这里面的MeDIP-seq指的是DNA,那么MeRIP-seq其实就是RNA水平的又叫做m6a测序,恰好看到了咱们的表观微信交流群我们的生信技能树优秀转录组讲师在分享全套MeRIP-seq文章图表复现代码,我借花献佛整理一下分享给大家:
https://github.com/lagadic/vrep_ros_bridge
上一节配置的v-rep在ros kinetic中是可以看图像,并订阅主题的,但是无法发送消息让机器人动起来,
常用的机器人物理仿真软件有ROS/Gazebo、V-REP、Webots、Adams等,有的收费,有的开源,提供的功能也不同。V-REP是一个跨平台的机器人仿真软件,提供多种机器人模型和控制接口,便于开发者快速验证算法和低成本开发,主要特性包括:
可变剪接(Alternative splicing;又称“选择性剪接”)是一种在真核生物中非常普遍的基因表达方式,具体表现为一个基因的外显子以不同的组合方式剪接形成不同的成熟RNA,从而在不同的时空环境和状态下形成不同的蛋白质,执行不同的生物学功能。常见的可变剪接软件包括rMATS,Asprofile以及miso等。本文主要介绍rMATS软件的使用,并对结果利用rmats2sashimiplot可视化。
随便找几个文件进行练习,只是为了说明问题,这些其实是RNA-seq数据,但无所谓,只是看脚本的处理 有以下几个文件
首先从Git上把项目clone下载到安装redmine的服务器上 git clone git@xxx.com/test.git /opt/git-rep/test 注意这里是把Git库里的项目拷贝到redmine服务器的/opt/git-rep/test文件夹下了,该文件夹下会有个隐藏的文件夹.git,那么.git的完整路径就是/opt/git-rep/test/.git
前面提到,已经有两家公司通过宏转录组(Metatranscriptomics)测序检测肠道微生物,面向消费者提供检测服务。对宏转录组充满了好奇,有这样的比方说,宏基因组可以告诉我们这个微生物群落可能有什么样的功能(潜能),宏转录组就是告诉我们群落正在做什么,相比宏基因组的眉毛胡子一把抓,宏转录组是更针对当下的结果。由于测序的目标序列少了很多,结果不是变态大,对计算机的配置要求也相对降低。苦于想学宏基因组暂时没有服务器的我,就退而求其次试试宏转录组了,相信不会让我失望。之前学习过单转录组数据的分析,一般的笔记本(双核,8g ram)扛了下来。鉴于中文网络上能找到的宏转录组教程基本没有,只在Github上搜索到两个,选其中一个学习下。
通过网页快速了解Linux(Ubuntu)和ROS机器人操作系统,请参考实验楼在线系统如下:
康德说:世界上只有两样东西是值得我们深深景仰的,一个是我们头上的灿烂星空,另一个是我们内心的崇高道德法则。
在进行了前面两次的流程分析,目前已经得到了bedgarph文件和peak文件,需要在后面对peak文件进行相关的分析,主要有差异peak分析、peak的注释、注释基因的富集分析以及motif分析,我做了几次,发现里面的坑还是很多的。
闲话不多说,今天来看看汇编中如何实现memcpy和memset(脑子里快回忆下你最后一次接触汇编是什么时候......)
老板最近比较痴迷于各种seq,由于俩师姐外加一师妹的chip-seq建库老不成功,于是改成了CUTTAG建库,其实读了文献,发现都是相似的原理,只不过是CUTTAG用的细胞起始量远低于chip-seq,同时用的酶不同,建库的时间相对少很多。具体可以参考一下这篇文献CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cell(doi:10.1038/s41467-019-09982-5)。
架构 📷 📷 环境准备 -- 创建专用网络 docker network create --subnet=172.72.6.0/24 pg-network -- PG A docker rm -f lhrpga docker run -d --name lhrpga -h lhrpga \ -p 64320:5432 --net=pg-network --ip 172.72.6.20 \ -e POSTGRES_PASSWORD=lhr \ -e TZ=Asia/Shanghai \
这个例子可以测试机械臂,四旋翼飞行器和先锋机器人,这里以先锋机器人跟随二维码为例。
fc 可以用来查看历史命令,也可以利用使用指定的编辑器编辑并运行最近输入的命令,而不需要重新输入整个命令。
KVM (Kernel-based Virtual Machine) 是基于 虚拟化扩展指令集 (Intel VT or AMD-V) 在 linux x86 平台上的 完全虚拟化 解决方案
https://cn.ubuntu.com/internet-of-things/
Github:https://github.com/containerd/nri.git
在PCA(Principal Component Analysis)分析中,常用的工具有EIGENSOFT工具的smartpca,GCTA工具的PCA模块和R包中做PCA分析的princomp函数或glPCA功能。EIGENSOFT工具只支持linux系统,从安装到使用都很复杂。GCTA工具支持不同平台(wins/linux/mac),常用于群体遗传相关分析。在群体遗传中,R包从读取vcf文件、PCA分析到可视化,对内存要求较高。
在这一系列的V-REP自学笔记中,我们定了一个小目标,完成一个Demo。使用官方提供的KUKA公司的YouBot机器人模型来实验机器人的感知和控制过程,控制机器人从A点抓取物品,然后移动到B点将物品放置在B点的工作台上,这其中涉及到V-REP环境中的机器人感知和控制过程。没有看过前期学习笔记的读者,可以在文末找到往期文章地址。
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KVM 是指基于 Linux 内核的虚拟机(Kernel-based Virtual Machine)。 2006 年 10 月,由以色列的 Qumranet 组织开发的一种新的“虚拟机”实现方案。 2007 年 2 月发布的 Linux 2.6.20 内核第一次包含了 KVM 。增加 KVM 到 Linux 内核是 Linux 发展的一个重要里程碑,这也是第一个整合到 Linux 主线内核的虚拟化技术。
Aliyun Linux 2 是为云上应用程序特别优化的开源操作系统,上游包括 4.19 LTS 内核、CentOS 7.6 软件包,为阿里云基础设施深度优化,致力于为云上用户提供最佳体验。
ARP欺骗是一种在局域网中常用的攻击手段,目的是让局域网中指定的(或全部)的目标机器的数据包都通过攻击者主机进行转发,是实现中间人攻击的常用手段,从而实现数据监听、篡改、重放、钓鱼等攻击方式。 在进行ARP欺骗的编码实验之前,我们有必要了解下ARP和ARP欺骗的原理。 3.1.1 ARP和ARP欺骗原理 ARP是地址转换协议(Address Resolution Protocol)的英文缩写,它是一个链路层协议,工作在OSI 模型的第二层,在本层和硬件接口间进行联系,同时对上层(网络层)提供服务。我们知道
最早接觸的仿真軟件應該是Matlab,10多年前用過的版本是6.5和7.0,那是Matlab的安裝包還不到1GB。用作控制理論的仿真工具,和Matlab6.5同期的編程軟件是VC6.0,還時常想起神奇的MFC,皆成往事。這麼多年過去,最常用的通訊依然如故,以串口和socket爲主,I2C SPI CAN也經常用到。
说 明:源端 Oracle 数据库版本 19c, ogg 19.1 源端也可以是 11.2.0.4 db,ogg 版本 12.3.0.1.2 目标端:Kafka 版本 kafka_2.11-2.0.0(本次不涉及) ogg for bigdata 12.3.2.1.1
https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/hista/hisat2-paired-rnaseq.html
其实这些各个技术流程的视频教程好几年前我就全部免费共享在b站,而且我同步分享了视频配套讲义和教辅材料;
目前最主流的机器人操作系统为ROS1+ROS2,已成业界共识,如果没有购买机器人硬件又想学习机器人相关知识,那么一款仿真软件必不可少,软件分为免费和付费,下面将详细介绍。
环境: OS: [ha@node0 ~]$ uname -a Linux node0 2.6.32-358.el6.x86_64 #1 SMP Fri Feb 22 00:31:26 UTC 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 内存:1G CPU:1核 数据库: postgres=# select version();
2020年是特别的一年,由于新冠肺炎的影响,一直没有复学,完完全全在家上网课。因为硕士阶段研究方向的原因,我接触到了V-REP机器人仿真平台,国内的关于此软件的学习资料相对较少,我个人的学习进度也比较缓慢。所以想通过这样的方式记录下自己学习此软件的过程以及学习心得、操作技巧等与大家分享交流,达到共同进步的目的。
记录爬虫实践中一个小bug: requests.exceptions.ReadTimeout
Rviz是ROS数据可视化工具,可以将类似字符串文本等枯燥的数据以二维或三维等非常形象的可视化方式进行显示,如下:
如果是做肿瘤研究的,TCGA的数据分析,有很多在线工具是可以直接出图的,比如TIMER和GEPIA。上图的绘制,可以使用ggscatterstats函数,搜狗|微信 搜索一下,有很多现成的代码,就不多介绍了。
有时候随着业务的需要,需要将 Oracle 的部分数据通过 Kafka 进行分析,以获取最大的数据价值。那么就需要通过 OGG 抽取数据同步到 Kafka 了,搭建过程可查看上文,今天记录下遇到的一个罕见的错误,问题是这样的,通过 OGG 同步 Oracle 11g 数据到 Kafka 的一个应用进程 rep1,运行一段时间突然异常 ABENDED,查看日志报错如下:
在进行R语言的可视化的时候,建议也是把该用的包都提前安装上,这样可以省去后面报错的心累。
各位都知道,Git是我们运维工作中不可缺少的工具。那今天,让我们一起来熟悉下它吧。
使用sudo cp dom.c samples/onvif/命令,拷贝dom.c文件
使用ticket_converter.py在Linux / Windows格式之间转换tickets:
很多时候,我们需要下载软件的时候,必须要知道我们使用的Linux系统是什么版本,32还是64位等等,可以使用最简单的命令查看:uname -a
今天对GoldenGate的数据同步进一步做了测试,发现在一些模拟真实的场景中,需要考虑的因素要更多更为复杂。简单同步几条,几百条数据的测试同步做验证测试可以,但是很难测试出来一些潜在的问题,今天碰到了一些问题,基本都得到了解决。 首先要测试的这个环境数据要多一些。导出了一个测试环境的数据进行OGG的复制演练。 test@TESTDB> select table_type from cat group by table_type TABLE_TYPE ----------- TABLE VIEW SYNON
分享是一种态度 我所理解的cellranger软件理想原始输入数据就是SRA格式,然后利用sra-tools分为read、barcode+UMI、index三个fastq.gz文件。最后直接利用cel
这个月我们同事对原来生产环境的 19c RAC 进行 schema 级别的拆分,将其从 RHEL7.6 RU 19.15 的两个 schema 拆分迁移到 RHEL7.9 RU 19.21 的 RAC 上,迁移前后表空间和 schema 名不变,唯一改变的则是 RU 补丁版本和数据库名及 IP 地址,同时也配置了 Oracle 到 Kafka 的数据同步,所以需要重新部署 OGG 来同步新迁移的数据,Oracle 到 Kafka 的数据同步可以参考我这篇使用 OGG12.3 同步 Oracle 部分表到 Kafka。
其实,上述两种结果都是正确的,第一种正确的前提是基于gcc5.1之前的版本,第二种正确的前提是基于gcc5.1(包含)以后的版本。
大家好,我是 JiekeXu,很高兴又和大家见面了,今天和大家一起来看看因修改 MySQL 复制账号密码导致主从复制异常,欢迎点击上方蓝字“JiekeXu DBA之路”关注我的公众号,标星或置顶,更多干货第一时间到达!
作者简介:梁少华,QQ动漫后台开发,腾讯高级工程师。从事后台开发4年多,参与过QQ秀、手Q红点系统、手Q游戏公会、QQ动漫等项目,有丰富的后台架构经验,擅长海量服务设计 1. 什么是写时拷贝 写时拷贝(copy-on-write, COW)就是等到修改数据时才真正分配内存空间,这是对程序性能的优化,可以延迟甚至是避免内存拷贝,当然目的就是避免不必要的内存拷贝。 写时拷贝其实我们并不陌生的,Linux fork和stl string是比较典型的写时拷贝应用,本文只讨论stl string的写时拷贝。 st
很多人都知道,Linus在1991年创建了开源的Linux,从此,Linux系统不断发展,已经成为最大的服务器系统软件了。
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