在Linux服务器上,日志文件经常会用gzip格式进行压缩,以节省磁盘,对于这种压缩文件,需要解压?然后再用cat、grep这些命令进行查看?其实不需要,Linux系统提供了zgrep、zcat这些命令。可以支持不解压gzip文件,直接查看
今天开始学习转录组测序的上下游分析了,艰苦地学完Linux之后感觉生活又光明了!虽然Linux的命令还不太熟悉,只能先想要做什么再从笔记里搜搜关键词,但基本上能跟得上,不用像学Linux一样漏一分钟就要反复回放好多遍才听懂
在项目开发和维护的过程中,我们经常需要在 Linux 服务器上查询和分析日志文件。为了高效地处理大量的文本数据,我们可以借助一些强大的文本过滤工具,如 tail -f、more、zmore 、less、zless和 grep。本文将换种方式介绍这些常用的 Linux 命令,帮助您在日志分析中更加得心应手。
图片 转录组概述 图片 图片 图片 图片 图片 图片 图片 上机测序完成之后得到的测序数据为FASTQ文件 图片 Linux 复习 图片 准备工作-目录管理 图片 # 进入到个人目录 cd ~ ## 1.建立数据库目录:在数据库下建立参考基因组数据库,注意命名习惯:参考基因组版本信息 mkdir -p database/GRCh38.105 ## 2.建立项目分析目录 mkdir project cd project mkdir Human-16-Asthma-Trans # 注意项目命名习惯:物种-
N说明在进行碱基识别的时候(base calling)没有被识别出来。N表示未知碱基。
日志就是程序运行过程的记录,可以通过日志来检查程序运行的过程,检查错误发生的原因,日志对于定位问题是非常重要的。
一般来讲,我们如果想要查看压缩文件的内容的话,需要先将压缩文件解压,然后再进行查看。这样当然是可以,但是就是比较麻烦。今天本文就介绍在 Linux 系统命令行下直接查看压缩文件内容的 10 种方法,可以提高大家的工作效率。
## 1.建立数据库目录:在数据库下建立参考基因组数据库,注意命名习惯:参考基因组版本信息
原文:https://ostechnix.com/how-to-view-the-contents-of-an-archive-or-compressed-file-without-extracting-it/
xzcat,xz -d,xzmore,xzgrep,xzless和等级压缩同gzip用法相同.
一、linux系统简介 》 图片 命令格式:命令+参数+文件 图片 举例 tar -zxvf Data.tar.gz 二、文件夹与文件管理命令 1.pwd:printworking dire
通常来说,我们查看归档或压缩文件的内容,需要先进行解压缩,然后再查看,比较麻烦。今天给大家介绍 10 不同方法,能够让你轻松地在未解压缩的情况下查看归档或压缩文件的内容。
采用tar -zcvf Data.tar.gz 1 2 3的命令进行对以上3个文件进行压缩得到Data.tar.gz
不知不觉cellranger已经更新到6.0了。前面已经介绍了4、5,今天介绍下6.0
归档与压缩文件 归档是将多个文件或文件夹或两者合并为一个文件的过程。在这种情况下,生成的文件不会被压缩。 压缩是一种将多个文件或文件夹或两者合并为一个文件并最终压缩生成的文件的方法。存档不是压缩文件,但压缩文件可以是存档。 1. 使用 vim 编辑器 vim 不仅仅是一个编辑器。使用 vim,我们可以做很多事情。以下命令显示压缩存档文件的内容,而不对其进行解压缩。 $ vim rumenz.tar.gz 你甚至可以浏览存档并打开存档中的文本文件(如果有)。要打开文本文件,只需使用箭头键将鼠标光标放在文件前面
该文章介绍了Linux系统中用户和用户组管理的基本知识,包括用户账号、用户组、UID和GID的概念,以及使用命令行和图形界面管理用户和用户组的技巧。同时,还介绍了Linux系统中文件权限设置和文件所有者/所属用户/其他用户的区别,以及如何使用命令行工具进行文件权限管理的技巧。
首先转录组数据分析流程如下,之前的课程中已经介绍过文件夹的建立和原始数据的过滤,接下来要进行基因比对——将测序数据与基因文件进行匹配。
下面我们就分别讲一下在 Linux 下如何用不同的方式对文件进行打包、压缩和解压缩
-n:按照数值从小到大进行排序 -V:字符串中含有数值时,按照数值从小到大排序 -r:逆向排序
gff/gtf:9列,序列名字,注释来源,基因结构,起始位置,终止位置,碱基测序结果可信度,链的+向与-向,密码子偏移,其他属性
目前常见的Linux压缩命令包括有gzip、bzip2和最新的xz,下表是一些常见的压缩文件扩展名及对应指令关系:
zip可能是目前使用得最多的文档压缩格式。它最大的优点就是在不同的操作系统平台,比如Linux, Windows以及Mac OS,上使用。缺点就是支持的压缩率不是很高,而tar.gz和tar.gz2在压缩率方面做得非常好。
Linux_文件查看、操作、统计命令 文件的6种看法 (1)head :查看文件头10行 (2)tail:查看文件末尾10行 head / tail -n :查看文件的前/后 n 行,默认 10 行 例如:head -n 2 Data/example.fq (3)cat:查看文本文件的内容,将文件所有内容输出到屏幕 常见参数 -A ## 打印所有内容,包括特殊字符,如制表符 -n ## 打印出所有行号,-b 参数仅打印非空白行行号 常见用法: cat #输入 cat > file1 #重定向,往fi
2. ROM的提取 这一节介绍如何从ROM中提取文件。最常用的就是提取apk文件。在论坛中经常看到求救帖子:“大侠,救命哇,我把XXXX.apk给删掉了,手机出错。。。”。我说,你完全可以自救,不必在论坛里跪求他人或在线等。出路很简单:就是自己先做备份或有手段去提取文件。另外,如果你掌握了文件的提取方法,你就可以从其它ROM中方便地移植你喜欢的应用程序和功能了。例如,移植输入法,更换主题或桌面,等等。 所谓ROM的提取或从ROM中“提取”文件,实际上就是要对factoryfs.rfs文件进行解包,把里面要用的文件复制出来。factoryfs.rfs是镜像文件,用了三星自定义的格式。RFS是Robust File System的缩写。在刷机包里还有cache.rfs和dbdata.rfs,都是同类镜像文件。对它们的解包打包方法是相同的。下面来介绍几种常用解包方法。 1) 直接从卡刷ROM包提取 如果你的ROM是“卡刷”包,直接提取就好啦,不需要解包。卡刷包是zip格式的压缩文件。用WinRAR或WinZip直接解压ROM文件就得到所有的原文件。一个典型的ROM打开后有三个文件夹: META-INF 签名文件和刷机脚本文件 system 这就是factoryfs.rfs内的所有内容 updates 存放内核和基带 进入/system/app目录,一切apk程序都在这里,对应于factoryfs.rfs内的内容和手机的/system目录。刷机就是把/system下的内容复制到规定的分区 2) 用RE管理器从手机里提取,复制到SD卡 还有一种ROM的提取方法,不需要其它软件。用RE管理器,利用它的“多选”-“全选”-“复制”功能,一次把多个文件复制到手机的SD卡上。然后,进入“大容量存储”把文件拷贝到计算机里。这也是做备份的一种常用方法。 3) 利用91手机助手从手机提取 还有一种不需要对ROM解包就可以提取到文件的途径。如果你是91手机助手的使用者,你一定熟悉它。打开91手机助手的文件管理,想提取那个就提取那个。把文件直接拖出来放到你的计算机里就行了。 4) MagicISO/UltraISO/WinImage软件 由于factoryfs.rfs是镜像文件,你可以用某些镜像解包软件来打开刷机文件factoryfs.rfs。常用的软件有MagicISO和UltraISO。论坛里有介绍和下载链接。我在上一节的例子中就是用到MagicISO。类似的软件有很多,你们可能各有利器。最近,也用过WinImage,结果相同。 注意:这些软件只能用于解包提取文件之用,不能进行RFS打包操作。 5) 在Linux下通过对factoryfs.rfs的解包 在Linux环境下,通过对factoryfs.rfs进行解包操作是提取ROM的高级手段。在下一节详细叙述。 3. RFS的解包和打包 先强调一下,我们这一节讲的RFS文件的解包和打包不是为了提取文件之用。我们的目的并不仅仅停留在提取ROM文件上的层面上。更重要的是,我们不但要对factoryfs.rfs能解包,我们需要对包内的内容进行修改后还要能够再打包成RFS文件格式。其最终目的是为了定制自己的ROM刷机包。从技术上讲,RFS文件的打包只能在Linux系统下进行。我们在这一节就介绍如何在Linux系统下对RFS文件的解包和打包。 1) 在计算机的Linux系统下 计算机已经安装了Linux操作系统和配置了java环境。下面是对factoryfs.rfs的解包和RFS打包过程。在Linux下主要使用mount和umount两个命令,要求具有超级用户权限。操作步骤如下: a)先创建一个子目录:/home/sunny/Work b)把factoryfs.rfs复制到/home/sunny/Work这个子目录 c)再在Work之下创建一个子目录System d)在用户终端/home/sunny/Work输入 $ su Password:XXXXXXXX(你的Root口令) 输入“Password”后,获得超级用户权限,提示符变成 root@ubuntu:/home/sunny/Work# e)在超级用户终端/home/sunny/Work# 输入下列命令,挂载 RFS文件factoryfs.rfs 为一个磁盘: # mount –o loop factoryfs.rfs System 进入“磁盘”System目录,你就可以看到factoryfs.rfs解包后的所有内容。像对待正常文件夹一样,你可以用“文件夹”浏览器查看 System文件夹里面的内容,但是不能删除
生信技能树学习笔记 grep 文本搜索工具,能使用正则表达式匹配模式搜索文本 图片 图片 >grep -nr 'TATATT' Data/ ##显示行号 >less Data/example.gtf | grep -w 'gene' ## 以单词的格式查找 >cat Data/example.gtf | grep -w -e 'gene' -e 'exon' ## 多个关键词 >cat file gene UTR start_codon stop_codon >cat Data/example.gtf
本专栏由小雨ttt创建,致力于分享学习Linux基础知识的过程。本专栏不是机械地介绍Linux指令集,而是包含了作者亲自实践的操作过程,站在一个初学者的角度理解Linux基础知识。
http://blog.csdn.net/zhongnanjun_3/article/details/6312678
以上是一句安装ros一个插件的语句, 运行时需要获得锁 /var/lib/dpkg/lock; 没有获得锁时,会出现“无法锁定管理目录(/var/lib/dpkg/),是否有其他进程正占用它”的报错。
下传目录 mirror DIRNAME 上传目录 mirror -R DIRNAM 下传目录 方法一 > mget -d DIRNAME/* 方法二 > mirror DIRNAME 上传目录 方法一 >mput -d DIRNAME/* 方法二 >mirror -R DIRNAME 下传普通文件 > get FILENAME 下传多个普通文件 > mget * lftp搜索文件方法 ls -R | grep .iso find -d 3 | gre
---- 软件准备 mysql安装包 下载地址:http://mirrors.sohu.com/mysql/ 我这里使用MySQL-5.6.26-1.linux_glibc2.5.x86_64.rpm-bundle.tar ---- 1. 方法一:用rpm包手动安装 (1) 检查之前有没有安装过MySQL [root@hadoop01 ~]# rpm -qa | grep -i mysql mysql-libs-5.1.73-5.el6_6.x86_64 (2) 如果有就卸载 [root@hadoo
应用Python支持的混杂模式,抓取流经网卡的数据包,并对IP以及ICMP数据包进行拆包,打印出我们所需要的字段信息。
【第一讲】如何用Odin刷机 – 新手必读 http://bbs.gfan.com/android-1653492-1-1.html 【第二讲】I897卡刷或CWM刷机教程 http://bbs.gfan.com/android-1701867-1-1.html 【第三讲】APK应用程序的解包、修改、编辑、打包及应用 http://bbs.gfan.com/android-1744646-1-1.html 【第四讲】ROM的提取和RFS文件的解包打包 http://bbs.gfan.com/android-1822477-1-1.html 【第五讲】如何制作或定制Odin刷机包ROM http://bbs.gfan.com/android-1849329-1-1.html
NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/gu ide/human/index.shtml
文章目录 打包压缩 打包 / 解包 打包解包演练 压缩/解压缩 1) `gzip` 2) `bzip2(two)` 打包压缩 打包压缩 是日常工作中备份文件的一种方式 在不同操作系统中,常用的打包压缩方式是不同的 Windows 常用 rar Mac 常用 zip Linux 常用 tar.gz 打包 / 解包 tar 是 Linux 中最常用的 备份工具,此命令可以 把一系列文件 打包到 一个大文件中,也可以把一个 打包的大文件恢复成一系列文件 tar 的命令格式如下: # 打包文件 ta
腾讯云Mysql云数据库的备份文件分为逻辑备份、物理冷备两种,扩展名均为.xb文件,本教程主要介绍如何将逻辑备份文件还原为.sql文件。
在“后渗透测试阶段”中,假设当我们获取到了服务器的权限后,此服务器中没有压缩工具,但又需要将一个文件传输至本地计算机中查看,此时我们会用到文件打包、文件传输等技术。简单来说“文件传输技术”就是在目标服务器中获取的信息传递出来的一系列技术。下面将介绍一下具体Linux文件传输技巧详解。
与windows下的winrar工具类似,Linux中也有文件打包压缩的命令,我们先来看一下windows的打包命令:tar。
这样,所有/root/test下面的文件都变成了*.gz,目录依然存在只是目录里面的文件相应变成了*.gz.这就是压缩,和打包不同。因为是对目录操作,所以需要加上-r选项,这样也可以对子目录进行递归了。
注意:tar 只是用来打包和解包的工具,它本身是没有压缩和解压缩的功能。但是,通过添加参数,可以调用gzip或者bzip2进行压缩解压操作。
常见参数:-A ## 打印所有内容,包括特殊字符,如制表符; -n ##答应所有出行号,-b 参数 仅打印出非空白行行号
咨询小程序反编译的同学比较多,虽然有开源库但是还是有同学不清楚如何去操作,所以索性做了一个客户端方便进行小程序的反编译
首先我们需要在Windows下安装7-ZIP软件,这个比较简单,到官网去下载,然后安装即可。安装7-ZIP软件的主要原因是因为Linux下很多文件是.bz2,.gz结尾的压缩文件,而7-ZIP软件可以在Windows环境下将文件压缩为这些格式,便于我们进行交互。
Up to this point, we have seen a series of mysterious commands, each with its ownmysterious options and arguments. In this chapter, we will attempt to remove some ofthat mystery and even create some of our own commands. The commands introduced inthis chapter are:
之前写了一篇关于linux下常用的几个命令,参考Linux入门--提高工作效率的命令。接下来接着介绍一些在linux下做开发经常使用到得命令,其中有打包压缩命令tar,文件查找命令find,文件内容查找命令grep,elf可执行文件分析工具readelf等。 1、打包压缩命令tar 在linux下经常会遇到给源码打包解压等,如果你还是用linux的X window来做那你就out了。下面是该工具的常用命令参数及运用举例: 主要命令: -c 创建包 -x 解包 -t 列出包中的内容 -r 增加文件到指定包中
在没有图形界面的环境下, 要编辑文件, vi是最佳选择 每一个使用linux的程序员,都应该或多或少的学习一些vi的常用命令
本章将介绍的命令如下: type:说明如何解释命令名。 which:显示会执行哪些可执行程序。 man:显示命令的手册页。 apropos:显示一系列合适的命令。 info:显示命令的 info 条目。 whatis:显示一条命令的简述。 alias:创建一条命令的别名。 一、究竟什么是命令 一条命令不外乎以下 4 种情况: 1.可执行程序 可执行程序就像在 /usr/bin 目录里看到的所有文件一样。 在该程序类别中,程序可以编译为二进制文件,比如C、C++语言编写的程序,也可以是 shell、P
日程磁盘管理中,我们最常用的有查看当前磁盘使用情况,查看当前目录所占大小,以及打包压缩与解压缩;
linux系统简介命令格式:命令+参数+文件修改命令行配色echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc文件夹管理或路径有关的符号.当前目录..上一级目录~家目录/只有当/在路径最前端时才是根目录,其他位置的都是目录层级分隔符|管道符:前面
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