blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库.../blast/executables/blast+/LATEST 得到最新版本的blast+压缩包：ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh...@master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz [wangh@master Softbacks]$ cd ncbi-blast...-2.9.0+ [wangh@master ncbi-blast-2.9.0+]$ vim ~/.bashrc # 对blast+进行环境配置,进入变量配置环境中后，按i或者o切换到插入(编辑模式下)输入下列路径...# ncbi-blast export PATH=/path/ncbi-blast-2.9.0+/bin/:$PATH #######按Esc键退出编辑环境，再输入 ：wq 命令进行写入保存(w)
Blast2go本地化教程网上也有不少，但是都是13年之前的，由于最近有这个需求，我也重新收集了下资料，然后整理了下： 主要参考： http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation...GO: 基因本体论注释数据库 这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。...ubuntu 14.04，用apt默认安装的，然后将默认数据库目录改到自己的空间大的目录下，我是改到home目录下了，可参考修改mysql默认数据库目录 Java，这个教程里面说是1.6 or 1.7，但我试了下1.8...blast2go blast4it 测试 理论上，上述的步骤都没报错的话，下面的测试肯定没问题的 下载官网的测试例子https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5...结果会出现在当前目录下的result文件夹中，主要的也就是.dat和.annot两个文件了 注意： 如果是go_monthly-assocdb-data数据导入时卡了或者异常退出了，需要重新导入的话，只要重新执行下命令就行了
## 下载安装包 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz...tar zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz ## 解压 mv ncbi-blast-2.11.0+ ~/biosoft/blast/ ## 移动到自己常用的软件目录并改名...protein sequences BLASTDB_PROT_DATA_LOADER=/home/csw/reference/linux/blast/nr # Specifies the BLAST...硬着头皮继续走流程吧，这个问题我再仔细研究一下。...本文部分代码及思路来自以下文章，在此致谢 《使用本地nt数据库对reads和Trinity结果进行blast》——周小钊【简书】 《Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程》——不知道怎么取名字
所以 NCBI提供了本地化安装的blast软件包，这样就可以构建自己的数据库，提高同源性分析的准确性和一致性。...---- 二： LINUX下BLAST的安装与运行 优点：速度快，灵活性大，可自己配置库 缺点：序列数据库下载量大，并且更新麻烦，需要重新下载 1 安装配置BLAST 1.1 利用conda安装，关于...... done. ==> RETR ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz ... done....-2.8.1+-x64-linux.tar.gz’ saved [241992963] 接下来解压缩 $ tar -xzvf ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz $ rm...ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz $ mv ncbi-blast-2.8.1+/ blast $ cd blast $ cd bin $ ls 可执行文件显示如下
03 blast的格式解读 因为blast可以进行本地化，网上教程很多，这里不再详细介绍。根据不同的参数可以输出多种比对格式，例如HTML, plain text, XML等。...4.2）blast采用的是什么算法 4.3）和动态规划算法相比，blast 的算法有什么优点？ 4.4) blast和FASTA软件算法之间的区别是什么？...4.5) blast核酸比对中默认的word是多少？ 4.6）word的大小是如何决定blast的运行速度？ 4.7）blast比FSAT软件搜索速度快的原因是什么？...1) 查看 blast.test 文件的前6行 head -6 blast.test 2) 统计blast.test文件中共有多少行，多少列 wc -l blast.test head -1 blast.test...文件 head -500 blast.test > miniblast.text 思考一下，有没有可能不需要新建miniblast.text 文件 5) 删除原文件 blast.test rm blast.test
一、Linux基本命令 i=1; while [ i -le 100 ]; do echo “hello world” i >> text.txt ; i = 首先我们介绍一下这个语句，这是一个循环语句...③less可以进行分页显示 less [选项][文件] 选项 作用 -i 忽略搜索时的大小写 -N 显示每行的行号 打开时和more差不多，但是可以上下键浏览文本 当我们处在less模式下，...后面跟上要搜索的内容，就可以向下搜索该内容，搜索到之后，点击n可以继续向下寻找还有没有该内容，类似于我们在word文档里使用的查找下一处，点击N可以向上找到上一个该内容，就是查找上一处 在less模式下，...格式 意义 %H 小时 %M 分钟 %S 秒 %X 相当于%H:%M:%S %d 日 %m 月 %Y 年 %F 相当于%Y-%m-%d 使用时的格式前面要加一个加号+ 在root权限下可以通过...我们只需要记住几个组合就行 组合 作用 -czf 打包压缩 -tzf 预览 -xzf 解压 tar为打包后缀，gz为压缩后缀，tgz为打包压缩后缀，它可以直接进行多个文件打包压缩 20、bc指令 bc指令的作用就是召唤Linux
，进入到Linux版的RabbitMQ下载页面中 7、找到Download下的 rabbitmq-server-generic-unix-3.7.16.tar.xz下载链接并点击，开始进行下载RabbitMQ...三、把下载好的RabbitMQ 和 Erlang上传到Linux服务器上 1、打开WinSCP，把我们下载好的RabbitMQ 和 Erlang安装包，上传到Linux的 /mnt/ 文件目录下...2、使用putty连接到我们的Linux服务器，进入到/mnt/ 文件目录中，并解压上传的RabbitMQ 和 Erlang安装包 [root@localhost ~]# cd /mnt/ //...PID file not written; -detached was passed. 5、在浏览器的地址栏中输入你 服务器的ip地址:15672，即可访问RabbitMQ的管理登录界面，例如我的Linux...（3）策略制定者(policymaker)：可登陆管理控制台(启用management plugin的情况下), 同时可以对policy进行管理。
注意：只有ls就只显示文件名 2.pwd指令 语法 : pwd 功能 ：显示用户当前所在的目录 Linux中所有路径分隔符是“/” Windows下是“\” 3.cd指令 Linux...系统下常用的命令，经常用来备份文件或者目录。...下 find 命令在目录结构中搜索文件，并执行指定的操作。...Linux 下 find 命令提供了相当多的查找条件，功能很强大。由于 find 具有强大的功能，所以它的选项也很多，其中大部分选项都值得我们花时间来了解一下。...src]# tar -zxvf /tmp/etc.tar.gz 在预设的情况下，我们可以将压缩档在任何地方解开的！
一、安装At 取决于不同的发行版，at在你的 Linux 系统中可能有，也可能没有。 如果at没有被安装，你可以很容易地使用你发行版的软件包来安装它。...例如，想要创建一个任务，运行脚本： /home/linuxize/script.sh: at 09:00 -f /home/linuxize/script.sh 默认情况下，这个命令会产生输出，一旦任务完成...at 09:00 -m 三、batch命令 batch或者它的关联at -b预定任务并且在系统负载允许的情况下，批量执行任务。默认情况下，当系统平均负载在1.5以下的时候，任务将会被执行。...下面是一个例子： at -t 202005111321.32 五、指定队列 默认情况下，由at创建的任务被计划在命名为a的队列，并且由batch创建的任务被计划在b队列。...默认情况下，仅仅/etc/at.deny文件存在，并且是空的，这意味着所有用户可以使用at命令。如果你想禁止某一个用户的权限，将他的用户名添加到这个文件中。
[查找标准] [查找到以后的处理动作] 查找路径，默认为当前目录 查找标准，默认为指定路径下的所有文件 -name 'filename' //对文件名作精确匹配...-gid //根据GID进行查找，当用户被删除以后文件的属组会变为此用户的GID -nouser //查找没有属主的文件.用户被删除的情况下产生的文件...，只有uid没有属主 -nogroup //查找没有属组的文件.组被删除的情况下产生的文件，只有gid没有属组 -type //根据文件类型来查找...文件并且删除 find / -name "abc.txt" -ok cp -r {} /home/canxun/ \; //查找abc.txt文件并且确认复制到/home/canxun/下...find / -name "abc.txt" -exec mv {} /home/canxun/ \; //查找abc.txt文件并且不需要确认移动到/home/canxun/下
大体会遇到以下两个场景： 手工查看基因组任意位置的基因，具体的注释信息，以及其前后基因的功能注释信息 手上有某个序列或者某几个序列，想要快速知道这些序列对应的蛋白到底都有什么功能 一般而言，我们会使用BLAST...要加速这个过程，其实只需要做两个事情： 数据库本地化，因为网页总归是慢一些的，尤其是网站主机在国外，比如NCBI 使用比BLAST更快的软件，如ghostz或者diamond等 对于TBtools用户来说...[1240] 看了下，效果还是很不错的。 测试几个序列 随意截取了几个序列，试了下，估计要等个10+s。在输入序列太少的情况下，果然速度不如BLAST，不过也不影响嘛。。。
,又多了那个.使用命令taskkill可将这些进程一下子所有杀光: C:\Users\NR>taskkill /F /im fron … Linux下强制杀死进程的方法 常规篇: 首先,用ps查看进程,...批量杀死包含关键字“php-fpm”的进程. kill … linux下查看当前进程以及杀死进程 ###linux下查看当前进程以及杀死进程 查看进程 ps命令查找与进程相关的PID号: ps a :显示现行终端机下的所有程序...,包括其他用户的程序. ps -A :显示所有程序. ps c :列出程 … Linux下批量管理工具pssh安装和使用 Linux下批量管理工具pssh安装和使用 pssh工具包 安装:yum -y...下解决Tomcat进程 windows下启动Tomcat报错,8080端口号被占用,报错信息如下 两种解决方法,一种是关闭了这个端口号,另外一种是修改Tomcat下的serv … Linux下查看某个进程打开的文件数...-losf工具常用参数介绍 Linux下查看某个进程打开的文件数-losf工具常用参数介绍 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!
ls指令，作用是罗列出当前路径下的文件名，当然如果未创建则什么都没有。 mkdir指令，作用是在当前路径下，创建一个“文件夹”(目录)。 cd指令，作用是进入指定的”文件夹“(目录)。...补： whoami作用是查看当前正在使用Linux系统的人是谁(用户)。在表述的时候，我们通常会说我们在XXX路径下，此处我们就是指whoami的结果。...Linux下指定的用户也有自己的家目录！且任何一个用户，首次登陆，所处的路径都是自己的家目录！！...解释一下，面手册分为8章（即上图中前8个） ： 1 是普通的命令（可执行程序，指令）； 2 是系统调用（即是由操作系统内核(Linux系统)提供的接口），如fork,open,write之类的(通过这个...系统下常用的命令，经常用来备份文件或者目录。
Linux理念：Linux中一切皆文件。 那么Linux可以以统一的方式来进行文件/设备访问！ 基于此理念，普通文件和显示器有什么区别吗？...Linux下find命令在目录结构中搜索文件，并执行指定的操作。 Linux下find命令提供了相当多的查找条件，功能很强大。...由于find具有强大的功能，所以它的选项也很多，其中大部分选项都值得我们花时间来了解一下。 即使系统中含有网络文件系统( NFS)，find命令在该文件系统中同样有效，只你具有相应的权限。...sz指令，作用是将压缩包传到windows上；rz则是将windows上的压缩包传到Linux的当前路径下。...（windows Linux） scp XXX.tgz 用户名@另一台Linux机器的ip:你要拷贝到的路径。
BLAST+ 在继承 BLAST 核心算法和优势功能的基础上，进行了模块化重构，提升了性能和可维护性。...由于 BLAST+ 在性能和可扩展性方面的显著提升，NCBI 也建议用户放弃旧版 BLAST，转而使用 BLAST+。...executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz ##文件大小 246M 3月 9 22:51 ncbi-blast-2.16.0...+-x64-linux.tar.gz ##解压,软件包为预编译的二进制包，解压就能使用 tar -xf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 解压即可 基本使用 构建数据库...nt 下载nt数据库 由于单个文件2.5G,整个nt数据库比较大，这里就不再一一下载，后面示例直接使用共享服务器提供的公共数据库。
Linux下安装rabbitMq 必须有Erlang环境------>>>Linux下安装Erlang 一、安装rabbitMq # cd /usr/local/ # yum install -y xz
由于内核加载到这里已经初始化一些运行环境了，所以内核的运行状态等参数也要保存下来，保存的位置就是内存中虚根下的/proc和/sys，此外还有收集到的硬件设备信息以及设备的运行环境也要保存下来，保存的位置是...initramfs为了尽早进入用户空间，它将init程序集成到了initramfs镜像文件中，这样就可以在initramfs装入tmpfs时直接运行init进程，而不用去找根文件系统下的/sbin/init...那根分区下的/sbin/init是干嘛的呢？可以认为是init ramdisk中init的一个备份，如果ramdisk中找不到init就会去找/sbin/init。...另外，在正常运行的操作系统环境下，/sbin/init还经常用来完成其他工作，如发送信号。 其实initramfs完成了很多工作，解开它的镜像文件就能发现它的目录结构和真实环境下的目录结构类似。...在Linux系统中定义了7个运行级别，使用0-6的数字表示。
下载 https://nodejs.org/dist/v12.18.1/node-v12.18.1-linux-x64.tar.xz 解压 xz -d node-v12.18.1-linux-x64.tar.xz...tar -xvf node-v12.18.1-linux-x64.tar.xz 配置环境变量 vi /etc/profile source /etc/profile 安装cnpm npm config
修改文件命令： echo "/corefile/core-%e-%p-%t" > /proc/sys/kernel/core_pattern
从本质上说，所有调试工具提供的功能是一样的，只是提供给程序员的接口（使用方法）略有不同 二.部署 .首先检查系统中有没有安装过，有的话用一下命令卸载gdb旧版本 2.安装依赖 yum -y install
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