虽然有点难度,但其实确实是可以的,对生信工程师来说,就是整理流程(把Linux命令替换成为R语言代码)工作量比较大。如果大家感兴趣而且确实有需求,不妨看看这个文档:《RNASeqR : RNA-Seq analysis based on one independent variable》
存储的比特数越多,能表示的数据(电压)越多,需要电压计更高精度的控制,因此读写速度有一定程度的降低。
在java项目部署过程中,由于内外部各种因素,可能会遇到一些感觉操作不便捷的场景,例如
首先我们来看看什么是写放大,写放大(Write amplification)是2008年,由英特尔和SiliconSystems在论文之中首次提出:它表现为在SSD上实际写入的数据远远大于用户写入数据。
在上游分析中,多个样本常常要同时分析,为了节省时间我们常常会通过写一个简单的脚本去运行。 比如对于这样的一个accessionlist,样本数较少
随着硬盘技术的不断发展何固态硬盘的大量使用,你肯定听说过或者使用过固态硬盘,固态硬盘(或固态硬盘)能够达到比传统硬盘更快的读取和写入数据的速度,您可能不知道的是,随着时间的推移,当磁盘写满时,SSD硬盘在数据写入时可能会失去一些速度,如果您为了速度而在服务器中运行SSD,那么就可以使用TRIM来保持SSD运行速度到最佳状态。
入门级做好配置文件命令脚本文件提交至后台进阶级做好配置文件命令脚本文件提交至后台补充一个错误的例子
本文主要介绍了SSD固态硬盘的GC与Trim功能,以及它们的作用和如何工作。GC功能是自动清空闪存内无效数据的过程,Trim则是在删除文件时,让SSD主控制器固件提前擦除数据,避免占用无效块。这两个功能可以提升SSD的写入速度,提高性能和寿命。
MyBatis的trim标签一般用于去除sql语句中多余的and关键字,逗号,或者给sql语句前拼接 “where“、“set“以及“values(“ 等前缀,或者添加“)“等后缀,可用于选择性插入、更新、删除或者条件查询等操作。
之前在 Git 批量删除本地分支,有用到 Linux 或 MacOS 下的批处理命令 xargs:
和苹果的app store, 手机的软件管家一样,linux 也提供了conda(miniconda)这样一个软件中心。
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
本笔记主要是针对转录组测序分析专题上游分析,需要有Linux基础知识,目标是养成一个良好的分析习惯,熟悉转录组分析上游流程,重点是针对分析的结果能有自己的思考和解读能力。
不知道你是否在为突然想实现某个功能的小脚本而苦苦寻找答案,这里有一份“圣经”用来查看各种仅使用内置bash命令实现各种常用的功能和鲜为人知的用法。
作者:星辰算力平台 1. 背景 随着大数据、人工智能技术的蓬勃发展,人类对于算力资源的需求也迎来大幅度的增长。在腾讯内部,星辰算力平台以降本增效为目标,整合了公司的GPU训练卡资源,为算法工程师们提供统一的底层GPU算力服务。借助于虚拟化、算力挖掘等技术,平台服务公司内各BG的AI训练场景,GPU利用率业界领先。同时,通过云原生任务化的方式,对接了内部各大业务,促进了AI技术研究效率的提升和创新研究。 当下,由于AI训练时的高性能计算设备(如NVIDIA GPU)成本高昂,如果任务在训练过程中不能保证
当我们使用服务器分析数据,我们使用miniconda,如果在自己的电脑上使用anaconda。Anaconda安装网上有很多教程,也可以在淘宝上买个安装服务(至少节省一上午时间)。
下载安装包 -- bash 安装 -- 接受协议 -- 选择默认安装路径(回车) -- 重新激活环境 -- 调用帮助文档
在长长的列表里,往下翻(或者用ctrl+f搜索关键词miniconda3-latest)找到:Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh找到之后右键,复制链接地址用wget -c进行下载
本章讨论 OSEMN 模型的第一步:获取数据。毕竟,没有任何数据,我们就没有多少数据科学可以做。我假设你已经有了解决数据科学问题所需的数据,第一步你需要把这些数据放到你的电脑上(也可能放到 Docker 容器里)。
金兴 1.1G-4G的介绍 G generation 1G 大哥大 只能进行通话 不能发短信 2G wap.baidu.com 支持上网 彩信业务 3G 沃 www.baidu.com 7.2M/s 4G lte long time evolution 100M/s 主要区别 速率的不同 5G 华为 大公司卖标准 小公司卖产品 arm:并不生产处理器 10G/s 2.Android操作系统介绍 安迪鲁宾研发 3.Android历史介绍 And
当你把这段缩进优美的代码直接 ctrl+c,ctrl+v 到 Vim 的时候,就会出现如下恶心的情况
以前在使用 CSV、SVN 等版本管理软件时,这些版本管理软件都有提供版本编号可以查看。我们由版本编号就可以判断一个文件的新旧,这个特性在 Git 上就有些不同了,Git 是采用 SHA-1 的 Hash 来做版本标识的。如果我们要生成一个易读的数字编号,又应该怎么做呢?
Jenkins是一款使用比较广泛的CI/CD平台,2.0版本开始支持了pipeline,通过jenkinsfile文件进行流水线的控制。本文提供了一种在本地Linux环境中快速搭建Jenkins测试环境的方法。
在这一章中,我需要确定你能够利用命令行做数据科学,为此你需要能满足一些条件。条件主要分为三个部分:(1)拥有与我在本书中使用的相同的数据集,(2)拥有一个适当的环境,拥有我在本书中使用的所有命令行工具,(3)了解使用命令行时的基本概念。
我之前也是用过很多代码编辑器,从NotePad++、SublimeText一直到PHPStorm,最后VSCode。这个过程每一个编辑器我都折腾了很多配置,插件和主题。开发者的编辑器就等同于一个刀客的随身佩刀,一个枪手的随身配枪。一个好的装备的配件可以大大提升我们的战斗力。
2017年末,手Q春节红包项目期间,为保障活动期间服务正常稳定,我对性能不佳的Ark Server进行了改造和重写。重编发布一段时间后,结果发现新发布的Svr的机器内存一直在上涨。如下图示:
换行符(通常称为行尾、行尾 (EOL)、下一行 (NEL) 或换行符)是字符编码规范(例如,ASCII、EBCDIC)中的控制字符或控制字符序列,用于表示一行文本的结尾和新文本的开头。
Flink 的 TaskManager 进程运行在 JVM 上,目前流计算 Oceanus 容器给定的内存上限是 4GB,如果超用就会被管控服务执行 OOMKilled。
一般来说,二进制软件已经是预编译的版本了,这类软件对新手非常的友好,也是最方便的,解压就可以直接使用了。(zip, gz, bzip2等等压缩类型)
好的书籍是人类进步的阶梯,但有些人却找不到优秀的阶梯,为此我们开设了书籍翻译这个栏目,作为你学习之路的指路明灯;分享国内外优秀书籍,弘扬分享精神,做一个知识的传播者。
到目前为止,我们已经完成了所有工作,并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行!但是也可能很耗时,并且更容易出错。接下来,我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。
(3) 去除含有N(无法确定碱基信息)的比例大于5%的reads;(可以根据实际情况)
Hive自定义UDF实现md5算法 Hive发展至今,自身已经非常成熟了,但是为了灵活性,还是提供了各种各样的 插件的方式,只有你想不到的,没有做不到的,主流的开源框架都有类似的机制,包括Hadoop,Solr,Hbase,ElasticSearch,这也是面向抽象编程的好处,非常容易扩展。 最近在使用hive1.2.0的版本,因为要给有一列的数据生成md5签名,便于查重数据使用,看了下hive的官网文档发现是支持的,后来在Hue里面试了下,发现不支持,还以为是Hue的问题于是在后台hive命令行里面试了下
邮箱是工作中非常重要的一个工具,平常我都是使用foxmail软件或者直接登录web来操作邮件,现在我要换种方式使用邮箱.使用邮箱都是通过pop协议收取邮件,使用smtp协议发送邮件,现在我就直接在命令行中来操作一下邮箱.
在Linux中大部分的操作都是通过终端来实现的,或者直接使用命令行界面,一般使用Linux架构服务器的话,安装的都是命令行界面,不安装图形化界面的原因是因为没有必要,并且对于服务器来说越稳定越好,如果使用图形化界面就容易出bug漏洞,对于操作系统来说装的东西越多越容易出现bug漏洞。
熟悉我的人都知道RNA-seq是我的拿手好戏(如果你不熟悉我,今天过后请记住)。 但是我今天处理了一个公共数据,比对率低的惊人。 究竟为什么会发生这种小概率事情呢? 是测序数据质量不好? 难道grcm
本篇博客,小菌为大家带来关于如何将本地的多个文件导入到Hive分区表中对应的分区上的方法。一共有四种方法,本篇将介绍第一种—Java代码。 首先编写代码,通过MapReduce将处理好的数据写入到HDFS的目录下。下面提供一种参考!
在 ffmpeg-go init 之后,项目也收到了一些关注,还有几个同学发邮件探讨用法。不过时间有限,第一版本之后更新就比较少了,新增的功能不多,半年来新增的一些功能介绍如下:
最近在搞IoT的时候,因为没有设备,模拟跑固件经常会缺/dev/xxx,所以我就开始想,我能不能自己写一个驱动,让固件能跑起来?因此,又给自己挖了一个很大坑,不管最后能不能达到我的初衷,能学到怎么开发Linux驱动,也算是有很大的收获了。
默认情况下,mmc_test.c是独立的文件,并没有编译到内核中,需要我们到menuconfig中手动打开。
但是如果RNA-seq数据分析项目非常多,或者说每个项目里面的样品非常多, 这个时候我们会推荐流程化管理我们的脚本,我个人的数据分析生涯主要是shell脚本,因为并不是企业级项目管理,能跑十几个项目还是因为要去给粉丝帮忙。对企业生产实践来说,Snakemake流程化管理各个NGS数据分析流程是一个很好的选择,恰好看到了一个最新的 Snakemake workflow, 推荐给大家。
嘿嘿哈希,小编的Linux命令实战手册.pdf的更新了,之前就有小伙伴问,为什么没有awk,那我只能安排。如果之前没下载过的可以体验一波,这波都安排上了
接下来又认识了免疫组库测序数据,知道了免疫组库测序数据的一些特性,现在就面临免疫组库数据分析流程的搭建啦,这个其实非常复杂, 今天我只能勉强介绍一下使用igblast进行免疫组库分析,希望大家能跟上来。其实igblast这个软件早在六年前我就介绍过,差不多是重新看着自己的教程,一点一滴复现了一遍。真的要吹爆生信技能树和生信菜鸟团教程,极大的便利了生信工程师的工作。
本文实例讲述了Linux环境使用crontab命令设置定时周期性执行任务。分享给大家供大家参考,具体如下:
由于有不少java代码,格式可能在手机上显示比较乱,可以点击最下面阅读原文查看比较整洁的格式 (方式一)适合Java调用本地的Liunx无须任何依赖包 Java代码 /*** * 第一种方法,仅仅执行命令无须关注返回结果 * @throws Exception */ public static void exeCmd() throws Exception{ Runtime r = Runtime.getRuntime(); //执行linux命令,不关心返回结果,此
接下来 使用conda安装aspera,新建download子环境,然后在该环境下面安装指定软件 ,就可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下:
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