在做motif分析时，经常用Fimo扫描基因组序列得到motif对应的序列位置，进而进行下一步的分析。说明文档可参考：http://meme-suite.org/doc/fimo.html ?...motif file sequence file是序列文件，用全基因组还是提出来的基因组片段都可以。 其他参数还有： ?
间隔序列来自于外来入侵DNA，作为识别外来入侵者身份的指纹，其在入侵DNA上对应的为原间隔序列（protospacer），作为身份识别的原间隔序列其特点为两端延伸的临近序列十分保守，称为原间隔序列临近基序...这样一来，一段新的间隔序列就被添加到了基因组的CRISPR序列之中，形成了对病毒DNA的免疫“记忆”。...02 CRISPR预测 原核生物基因组中可能多处存在CRISPR序列，其预测注释可以使用CRISPRfinder（http://crispr.i2bc.paris-saclay.fr/Server/）在线分析...，提交序列后会给出确定的CRISPR序列与可能的CRISPR序列，如下所示： 其中左边的为回文重复序列，右边为不同的spacer序列。...与重复序列长度比的最大值，默认为2.5 -s：spacer之间相似度的最大值，默认为60 -cpuP：程序运行使用的CPU数目，默认为1 -meta：分析宏基因组序列 -gcode：密码子表，默认为大多数细菌所使用的密码子表
叶绿体基因组的文章通常都会做重复序列分析，其中会使用在线工具REPuter 来分析forward reverse complement palindromic 四种重复序列。...id=reputer_manual_manual 使用方法也很简单，直接上传fasta格式的序列，然后会有4个输入框需要填。分别是 重复片段的最大 最小长度。然后还有两个距离。...这两个距离是什么意思，现在我也不太清楚，可能是度量重复序列之间相似度的指标吧。我看到有论文里写会设置海明距离的。 然而自己在使用的时候一直会遇到报错， ?...不知道是什么原因，自己猜测是因为序列太长，在线版运行运算能力不够，所以尝试下载单机版REPuter，但是一直没有找到下载方法，无意间发现了vmatch程序，其中有一个perl脚本repfind.pl可以做...-f 和 -p 参数分别指定计算forward和palindromic重复，-h 海明距离3, -l 最小重复单位30bp 之前将以上的内容分享到了简书，今天有人留言说使用REPuter 做重复序列分析的时候
RepeatMasker软件用于查找基因组上的重复序列，默认情况下，会将重复序列原有的碱基用N代替，从而达到标记重复序列的目的。...除此之外，也可以采用将重复序列转换为小写或者直接去除的方式，来标记重复序列。 该软件将输入的DNA序列与Dfam和Repbase数据库中已知的重复序列进行比对，从而识别输入序列中的重复序列。...在Sequence中输入或者上传FASTA格式的DNA序列；Search Engine选择比对软件，Speed/Sensitivity选择运行模式，不同模式的主要区别在于运行速度与敏感度的差异，DNA...软件基本用法如下 RepeatMasker -pa 5 -small -species human chrM.fa -pa指定线程数，只有输入文件大于50Kb时才发挥作用；-small表示将重复序列转换为小写...运行完成后，会生成多个文件，后缀为masked的文件为标记重复序列后的文件，后缀为.out的文件保存了重复序列区间信息。
基于环境的复杂性与研究对象的不同，宏基因组数据在组装之前常需要过滤掉一些序列以防干扰研究。例如要研究动植物组织或肠道的微生物组，往往需要去除宿主的DNA序列。...假如研究的是人类肠道微生物的宏基因组，需要去除属于人基因组的序列。具体方法为将质控后的序列和人类基因组序列进行比对，将比对上的序列去除。...宏基因组reads筛选：去除宿主序列 测序数据的组装：常用软件工具 更新中…… 短序列有参比对常用的软件有BWA、Bowtie、BBMap等。下面以Bowtie 2为例。...首先需要下载参考基因组，这里以人类为例，可以去NCBI下载最新版本的人类基因组序列（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/guide/human/index.shtml...，根据序列信息，将原始数据中包含有宿主基因组的序列去除： 其中第一列为参考基因组染色体或scaffold名称，第二列与第三列为read在该染色体或scafflold比对的起始与终止位置，第四列为比对上的
生物信息学的分析很大一部分都是围绕序列展开，可以说序列分析催生了生物信息学。比如通过与参考基因组序列进行比对，检测各种变异；RNA-seq数据与参考基因组比对，进行定量。...今天给大家介绍如何下载某一个物种的参考基因组序列，分为浏览器版与命令行版2种方式。 浏览器版 通过NCBI的genome数据库下载。...比如我要下载人类参考基因组序列，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome ,在搜索框中输入human, 会出现很多关键词提示，我们选择第一个（这是human的双名法名字...当然我们的目的是下载参考基因组序列，其他信息先不管，结果页面最上面的部分显示了参考基因组的DNA，转录本，蛋白质三种类型的FASTA序列下载地址，如下所示 点击genome就可以下载了。...细心的同学可能会问下载的基因组版本不是我想要的啊，的确，从这里下载的都是最新的版本。
这里是网页版获取DNA序列，下载保存后可以用read.fasta打开 ########################## 用SeqinR包获取序列并进行统计 ##################...######## 比如，在NCBI获取NC_001477登革病毒的基因组序列， 安装加载seqinr包 install.packages("seqinr") library(seqinr) choosebank.../acnuc 比如要获取DEN-1登革病毒基因组序列，accesion number NC_001477 1 构造一个函数，由Accession number直接下载所需要的序列 getncbiseq...closebank() } print(paste("ERROR: accession",accession,"was not found")) } 2.根据accession number下载序列...3 输出fasta格式文件 write.fasta(names="DEN-1", sequences=dengueseq, file.out="den1.fasta") 4读入，如果通过网页直接下载序列
在微生物学和基因组学领域，准确地识别和分类细菌菌株是研究的重要部分。ChewBBACA是一个用于创建和评估核心基因组和全基因组多位点序列分型（cg/wgMLST）模式和结果的高效软件套件。...ChewBBACA允许我们基于多个基因组定义模式中的目标位点（例如，基于感兴趣物种或谱系的高质量基因组数据集中的不同位点），并执行等位基因调用来确定细菌菌株的等位基因谱。...它通过基于BSR（B) 的方法来实现这一目标，不仅能够处理庞大的基因组数据库，还能显著降低计算成本，使得微生物分类变得更加高效和经济。 功能特点 1....强大的模式创建和评估功能：chewBBACA允许基于多个基因组定义模式中的目标位点，例如，基于感兴趣物种或谱系的高质量基因组数据集中的不同位点，并执行等位基因调用来确定细菌菌株的等位基因谱，轻松扩展到数千个基因组...总结 总之，chewBBACA能够快速且准确地对细菌菌株进行分型，然后对等位基因的核苷酸序列进行比对，并进行系统发育分析。这对于追踪病原体传播路径、理解细菌演化关系以及进行流行病学研究至关重要。
背景 目前有关新冠病毒的数据已经有很多了，包括发表出来的新冠病毒全基因组序列，有 SARS病毒参考序列，各个平台的测序数据。...本文档中使用公共序列，我们需要下载序列，各个突变株的基因组序列，测序数据等。目前的数据分散在各个平台之上，需要从多个平台，采用多种方法来进行下载。...因为这些片段并不是都是全基因组长度，有些只是片段，也可以根据长度进行过滤，只下载全基因组序列。...本文档中使用公共序列，我们需要下载序列，各个突变株的基因组序列，测序数据等。目前的数据分散在各个平台之上，需要从多个平台，采用多种方法来进行下载。...基因组 下载 SARS 基因组序列用于与新冠病毒进行比对分析，构建系统发育树等。
除了动态的查看基因组学数据，IGV还内置了以下两个工具 Blat Motif finder 前者用于序列比对，后者用于motif的查找，本文的重点是介绍如何用IGV来进行序列比对。...IGV通过调用UCSC的Blat软件来实现序列比对, 软件对应的网址如下 https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?...command=start 在IGV中，通过工具栏的Tools->BLAT菜单，可以自定义输入查询序列 ? 直接在该输入框中粘贴查询序列的碱基即可，序列比对完成后，会弹出如下所示的结果框 ?...鼠标左键选中每一行，可以在基因组浏览器中展示比对结果，示意如下 ? 会有一个名为Blat的track, 显示查询序列的比对位置。...除了上述用法外，IGV还有很多种序列比对的方式，比如对bam文件中的reads进行比对，对基因结构中的某个特征，exon,intron进行比对等等，详细的描述请参考以下链接 http://software.broadinstitute.org
之前提到的clustalo, muscle, mafft 适用于几千到几万条序列的多序列比对，在比较基因组学的分析中，需要对不同基因组的序列进行多序列比对。...对于基因组规模的多序列比对而言，之前的工具运行速度上就不够理想了。 kalign 是一款针对大规模序列的多序列比对工具，无论是运行速度，还是比对的准确度，都令人满意。...官网如下 http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi 在对应的文献中，利用测试数据集，评估了不同软件的运行速度和多序列比对的准确度，结果如下 ?...kalign支持核酸和蛋白质的多序列比对，软件的安装过程如下 wget http://msa.sbc.su.se/downloads/kalign/current.tar.gz tar xzvf current.tar.gz.../configure make 编译好的可执行文件的名字为kalign, 基本用法如下 kalign input.fa > out.fa 默认输出fasta格式的多序列比对结果，也支持clustalw,
做DNA测序的朋友们一般来说，都会拿到突变位点信息，不管是SNV还是INDEL，都是一个基因组上面的坐标而已。...而高通量测序的结果通常是需要做一下实验验证，最常见的就是sanger测序啦，需要设计引物来捕获一下突变位点附近的序列信息，查看是否该位点真的具有突变信息。...如果仅仅是一两个位点， 我们可以很容易通过各种各样的网页工具去查询到它的序列信息，但是高通量测序的结果往往是成千上万的，就算是节省成本，一般来说也会挑选100个左右的位点拿去设计引物进行sanger测序...其中参考基因组序列来自于 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 包，这个包非常大，大家下载安装的时候一定要切换好镜像高速下载哦！...，就可以根据这些序列去设计引物做sanger测序验证。
University of Nebraska 这篇论文的具体研究内容和结论还没有看太明白，目前自己的关注点是这篇论文里提供了一个python脚本ROUSFinder.py，利用blast鉴定线粒体基因组中的重复序列...MH645952.fna 脚本是用python2写的 使用前提是blastn已经安装到了/user/bin/目录下，如果blastn没有安装到这个目录下，可以使用-b参数指定blastn的所在路径 默认的重复序列最小长度是...作者还提供了另外一个脚本MultipleRepeats.py可以一次性计算多条序列，但是可能得需要我们自己稍微对脚本进行修改 脚本的输出文件有4个 比较重要的是以_rep_table.txt结尾的文件...Repeat_7 162 452326 452165 minus Repeat_8 160 15235 15394 plus Repeat_8 160 621660 621501 minus 包括重复序列的长度
我做的是植物，首先是使用RepeatModeler构建自己物种的重复序列数据库 BuildDatabase -name ABC ABC.genome.fasta RepeatModeler -database...LTRStruct 1>repeatmodeler.log 2>&1 这一步生成的AAA-families.fa 文件里有很多Unknown image.png 然后是用RepeatMasker做重复序列的注释...这里RepeatMasker是4.1.5，Dfam库的序列条数多了很多 这次再运行完两个流程未分类的占到15%左右，上面提到的未分类过多的应该就是Ltr_retriever没有运行成功导致的 这次生成的
随后使用系统发生分型方法来尝试恢复unClos_1和unFirm_1的基因组序列信息以及尽可能多的其他phylotypes。...仅存在于一个生物样品和DNA提取的，预先确定使用序列组合合并算法，并阻止使用最近显示从时间和/或多样本分组方法产生来自宏基因组数据集的准确基因组。...USEARCH61用于检测嵌合序列，然后进行非嵌合序列的聚类（以97％的序列相似性），并选择OTU。...使用BLASTN（-e 1e-20 -r 1 -q -1 -v 5 -b 5 -F F）对来自测序基因组的系统发生不同代表性序列的数据库进行SSU rDNA检索。...来自混合组合体的未掺入的重叠群（进入组装体的重叠群体，但未并入混合重叠群体）也被包括在本研究中使用的最终重组基因组中。 也使用MIRA 4.0进行两个平台之间的原始序列的混合组合。
# 数据资源：BRAD是基于十字花科植物基因组数据搭建的数据，包括24个物种的35个基因组，基因组数据主要包括基因组组装、基因预测模型和基因注释。...# 主要功能：BRAD除了提供基因功能注释、基因序列、在线BLAST和基因组浏览器等传统的数据库服务之外，还提供了基因组区域微共线性、基因组序列截取、变异位点查询和引物设计等重要的特色服务，为下游研究提供数据支持...点击上图了解功能详情 基因功能注释、基因序列、在线BLAST和基因组浏览器、基因组区域微共线性、基因组序列截取、变异位点查询、引物设计......# 数据资源：NGD包含了中国古代莲最新基于HI-C技术的染色体水平基因组组装序列，收录了注释到的150,589个mRNA转录本异构体和34,481个具有完整开放阅读框的基因；同时还整合了62个新测序的莲栽培品种和...# 主要功能：NGD部署了BLAST、BLAT、Primer、Annotation Search、Variant和Trait Search等应用程序，用户可以通过NGD进行序列分析和基因搜索。
modeling of three-dimensional genome architecture from kilobase to chromosome scale 论文摘要 为了更好的学习基因序列如何影响...3D结构，本文提出了一个基于序列的深度学习方法，Orca。...这个模型能够在整个基因组scale上进行预测。Orca能够捕捉到基于序列的结构，比如CTFT，enhancer-prompter等等。Orca还有多种应用，比如预测结构变异以及结构变异的影响。...简评：做的主要是问题是纯sequence的问题，而且在一个非常长的序列上做的特征提取，对mutation的研究也有涉及，所以很有启发性.
背景 拼接完基因组之后最重要的事就是对拼接结果进行统计，一般很难一次就得到满意的结果。而是需要进行多次拼接，尝试不同的软件，不同的选项参数，得到多个拼接结果。然后从中选择一个合适的结果。...包括拼接出基因组的大小，条数，最长长度，最短长度等。 今天的部分是fasta格式文件介绍与处理。...一、fasta 文件格式 FASTA 文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格式，一般以扩展名 fa,fasta,fna 等。...1.1 fasta 文件格式介绍 fasta 文件中，第一行是由大于号">"开头的任意文字说明，用于序列标记，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须是唯一的，序列 ID 部分可以包含注释信息...seqkit grep -r -p "C2877" kmer45.scafSeq #案例六：截取序列 seqkit subseq -r 1000:3000 kmer45.scafSeq seqkit
想要提取拟南芥1号染色体，正义链6666-8888位置的序列？你只需要三步。 第一步，在NCBI上Nucleotide条目下搜索到拟南芥1号染色体，点开进入下一步。 ?
为了帮助研究人员和育种人员在科学研究和育种应用中有效地使用已发布的十字花科物种基因组数据资源，来自中国农业科学院蔬菜花卉研究所的科研团队构建了十字花科植物基因组资源综合数据库（Brassica Database...BRAD（https://db.cngb.org/brassica/） BRAD是基于十字花科植物基因组数据搭建的数据库，已成为十字花科基因组研究的重要门户数据库。...BRAD的功能概述 BRAD除了提供基因功能注释、基因序列、在线BLAST和基因组浏览器等传统的数据库服务之外，还提供了基因组区域微共线性、基因组序列截取、变异位点查询和引物设计等重要的特色服务，为下游研究提供数据支持...# 操作指引：BRAD首页 → 导航栏“Search” → Synteny @ Genome 最佳比对的检索服务 BRAD对所有基因与拟南芥基因的进行了蛋白序列的比对，并提供最佳比对的检索服务，结合共线性基因列表可以更好地研究目的基因的功能...(MBGP)整理和共享的有关芸薹属基因组学和遗传学的开源信息...
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