blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库.../blast/executables/blast+/LATEST 得到最新版本的blast+压缩包：ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh...@master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz [wangh@master Softbacks]$ cd ncbi-blast...-2.9.0+ [wangh@master ncbi-blast-2.9.0+]$ vim ~/.bashrc # 对blast+进行环境配置,进入变量配置环境中后，按i或者o切换到插入(编辑模式下)输入下列路径...# ncbi-blast export PATH=/path/ncbi-blast-2.9.0+/bin/:$PATH #######按Esc键退出编辑环境，再输入 ：wq 命令进行写入保存(w)
Blast2go本地化教程网上也有不少，但是都是13年之前的，由于最近有这个需求，我也重新收集了下资料，然后整理了下： 主要参考： http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation...GO: 基因本体论注释数据库 这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。...ubuntu 14.04，用apt默认安装的，然后将默认数据库目录改到自己的空间大的目录下，我是改到home目录下了，可参考修改mysql默认数据库目录 Java，这个教程里面说是1.6 or 1.7，但我试了下1.8...blast2go blast4it 测试 理论上，上述的步骤都没报错的话，下面的测试肯定没问题的 下载官网的测试例子https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5...结果会出现在当前目录下的result文件夹中，主要的也就是.dat和.annot两个文件了 注意： 如果是go_monthly-assocdb-data数据导入时卡了或者异常退出了，需要重新导入的话，只要重新执行下命令就行了
## 下载安装包 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz...tar zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz ## 解压 mv ncbi-blast-2.11.0+ ~/biosoft/blast/ ## 移动到自己常用的软件目录并改名...protein sequences BLASTDB_PROT_DATA_LOADER=/home/csw/reference/linux/blast/nr # Specifies the BLAST...硬着头皮继续走流程吧，这个问题我再仔细研究一下。...本文部分代码及思路来自以下文章，在此致谢 《使用本地nt数据库对reads和Trinity结果进行blast》——周小钊【简书】 《Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程》——不知道怎么取名字
所以 NCBI提供了本地化安装的blast软件包，这样就可以构建自己的数据库，提高同源性分析的准确性和一致性。...---- 二： LINUX下BLAST的安装与运行 优点：速度快，灵活性大，可自己配置库 缺点：序列数据库下载量大，并且更新麻烦，需要重新下载 1 安装配置BLAST 1.1 利用conda安装，关于...... done. ==> RETR ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz ... done....-2.8.1+-x64-linux.tar.gz’ saved [241992963] 接下来解压缩 $ tar -xzvf ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz $ rm...ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz $ mv ncbi-blast-2.8.1+/ blast $ cd blast $ cd bin $ ls 可执行文件显示如下
03 blast的格式解读 因为blast可以进行本地化，网上教程很多，这里不再详细介绍。根据不同的参数可以输出多种比对格式，例如HTML, plain text, XML等。...4.2）blast采用的是什么算法 4.3）和动态规划算法相比，blast 的算法有什么优点？ 4.4) blast和FASTA软件算法之间的区别是什么？...4.5) blast核酸比对中默认的word是多少？ 4.6）word的大小是如何决定blast的运行速度？ 4.7）blast比FSAT软件搜索速度快的原因是什么？...1) 查看 blast.test 文件的前6行 head -6 blast.test 2) 统计blast.test文件中共有多少行，多少列 wc -l blast.test head -1 blast.test...文件 head -500 blast.test > miniblast.text 思考一下，有没有可能不需要新建miniblast.text 文件 5) 删除原文件 blast.test rm blast.test
，进入到Linux版的RabbitMQ下载页面中 7、找到Download下的 rabbitmq-server-generic-unix-3.7.16.tar.xz下载链接并点击，开始进行下载RabbitMQ...三、把下载好的RabbitMQ 和 Erlang上传到Linux服务器上 1、打开WinSCP，把我们下载好的RabbitMQ 和 Erlang安装包，上传到Linux的 /mnt/ 文件目录下...2、使用putty连接到我们的Linux服务器，进入到/mnt/ 文件目录中，并解压上传的RabbitMQ 和 Erlang安装包 [root@localhost ~]# cd /mnt/ //...PID file not written; -detached was passed. 5、在浏览器的地址栏中输入你 服务器的ip地址:15672，即可访问RabbitMQ的管理登录界面，例如我的Linux...（3）策略制定者(policymaker)：可登陆管理控制台(启用management plugin的情况下), 同时可以对policy进行管理。
大体会遇到以下两个场景： 手工查看基因组任意位置的基因，具体的注释信息，以及其前后基因的功能注释信息 手上有某个序列或者某几个序列，想要快速知道这些序列对应的蛋白到底都有什么功能 一般而言，我们会使用BLAST...要加速这个过程，其实只需要做两个事情： 数据库本地化，因为网页总归是慢一些的，尤其是网站主机在国外，比如NCBI 使用比BLAST更快的软件，如ghostz或者diamond等 对于TBtools用户来说...[1240] 看了下，效果还是很不错的。 测试几个序列 随意截取了几个序列，试了下，估计要等个10+s。在输入序列太少的情况下，果然速度不如BLAST，不过也不影响嘛。。。
一、安装At 取决于不同的发行版，at在你的 Linux 系统中可能有，也可能没有。 如果at没有被安装，你可以很容易地使用你发行版的软件包来安装它。...例如，想要创建一个任务，运行脚本： /home/linuxize/script.sh: at 09:00 -f /home/linuxize/script.sh 默认情况下，这个命令会产生输出，一旦任务完成...at 09:00 -m 三、batch命令 batch或者它的关联at -b预定任务并且在系统负载允许的情况下，批量执行任务。默认情况下，当系统平均负载在1.5以下的时候，任务将会被执行。...下面是一个例子： at -t 202005111321.32 五、指定队列 默认情况下，由at创建的任务被计划在命名为a的队列，并且由batch创建的任务被计划在b队列。...默认情况下，仅仅/etc/at.deny文件存在，并且是空的，这意味着所有用户可以使用at命令。如果你想禁止某一个用户的权限，将他的用户名添加到这个文件中。
[查找标准] [查找到以后的处理动作] 查找路径，默认为当前目录 查找标准，默认为指定路径下的所有文件 -name 'filename' //对文件名作精确匹配...-gid //根据GID进行查找，当用户被删除以后文件的属组会变为此用户的GID -nouser //查找没有属主的文件.用户被删除的情况下产生的文件...，只有uid没有属主 -nogroup //查找没有属组的文件.组被删除的情况下产生的文件，只有gid没有属组 -type //根据文件类型来查找...文件并且删除 find / -name "abc.txt" -ok cp -r {} /home/canxun/ \; //查找abc.txt文件并且确认复制到/home/canxun/下...find / -name "abc.txt" -exec mv {} /home/canxun/ \; //查找abc.txt文件并且不需要确认移动到/home/canxun/下
,又多了那个.使用命令taskkill可将这些进程一下子所有杀光: C:\Users\NR>taskkill /F /im fron … Linux下强制杀死进程的方法 常规篇: 首先,用ps查看进程,...批量杀死包含关键字“php-fpm”的进程. kill … linux下查看当前进程以及杀死进程 ###linux下查看当前进程以及杀死进程 查看进程 ps命令查找与进程相关的PID号: ps a :显示现行终端机下的所有程序...,包括其他用户的程序. ps -A :显示所有程序. ps c :列出程 … Linux下批量管理工具pssh安装和使用 Linux下批量管理工具pssh安装和使用 pssh工具包 安装:yum -y...下解决Tomcat进程 windows下启动Tomcat报错,8080端口号被占用,报错信息如下 两种解决方法,一种是关闭了这个端口号,另外一种是修改Tomcat下的serv … Linux下查看某个进程打开的文件数...-losf工具常用参数介绍 Linux下查看某个进程打开的文件数-losf工具常用参数介绍 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!
ls指令，作用是罗列出当前路径下的文件名，当然如果未创建则什么都没有。 mkdir指令，作用是在当前路径下，创建一个“文件夹”(目录)。 cd指令，作用是进入指定的”文件夹“(目录)。...补： whoami作用是查看当前正在使用Linux系统的人是谁(用户)。在表述的时候，我们通常会说我们在XXX路径下，此处我们就是指whoami的结果。...Linux下指定的用户也有自己的家目录！且任何一个用户，首次登陆，所处的路径都是自己的家目录！！...解释一下，面手册分为8章（即上图中前8个） ： 1 是普通的命令（可执行程序，指令）； 2 是系统调用（即是由操作系统内核(Linux系统)提供的接口），如fork,open,write之类的(通过这个...系统下常用的命令，经常用来备份文件或者目录。
Linux理念：Linux中一切皆文件。 那么Linux可以以统一的方式来进行文件/设备访问！ 基于此理念，普通文件和显示器有什么区别吗？...Linux下find命令在目录结构中搜索文件，并执行指定的操作。 Linux下find命令提供了相当多的查找条件，功能很强大。...由于find具有强大的功能，所以它的选项也很多，其中大部分选项都值得我们花时间来了解一下。 即使系统中含有网络文件系统( NFS)，find命令在该文件系统中同样有效，只你具有相应的权限。...sz指令，作用是将压缩包传到windows上；rz则是将windows上的压缩包传到Linux的当前路径下。...（windows Linux） scp XXX.tgz 用户名@另一台Linux机器的ip:你要拷贝到的路径。
/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz...echo 'export PATH=/root/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc KOBAS 安装...(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/) ncbi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz tar...-zxvf ncbi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz echo 'export PATH=/root/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin:$PATH...kobas_home = /root/biosoft/kegg/kobas-3.0 blast_home = /root/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin cp kobasrc
# rpm -Uvh http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/fedora/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm # rpm -Uvh
放到Linux文件夹下，解压开， 默认端口：8080可以直接使用 常用启动命令catalina.sh start 关闭命令 kill -9 pid 通常使用ps aux|grep tomcat
由于linux系统的稳定性，大部分的PHP服务器都被部署在linux上，而且像redis等扩展在linux能得到更好的支持，所以对于PHP程序员来说，使用linux的功底也相当重要，接下来总结一下我从一开始在...linux下安装配置linux的心得。...linux系统安装 首先是选择linux操作系统，我使用的是Cent OS 6.7 ，它类似红帽系统，简单易接触，而且开源免费。...用过小巧的virtual box，在win7下安装要改theme主题文件，辛苦装好的环境因为未知原因(兼容问题排除后，猜测是BIOS设置的问题，可参考)打不开虚拟机而放弃后，终于选择了VM，VM下安装linux...说一下要注意的地方吧：虚拟机配置选择“桥接模式”，这样，虚拟机和主机就在同一个IP段下，可以很轻松地互相访问，VM下如图: ? 然后是我们经常要遇到的问题网络配置、和虚拟之间的交互、yum配置。
https://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/16.0.2%2B7/d4a915d82b4c4fbb9bde534da945d746/jdk-16.0.2_linux-x64..._bin.tar.gz 安装文件 新建一个java文件夹 mkdir /usr/java 将下载的文件解压到上面的目录 tar -zxvf jdk-16.0.2_linux-x64_bin.tar.gz
经常看到一些大牛操作linux的时候，双手运指如飞，指令如流水般输出，会不会感到羡慕呢？ ...本文就整理了一些linux下shell的技巧，保管你学会之后，shell输出apm突飞猛进，开个玩笑，我们进入正题。
修改文件命令： echo "/corefile/core-%e-%p-%t" > /proc/sys/kernel/core_pattern
Linux下安装rabbitMq 必须有Erlang环境------>>>Linux下安装Erlang 一、安装rabbitMq # cd /usr/local/ # yum install -y xz
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