Open Babel是化学领域常用的一个文件格式转换工具，它可以支持xyz的坐标格式、SMILES表达式、InChI表达式和mol以及mol2等格式之间的互相转化。比如说，你只有一个甲烷的SMILES表达式C，那么你就可以使用Open Babel将其转化成一个mol2文件，这样就可以用vmd等工具进行分子的可视化（参考这篇博客）。
在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型，所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子，还有各种原子之间的成键关系与成键类型等。这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了，这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用、功能也非常强大的一款软件。
VMD是分子动力学模拟领域常用的一款可视化软件，可以非常直观方便的展示分子的运动过程。而VMD本身对展现的格式有一定的要求，如果不是常见的rst等类型的坐标文件的话，就需要自己手动去实现一个可视化的插件。这里我们介绍的是通过VMD来可视化hdf5格式的坐标文件——hdf5是量子化学领域非常常用的一个数据格式，对于规模较大的数据集有很好的性能支持。
在处理分子动力学模拟的数据时，不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据，也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题。现有的比较常见的方式，大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式。这两种方式各有优劣，明文存储可读性较好，二进制文件压缩率较好，不会占用太大的空间。又因为我们也不会经常性的去打开轨迹文件一个一个的检索，因此二进制文件是一个更好的存储格式选项。如果不仅仅限于分子动力学模拟的领域，在其他数据领域经常用的格式有npz等。而经过各种格式的对比之后，发现hdf5格式是一种非常适合用来存储分子动力学轨迹的文件，其原因主要有：
1，Nvidia官方文档：https://docs.nvidia.com/cuda/wsl-user-guide/index.html
能够实现蛋白质三维结构可视化的软件非常多。比专业级的PyMOL（https://pymol.org/2/）。这个软件已经被世界上著名的生物医药软件公司“薛定谔公司（Schrödinger）”收购。这种专业级的可视化软件不仅能够做出非常漂亮的图片，它还有强大的插件支持各种各样的蛋白质结构分析，这款软件需要购买，如果你发表的文章里提到某些内容是使用PyMOL制作的，而文章中所有作者和作者单位都没有PyMOL的购买记录的话，你可能会面临薛定谔公司的追责。
了解蛋白质的基本组成单元和结构，有助于了解蛋白质的特性。对于蛋白质结构的研究，在医药领域是非常核心的重要工作。这里我们仅仅介绍一些蛋白质的基本组成单元——20种氨基酸的种类，以及可以用于蛋白质建模的一些工具。
在讲授“分子点群”这部分内容时，如果能够展示分子的立体图形，则可让学生对分子的空间立体结构有更直观的感受。在实际讲课过程中，我们可以退出当前讲课PPT，打开Chem3D、GaussView等程序，展示分子的立体结构。这样做还有个好处是可以拖动分子，从不同的角度进行观察。但这样做也有个缺点，就是这些专业软件在一般教室自带的电脑上是没有的，那就需要老师上课时自带笔记本电脑。
自己寻找一个受体+药物分子复合物体系（不同配体结合3-4个），然后拿复合物结构作为起始，做对接实验。 软件自选，Dock, AutoDock…
文章目录 扩展1：mmd-for-unity 动作保存 扩展2：ray-mmd 物理渲染 额外扩展 扩展1：mmd-for-unity github MikuMikuDance可以处理3种类型的数据。共有三种类型：用于处理场景数据的PMM文件，用于处理模型数据的PMD/PMX文件以及用于处理运动数据的VMD文件。 MikuMikuDance将字符作为3DCG数据处理。数据是PMD/PMX文件。另外，当角色跳舞时的数据（动作）是VMD文件。 MikuMikuDance读取一些模型数
关于蛋白质结构的PDB文件，做分子对接，估计大家都知道PDB这个蛋白质数据库啦。这里简单的介绍一下。
信号处理中常需要分析时域统计量、频率成分，但不平稳信号的时域波形往往复杂、无序，且傅里叶变换得到的频率成分是该时间段内的平均频率，无法分析频率随时间变化的情况。随后，短时傅里叶变换（STFT）、小波变换（WT）、希尔伯特变换（HHT）等时频分析方法相继而出。 其中，STFT受时间窗口的影响、WT则需要自己选择小波、HHT在变换时需要预先将信号分解为平稳信号。由于网上只有CWT小波时频图的python代码，笔者自编了不同分解算法+Hilbert时频图的代码与其比较。
创建一个以4 kHz采样的信号，类似于拨打数字电话的所有键。将信号另存为MATLAB®时间数据。
生成由频率为2 Hz，10 Hz和30 Hz的三个正弦波组成的多分量信号。正弦波以1 kHz采样2秒。将信号嵌入方差为0.01²的高斯白噪声中。
你可以通过编辑布局文件来对 Confluence 的外观和表现进行编辑。这个页面将会告诉你如何来为空间自定义布局文件。你需要系统管理员的 全局权限（global permission） 和你希望进行修改空间的 空间管理员权限（space administrator）。
在前面一篇文章中，我们介绍了MindSponge的两种不同的安装与使用方法，让大家能够上手使用。这篇文章主要讲解MindSponge的软件架构，并且协同mindscience仓库讲解一下二者的区别。
是的，我们已步入药物研发的新时代，AI 和高性能计算 (HPC) 模拟技术现可在更短时间内生成更加安全有效的候选药物，同时降低研发成本。化学家可借助 AI 流程开发更优质的小分子候选药物和更有效的合成途径。在计算机虚拟筛选中，医疗人员可借助经 GPU 加速的 HPC 模拟技术，在临床前研究中找到最佳匹配。此外，分子生物学家还可在由低温电子显微镜 (cryo EM) 生成的高分辨率分子结构图像中发现新的疾病靶标。
遥想快十年前，刚接触分子动力学方法，当时难度真是非常高，既要懂程序，又要有分子力学的基础知识。一直认为软件应为人所用而不是要求人去通过刻苦学习才掌握使用，所以软件要发展就必须要有良好的用户界面，当年有些动力学模拟的软件已经变成僵尸，也有软件不断继承发展壮大，例如NAMD，GROMACS，AMBER。 目前成熟的建模方法有两种，一是CHARMM-GUI，二是VMD内置的插件QWIKMD。 CHARMM-GUI的在线服务器input generator提供了membrane builde
选择 I will install the operating system later. 点选 Next
在日常的计算化学研究中，我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上，从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面，这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱（红外、拉曼）的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认；另一方面，在反应机理研究的过渡态计算中，通过对虚频振动的观察，我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例，与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地，Q-Chem也有一个配套的IQmol程序（免费、开源）可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外，一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。
PyMol是一个类似于VMD的分子可视化工具，也是在PyQt的基础上开发的。但是由于其商业化运营，软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印，商业版要收费，但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容，可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol，但是该发行版只有Windows平台的编译包。所以如果需要在Linux上安装PyMol，就只能在Github上面下载源码进行编译构建。
MOPAC (Molecular Orbital PACkage) 是一款专注于半经验方法的量子化学程序。尽管高斯等主流的量子化学程序都支持半经验方法，但在计算速度上都无法与MOPAC相比。除了速度快之外，MOPAC支持的半经验方法也很全面，包括最新的PM6、PM6的各种弱相互作用校正版本和PM7等。MOPAC2016的安装教程见《MOPAC2016安装教程》一文。本文简单介绍一下用MOPAC做大分子体系的结构优化的方法。
之前的permain方法只能在java程序启动之前执行，并不能程序启动之后再执行，但是在实际的很多的情况下，我们没有办法在虚拟机启动之时就为其设定代理，这样实际上限制了instrument的应用。而Java SE 6的新特性改变了这种情况，可以通过Java Tool API中的attach方式来达到这种程序启动之后设置代理的效果。
之前在一个应用中搜索到一个类，但是在反序列化测试时出错，错误不是class notfound，是其他0xxx这样的错误，通过搜索，这个错误大概是类没有被加载。最近刚好看到了JavaAgent，初步学习了下，能进行拦截，主要通过Instrument Agent来进行字节码增强，可以进行字节码插桩，bTrace，Arthas 等操作，结合ASM，javassist，cglib框架能实现更强大的功能。Java RASP也是基于JavaAgent实现的。趁热记录下JavaAgent基础概念，以及简单使用JavaAgent实现一个获取目标进程已加载的类的测试。
在前面几篇博客中，我们已经介绍过使用MindSponge去定义一个系统以及使用MindSponge计算一个分子系统的单点能。这篇文章我们将介绍一下在MindSponge中定义迭代器Updater，并使用Sponge对系统进行演化，最后使用CallBack对输出结果进行追踪和保存。
大多数人都厌烦使用老旧的系统，无论软件还是硬件。但有的时候又不得不困守其中，坚持延续着系统的寿命，或者还需要点几柱香，祈求神佛的护佑。 Linux是一个模块化极好的操作系统，得益于此，当其中有组件落伍之时，大多数情况下，还能通过下载源码，手工编译来升级组件，从而保证系统的可用性。 在这个过程中，cURL工具是必不可少的，特别很多常用的开发平台，都使用了libcurl库作为下载的基础工具。比如PHP/PYTHON/RUST/NPM等。当cURL出现故障的时候，直接就导致很多开发工具的升级或者安装依赖包无法继续。
【客户端key】 #版本名称 Windows Server 2022 Datacenter #KMS客户端设置密钥 WX4NM-KYWYW-QJJR4-XV3QB-6VM33 #版本名称 Windows Server 2022 Standard #KMS客户端设置密钥 VDYBN-27WPP-V4HQT-9VMD4-VMK7H 【激活】以数据中心版为例 slmgr /upk slmgr /ipk WX4NM-KYWYW-QJJR4-XV3QB-6VM33 slmgr /skms kms.03k.org sl
Vol1 [08-1203/08-0103/08-0300]A-Cats插件篇、MMD Bridge篇
openmm是用于分子模拟的高性能工具包。该代码是开源，并在MIT和LGPL license下。是 Omnia(预测生物分子模拟的工具套件)的一部分。
Cython是用来加速Python程序性能的一个工具，其基本使用逻辑就是将类Python代码(*.pyx扩展格式)编译成
NVIDIA在 SC18 发表的全新多节点容器、与 Singularity 容器的兼容性及 NGC-Ready 计划，让更多人能接触到资料科学、人工智能和 HPC。
或者通过命令cd F:\AutoDock来实现，这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。
但是由于mmd的vmd动作适配于pmx的骨骼组，如果想要在fbx上做运动，会出现骨骼不对应，动作不匹配的情况
SMILES表达式是化学里面常用的用于标定元素之间关系的字符串，旨在用最简短的语句来完整的表达一个分子体系内所蕴含的基本信息，比如元素、连接性以及连接属性等。由于SMILES表达式的定义种类太多，需要完整介绍的可以阅读这篇博客或者是opensmiles的官方网站。这里我们简单介绍几种常见的情况：
本公众号之前发过几篇多组态（multi-configurational）方法的介绍：
fk03查看物料主数据信息。 该程序是根据选择的文件来导入主数据。 使用的方法是(两个都可以)：
若直接使用3d渲染，需要考虑场景光照是否真实，人物面部光线，全局光，光线追踪等等，同时受限于计算机动画，难以模拟真实人物的动作神态等，容易引发恐怖谷效应。
对象检测是一种属于计算机视觉领域的技术。它处理识别和跟踪图像和视频中存在的对象。物体检测具有多种应用，例如面部检测，车辆检测，行人计数，自动驾驶汽车，安全系统等。
没错，我又来整活了。这次整活的内容是MMD渲染，不过严格来说是自己渲染，并不是用MikuMikuDance进行渲染。起因……就是最近看LearnOpenGL的模型载入的时候，意外发现Assimp库还可以载入pmx模型。于是我萌生出了大胆的想法（
在MindSponge教程合集中我们已经介绍了很多使用MindSponge进行分子动力学模拟的方法，这里主要介绍在MindSponge中自定义一个力场。在传统的MD软件中，如果你希望去开发一个自己的力场，或者是添加一些分子动力学模拟方法如增强采样等，会面临不少编程上的困难。而这些困难对于使用Python来编程的MindSponge来说，就天然的降低了门槛。以力场为例子，我们可以在EnergyCell的基础上，去开发一个自定义的ForceField。
【万能驱动7】概述：万能驱动（简称EasyDrv）是IT天空出品的一款智能识别电脑硬件并自动安装驱动的工具。它拥有简约友好的用户界面，使用起来十分方便。追求“万能”是一种态度，表达我们想要将产品做的尽善尽美的理念，也希望大家能和我们共同努力而使之不断完善，让大家切身感受到它在驱动安装方面的“无所不能”。
在 Java SE 5 当中,开发者只能在 premain 当中施展想象力,所作的 Instrumentation 也仅限与 main 函数执行前,这样的方式存在一定的局限性。
📷 目录 Cpu： 内存条： 酷兽夜枭 DDR4 3200 16GB(8GB×2) 主要参数 性能参数 编辑 电源： 固态： 散热器： 机箱： 显卡： 风扇： 显示器： ---- Cpu： I5 1240f 成本价1010元(当前性价比最合适的) 基本参数 适用类型 PC台式 CPU系列 酷睿i5 12代系列 制作工艺 Intel 7（10纳米） 核心代号 Alder Lake-S CPU架构 Golden Cove PCI Express版本 PCIe 4.0、PCIe 5.0 发布日
有的时候，直接从微软下载会快很多，但是因为从微软下载，它的版本都是评估版，那么我们怎么修改版本呢？
感谢我们的Tesla加速计算平台，研究人员现在可以在一个使用同一组GPU的单一系统中运行计算和可视化指令，并可同时或分别得到结果。 泰坦，美国最强大的超级计算机，现在保有世界上最大的GPU加速可视化系统的头衔。 这是一个非常巨大的进步。全球范围内的研究人员都在使用高性能的超级计算机来进行模拟并理解银河系是如何形成的、人类的大脑是如何工作的这类任务，而后他们将这些结果可视化，来得出新的见解。 直到最近，研究人员还在两套不同的系统上来做这项工作。他们使用其中的一套用于计算（运行科学应用程序）。然后他们又转战到另
通过采用图像处理技术，可以将数码设备采 集到的文字、图片等信息转化成其他信息形势输出，例如转化成音频输出己解决视 障患者的视力需求。但是，由于输入设备或某些其他因素不可避免地使得采集到的 文本图像或多或少会出现某种程度的倾斜。因此，倾斜图像校正是当前文本图像研 宄领域中十分重要的课题，尤其在数字化、自动化领域。比如，提高OCR(Optical Character Recognition)识别率从而提高文档自动化处理效率，车牌号码自动 识别与交通监视，手写体自动识别，名片自动归类等。
在重要的生产网中，目标服务器无法外联，而遇到Apache Flink情况下如何写内存马，本文对这一有趣实践过程做了一个记录。
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