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目的:安装64位最新版本(Miniconda3-py39_24.1.2-0-Linux-x86_64.sh)
在处理分子动力学模拟的数据时,不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据,也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题。现有的比较常见的方式,大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式。这两种方式各有优劣,明文存储可读性较好,二进制文件压缩率较好,不会占用太大的空间。又因为我们也不会经常性的去打开轨迹文件一个一个的检索,因此二进制文件是一个更好的存储格式选项。如果不仅仅限于分子动力学模拟的领域,在其他数据领域经常用的格式有npz等。而经过各种格式的对比之后,发现hdf5格式是一种非常适合用来存储分子动力学轨迹的文件,其原因主要有:
我们已经多次强调了,之前推荐的清华大学镜像可能是人满为患,大家需要自己机智一点哦。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
VMD是分子动力学模拟领域常用的一款可视化软件,可以非常直观方便的展示分子的运动过程。而VMD本身对展现的格式有一定的要求,如果不是常见的rst等类型的坐标文件的话,就需要自己手动去实现一个可视化的插件。这里我们介绍的是通过VMD来可视化hdf5格式的坐标文件——hdf5是量子化学领域非常常用的一个数据格式,对于规模较大的数据集有很好的性能支持。
随着单细胞相关研究成果的井喷式爆发,单细胞领域已进入百万级甚至千万级细胞量的时代。因此有不少R语言党(包括我)开始学习Python,使用Scanpy流程。但是,由于习惯了Seurat流程,有些时候需要把Anndata对象的单细胞数据转为Seurat对象,然后使用R语言进行一些分析。而最大的问题在于,如何丝滑的将Anndata对象的h5ad格式与Seurat对象相互转换。本文基于一个百万级的单细胞测试数据,对多种互转软件进行测评并总结。希望能够帮助到大家~
M3U8视频如何加密?加密后能实现哪些功能?通过专用加密软件进行加密,加密后的视频在电脑网页/安卓和IPhone等手机网页中均可打开即播,杜绝了下载后播放、杜绝其他网站播放(只允许授权域名可以播放),可以确保视频的安全性,同时不影响用户的正常观看体验。
H5AI,其实全称是:HTML5 Apache Index。最初是用来在Apache Web服务器上,完成资源映射,但是后来适配到Nginx等其他平台。使用H5AI的效果:
PyTorch是一个非常常用的AI框架,主要归功于其简单易用的特点,深受广大科研人员的喜爱。在前面的一篇文章中我们介绍过制作PyTorch的Singularity镜像的方法,这里我们单独抽出PyTorch的安装和使用,再简单的聊一聊。
近期正在探索前端、后端、系统端各类常用组件与工具,对其一些常见的组件进行再次整理一下,形成标准化组件专题,后续该专题将包含各类语言中的一些常用组件。欢迎大家进行持续关注。
HDF(Hierarchical Data Format层次数据格式)是一种设计用于存储和组织大量数据的文件格式,最开始由美国国家超算中心研发,后来由一个非盈利组织HDF Group支持。HDF支持多种商业及非商业的软件平台,包括MATLAB、Java、Python、R和Julia等等,现在也提供了Spark。其版本包括了HDF4和现在大量用的HDF5。h5是HDF5文件格式的后缀。h5文件对于存储大量数据而言拥有极大的优势,这里安利大家多使用h5文件来存储数据,既高逼格又高效率。
为了提高照明控制的智慧程度,开发了一套通过无线 LoRa 技术进行灯具控制的照明控制系统。该系统在设备端和手机端提供了同步的交互控制体验。
kallisto 是2016年发布的一款无须比对的转录本定量工具,采用了名为pseudo-alignment的算法。传统的定量算法是根据reads的比对位置来确认其属于哪个转录本或者基因,而pseudo-alignment 算法不关系reads具体的比对位置,而是通过reads的kmer特征来判断其属于哪一条转录本,示意图如下
(base) bio02@ecm-cefa:~$ conda remove fastqc -y
将hls视频加密集成到网站是为了让要保护的视频不能轻易被下载,即使下载到了也是加密后的内容,无法播放。在线付费观看视频的模式越来越适应时代需求,如果视频被录制并非法传播,付费业务将受到严重威胁。因此hls视频加密的技术变得尤为重要。
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PyMol是一个类似于VMD的分子可视化工具,也是在PyQt的基础上开发的。但是由于其商业化运营,软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印,商业版要收费,但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容,可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol,但是该发行版只有Windows平台的编译包。所以如果需要在Linux上安装PyMol,就只能在Github上面下载源码进行编译构建。
最近在做一个关键词查询功能。所以开始了解mysql的全文索引技术。接下来我将一步一步告诉大家。我是如何一步一步实现关键词检索的。
我们应该知道 Windows 有一个默认的安装目录专门用来安装软件。Linux 的软件安装目录也应该是有讲究的,遵循这一点,对后期的管理和维护也是有帮助的。
之前有朋友希望我基于H5-Dooring开发一款桌面端应用, 最近刚好有时间, 就花了小半天时间从零使用electron开发了桌面端的离线软件Dooring-electron.
1 平台的目的 说到H5性能测试,大家想到最多的是在PC端利用Firebug、Fiddle和HttpWatch等工具进行测试和性能指标的分析,但是如果我们测试的是Android上的H5,我们该如何保证数据准确度、如何测试起来更方便快捷、如何才能够小白式进行性能测试呢? 2 解决方案 带着这些问题进行了深入的学习、思考与讨论,最后敲定了一键测试的解决方案,就是用户只需提交一个Url,就可以得到一份完美的报告。 带着这些思路,让我们一起走进H5性能测试平台的实现,手把手一起打造H5性能测试平台。 3
ls 命令是 Unix 和类 Unix 的操作系统中列出文件和目录的命令,Windows 中(cmd 命令提示符)是不支持的,它对应的命令是 dir,不过2006年发布的 Windows PowerShell 已经可以使用 ls 命令了。
本文介绍了如何通过一键式测试实现移动H5性能测试平台。首先介绍了移动H5性能测试平台的目的和解决方案,然后阐述了搭建平台所需的知识,最后对平台的架构和实现进行了详细的介绍。通过使用Python的Web框架Django和Jenkins,实现了一个方便、快捷、高效的移动H5性能测试平台,该平台可以自动完成性能测试,并生成性能报告,方便开发人员分析定位问题,提高开发效率。
Conda 中包含的软件越来越多,而且软件的不同版本都保留了下来,软件的索引文件越来越大,安装一个新软件时搜索满足环境中所有软件依赖的软件的搜索空间也会越来越大,导致solving environment越来越慢。
Google 日前已决定将ARC开放给所有开发者,并且ARC在Chrome OS和Chrome浏览器中均可以运行。ARC全称是App Runtime for Chrome,是一个运行在Chrome OS上的Android虚拟机,它于去年9月推出,它可以让Chromebook顺利跑上数百万计的Android App。 Android之父安迪·鲁宾(Andy Rubin)于去年10月正式离职,这被视作Android 与 Chrome OS两个体系深度融合的征兆,在此之前Android和Chrome井水不犯河水
由于要共享无线给android,虽然cm6.1可以用ad-hoc,但感觉android连ad-hoc要比连ap耗电。本来想看看有什么usb无线网卡可以在linux下用软ap,顺便用来替换掉上网本的无线网卡,我的上网本在linux下的无线驱动太差劲(可恨的rtl8187),连ad-hoc都不支持。结果在http://linuxwireless.org上发现我台式机的无线网卡的ath5k驱动很完善,可以用软ap,ath5k太可爱了。回来搞了一个晚上加一个中午,终于用hostapd,dnsmasq实现了软ap。可怜的netmanager要报废咯~
随着H5技术和VUE技术的流行,现在越来越多人喜欢试用hbuilder、uniapp或apicloud这些框架或工具来生成ios的app,这些工具会帮我们生成一个ipa文件。
visual studio code-最好的h5开发工具 Microsoft在2015年4月30日Build 开发者大会上正式宣布了 Visual Studio Code 项目:一个运行于 Mac OS X、Windows和 Linux 之上的,针对于编写现代 Web 和云应用的跨平台源代码编辑器。 软件名称Visual Studio Code开发商美国微软公司(Microsoft Corporation)软件平台Windows、Linux、Mac OS X软件版本1.5.2软件语言英文软件授权微软预发布
Complete Example Using Ceph RBD - Persistent Storage Examples | Installation and Configuration | OpenShift Enterprise 3.1
包括当下非常流行的 AI 库,如:PyTorch、transformers、TensorFlow 等包括当下非常流行的 AI 库,如 PyTorch、transformers、TensorFlow 等,以及科学计算库,如 Numpy、Pandas、Scikit 等,还可以使用图形界面库,如 PyQt、wxPython 等。
tensorflow,pytorch,mxnet每一个主流的深度学习框架都提供了相对应的可视化模板,那有没有一种方法更加具有通用性呢?我们会在论文中,相关文献中看到各种神经网络可视化的图形,有平面图形,三维立体图形,觉得很美观,你一定很好奇,这是不是使用绘图软件画的,还是只是用办公软件画的?对于人工智能研究者,那就太low了,人工智能都搞得定,还能被几幅图像给难住?本文带你一文看尽常用的一些神经网络可视化的开源项目。
这还用说么,操作系统不就是Windows、Linux、Mac、IOS、Android、IOS这类我们天天都在用的东西么?
本文不涉及到任何代码,只讲概念层面的,结合本人在实际开发过程中的各种体验,对这几种跨平台技术进行一个点评。
本文不涉及到任何代码,只讲概念层面的,结合本人在实际开发过程中的各种体验,对这几种跨平台技术进行一个点评
如果你已经尝试了100种错误方法,恭喜你,找到家了。这个是99.9%能保证成功的安装方式。如果你第一篇就看到这个,更加恭喜你,你少走了一万里弯路!
《Bioinformatics Data Skills》全书500多页,虽然是全英文,但是通俗易懂,适合对Linux、Python(文本处理语言)等有一些基本了解的新手学习。
手上闲置了一台腾讯云轻量应用服务器,最近打算用docker部署一套轻量化的devops流程,用于测试自己的个人项目。
最近参与开发的java项目存在比较严重的性能问题,前端访问经常需要很长时间才能获得回包,为了定位系统中的热点区域,需要对系统进行profile,然后针对性的优化。所谓工欲善其事必先利其器,一个好的profile工具需要具备:1、能以图形化形式统计各种性能指标的详细信息,包括内存、CPU、函数调用耗时等信息。2、对原应用影响小。3、能方便进行远程profile。基于以上几点,最终我选择了JProfiler,这个工具的功能非常强大,能满足profile的各种需求。
ffsend 是 Firefox Send 服务的一个命令行客户端,允许用户通过命令行来传递和接收文件或目录。
前段时间,InfoQ发布了移动与IoT趋势报告2022年版本。在这篇文章中,我归纳了这份报告的最主要的观点,并做出我个人的解读。
云端vin码识别产品是文通开发的一款基于服务器平台的证件OCR识别服务程序,企业可将该识别服务部署在自有服务器上(云服务 器或本地服务器),部署完成后,APP端、PC客户端、web端、微信H5端等均可发送识别请求,通过Web Service接口调用该识别服务,上传vin码(车架号)图像在服务器端完成识别后,返回标准XML识别结果,整个识别过程均在企业内网完成,保证数据的安全性。vin码识别产品相比移动端OCR SDK具有部署简单、更新维护方便、应用平台更广等明显的优势。
v4.3+版本请移步到:https://doc.crmeb.com/single/crmeb_v4/6931
在不久之前我看到了腾讯云社区发布了一条文章,里面写着 QQ 重构? 我就点去看看用的啥技术结果是 Electron 这个我见到过一直想玩玩桌面应用,
最近使用网盘分享一些资料,但是却被删除,现在感觉还是放在自己的服务器上比较放心,今天就介绍下安装h5ai这个目录程序,他可以把对应目录下的文件和文件夹全部显示在web页面上,只需点击即可下载对应的资料
背景 在正式进入分享之前,简单介绍一下做这个小程序新框架的背景思路,主要目的有以下几点: 新框架和微信的主客户端解耦,能够独立运行,并且可以同时支持小程序和小游戏。 新框架能去拥抱更多的Web特性,深入到Chromium内核中,去支持更多平台。 还有一个目的就是,通过新框架去拓宽小程序生态的边界,能够在许多非移动端设备,提供微信小程序生态。 ---- 1 小程序和PWA 首先来了解一下小程序和PWA,可以说小程序设计之初,还是吸收了很多Web特性,这也使得小程序和PWA应用的用户体验很接近,包括技术
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