Tandem Repeats Finder, 简称TRF, 是一款串联重复序列查找工具,repeatmasker 程序中就整合了这个软件,官网如下
某位大神说过:我们都是被windows惯坏的人!确实如此,习惯了鼠标点点点,在没有双击只有代码的linux环境下真的非常陌生……每一步都有如履薄冰的感觉……如果有具体需要分析的数据以及实战经历的话可能更好理解呜呜┭┮﹏┭┮
工欲善其事必先利其器,这一节课主要以Windows系统为例,介绍了用Linux编程之前需要下载并安装的软件:Xshell,git,markdown,Winscp,幕布以及notepad++。介绍了如何下载并安装R及R的操作软件Rstudio,在Rstudio里进行了简单的命令演示以及如何安装并调用包,需要注意的是,所有软件推荐从官网进行下载,并且在安装的时候默认进行,基本不需要改动任何选项。对于Windows用户要把所有软件装在C盘,对于Mac用户则默认安装,安装软件时勿出现中文路径。
一般来说,二进制软件已经是预编译的版本了,这类软件对新手非常的友好,也是最方便的,解压就可以直接使用了。(zip, gz, bzip2等等压缩类型)
5.2 如何获取目标基因的转录因子(上)——biomart下载基因和motif位置信息
在过去几年里,研究发现long non-coding RNAs (lncRNAs)在疾病和生物调控过程中扮演着重要角色。但在大量非模式物种中lncRNA的鉴定仍是一项富有挑战性的工作。该工作需要确定的序列信息,注释信息以及构建物种特有的训练集,但具有lncRNA研究所需的足够完整的序列与注释的物种只占很少数。
对于咱们远程维护者来说,不仅要做好服务器等硬件设备的监测,发现问题后,还需要第一时间处理故障,如果是在质保期内的服务器,咱们当然有义务第一时间为客户联系原厂的服务。
Jalview是一个用于多序列比对编辑、可视化和分析的免费程序。使用系统发育树和主成分分析 (PCA) 图对序列进行分析,并探索分子结构和注释。
使用起来还是很方便快捷的,当手上的序列不是很多的时候,完全可以满足分析需求。但是,一旦要分析的序列有成百上千条的时候,这个网页工具就显得有些力不从心了。今天小编在给大家介绍一下ORFfinder的本地版。
总之,如果你正使用Mac电脑,并且要使用其他系统平台的软件,尤其是Windows软件的话,那么使用虚拟机将会是比使用 BootCamp安装原生双系统更加方便,功能更丰富!
网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 运行方式:本地或web
wget工具是Linux中的一个下载文件的工具,支持通过 HTTP、HTTPS、FTP 三个最常见的TCP/IP协议 下载,并可以使用 HTTP 代理。可以使用以下命令进行下载:
还是一样,在我公众号:川川菜鸟 发送:ubuntu镜像 领取ubuntu镜像
下载完解压缩,其中names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础
2. 创建linux , python , go 3个课程 ,linux\py 在北京开,go 在上海开
今天想安装一个学英语的软件,下载下来的是一个rpm包,so,随手记录下这个rpm的命令集合吧。转摘自http://os.51cto.com/art/201001/177866.htm
接下来又认识了免疫组库测序数据,知道了免疫组库测序数据的一些特性,现在就面临免疫组库数据分析流程的搭建啦,这个其实非常复杂, 今天我只能勉强介绍一下使用igblast进行免疫组库分析,希望大家能跟上来。其实igblast这个软件早在六年前我就介绍过,差不多是重新看着自己的教程,一点一滴复现了一遍。真的要吹爆生信技能树和生信菜鸟团教程,极大的便利了生信工程师的工作。
估计宿主污染至少80%左右,因而就想通过一些方法,例如kraken、bowtie等把宿主污染去除。
之前介绍了quast和bosco评估软件,今天带来的是两款可视化拼接的序列的软件,均在windows下运行,得到输入文件即可操作,linux下图形化界面好像也有更新好的,自行探索。
一个完整计算机的体系结构包括:硬件与软件,而软件又分为系统软件与应用软件,负责对硬件仅需管理与操作的是系统软件的内核部分,用户是无法与硬件或内核打交道的,用户通过应用程序或部分系统软件发出指令(可能是通过浏览器发送一封邮件),这些指令会被翻译并传给内核,内核在得知用户的需求后调度硬件资源来完成操作(比如,使用网卡发送数据包)。
一个完整计算机的体系结构包括:硬件与软件,而软件又分为系统软件与应用软件,负责对硬件仅需管理与操作的是系统软件的内核部分,用户是无法与硬件或内核打交道的,用户通过应用程序或部分系统软件发出指令(可能是通过浏览器发送一封邮件),这些指令会被翻译并传给内核,内核在得知用户的需求后调度硬件资源来完成操作(比如,使用网卡发送数据包)。 在Linux环境下,我们一般通过Shell来与内核交流,并最终实现我们想要使用计算机资源的目的。由于Linux的开放性特点,使得在Linux下对Shell的选择也很多,CentO
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释,并分类统计的软件,几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。 之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用 》,阅读近7000次。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目前软件和数据库均更新很多次,旧版在主流系统安装也会出一些问题,重复序列发现种类也已经翻倍,故重发新版软件安装和使用方法。 软件安装与配置
用我人生中第一张学术墙报开篇。一年前的这张墙报不能展示出当前TBtools的成长状态,但整体感觉还是可以不错(虽然没有获得任何奖项,毕竟参与会议的其他墙报都过分优秀。或许有一天,我们能做出更好的墙报)。
Prometheus(由go语言(golang)开发)是一套开源的监控&报警&时间序列数 据库的组合。适合监控docker容器。因为kubernetes(俗称k8s)的流行带动 了prometheus的发展。 https://prometheus.io/docs/introduction/overview/
Charles其实是一款代理服务器,通过成为电脑或者浏览器的代理,然后截取请求和请求结果达到分析抓包的目的。该软件是用Java写的,能够在Windows,Mac,Linux上使用。开发iOS都在Mac系统上吧,安装Charles的时候要先装好Java环境。这么好的软件不是免费的,官网要好几十刀呢,我这里有一个Mac上的破解版,点击这里下载,当然不是最新版的。如果你想体验最新版,Charles是提供试用的。
在 GNU coreutils 软件包中包含 stat 命令,它提供了关于文件和文件系统包括文件大小、节点位置、访问权限和 SELinux 上下文,以及创建和修改时间等各种元数据。通常情况下,你需要多个不同命令获取的信息,而这一个命令就可以实现。
Markdown 命令教程
android create avd –name 名称 –target 平台编号
在linux系统下,我们如果要查看一个压缩文件里面的内容,一般我们会先解压这个文件,然后再通过cat,less,more或者head等命令来查看。当然在压缩文件很小的情况下是没有任何问题的,但是一旦压缩文件本身已经很大了,再去解压就会很耗时。今天小编给大家介绍一个linux下面的命令,在无需解压的情况下查看压缩文件的内容。
这些数据都是一些非结构化的数据,我们可以统一将这些数据统一采集到splunk之后,splunk可以对这些数据进行索引、调查、监控、可视化等。
基因组浏览器可以直观的展示基因组及其各种注释信息,是展示NGS数据和分析结果的利器。在维基百科中,将基因组浏览器定义为一种展示生物数据库中基因组学数据的图形化界面,可以用于展示和查看基因结构,蛋白,基因表达,调控,突变,比较基因组等多种信息的软件。
在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面,我提到过Linux基本上几十年都没有怎么变动过基础知识的,哪怕你现在搜索到十几年前的Linux教学视频,也不会觉得尴尬。而且Linux属于IT工程师必备技能,IT的发展程度远超于我们,再加上各种马哥鸟叔,还有黑马训练营公开30天完整教学视频,按照道理我是没有必要在他们IT专业人士面前班门弄虎的, 毕竟他们随便拿几个偏门知识点就可以问倒我了!不过我们生信技能树的特色是主打生物信息学方向技能建设,而它作为一个典型的教交叉学科,想在此领域成为一个专业靠谱的生信工程师,我们实在是做不到在任何一个非核心知识点投入过多的时间和精力。
在android开发中,有时候需要将文件从pc端传递至android,或者将软件运行的日志,从android设备传递到pc进行分析,我们可以使用windows的cmd窗口,或者android studio的terminal窗口来传递文件。
什么是数据?数据是指对客观事件进行记录并可以鉴别的符号,是对客观事物的性质、状态以及相互关系等进行记载的物理符号或这些物理符号的组合。它是可识别的、抽象的符号。数据可以是连续的值,也可以是离散的。
Kernel-based Virtual Machine的简称,是一个开源的系统虚拟化模块,自Linux 2.6.20之后集成在Linux的各个主要发行版本中。 它使用Linux自身的调度器进行管理,所以相对于Xen,其核心源码很少。KVM目前已成为学术界的主流VMM之一。 KVM的虚拟化需要硬件支持(如Intel VT技术或者AMD V技术)。是基于硬件的完全虚拟化。 而Xen早期则是基于软件模拟的Para-Virtualization,新版本则是基于硬件支持的完全虚拟化。但Xen本身有自己的进程调度器,存储管理模块等,所以代码较为庞大。 广为流传的商业系统虚拟化软件VMware ESX系列是基于软件模拟的Full-Virtualization。
作为一个javaer,我以前写过很多关于Linux的文章。但经过多年的观察,发现其实对于大部分人,有些东西压根就用不着。用的最多的,就是到线上排查个问题而已,这让人很是苦恼。那么,我们就将范围再缩小一下。
从最近“恶意软件必须死”的帖子了解到一些关于DNS放大攻击相关的LINUX恶意软件样本。我对linux恶意软件的研究非常感兴趣,而且这个很特别,因为他有一个DDOS攻击模块,所以想深入了解一下。 将得到的恶意软件放到linux沙箱中运行,并连接到C&C。虽然我没有看到它有任何DDOS攻击活动,我还是通过PCAP(获取HTTP信息的工具)做了分析,波动图像在文章底部可见。 该恶意软件从hxxp://198.2. [.] 192.204:22/disknyp下载而来。样品的MD5哈希值是 260533eb
gff/gtf:9列,序列名字,注释来源,基因结构,起始位置,终止位置,碱基测序结果可信度,链的+向与-向,密码子偏移,其他属性
一. 设备误报如何处理? 答:来自外网的误报说明安全设备需要进行策略升级,不需要处置。如果是来自内网的误报可以和负责人协商一下看能不能解决,有必要的话添加白名单处理。二. 如何区分扫描流量和手工流量?答:1.扫描流量数据量大,请求流量有规律可循且频率较高,手工流量请求少,间隔略长2.使用工具扫描的流量一般在数据包中有相关特征信息,比如说通过wireshark
[root@ping ~]# tree -L 1 / #使用tree 命令查看根目录下的一层的目录结构 ls - list directory contents [root@ping ~]# l
pwd - Print the name of the current working directory.
CIRCexplorer是一款环状RNA预测软件,专门用于预测exonic circRNA,网址如下
Git 是一个免费的开源分布式版本控制系统,用于软件开发和其他几个版本控制任务。它旨在根据速度、效率和数据完整性来处理从小到大的项目。
Linux 上最常用的命令行进程监控工具是 top 和它那色彩斑斓、功能丰富的表弟 htop。
查找是我们每天都在做的事情,早上醒来找下手机,出门之前查下公交,坐下之后查下资料,分析数据查下模式。 查找文件,查找信息,查找错误是应用起来更为具体的一些工作,而Linux命令行为我们提供了很多快捷强大的查找方式。 命令/可执行程序查找 whereis program_name: 会在系统默认安装目录(一般是有root权限时默认安装的软件)查找二进制文件、源码、文档中包含给定查询关键词的文件。(默认目录有 /bin, /sbin, /usr/bin, /usr/lib, /usr/local/man等类似路
微服务中的监控分根据作用领域分为三大类,Logging,Tracing,Metrics。
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