翻译会翻译成“小插图”,其实就是作者写的网页版教程,不是每个R包都有的,可以运行代码试试看
这几天收到师兄的任务,熟悉iGRaph包的使用,通过查资料,外加自己的实践,在此做个简单的学习笔记。 以下例子均是在R 3.0.1版本下测试的。
安装加载R包R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor。...使用一个包,是需要先安装再加载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror...# 3 virginica 6.05 0.354管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)(加载任意一个tidyverse包即可用管道符号...y项中除非交集外的其他部分anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')## x y## 1 a 1## 2 c 3## 3 d 46.简单合并在相当于base包里的
说实话,自从之前好好学习了一下入门的R以后,一直没有用过R,很多东西都忘了,还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1....CRAN网站 可以理解为R包的官网,凡是需要通过CRAN下载的R包,都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2....安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时,就需要考虑安装某个特定版本的R包了,这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/clusterProfiler’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpSczSko...源码安装 在这里也许能找到你需要的R包历史版本。
问题 你想安装和使用一个 R 包。...如果想要将所有已安装的软件包更新为可用的最新版本,使用以下命令: update.packages() 如果你在 Linux 系统上使用 R ,管理员可能已经在系统上安装了一些 R 包,由于普通用户没有更改权限...R包 remove.packages 移除一系列已安装的R包 installed.packages 将已经安装的R包更新到最新版本 setRepositories 设定当前的R包的资源库列表 通过命令行安装...R 包 R CMD INSTALL aplpack_1.1.1.tgz # 安装aplpack包 从其他资源库安装 R 包 devtools 包提供了从其他流行的 Git 资源库或其他 URL 上安装...R 包的工具。
> m2d=function(x){+mean(x)+2*sd(x)} #sd()是标准差 不会是一个值 > m2d(rnorm(10)) [1] 1.738949 R包 介绍 R包都在哪里 ####...1) CRAN网站 >install.package( ) #包名要加“” #### 2) Bioconductor 网站 >BiocManager::install( ) #### 3) github...>devtools::install_github( ) #需要把用户名也写上 #如果不知道包从哪里来 先试前两个 若不行 就是github上的 # 安装完之后的加载(相当于打开软件) >library...否定 { } 用于容纳多行代码 #注释 " " 字符型数据 ::包::函数 #文件名必须带引号,且在能识别文件名称的函数括号里面,实际参数位置上 文件的读写 csv格式 > read.csv("ex3...#表格文件读到R语言中,就得到了一个数据框,对数据框进行的修改不会同步到表格文件,需重新导出 分隔符 常见的分隔符:逗号、空格、制表符(\t) 将表格文件读取到R语言中 read.table() #
R包概述 R包是什么 R包,类似C、Python中库的概念,指包含特定领域的函数、数据、文档等的集合。通过调用包,可以直接使用包中现成的数据、函数等,使开发方便快捷高效。...为什么学习R包 R的强大在于包含了各种各样的包,使用包非常有利于便捷开发。 一些功能在现有的包中并不存在,需要自己实现,实现后通过打包方便代码的复用。...R包的结构 创建R包后,在包的根目录下,一般包含以下几个部分(粗体表示必需): R/: R函数目录,包含包中定义的函数。 DESCRIPTION:包的描述,包括包名、作者、依赖等。...man/: R函数手册目录,包含了包中定义函数的手册。 vignettes/: R项目目录,包含了本项目的使用指导。 tests/: R函数测试目录,包含了包中定义函数的测试及包功能的测试。...data/: 包中附带的数据文件。 R包的工作流程 为了有效利用R包,一般遵循以下的工作流程: 指定名字,创建R包,并编写DESCRIPTION文件,对R包进行简单的描述。
R包开发 创建R包基本流程: 开发工具:devtools 运行调试 + usethis 创建修改 基本流程: create_package 创建一个R包 use_r()写函数,插入roxygen注释和...tag,使用document()生成文档 load_all()载入包 use_***_license 添加license install安装包 use_testthat() 和use_test()生成测试文件...) -> R/*.R -> 添加R函数脚本(合并因子) usethis::use_r("fbind") fbind <- function(a, b) { factor(c(as.character...: use_package() -> `DESCRIPTION`文件添加 `Imports::forcats` use_package("forcats") R包readme说明文件:use_readme_rmd...dplyr调出 创建包:usethis::create_package(path) 工作路径最好是源码包的top-level 参考: R packages 2nd edition cheatsheet
vignettes/tm.pdf tm手册 : http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/web/packages/tm/tm.pdf 简介 tm 即text mining,是用来做文本挖掘的一个R包...,是一个进行自然语言处理的基础包。...安装 该包的安装方法是install.packages("tm") 数据输入—文集(corpus) 文集代表一个文档集,通常一个文件就是一个文档。多个文档构成一个文集。...language 指明文本的语言 因此,对于包tm目录下的texts/txt目录下的文本文件可以这样做成一个文集 library(tm)#> Loading required package: NLPtxt...0 0 0 0#> 248 0 1 0 0 文档-单词矩阵的操作 有了矩阵以后,可以有很多R函数可以作用于它
summary()函数会对 列 进行处理,并且 创建新的列表 ,简单来说就是把向量作为输入值,输出单个数值。
PART1 开篇前言 本期R语言教程,暂定分为两大部分:第一部分为“R语言快速入门和数据处理”,第二部分为“R语言可视化及绘图”。...关于R和RStudio安装在这里就不再介绍了,网上有很多相关内容,如果安装过程有困难可以后台私信我。 PS.本次内容为R包安装及初识向量。 ? PART2 R包安装 问:什么是R包?...答:包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。...(对于刚接触R的同学来说可能看起来比较抽象,但是没关系,我们会在后续的学习中慢慢了解R包的概念) 1.R包安装:第一次安装一个包,使用命令install.packages()即可。...中 2.R包载入:安装完成后,想要调用这个包中的命令、数据等信息,就需要先载入这个包,需要用到的命令为library()。
function函数来建立新的函数 图片 当一个代码需要复制粘贴3次,就应该写成函数或使用循环 3、默认参数 作者可以为参数设置默认值,不是所有的参数都要出现在代码里,没有出现的是默认值 二、R包...2、作用:实现特定的功能,你需要什么功能,安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机,需要使用微信与人聊天,你就按照微信APP,需要上腾讯视频看电视剧,你就安装腾讯视频APP。...R包,使用 “BiocManager::install()来安装 (3)github网站,是R包作者写的,没有经过审核,使用”devtools::install_github...几乎不使用,使用时需要写明R包的作者,就是指明选择谁写的R包。...所有“加载”R包就相当于打开APP。
这个文章我没有时间写了,我明天分析
dplyr是一个在R语言中非常流行的数据处理包,它提供了许多功能强大且易于使用的函数,包括 select、 filter、mutate、arrange和summarize 等。...这些功能使得dplyr成为数据清洗、处理和分析的首选包。...一、安装和加载R包 镜像设置(清华源和中科大源)options——安装install——加载library/ require CRAN网站R包安装命令 install.packages("dplyr")...Biocductor网站R包安装命令 BiocManager::install("dplyr") 三部曲 options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...by = 'x') (5)反连接:返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x') (6)简单合并 在相当于base包里的
简介 平常在各种R语言群里,总会遇到关于安装R包的问题,例如:搭载在github上的R包,由于网速(外网)原因而无法下载该怎么办?...这里小编分享下平常逼不得已才使用的“下三滥”方法——直接下载包,通过本地安装。 网上好多解决方案都是基于R gui的,但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。...接下来以gmm包在Rstudio下安装为例: 教程 使用bing搜索该包,找到相应网站[1]。 关键词:R包名称+R,或者可以再加上CRAN。 ?...搜索技巧:R包名称+R 找到Downloads板块,下载对应的压缩包 这里以mac为例 ?...参考资料 [1] gmm包对应网站: https://cran.r-project.org/web/packages/ggm/index.html
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