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还不知道shuf,那你一定写了很多废代码!Bash程序员,说你呢

引言 作为大多数熟练的 bash 程序员,都有可能没有听说过 shuf 这个指令。 不管你用或者不用,它都静静的躺在那里,从Linux发行版开始,它已经内置在指令集里了。...参数列表的最后一个参数,也就可能是路径名或文件名。如果省略参数,则视为从标准输入读取。 下面是一些示例,明确指定文件来源。 标准输入隐式作为文件 这样,我们就从shuf命令的参数中省略了file。...通过这种方式,我们允许使用 -e 选项将输入行指定为shuf命令的参数,从而强制 shuf 作为列表 shuf 进行操作。 用法如下, Usage: shuf -e [OPTION]......它不需要在命令行中指定文件或参数,而是需要一个整数范围。-i 选项强制 shuf 作为 range shuf 操作。 区间 shuf 生成一个按随机顺序排列的整数范围。...指定输出文件 像其他一些Linux中的指令一样,-o 用于指定输出文件名。

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没有生物学重复怎么办,pseudo replicates了解一下

具体的实现过程如下,需要借助两个linux下的工具 1. shuf 该命令用于随机乱序显示文件中的内容,比如一个文件中的内容如下 cat a.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 通过shuf...命令可以打乱顺序 shuf a.txt 4 1 6 10 7 8 2 3 9 5 需要注意的是,默认情况下,由于是随机打乱,每次运行结果都不相同 shuf a.txt 2 3 8 7 5 6 9 1 10...在shuf命令中,通过以下方式设置随机数发生器 shuf --random-source seed.txt a.txt random-source参数的值为一个文件,利用该文件中的内容作为随机数发生器...2. split 该命令将一个大的文件分割成多个小文件,可以按照行数进行拆分, 基本用法如下 split -l 5 a.txt -l参数指定每个小文件中包含的行数,运行完成后,会生成两个文件,其内容分别如下...github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline/blob/master/src/encode_task_spr.py 核心代码如下 cmd1 = 'zcat {} | shuf

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Linux Linux内核参数调优

关于调优的建议: 1、出错时,可以查看操作系统日志,可能会找到一些有用的信息 2、尽量不要“批量”修改内核参数,笔者就曾这么干过,结果“调优”后,性能反而下降,事务出错数反而增加,所以,调优的时候可以考虑逐个参数进行调优...说明:我也不是很懂,参考自网络整理了下可能需要调整的一些参数 net.core.wmem_max=124928 发送套接字缓冲区大小的最大值(以字节为单位),参考值873200 net.core.rmem_max...通过配置TCP_TW_REUSE参数,来释放TIME_WAIT状态的端口号给新连接使用 net.ipv4.tcp_tw_recycle=1 表示开启TCP连接中TIME-WAIT sockets的快速回收...net.ipv4.tcp_fin_timeout=30 默认值60,这个参数决定了它保持在FIN-WAIT-2状态的时间,参考值 30(一般来说FIN-WAIT-2的连接也极少) net.ipv4....当出现SYN等待队列溢出时,启用cookies来处理,可防范少量SYN攻击,默认为0,表示关闭; 以下几个参数文件需要打开防火墙才会存在 net.netfilter.nf_conntrack_max=

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自学Linux命令的四种方法

在.bashrc中(/home/.bashrc)增加如下一行: echo "Did you know that:"; whatis $(ls /bin | shuf -n 1) 你只需要增加这行就够了...-f1) $(whatis $(ls /bin) 2>/dev/null | shuf -n 1) 然而,上述使用cowsay的方法并不是在所有Linux发行版下均可运行成功。...这里的“file1”和“file2”是命令“cp”的两个参数。一些命令也通过使用不同的标志来改变其行为。...例如,命令“sudo yum install cheese -y”中的“install”是yum的参数,“cheese”是install的参数,“-y”是yum的标志——当yum询问你是否继续的时候,一律默认回答...需要注意的是,一些标志有自己的参数,而另一些则没有。这里就不给出具体的例子了。每个Linux名字都有自己的一套标志设定,掌握这些需要长时间的积累。

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Linux内核参数调优

用法: vim /etc/sysctl.conf #修改内容 sysctl -p #生效 相关参数仅供参考,具体数值还需要根据机器性能,应用场景等实际情况来做更细微调整。...net.core.netdev_max_backlog = 400000 #该参数决定了,网络设备接收数据包的速率比内核处理这些包的速率快时,允许送到队列的数据包的最大数目。...net.core.somaxconn = 100000 #Linux kernel参数,表示socket监听的backlog(监听队列)上限 net.core.wmem_default = 11059200...net.ipv4.tcp_fin_timeout = 10 #表示如果套接字由本端要求关闭,这个参数决定了它保持在FIN-WAIT-2状态的时间。...参数值为布尔值,1表示接受,0表示不接受。 #在充当网关的linux主机上缺省值为1,在一般的linux主机上缺省值为0。 #从安全性角度出发,建议你关闭该功能。

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Linux内核参数调优

再来看看linux内核常用的参数优化: Linux内核参数优化可以根据不同的应用场景进行调整,以提高系统性能和稳定性。...以下是一些常见的Linux内核参数优化: 文件系统缓存参数:文件系统缓存是Linux系统中的重要性能因素之一,可以通过调整以下参数进行优化: vm.dirty_background_ratio:设置脏页...网络参数:网络性能是Linux系统中的另一个关键因素,可以通过以下参数进行优化: net.core.somaxconn:设置TCP半连接队列的最大长度,建议设置为1024或更高。...内存管理参数:内存管理是Linux系统的核心,可以通过以下参数进行优化: vm.swappiness:设置内存交换的程度,建议设置为10-15。...进程管理参数:进程管理是Linux系统的另一个重要方面,可以通过以下参数进行优化: kernel.pid_max:设置系统中最大进程ID号,建议设置为65536或更高。

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linux ftp命令参数全集

linux ftp命令参数是我们常用的服务器控制手段。那么我们现在就来介绍一些linux ftp命令参数。希望能帮助大家快速查阅,这些命令都是常用的,肯定会对您有所帮助。...binary(或bi) 将文档传送类型配置为二进制。 FTP> bye(或by) 结束和远程电脑的linux ftp命令参数会话并退出linux ftp命令参数。 FTP> cd 更改远程电脑上的工作目录...,将显示本地电脑中当前的工作目录。 FTP>literal 将参数逐字发送到远程linux ftp命令参数服务器。将返回单个的linux ftp命令参数回复代码。 格式:literal argument...。能够通过 IP 地址或电脑名称指定电脑(DNS 或主机文档必须可用)。假如自动登录打开(默认),ftp 还将尝试自动将用户登录到linux ftp命令参数服务器port 指定用来联系linux ftp...ftp命令参数会话并退出linux ftp命令参数。 FTP>quote 将参数逐字发送到远程linux ftp命令参数服务器。将返回单个的linux ftp命令参数回复代码。 Quote 和literal

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Linux:procmeminfo参数详细解释

Linux:/proc/meminfo参数详细解释 一、Linux内存总览图 二、meminfo参数的详细介绍 /proc/meminfo是了解Linux系统内存使用状况的主要接口,我们最常用的”free...内存黑洞 追踪Linux系统的内存使用一直是个难题,很多人试着把能想到的各种内存消耗都加在一起,kernel text、kernel modules、buffer、cache、slab、page table...因为Linux kernel并没有滴水不漏地统计所有的内存分配,kernel动态分配的内存中就有一部分没有计入/proc/meminfo中。...在x86系统上Linux的内核栈大小是固定的8K或16K(可参阅我以前的文章:内核栈溢出)。...: 0 HugePages_Free: 0 HugePages_Rsvd: 0 HugePages_Surp: 0 Hugepagesize: 2048 kB HugePages_Total 对应内核参数

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